Türkiye'de Doktora: Sayısal Veriler...

MEZUN DOKTORA ÖĞRENCİLERİNİN AKADEMİK ALANDA, ÜNİVERSİTELERDE VE ENDÜSTRİDE İŞ OLANAKLARINI ARTIRMA ÇALIŞMALARI

(Doktora Öğrencileri İçin İş Marketler - Job Markets)

Türkiye'de üniversiteler ihtiyaçları olan alanlarda akademik ilanları ulusal basında ve kendi web sitelerinde yayınlamakta, başvuruları almakta ve oluşturulan jürilerce uygun görülen öğretim görevlisini bünyelerine katmaktadır. Bu yapının üst ayağı YÖK'te yapılan kadro çalışmalarıdır.

Halbuki sürecin bir başka boyutu özellikle doktorasını yeni bitirmiş, akademiye veya endüstriye katılarak alanında ilerlemek isteyen yüzlerce genç akademisyen adayından üniversitelerimiz haberdar olamamaktadırlar. Bu amaçla özellikle Amerika Birleşik Devletleri'nde ve Avrupa'da genç akademik grubun tanınmasını sağlayan –İş Marketler- tanıtım ve iş marketleri bu alanda yön verici ve destekleyici olmakta ve çok yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu tanıtımda doktorasını bitirmiş genç aday bir fotoğrafıyla birlikte kendi özgeçmişini, tez konusunu, danışmanının ve tez hocasının kim olduğunu ve çalışma alanlarını detaylı bir şekilde tanıtmaktadır. Bu tanıtımda özellikle doktorantın araştırma potansiyeli ve araştırma ilgi alanı öne çıkarılmalıdır. Bu tanıtım, akademiye, endüstriye ve de uluslararası görünüme açık olacaktır. Dolayısıyla doktoralarını tamamlamış, akademinin en genç kitlesine ciddi bir görünürlük ve tanınırlık sağlayacaktır.

Yükseköğretim Kurulu 2017 yılından itibaren kendi web sayfasında böyle bir çalışmayı başlatmanın hazırlığındadır. Ayrıca üniversitelerimize kendi web sayfalarında kendi yetiştirdikleri doktora öğrencilerini akademik alanlarına göre tanıtan sayfalar açmalarını önerecektir.

Böylece arzu ettiğimiz özellikle ülkenin Doğu Anadolu, Güneydoğu Anadolu ve İç Anadolu bölgelerinde öğretim üyesi, akademisyen ve araştırmacı bulmakta zorlanan üniversitelerimiz doğrudan bu doktorantlarla görüşebilecek veya kümülatif araştırma gruplarının oluşması sağlanacaktır. Ayrıca sadece ulusal değil uluslararası akademi dünyası da ülkemizde yetişen bu gruba ulaşabilme olanağı elde edecektir.

Web sayfası dışında senede iki kez doktorantların üniversitelerle yüz yüze tanışmasını sağlayacak çeşitli toplantılar düzenlemek de planlarımız arasındadır. Yüz yüze yapılacak toplantılara yurt dışından da birçok dekan ve rektörün katılımını sağlayacağız.
Bu katılımla genç akademisyen adaylarının akademide birlikte çalışmalarının güçlenmesi, iletişimlerinin artması ve uluslararası bağlantılar kurabilmeleri de hedeflerimiz arasındadır.

Kaynak: YÖK, 100/2000 Projesi

100/2000 YÖK Doktora Programları Projesi
Küresel rekabet ortamında ülkelerin pozisyonlarının belirlenmesinde yükseköğretim odaklı süreçlerindeki performanslarının etkisi önemlidir. Bu kapsamda birçok ülkede yükseköğretim odaklı rekabete açık ve özellikle araştırmacı insan kaynağının geliştirilmesine yönelik programlar başlatılmıştır, bunlardan bazıları aşağıdadır:

Almanya	Excellence Initiative
Çin	Project 985 ve Project 865
Kore	Brain Korea 21 programme
Japonya	Global 30
Tayvan	Top Universities Project
Rusya	5-100 Project

Türkiye'nin 2023 yılı için ekonomide bilimdeki hedefleri kapsamında, yükseköğretim odaklı olarak önüne koyduğu stratejilerin başında:
· Bilgi transferi ekosisteminin oluşturulması ve geliştirilmesi,
· Eğitim ve insan kaynakları sisteminin oluşturulması ve geliştirilmesi, gelmektedir.

Bu konuda özellikle 2011 yılından sonra birçok kurum tarafından çalışmalar başlatılmıştır. Ancak sürecin en önemli girdisini oluşturacak nitelikli insan kaynağının nicel ve nitel kapsamda geliştirilmesine ihtiyaç bulunmaktadır. Mühendislik ve teknolojide doktora alanı olarak seçtiğimiz başlıklar, çalışılacak konuların ekonomik refah için bir üretim getirmesi, ekonomik ve toplumsal faaliyet alanlarına uygulanabilir olması ve uygulandıkları alanlarda üretkenliğin artmasının sağlanabilmesi hedeflenmektedir. Yarının dünyasında iddia sahibi olmanın yolu buradan geçmektedir ve YÖK bunu bir stratejik hedef olarak benimsemiştir. "Kalite güvencesi" kavramı, yükseköğretimin ve onun en önemli görevlerinden biri olan araştırmanın uluslararasılaşmasında aranılan ciddi bir değerdir. YÖK, 100/2000 Projesi sadece mali bir fonlama kaynağı olarak görülmeyecek, aynı zamanda kalite kavramını doktora sürecinin her döneminde takip edecektir. Çünkü, doktora (PhD) uluslararası bir kavramdır. Mobilitenin ve disiplinler arası çalışmanın bu kadar önde olduğu bir dönemde doktora programlarının da uluslararası eğitim değerleriyle yürütülmesi şarttır. 100/2000 Projesi'nin, üniversitelerimizde doktora kariyerini bugünkü olduğundan daha da öne taşıyacağını ümit etmekteyiz. Ülkemiz doktoralı insan kaynağı oranında 1000 kişiye 0.4 doktoralı insan kaynağı düşmektedir. Bu oran Çin'de, 2.2, ABD'de 1.7, Avrupa Birliğinde 1.5, Güney Kore'de 1.4, Kanada'da 1.2, Japonya'da 1.1'dir.

100 / 2000 Programı bu amaca yönelik olarak ülkemizin ihtiyaçları ve gelişim alanları dikkate alınarak uzun ve katılımcı bir yaklaşımla tasarlanmıştır ve geleceğe yönelik etkin bir projedir. Bu program kapsamında ülkemizin öncelikli alanlarına yönelik 100 alanda 2000 doktoralı insan kaynağı yetiştirilecektir. Bu insan kaynaklarının istihdamı ise sadece akademiye yönelik olmayıp, özellikle kamunun ve özel sektörün de gelişimi odaklı süreçlerine de ciddi yararlar sağlayacaktır.

Özetle 100 / 2000'in amacı hedefler doğrultusunda seçtiğimiz belirli alanlarda yetkinleşmektir. Şimdi bu genç ve dinamik nesile bunu tam olarak ifade etmeyi ve sürdürülebilir kalkınmayı önüne hedef koymuş Türkiye'de rol sahibi olabilmeleri için onları yetiştirdiğimizi anlatabilmemiz gerekmektedir. Çünkü Türkiye'nin bu alanlardayetkin bilim adamları olmalıdır.

2023 için çizilen vizyonda "net katma değerini kendi beyin gücüne dayanarak artırabilen" bir Türkiye hedeflenmektedir.

Hangi Alanlarda Verilmektedir?

1. TEMEL BİLİMLER VE MÜHENDİSLİK (Üst Alan)

01.01. Bulut / Nesnelerin İnterneti / Sosyal Ağlar / Büyük Veri (Alan)

01.01.01. Bilgi Güvenliği

01.01.02. Siber Güvenlik

01.01.03. Kriptoloji

01.01.04. Veri Madenciliği ve Veri Depolama

01.01.05. Veri Analitiği

01.01.06. Örüntü Tanıma Analizi

01.01.07. Biyometri ve Mahremiyet

01.01.08. Yüksek Başarımlı Hesaplama

01.02. Havacılık ve Uzay (Alan)

01.02.01. Hava ve Uzay Araçları Tasarımı

01.02.02. İtki Sistemleri

01.02.03. Otonom İnsansız Hava Araçları

01.03. Sağlık ve Moleküler – Hücresel Mühendislik (Alan)

01.03.01. Biyomalzeme ve Doku Mühendisliği

01.03.02. Biyomedikal Ekipmanlar (Tıbbi Cihazlar)

01.03.03 . İnsan Beyni ve Nörobilim

01.03.04. Nörogenetik

01.03.05. Gıda-Metabolizma Etkileşimi

01.03.06. Nanobiyoteknolojik Güdümlü İlaçlar

01.03.07. Biyosensörler

01.03.08. Biyoenformatik

01.03.09. Aşı Çalışmaları

01.03.10. Translasyonel Tıp

01.04. Gıda Teknolojileri (Alan)

01.04.01. Organik Tarım

01.04.02. Gıda Biyoteknolojisi

01.04.03. Gıda Güvenliği ve Gıda Güvencesi

01.05. Ulaştırma Akıllı Ulaşım Sistemleri (Alan)

01.05.01. Sürdürülebilir ve Akıllı Ulaşım

01.06. Enerji Teknolojileri (Alan)

01.06.01. Hidrojen ve Yakıt pilleri

01.06.02. Güç ve Depolama Teknolojileri

01.06.03. Enerji Depolama ve Enerji Malzemeleri

01.06.04. Yenilenebilir Enerji Kaynakları / Teknolojileri (Güneş Enerjisi, Rüzgar Enerjisi, Jeotermal, Hidrogüç)

01.06.05. Nükleer Enerji

01.07. Robotlar ve Akıllı Sistemler (Alan)

01.07.01. Robot Teknolojileri

01.07.02. İnsan- Bilgisayar Etkileşimi

01.07.03. Yapay Zeka

01.08. Malzeme Bilimi ve Mühendisliği (Alan)

01.08.01. Enerjik Malzemeler Teknolojileri

01.08.02. Yeni 3B Eklemeli Üretim

01.08.03. Akıllı Malzemeler

01.08.04. Biyobenzetim

01.08.05. Sıvı Arıtma Teknolojileri

01.08.06. Çalışanı Koruyucu Malzemeler (PPE)

01.08.07 . Fotonik

01.09. Mikro/Nano/Opto-elektronik ve Yarı İletken Teknolojileri (Alan)

01.09.01. Mikro ve Nanoteknoloji

01.09.02. Sensör Teknolojileri

01.10. Savunma Teknolojileri (Alan)

01.10.01. Savunma Sistemleri Entegrasyonu ve Sistem Mühendisliği

01.10.02. Savunma Bilişimi, Modelleme ve Simulasyon

01.11. Sürdürebilir Çevre Yönetimi Teknolojileri, Ekosistemler ve Sürdürülebilir Yapılı Çevre (Alan)

01.11.01. Sürdürülebilir ve Akıllı Kentler

01.11.02. Sürdürülebilir ve Akıllı Yerleşke

01.11.03. Sürdürülebilir Yapı Malzemeleri ve Teknolojileri

2. SAĞLIK (Üst Alan)

02.01. Tıp - Temel Bilimler (Alan)

02.01.01 . Moleküler Patoloji

02.01.02. Moleküler Farmakoloji ve İlaç Araştırmaları

02.01.03. Tümör İmmunolojisi

02.01.04. Moleküler Onkoloji

02.01.05. Gen Tedavisi ve Genom Çalışmaları

02.01.06. Kanser Epidemiyoloji

02.01.07. Doğal ve Bitkisel Ürünler, Kozmetik Ürünler

02.01.08. Farmakoekonomi ve Hasta Güvenliği

02.01.09. Farmasötik Biyoteknoloji ve İlaç Tasarımı

02.01.10. Fizyopatoloji

02.02. Tıp - Klinik Bilimler (Alan)

02.02.01. Hastane Enfeksiyonları

02.02.02. İnme (Stroke): Nörolojik Motor Rehabilitasyon

02.02.03. Davranış Bilimleri ve Yapay Zeka

02.02.04. Nörofizyoloji

02.02.05. Radyofarmasi ve Nükleer Tıp

02.02.06. Odyoloji ve Konuşma Bozuklukları

02.02.07. Klinik Beslenme

02.02.08. Moleküler ve Hücresel Gastroenteroloji

02.02.09. Metabolizma ve Kronik Hastalıklar (Obezite, Diyabet ve Ateroskleroz)

02.02.10. Otoinflamatuar Hastalıklar

02.02.11. Afet Tıbbı

02.02.12. KBRN Çalışmaları

02.03. Hemşirelik (Alan)

02.03.01. Psikiyatri Hemşireliği

02.03.02. Diyabet ve Podoloji Hemşireliği

02.03.03. Geriatri Hemşireliği

02.03.04. Acil Hemşireliği

02.03.05. Yoğun Bakım Hemşireliği

03.SOSYAL BİLİMLER (Üst Alan)

03.01. Hukuk (Alan)

03.01.01. Kamu Hukuku

03.01.02. Özel Hukuk

03.02. Sosyal Bilimler (Alan)

03.02.01. Katılım Bankacılığı

03.02.02. Kentsel Dönüşüm Çalışmaları

03.02.03. Yaşlılık Çalışmaları

03.02.04. Yoksulluk Çalışmaları

03.02.05. Göç Çalışmaları

03.02.06. Uluslararası Güvenlik ve Terör

03.02.07. Sosyal Medya Çalışmaları

03.02.08. Psikoloji

03.02.09. Felsefe

03.02.10. Mantık

03.02.11. Eski Türk Dili

03.02.12. Okul Öncesi Eğitim

03.02.13. Özel Eğitim (Yetenekli, Engelli vb)

03.03. Filoloji (Alan)

03.03.01. Ermenice

03.03.02. İbranice

03.03.03. Çince

03.03.04. Rusça

03.04. Yönetim Bilimleri (Alan)

03.04.01. Bilim ve Teknoloji Politikaları

03.04.02. Tedarik Zinciri Yönetimi

03.04.03. Ar-Ge Yönetimi

04. MİMARLIK VE TASARIM (Üst Alan)

04.01.01. Mimarlık

04.01.02. Endüstriyel Ürünler Tasarımı

04.01.03. Şehir ve Bölge Planlama

04.01.04. Restorasyon

YÜKSEKÖĞRETİM KURULU TARAFINDAN DOKTORA PROGRAMLARINA KAYITLI ÖĞRENCİLERE VERİLECEK BURSLARA İLİŞKİN USUL VE ESASLAR

Çok az üniversitenin başardığı: Akademik Mükemmeliyet Merkezi ve Dünya Çapında Olmak!

Birçok üniversite için, “dünya çapında olmak” statüsü ya önemli bir başarı ya da kalıcı bir hedeftir. Birinci sınıf üniversite herkes için farklı şeyler olabilir: yenilik merkezi, ekonomik bir motor ve bölgesel veya ulusal prestij ve gurur noktası. Bu nedenle, dünya standartlarında bir başarıdan ne kastedildiğinin anlaşılması kolaydır.

Her ülke birinci sınıf bir üniversite veya üniversiteler ister. Birçok ülke onlarsız  olamayacağını düşünür. Sorun şu ki, dünya çapında bir üniversitenin ne olduğunu kimse bilmiyor ve dünya çapında olmak için nelerin gerektiğini hiçbir ülke bilmiyor.

Bu raporda, bir üniversitenin mevcut kaynakları ile seçkin bir üniversite grubuna girme yolunda ilerleme, değerlendirme ve kıyaslama sağlayacak materyallerin bazılarını kısaca gözden geçireceğiz.

Dünya Ligi Üniversitesi Olmak!

Philip Altbach ve Jamil Salmi, 2011 tarihli “Akademik Mükemmelliğe Giden Yol” kitabında üç temel özellikle “Dünya Çapında Üniversite”yi tanımlıyor:

1. Üstün beceri ve yeteneklerle donatılmış akademik kadro ve öğrenci profili 
2. Zengin bir öğrenim ortamı yaratmak ve ileri araştırmaları desteklemek için bol miktarda kaynak
3. Öngörüyü, stratejik vizyonu ve bürokrasiye aşırı bağımlılık olmaksızın değişiklik yapma esnekliğini destekleyen uygun yönetim prosedürleri.

Dünya çapında olmak için bir üniversite ayrıca, uluslararası bir eğitim-öğretim kadrosu ve öğrenci profili ve küresel bazda istihdam edilebilir mezunlar vermelidir. Benzer şekilde, bir üniversite dünya çapında tanınmak için iş ve uluslararası kaynaklardan gelen yatırımları cezbetmeli ve araştırma ve teknolojik atılımların bulgularından yararlanmalıdır.

Dünya çapında üniversitelerin, bir dizi disiplin ve alanda bilgi yaratma ve yayma, ulusal ve uluslararası seviyede seçkin bir eğitim sunması beklenir.

Tabii ki, hiçbir üniversite kendini “dünya çapında bir üniversite” olarak ilan edemez. Bir üniversitenin akademik statüsü resmi sıralamalarda sunulan objektif değerlendirmeler ile teyit edilmelidir. Bunlara örnek olarak Şanghay Jiao Tong Üniversitesi tarafından hazırlanan “Dünya Üniversitelerinin Akademik Sıralaması” verilebilir; bu sıralamada 3000 üniversite analiz edilir ve ilk 500 sıralamaya tabi tutulur. Benzer şekilde US News tarafından her yıl “En İyi Global Üniversiteler” adı altında atıf etkisi, itibar ve diğer parametrelere göre en yüksek performans gösteren 750 üniversite sıralanır. Bu iki sıralama “Web of Science” verileriyle desteklenmektedir. Ayrıca 2015’ten bu yana, Thomson Reuters’in eski IP & Science şirketi olan Clarify Analytics tarafından üretilen verilere dayalı bir akademik sıralama da bulunmaktadır.

Kaynak: The Road to Academic Excellence, World Bank, 2011.

Reuters’in sıralaması, yayınlanan araştırma ve patentleme faaliyetinin etkilerini göz önüne alarak  dünyanın en yenilikçi 100 üniversitesini ve Avrupa’daki ve Asya’daki en yenilikçi üniversiteleri sıralamaktadır.

Bir üniversite, “dünya üniversite” ligine dahil olduğunda bir dizi avantaj elde edebilir: uluslararası tanınırlık, nüfuz, maddi kazanç, yetenek cezbetme, daha fazla kaynak,  beğeni vb. Böylece, bu statüsü sürdürülebilir olacaktır.

Kaynak: World-Class Universities: Choosing the Path, Marking the Progress, Web of Science, Clarivate Analytics, January 2017.

Mutlu Yıllar (Happy New Year)!

Yılın bilim görseli: Bir Örümceğin Karın Deseni!

İnanılmaz! Bir ipek böceğinin karın deseni.

Avustralya Maratus "tavuskuşu" örümceğinin kur yapmak için dans ettiğinde açığa çıkardığı  karın bölgesindeki desenin yakın çekimi. Resim: Jurgen Otto

Bilim dünyası biyolojik karmaşıklığı daha iyi anlamak için doğal dünyayı her zaman araştırmıştır. Modern toplum, doğayı her zaman referans alarak insan yapımı araçlar geliştirmiştir. Bilim ve mühendislik alanındaki araştırmacılar farklı organizmaların nasıl hareket ettiğini, işbirliği yaptığını, savaştığını, enerji tükettiğini ve depoladığını, nasıl hayatta kaldıklarını ve çoğaldıklarını hep araştırmışlardır.

Habronattus: Sıçrayan örümcek

Bir uğur böceğinden daha büyük olmayan bu Avustralya Maratus volans erkek atlama örümcekleri oldukça gösterişli dansçılardır. Dişileri cezbetmek için yüzlerinde ve beden kısımlarında canlı renk desenleri sergilerler.

Avustralya Maratus’u gibi sıçrayan örümcekler avlarını yakalamaktan ziyade, onları takip edip aniden üzerlerine atlarlar. Örümceğin ipeği avlanmada önemli bir rol oynamaktadır. Çoğu zaman, avın üstüne atlanırken kendilerini demirlemek için ipek ipliklerinden yararlanırlar.

Örümcekler insanlar tarafından onlara karşı yapılan mücadelelere karşı yeni yollar keşfederler. Böcekler ABD tarımının her yıl yüzde 25'ini yok ediyor ve ülkede her yıl püskürtülen 1 milyar pound'dan fazla kimyasal zararlı böcek ilacı için giderek daha fazla direnç kazanmış durumda. Bazı örümceklerin zehiri, insanlar için güvenli ve çevre dostu bir çözüm sunabilir.

Sıçrayan örümceklerin 8 gözü vardır. İkisi öndeki esas gözler iken, altısı yüzlerinin yan tarafında bulunur. Bilim adamları bu örümceklerin beyinlerinin sekiz gözden gelen bilgiyi nasıl işlediklerini anlamak için onların sinir devrelerini inceliyorlar. Bulguların bir gün insan uygulamaları olabilir. Örneğin, bir nöronun (sinir hücresi) diğer nöronlarla nasıl birlikte ve eşzamanlı çalıştıklarını anlayabiliriz.

Kaynak: Science 360 News, Discover Magazine

2017’de Bilim Dünyası ve Buluşları

Aşağıda bilim dünyasının iki “Top” dergisine göre bu yılın “Breakthroughs” yani “Çığır Açıcı Buluşlar”ı var. Bir fikir vermesi için bu iki derginin neden “Top” olarak kabul edildiğine bir bakalım: Nature ve Science. Dilimize çevirirsek bu bu iki derginin adı “Doğa” ve “Bilim“

Bilim camiasının araştırma sonuçlarını yayımladıkları yaklaşık 15,000 dergi var. Bunların % nerede ise 99’unun Etki Değeri (Impact Factor) 0 ila 10 arasında.  Ancak, bu iki derginin Etki değerleri 30 ila 40 arasında.

Science daha çok Fizik ağırlıklı, Nature ise daha çok Biyoloji ağırlıklı makaleler yayınlıyor. Ancak, bu iki dergide birçok farklı konuda da (sosyal bilimler, arkeoloji, linguistik ve daha birçok alan) yayınlar yapılıyor.

Bu iki dergi hakkında diğer ilginç bir şey Noel hariç her hafta çıkıyor olmaları. Yani yılda 55 sayı! Halbuki diğer dergiler genel olarak aylık veya 2, 3 veya 4 ayda bir yayımlanıyorlar.

Bilimdeki büyük buluşlar ve diğer dergilerin cesaret edemediği radikal bilimsel hipotezler de bu dergilerde yayımlanabiliyor.

Bu ünlü dergilerde yayın yapmanın dayanılmaz cazibesi, bazı bilim insanlarının olamayan şeyleri varmış gibi gösteren  bilimsel çarpıtmalara dayalı  yayınlara da zorlamıyor değil. Dolayısı ile, bilim dünyasının “kıblesi” gibi görülen bu iki dergi, aynı zaman bazı makalelerin bilimsel sahtekarlıktan geri çekildiği (retraction) kötü üne de sahipler…

her ne ise …

Bu dergiler tarafından seçilen “Yılın Buluşların”a geçelim (Yorumlar bana aittir!).

Önce Science‘in “Breakthroughs”ları …

1. Kozmik Birleşme

İki nötron yıldızının birleşmesi 17 Ağustos’ta binlerce gözlemciyi ve dünyanın dört bir yanındaki bilim insanlarını büyüledi: Yaklaşık yüz otuz milyon ışık yılı uzaklıktaki iki nötron yıldızının muazzam bir patlama ile birbirlerine sarmalanması, gama ışını dedektörlerinden telsiz teleskoplarına kadar bir seri araçla belirlendi. Patlama, birkaç kilit astrofizik teoriyi doğruladı. Birçok ağır elementin bir doğum yerinin olduğunu ortaya koydu. Ve genel görelilik teorisini daha önce hiç olmadığı gibi test etti.

Yorum: Dediğim gibi. Science fizik alanını çok seven bir dergi. Dolayısı ile yılın buluşunu bu alandan seçmesi sürpriz değil! Elde edilen veriler ve insan hayal gücü ile oluşturulmuş henüz çok spekülatif bir şey! Bir süre sonra yanlışlanırsa şaşırmayacağım… Ancak Nobel Ödülleri verildi bile!

2. Atomik seviyede hayat

Dondurmaya dayalı elektron mikroskopu (bu yılın Nobel Kimya Ödülünü aldı), yani cryo-EM molekülleri suda hareketsiz halde tutmak için sıvı etan kullanır. Araştırmacılar daha sonra onları bir elektron mikroskopu altında görüntüler ve görüntüleri sıralamak ve verileri tutarlı bir yapıya toplayabilmek için bilgisayar programları kullanırlar. Yapısal biyolojinin altın standardı olan x-ışını kristalografisinin aksine, cryo-EM hedef moleküllerin kristalleştirilmesini gerektirmez. Tekniğin kökleri yıllar öncesine dayanıyor.

Yorum: Morfoloji yani yapı her zaman işlevi tam açıklamaz. Ancak, kristalografi gibi zor ve zahmetli bir işi daha pratik hale getiren bir teknoloji…

3. Homo sapiens ‘in daha derine uzanan kökleri

Fas’ta bir mağaradan bulunan insan kafatası, türümüz Homo sapiens‘in fosil kayıtlarını geriye itti ve bu yıl modern insanın kökeni çalışmalarına enerji verdi. Kafatası Etiyopya’daki fosillerden yaklaşık 100.000 yıl daha yaşlı.

Yorum: Şayet böyle ise, bizim gibi olan ilk insan Doğu Afrika’da değil, Kuzey Afrika’da yaşadı.

4. Nokta atışı hassasiyete sahip gen düzeltme

60.000’den fazla genetik yanlışlık insan hastalıklarıyla bağlantılı. Bunların yaklaşık 35.000’ine küçük hatalar sebep oluyor: genomda belirli bir noktada sadece bir DNA mektubunda bir değişiklik. Bu yıl, araştırmacılar böyle nokta mutasyonlarını düzeltmek için baz bir metot geliştirdi. Bu baz (DNA ve RNA’nın harfleri) düzenleme 2012’de güçlü bir laboratuar aracı olarak keşfedilen “moleküler makaslar” olan CRISPR-Cas sistemini kullanmakta.

Yorum: gerçekten de “nokta atışı veya vuruşu hassasiyette” mümkün olursa, birçok hastalığı embriyonik hücrelerden dolayısı ile doğacak bireyden silebiliriz… Bu çalışma ile, Aziz Sancar’ın yıllar önce keşfettiği ve bunun için Nobel Ödülü aldığı DNA tamir mekanizmasını kendimiz tüpte hücrelerimize uygulayabiliriz. Ancak, bunu sadece erken embriyonik safhada (yani hücreler heniz farklılaşmadan) yaparsak bir değeri olur. bebek oluşmaya bir başlayınca, bunun hiç bir uygulaması kalmaz…

Ayrıca, bu konudaki yazılarımı burada, burada ve burada okuyabilirsiniz…

5. Geniş yelpazeli bir kanser ilacı: Pembrolizumab (veya diğer ismi ile Keytruda)

İlaç melanoma ve bir seri tümör tipinin tedavisi için zaten onaylanmıştı. Gelişmiş tüm solid tümörler için reçetelendirilebiliyor. Ancak bir şartla: Kanser hücreleri “uyuşmazlık tamir eksikliği” yada İngilizce adı ile “mismatch repair deficiency” taşımalıdır. Bir “bağışıklık kontrol noktası inhibitörü” olan bu ilaç bu tür tamir eksikliği olan tümörleri eritiyor ya da en kötü ihtimalle onların ilerlemesini durduruyor.

Yorum: “Bin bir yüzlü” kanser yine bir yolunu bulur.

6.  2.7 milyon yıl önce dünyamızın atmosferi

Araştırmacılar 2.7 milyon yıl önce donan Antarktika bir buzulu keşfettiler. Bu, önceki herhangi bir buz örneğinden 1.7 milyon yıl daha eski. Dolayısı ile gezegenmiz iklim tarihi 1 milyon yıl daha geriye giderek anlayabileceğiz.

Yorum: son 100 yılda 1 milyon yıla eşdeğer bir atmosferik bozulmayı nasıl sağlamışız belki daha iyi anlarız…

7. Gen tedavisi zaferi

Araştırmacılar ölümcül kalıtsal bir kas-sinir hastalıkla doğan bebeklerin hayatlarını kurtardıklarını bildirdiler. Burada ana araç, gen terapisinde hedef hücrelere genlerin aktarılması için yaygın olarak kullanılan adeno-ilişkili virüs (AAV) adı verilen zararsız bir virüstür. Omur nöronlarına eksik bir gen bu yöntemle eklenmiştir. By yapılmasaydı bebekler 2 yaşından önce öleceklerdi. Araştırma, aynı zamanda daha kapsamlı bir kilometre taşına da işaret ediyor: beyne ve omuriliğe kan yoluyla taşınan patojenlerden ve toksinlerden koruyan zarın bir ötesine bu yeni geni aktarmış oldu. Bu özellik, diğer sinir hasarı hastalıklarında tedavi için gen terapisini kullanma kapısını açabilir.

Yorum: Gen tedavileri henüz emekleme aşamasında ve bir ton bilinmeyen var. Hem hastalıklar hem de kişiye özgü yönler. Kliniğe gelmesi ve yaygın kullanımı zaman alacaktır.

Kaynak: Science

Şimdi de Nature dergisinin 2017 “Breakthroughs”ları…

Henüz yayımlanmadı! Yayımlanınca burada olacaklar…

2017 Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü: Günlük biyolojik saatimizin zemberekleri

Sirkadiyen ritimler fiziksel ve zihinsel performansımızı gece / gündüz döngüsüne göre kontrol ederler. Bu nedenledir ki güneş batımında uykumuz gelir, güneş doğunca uyanırız. Tabi bu sadece basit bir örnek. Bu ritimleri kontrol eden biyolojik saatler tüm canlılarda ve hücrelerde yerleşiktir ve her türlü hareketimizi kontrol ederler.

Bu konudaki iki yazımı burada ve burada okuyabilirsiniz.

Bu yılki Nobel Fizyoloji veya Tıp Ödülü bu konudaki öncü çalışmalarından dolayı üç Amerikalı bilim adamına verildi: Brandeis Üniversitesinden Jeffrey Hall ve Michael Rosbash ve Rockefeller Üniversitesinden Michael Young.

Jeffrey C. Hall

Michael Rosbash

Michael W. Young

Galapagos Adalarındaki Darwin ispinozlarından modern şehir sakinlerine, organizmalar kendi çevrelerine adapte olurlar. Yeryüzünde gündüz ve gece döngüsü, hücrelerimizde bulunan biyolojik saatlerin evrimine yol açtı. Bu saatler farkında olmadan dinlenmemize, yiyecek aramamıza, tehlike veya yırtıcıları öngörmemize yardımcı olur.

Modern sirkadiyen biyoloji alanı, genetikçi Seymour Benzer ve öğrencisi Ron Konopka’nı meyve sineklerinde biyolojik zamanlamayı kodlayan genlerin izini sürdükleri 1970’lerdeki çığır açıcı çalışmalarına dayanmaktadır.

Neden sinekler?

Benzer ve Konopka basit bir deney yaptılar: meyve sineği Drosophila melanogaster‘in pupal (koza hali) durumundan ne zaman çıkacağını izlediler. Bu gelişim sürecine “eklosion” denir ve sirkadiyen ritimlerin karmaşık biyolojik sürecini incelemek için güçlü bir araç olarak kullanılmıştır. Drosophila pupaları yalnızca belirli bir saatte ortaya çıkar. Konopka, farklı sinek türleri için eklosion zamanlamalarını ölçüp, kötü zamanlamaya sahip olanları belirledi. Daha sonra bu kötü ritimleri olan sineklerde hangi genlerin yanlış çalıştığını araştırdılar. Bu sineklerden 3 mutantı izole ettiler. Mutant sineklerden biri günü 19 saat olarak, diğeri 28 saat olarak, üçüncüsü ise günü hiç algılamayan biyolojik saatlere sahipti. Her üçünde de DNA’daki değişiklik (mutasyon) ve  X kromozomu üzerinde aynı gende idi.

Sonra yarış başladı ve 1984’te Jeffrey Hall, Michael Rosbash ve Michael Young’un ekipleri “peryot” adı verilen sineklerdeki saat genini nihayet tespit etti. Jeffrey Hall ve Michael Rosbash bu genin kodladığı PER adlı proteinin gece boyunca arttığını ve gün boyunca azaldığını keşfettiler. Böylece, bu protein seviyesinin bir şekilde hücrenin geri kalan kısmına zaman bilgisini iletebileceğini düşündüler.

Şekil. PER geninin geri bildirim düzenlemesini gösteren basit bir diyagram.

A) Hem PER mRNA’sı ve hem de PER proteini miktarında bir dalgalanma görülür. PER mRNA’sının en yükseğe çıkmasından birkaç saat sonra PER proteini birikmeye başlar. PER proteini, çekirdekte lokalize olur ve kendi geninin aktivitesini inhibe eder. B) PER genindeki ifadenin yani mRNA yapımındaki dalgalanmalar için ek proteinler gereklidir. Zaman sınırı olmayan (Timeless) gen tarafından kodlanan TIM proteini de dalgalanma gösterir ve PER proteini ile etkileşime girer. Bu etkileşim, PER proteinin çekirdekteki birikimi ve PER geninin ifadesini bastırması için bir gerekliliktir. DBT proteini, çift-zamanlı gen (Double time) tarafından kodlanır. DBT bir protein kinaz (yani hedef proteinlerini posforilleyen) bir enzim olup, PER’yi fosforile eder ve onun parçalanmasına yol neden olur. DBT aracılıklı PER protein parçalanması periyot mRNA ve PER proteini birikimi arasındaki gecikmeye katkıda bulunur. CLK ve CYK ise saat ve zemberek genleri tarafından kodlanan, PER genini aktive eden iki transkripsiyon faktörüdür. (kaynak: NobelPrize.org)

Biyolojik döngüler ve zamanlayıcılar PER, gün boyu tedricen değişerek biyolojik zamanı tutan bir madde miydi?

Hall ve Rosbash’in bu PER proteininin aslında “peryot” geninin aktivitesini bloke edebileceğini ve dolayısı ile kendi genini kapattığını düşündüler. Çünkü PER seviyeleri gece boyunca artıyor, gündüz ise azalıyordu. Protein seviyesi düşünce süreç tekrar başlıyordu. Buna negatif geribildirim döngüsü denir. Vücudunuzda kan şekeri seviyesinden, sirkadiyen ritimlere kadar her şeyi muhafaza eden biyolojik denge aynı saati kullanmaktadır. Bu tür geri bildirim sistemi, bir termostatın bir odanın sıcaklığını nasıl kontrol ettiğine benzer. Sıcaklık ayarlanan noktanın altına düşerse termostat ısıtıcıyı açar. Oda çok ısındığında, termostat ısıtıcıyı kapatır.

Biyolojik saatler her 24 saatte bir kendilerini tekrar açıp kapatmak için “peryot”ya da “zemberek” gibi saat proteinlerinden negatif geribildirim kullanırlar.

Son yirmi yılda yapılan çalışmalar, çoğu organizmanın Drosophila‘ya benzer geribildirim döngülerine dayalı saatleri nasıl kullandığını anlamamızı sağladı. Rosbash’in laboratuarı, mantar ve bitkilerden insanlara kadar pek çok saat proteininde bulunan PER proteininin PAS bölgesini tespit etti. PAS bölgeleri PER gibi eşzamanlı saat proteinlerinin, negatif geribildirim döngüsünü kontrol etmek için ortaklarıyla eşleşmesine yardımcı olur.

Bilim insanları, Drosophila ve farelerin PER ve PAS alanlarının yapılarındaki farklılıkları karşılaştırarak, moleküler saatteki protein “zmberekler”in zamana göre nasıl bir araya geldiğini öğrenmeye çalıştılar. Böyle atomik çözünürlükte sirkadiyen ritimleri anlayarak insan hastalık ve sağlığında rol oyamayabilecek birçok terapötik (iyileştirici) ve teratojenik (kötüleştirici) kimyasallar keşfedebiliriz.

Zembereklerinizi doğal ritimlerine kurun Young’ın laboratuarı yakın zamanda bir insan biyolojik saat geni olan kriptokrom 1‘de, hücresel saati erteleyen ve gece yarısından önce yatmamızı zorlaştıran yaygın bir mutasyon tespit etti. Bu kalıtsal “baykuş” geninin oldukça yaygın olduğu tahmin edilmektedir. Gelişigüzel yaz saati kış saati uygulamaları yerine, biyolojimizi etkileyen sirkadiyen ritimlere göre yatma ve kalkma zamanlarımızı ayarlamanın işyerinde verimlilik ve okulda başarı sağlayacağı düşünülmekte.   Bütün bu bildiklerimizi ise önemsiz gördüğümüz minik meyve sineklerine borçluyuz.

Kaynak: The Conversation’dan değiştirilerek….

Aç kalarak daha uzun ve sağlıklı bir yaşam sürmek!

Harvard Üniversitesinden yeni bir çalışma, aralıklarla aç kalmanın yaşlanmada önemli rolleri olan mitokondrilerin ömrünü  artırabileceğini gösteriyor.

Ancak, çalışmanın birçok insan hastalığı (veya sağlığı) için model organizma olarak kullanılan transparan bir nematodda (yuvarlak kurtçuk) olduğunu hemen belirteyim.

Yani bu çalışma hemen insana da uyaralanabilir diye düşünmeyelim.

Çünkü, 200 kadar farklı hücresi ve 200 trilyon kadar da hücresi ve birçok doku ve organı olan bir insanla, 1000 kadar hücresi, doğru dürüst solunum ve dolaşım sistemi olmayan, 1 mm uzunluğundaki, 15 gün ömrü olan bir toprak nematodu olan C. elegans (yani bizim kurtçuk) bir tutulamaz.

Her ne ise… yeni çalışmaya dönersek,

Önce konunun esas aktörleri olan mitokondrileri tanıyalım..

Erkek olalım kadın olalım bir kere tüm mitokondrilerimizi annemizden alırız. Bunun sabebini de tam olarak bilmiyoruz. Babamızın sperminden annemizin yumurtasına sadece kromozomlar değil mitokondriler de geçer. Ancak, her nasıl oluyorsa kromozomlar korunurken, annemizin yumurtası bu mitokondrileri bir güzel imha! eder.

Lafı bu konuda fazla uzatmayayım (ilgili birkaç yazımı burada, burada, burada, ve buradaokuyabilirsiniz).

Kısaca mitokondriler hücrelerimizin enerji santralleridir. Enerjimizin (buna ATP diyoruz) %90’ından fazlası bu organellerde üretilir. Ancak, bu santrallerde olan enerji kaçakları aynı zamanda yaşlanmamıza neden olur.

Dolayısı ile bu organaller bizler için (tabi bakteriler hariç diğer tüm canlılar için) hem birer nimet hem de lanet!

Mitokondilere dayalı “Yaşlanma Teorisi”, yaşlanmanın nasıl olduğu konusunda en önde gelen teorilerden biri. Hatta hemen tüm toplumlarda kadınların erkeklerden 5-10 yıl fazla yaşamsının sebebinin de bu organel olduğu düşünülüyor.

Hücrelerimize bakterilerden mirası olarak düşünülen mitokondrinin genel bir çizimi.

İleri yaşlarda kadınların mitokondrisi daha diri kalırken, erkeklerin mitokondirlerinde bozulmalar oluyor. Dolayısı ile yukarıda link verdiğim yazılarımdan birinde “üç ebeveynli tüp bebek” uygulamalarında neden bir erkeğin değil de bir kadının mitokondrilerinin kullanıldığı daha iyi anlaşılacaktır.

Yaşlandıkça, vücudumuzdaki hücrelerde kimisi mitokokondriyal elektrik kaçağından kaynaklanan bir seri farklı hasar türleri oluşur. Hücreler, normalde “mitofaji” (ayni mitokondrileri yemek) adı verilen bir süreç ile arızalanan mitokondrileri ortadan kaldırabilir. Bu şekilde etkili bir mitofajinin hücrelerin sağlıklı kalmasında elzem olduğu düşünülüyor.

Bu bağlamda, hücrelerin içindeki tüm mitokondrilerlerin bile çıkarılmasının hücreleri genç bir görünüme soktuğu görülmüştür.   

Harvard’aki araştırma ise açlığın “sağlıklı/hasta” mitokondri dengesini sağlıklılar lehine değiştirdiğini göstermiş. 

Çalışmada aynı zamanda açlığın, yağ asidi oksidasyonunu düzenleyen ve yine bir tür organel olan peroksizomlarla mitokondriler arasındaki koordinasyonu arttığı gösterilmiş.

Yani kısaca yaşlanma, mitokondrilerin sağlıklı mı yoksa hasta mı olduğu ile ilişkilidir. Burada, açlıkla aktive olan bir enzim (AMPK) ve beslenmede kısıtlama, sağlıklı mitokondrilerin artışına ve peroksizomlarla daha iyi bir ilişki kurmalarına neden oluyor. 

Kaynak: Cell Metabolism

Count your age by friends, not years. Count your life by smiles, not tears (Hayatını gözyaşı ile değil gülümsemekle, yaşını yıllarla değil, arkadaş sayınla say. -The great singer and song-writer John Lennon)