Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)

12 Şubat 2016

Kütle Çekim Dalgaları: Büyük bir keşif mi, büyük bir dalga geçmek mi?

Bu hafta içinde (Çarşamba günü) eğer doğru ise 2016 yılının belki de en büyük keşfi olacak olan Einstein’in 100 yıl önce ortaya attığı yaygın adı ile "izafiyet teorisi"nin kanıtlandığı ileri sürüldü. Yani, “zaman ve mekânın bükülmesine" sebep olan “kütle çekim dalgaları”nın keşfedildiği bildirildi.

Şayet, bu doğru ise evren ve yaşam için çok moda olan Big-Bang Teorisini çöpe atabilirsiniz... (Fizikçilerin bitmek tükenmek bilmeyen sayısız teorileri hakkındaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz).

Konumuza dönersek; MIT, Caltech ve LIGO araştırmacılarının hangi kanıta dayanarak kütle çekim dalgalarını keşfettiklerini anlamak zor. İki ayrı yolu, ancak aynı mesafeyi kat edip dönen kızıl ötesi ışınların dalga boylarının “tam simetri” (yani üst üste mükemmel çakışma) göstermedikleri ve bir protonun çapının binde biri (1/1000) kadar olan bir sapmaya neden olduğu ileri sürüldü (1 protonun çapı yaklaşık 2 × 10-14 metre, yani 0.00000000000002 metre ya da 0.00000000002 mm). 

Buna, güneşten 30 kat daha büyük ve bize 1.3 milyar ışık yılı uzaktaki bilmem hangi iki karanlık deliğin çarpışıp kaynaşmasından sonra ortaya çıkan ve ışık hızına eşit bir hızla yayılan kütle çekim dalgalarının sebep olduğu ileri sürüldü.

"Kızıl ötesi ışınların aynı mesafeyi çok az da olsa değişik zaman süresi içinde almalarının yegane kanıt sayıldığı"  açıklamada, medya önünde kişi ellerini havaya kaldırıp bir zafer edası ile aynen şunları söyledi (bkz. aşağıdaki videodaki konuşma):
  • “Kütle Çekim Dalgaları’nı keşfettik. Evet…  başardık” 
Bu kadar önemli bir konu, alkışlarla kesilen 2 dakika içinde medyaya servis yapıldı. İlgili zat bilgisayar ortamında hazırlanmış, tamamen hayali animasyonlarla konuyu bu 2 dakikada anlatmaya çalıştı.
Bu konu bir anda bütün TV, gazete, blog ve diğer web sitelerinde yayılış gösterdi (bilim haberciliğinde bir rekor kırıldığından eminim).

Umarım, bu haber ilgili bilim adamlarının büyük egosunun bir sonucu değildir ve doğru çıkar. Higgs Bozonu ya da diğer ünlü adı ile Tanrı Parçacığı için bir grafiğe dayandırılan ve onun üzerinde koparılan fırtınaları hatırlayınız!


Fizikçiler kusura bakmasın ama, bir ara "soğuk füzyonu" da keşfettiklerini ve bir bardak su ile dünyamızın tüm enerji sorununu halledebileceklerini ileri sürmüşlerdi!.. 

Aradan 25 yıl geçti. İlk ortaya atıldığında Nobel Fizik Ödülüne bile aday gösterilen soğuk füzyona ne oldu dersiniz? 

Buluşun sahiplerinin rencide olması ve "soğuk duş" almasından başka bir işe yaramadı...

Bir başka örnek: Bazılarınız hatırlayacaktır. Birkaç yıl önce de NASA’da çalışan bilim adamları, DNA’sında (genetik materyalimiz) arsenik olan bakteriler keşfettiklerini söylemişlerdi. Ancak, daha sonra yapılan çalışmalar bunun bir safsatadan ibaret olduğu gösterildi. Çünkü deney tekrarlanamadı. NASA araştırmacılarının kontamine (bulaşık) bir ortamda bu çalışmayı yaptıkları ve belirlenen arseniğin esasen ortamda bulunduğu ve bakterilerin DNA’sının bir parçası olmadığı anlaşıldı.

Milyonlarca dolara mal olan, ancak kimine göre 50 yıldan beri bildiğimiz şeyleri bize yeniymiş gibi sunmaya çalışan ENCODE projesi ile ilgili de daha önce burada bir yazı yazmıştım.

Ne yazık ki bilime en büyük kötülüğü, medyatik olmada, projelerine büyük paralar cebellezi etmede mahir açık gözlü ve aç gözlü bilim adamları yapmakta ve bunların yalancı çoban misali “sürüye kurt geldi” çığırtkanlığı doğru olsa bile artık kimseler inanmamaktadır.


Bundan dolayıdır ki, ülkeleri yönetenler bilim adamlarından çok film adamlarını danışman olarak seçerler. Çünkü bilgelikten (ve çoğu zaman bilginlikten) uzak bu bilim adamları ile filim adamları arasında pek de bir fark yoktur ve dolayısı ülkelere bilim politikaları değil filim politikaları yön verir.
Bu nedenledir ki, dünyamızın da her konuda çivisi çıkmış…

30 Ocak 2016

Terör Hücreleri!

2000’li yılların başlarında biyotıp literatüründe eski bir inanışı nerede ise çöpe atan yeni keşifler ortaya kondu.

Bu yeni bulgular, vücudumuza giren mikrop ve diğer yabancı ajanlara karşı savaştığını bildiğimiz makrofajların (bir çeşit bağışıklık hücresi) kanser tümörlerine karşı o kadar da düşmanca davranmadıklarını ortaya koydu.

Hatta, makrofajların kanser hücrelerini uyardıkları, onların daha da çoğalmalarına ve metastaz (vücut içinde dağılıp yeni yerlerde kök salma) neden olduklarını ortaya koydu.

Eskiden neye inanıyorduk? Eğere bağışıklık sistemimizi (bunların içinde makrofaj hücreleri da var) güçlendirirsek, bu hücreler vücudumuzdaki kanser hücrelerine savaş açacak ve onları silip süpürecekti.

Heyhat… kanser hücreleri birer mikrop veya parazit değildi. Vücudumuzun bizatihi ürettiği kendi hücrelerimizdi. Tek farkları, normal hücrelerimiz gibi yaşlanıp normal veya vücut tarafından programlanmış bir yolla öleceklerine, kendilerini koruma içgüdüsü ile ölümsüzlüğü seçiyorlardı. Bu durum bizim aleyhimize olsa da, onların lehine idi ve böylece sonsuz yaşayabilirlerdi.

Dolayısı ile bugün kanser hücrelerine karşı geliştirdiğimiz birçok ilaç kendi hücrelerimize da aynı derecede zarar verir. Tek fark, kanser hücreleri daha agressif çoğaldığından, en çok bu hücrelerin çoğalması engellenir.

Makrofaj konusuna dönersek. Yaygın görüşün tersine, bu hücrelerin tümör çevresinde toplanmadıkları ve hatta salgıladıkları birtakım küçük kimyasallarla (kemokin ve sitokin) kanser hücrelerinin daha da agresif bölünmelerini ve bunların beslenmeleri için yeni kan damarlarının oluşmasını (anjiyogenez) teşvik ettikleri sanılmaktadır.

Hatta, kanserli farelerin makrofajları hedeflenip ve bu bağışıklık hücrleri tamamen ortadan kaldırıldığında, tümörlerin metastaz yapamadığı saptanmıştır.

Makrofajlar adeta bir amip gibi sürünerek hareket ederler ve kandaki belki de en hareketli hücreleridir. Kanserli bir hücre ile karşılaştıklarında, yalancı kollarını ona doğru uzatırlar. Ancak, yaygın görüşün tersine, kanserli hücreyi sarıp yutacaklarına, salgıladıkları kimyasallarla onun oradan sökülüp vücudun başka yererline gidip monte olup orada da bir tümör oluşturmasına sebep olurlar.

Sonuç olarak, vücudumuzdaki tüm hücrleri (kanser hücreleri dahil) birer küçük canlı (esasen de zaten canlılar) olarak tahayyül ediniz. Kimisi makrofajlar gibi hareketli kimisi de özel yerine monte edilmiş ve orada özel bir işlevi yerine getiriyor. Bazıları (kanser hücrleri), ise raydan çıkmış ve vücudu bir parazit gibi kendi lehine sömürme niyetinde. Hareketli savunma hücrelerimiz bu parazit emsali hücrelerle karşı karşıya geldiklerinde, “-ohh seni yakaldım şimdi sonun geldi” demiyor.


O andaki konjoktür çok önemli. Savaş da olabilir barış da. Savaş kazanılırsa harika!… Barış olursa, sonun kötü biteceği kesin…

27 Ocak 2016

Dünyanın En Etkili Bilim Beyinleri, 2015: Türkiye’den 9 kişi listede...

(THE WORLD’S MOST INFLUENTIAL SCIENTIFIC MINDS,2015: A Thomson Reuters Report)

Dünyada yaklaşık 9 milyon araştırmacının olduğu tahmin ediliyor. Ve bu araştırmacılar yine yılda 2 milyonun üzerinde yayın yapıyor (Thomson Reuters, 2015).

Bu, araştırmacı sayısı başına yılda yaklaşık 0.22 yayına denk geliyor. Yani, yaklaşık 5 araştırmacıya yılda 1 adet yayın düşüyor. Çünkü, yayın yapmak gerçekten meşakkatli bir iş.

Önce, bir projen olacak. Bu projeyi yürütmek için yeterli finansal destek sağlayacaksın (TÜBİTAK 1001 projelerinin nasıl zor kabul olunduğunu biliyoruz. Sanırım 1001'e sunulan projelerin yaklaşık % 10'u destekleniyor). Projeyi başlatıp aylarca araştırma yapacaksın ve elde ettiğin verilerden yayın yapacaksın. Adam gibi bir yayını yazmak ise en az 3 ayını alır (bunu yaklaşık 8 yıl Amerika'da okumuş ve çalışmış biri olarak söylüyorum).

Ancak, büyük araştırma merkezlerinde 10'larca (bazen 100'e yakın) araştırmacısı bulunan bazı bilim adamları bir yıl içinde 10'larca yayın yapabiliyor. Çünkü çalışanlarının çoğu doktorasını almış kişilerdir. Bu becerikli araştırmacılar, makaleyi baştan sona yazarlar ve proje yürütücüsü veya asıl araştırmacıya sadece şöyle bir okumak ve varsa revizyon kalır.

Problem, aklı başında bir projesi olmayan, hiç bir yerden finansal destek almayan (BAP projelerini projeden saymıyorum) ve laboratuarında (eğer tabi laboratuarı varsa) doğru dürüst çalışanı olmayan bazı göz açıkların bir yılda 10'larca yayın yapmasıdır. Bundan, şüphe duymak gerekir. Çünkü, bilimde şüphecilik birinci kaidedir.

Neyse, konumuza dönelim. Tabi dünyada bu kadar araştırmacı ve yayın olunca, kimlerin “en etkili bilim adamları” olduğunu yayınlarından detaylı bir analiz yaparak çıkarıp sunmak oldukça zor (eğer imkansız değilse). Dolayısı ile Thomson Reuters gibi dergi indeksleme ve onlara etki faktörü vermede tekel oluşturmuş bir kurum, işin kolayına kaçıp sadece “yayın sayısı” ile bir değerlendirme yapmakta ve böyle çalıştığı üniversitesi bile olmayan HAYALET bilim adamaları ortaya çıkmakta.

Bunun için, GOOGLE’da “THE WORLD’S MOST INFLUENTIAL SCIENTIFIC MINDS 2015” dosyasını taratıp indirin ve PDF dosyasında “search” düğmesini tıklayarak “Turkey” yazın. Uzun listede 9 Türk bilim insanı da var. Bazılarını tenzih ederim ama, bağlı oldukları kurumu “Üniversite Mahallesi” olarak yazmış 3 kişi var. Bunlar, “GERÇEK” kişiler mi? yoksa “HAYALET” mi? Beni düzeltirlerse memnun olurum… Ayrıca, 3 çiftin soyadı ve çalıştığı kurumlar aynı. Bu, bana biraz aile içi şirket görüntüsü veriyor. 

25 Ocak 2016

Büyüklüğü “Bina Sayısı”, Başarıyı “Öğrenci Sayısı” Olarak Gören Ülkemin Güzel Üniversiteleri!

Başlıktaki “Güzel” sözcüğünden ne kastettiğimi anlamışsınızdır. Az sayıda güzide üniversitemizi saymazsak, birçok üniversitenin Büyüklük ve Başarı algısı ne yazık ki yazımın başlığındaki gibi.

Esasen, hem bina sayısı hem de öğrenci sayısı başarı ile ters orantılı. Yani sayılar artarsa, başarı düşer. Nasıl mı?

Çünkü bu üniversiteler belli bir şeye odaklanmayı kaybederler. Yaptıkları iş, kendi yaratmış oldukları tıka basa dolu binaları, üst ve altyapıyı idame ettirmek ve kaldırabileceklerinin 10 katı öğrenci ile uğraşmaktır. Bunları yaparken, esas işleri olan bilim üretmeyi ise rafa kaldırırlar.

Bir üniversite düşünün ki, kampüsünün her tarafından mantar gibi binalar (yani fakülteler) fışkırmış, binaların içi kuru kalabalıklarla dolu ve belli sayıdaki eğitim kadrosu sabah akşam derslere girmek ve öğrenciye nutuk atmaktan araştırmaya fırsat bulamıyor. Öğrencileri ise bir beceri kazanmaktan çok, nutukla idare ediyor.

Bilimsel hiçbir başarısı olmayan, bu üniversitelerin adeta mahalle muhtarı edası ile sabah akşam bina ve kelle sayısı ile övünmeleri gayet normal kabul edilmelidir.

Aşağıda, sizinle Amerika’dan bir kampüsten iki fotoğraf paylaşıyorum. Yer: Cold Spring Harbor Laboratory (New York). Dünyanın en prestijli araştırma merkezlerinden biri. Bilim (özellikle Biyoloji) kitaplarımızdaki birçok buluşun merkezi. Az sayıda öğrencisi, çok sayıda araştırmacısı var. Hocalarının çoğu derse bile girmiyor. Kampüs araba, otobüs ve insanla dolup taşmıyor. Devasa ve çok sayıda binası yok. Tamamen bilim üretmeye odaklanmış ferah bir ortam.
(Büyütmek için resmlerin üzerini tıklayın)

Büyük (başlıktaki anlamda değil) üniversitelerinde de durum bundan farklı değil. Bu konuyu başka bir yazımda yazmıştım (bkz. Ülkemizde Yüksek Öğretim)    

Nicelikten çok niteliğin önemsendiği, sürekli bir fiziki yapılanma ile devlete yük olmayan, ancak ürettikleri bilim ve teknoloji ile devletin bilim ve ekonomisine katkı sağlayan üniversiteler dileği ile...

21 Ocak 2016

Bilimde Açgözlülük, Abartı, Propaganda, Popülizm, Çıkarcılık: CRISPR-Cas9 Vakası! (Greed, Exaggeration, Propaganda, Populism and Self-interest: The CRISPR-Cas Case!)

Bilimde olmaması gereken başlıktaki şeylerin hepsi 2012 yılında keşfedilen “CRISPR-Cas9 Genom Edit Etme” için mevcut. Bu konuyu daha önce burada ve burada yazmıştım.

Şunu hemen söyleyeyim. Çok yeni bir keşif olmasına rağmen, kolay, ucuz ve sonuç alıcı olmasından dolayı bu teknolojinin PCR gibi yaygınlaşacağı sanılıyor. Bugün nerede ise CRISPR-Cas9 sistemini duymamış bir moleküler biyologa rastlayamazsınız. Herkes ondan bahsediyor. Hatta gelecek yıl veya önümüzdeki birkaç yıl içinde bu sistemi keşfedenlerin Nobel Ödülü alacağı üzerine bahisler bile var.

Ancak, CRISPR-Cas sisteminin kim tarafından ilk keşfedildiği şimdilerde büyük tartışma konusu. Şu anda dünyada binlerce laboratuar bu sistemi kullanmakta ve onlarca kişi ise, BEN, BEN deyip sistemi ilk keşfedenlerin kendileri olduğunu öne sürmekte. Hayatımda, bilimsel bir buluşun bu kadar sahibi olduğuna rastlamadım. Patent başvuruları, çıkar çatışmalarından kaynaklanan davalar havada uçuşuyor.

Daha önceki bir yazımda, yaygın görüşün CRISPR-Cas’ın iki bayan bilim insanı tarafından olduğu yönünde idi ve hala da o görüşümü muhafaza ediyorum (bkz. Gen ve Genom Edit Etme). Çünkü, CRISPR-Cas sistemi 2005 yılından beri bilinmesine rağmen, onun etkili bir genom edit etme aracı olabileceğini ilk defa bu iki bayan 2012 yılındaki makalelerinde gösterdiler ve bunu da bilim aşkı için yaptılar. 

Ancak, paranın ve ünün peşinde olan büyük araştırma enstitüleri, müdürleri ve ilaç şirketleri bir algı yaratma peşindeler. Bu sistem bilmem ta 1990’larda hangi doktora öğrencisi tarafından bulunmuş da, ancak uygun dille bunu yayınlayamamış da, vs. vs. vs… Bunların amacı, bakteriler tarafından milyarlarca yıldır başvurula gelen, tamamen doğal olan bu sisteme sahip olup, yapacakları ufak tefek değişikliklerle onu patentlemek ve hem parayı cebe indirmek hem de üne kavuşmak. Yani,  bunlar konuyu saptırarak, kendi yaptıklarını öne çıkarır, işin esas sahiplerini ya tamamen görmezden gelirler ya da sadece satır aralarında yer verirler.

Halkın ve okuyucunun dilinden iyi anlayan, etkili yazı yazma sanatını iyi bilen bu kişi ve kurumlar, ayarladıkları iyi dergilerde yayınladıkları perspektif ve yorumlarla işin mükâfatının peşindeki gözü açık ve aç gözlülerdir bunlar. Bunlar bilim sadece şan, şöhret ve para için yaparlar. Bunların biliminden insanlığa hiç bir fayda gelmez, sadece onu cebimizi boşaltmanın bir aracı olarak kullanırlar.

Çünkü ileride bu sistemin genom ve gen edit etmede standart olacağı ve “tasarım bebeklerden” tutun, tek genle geçen birçok genetik hastalığın düzeltilmesi, yüksek verimli hayvan ve bitkilerin geliştirilmesi gibi sayısız alanda uygulama bulacağı düşünülmektedir. Henüz, kliniğe gelmemesine rağmen, bu teknikle insan embriyolarında veya eşey hücrelerinde nokta atışı ile bazı hastalıklara sebep olan gen mutasyonları tamir edildi. Dolayısı ile uygulama potansiyeli oldukça yüksek ve yaygın kullanımının neredeyse bugün hemen her biyoloji, genetik ve klinik laboratuarda bulunan PCR gibi olacağı düşünülmekte. Tek fark, bu sistemin PCR gibi pahalı bir araç değil de, amaca göre dizayn edilmiş ucuz bir ifade vektörü (DNA molekülü) olmasıdır. Tabi, açgözlü kişi ve kurumlar, bu kadar etkisi olacak ucuz bir sitemi nasıl yapıp edip halkın canına okumak için (maddi olarak) kullanabilecekleri sorusunun peşindeler. 


Umarım, bilim politikalarımız (tüm dünyadan bahsediyorum) ve bilimi bilim için yapan insanlar, yukarıda bahsettiğim tipteki açgözlü kişi ve kurumların böyle güzel bir bilimsel buluşu kendi amaçları doğrultusunda pazarlayıp, şişik egolarını daha da şişirmelerine engel olurlar. Bunu da, krediyi esas sahibine vererek başarabiliriz. 

Not: İngilizce tarama yapıldığında, yazımın çıkması için başlığı aynı zamanda bu dilde yazdım. 

19 Ocak 2016

Gen ve Genom Edit Etme

Daha önceki bir yazımda 2015 yılının buluşu olarak kabul edilen bir keşfi paylaşmıştım (Yılın Buluşu- Gen ve Genom Edit Etme). Şimdi, bir fotograf paylaşıyorum: Kim bu insanlar?
En soldaki Bay, Twitter'in eski yönetim kurulu başkanı, en sağdaki Bayan ise Hollywood'un ünlü yıldızı Cameron Diaz. Peki, Cameron Diaz kadar olmasalar da ortadaki iki alımlı bayan kim?

Muhtemeldir ki gelecek yılın Nobel Kimya veya Tıp ödülünü kazanacak olan iki bayan: Emmanuelle Charpentier (Max Planck Institute, Berlin) ve Jennifer Doudna (University of California, Berkeley). Her ikisi beraber yayınlamış oldukları 2012 makalesi ile 2005 yılında keşfedilen CRISPR-Cas9 sisteminin hassas bir gen veya genom edit etme aracı olduğunu buldular. Buldular diyorum, çünkü bu araç milyonlarca yıldır bakterilerde süregelmekte. Ancak, bulunması (keşfedilmesi) bu iki bayanı beklemiş.

Bilim işte böyle bir şey. Aziz Sancar'ın deyişi ile "Bir şey keşfediyorsun, o şeyi o an 7 milyar insan içinde bir sen bir de Allah biliyor". Keşfin tarif edilemez hazzını yaşamak bu olsa gerek!

Böylece, bu iki bayan geçen yıl tüm bilim dünyasını kendilerinden ve buluşlarından bahsettirerek meşgul ettiler.Çünkü, onların buluşu ile, en azından bazı hastalıklar için gen tedavisine bir adım daha yaklaşmış olduk.

Daha önceki genom edit etme araçları olan TALEN (transkripsiyon aktivatörüne benzeyen nükleazlar)  ve ZFN (çinko-parmak nükleazlar) metotlarına göre, bu metot çok daha hassas ve uygulaması çok daha kolay. Herhangi ilgilendiğiniz bir gen veya genom göre kendiniz dizayn edebileceğiniz gibi, sistemi nispeten ucuza da ısmarlayabiliyorsunuz. Benim görüşüm, bu iki bayanla beraber TALEN veya ZFN’yi keşfeden bir kişi de nobel ödülü alacaktır. Bildiğiniz gibi, Nobel Bilim Ödülleri belli bir alanda (Fizik, kimya, Biyoloji (Tıp)) en fazla 3 kişiye veriliyor.

Ancak, şu günlerde CRISPR-Cas dahil bu çeşit genom veya gen edit etme araçlarının etik yönü, gelecek kuşaklar üzerindeki etkisi vs. oldukça tartışılma konusu. Özellikle, Mendelyan davranışla geçen tek gene dayalı birçok genetik hastalığın nokta atışı ile bu sistemlerle düzeltilebileceği düşünülüyor. Ancak, bu çeşit düzeltmeler RNAi terapilerinin tersine, embriyonik safhadaki hücrelerde yapılır.

Şöyle bir örnek vereyim: tek genle geçen kistik fibroz, orak hücre anemisi, Huntington hastalığı gibi hastalıkları düşünün (esasen insanda bu şeklide tek genle geçen 6 bin kadar hastalık var).  Bu hastalıklarda, genin mutasyona uğramış bölgesi için bir “Rehber RNA” ve Cas enzimini kodlayan bir sistem oluşturuyorsunuz (genellikle plazmit). Hücrede (örn., embriyonik hücrelerde) ifade edildiğinde, bu sistem çekirdeğe girip ilgili genin kusurlu (mutasyon taşıyan) bölgesine bağlanmakta ve Cas enzimi DNA’yı o bölgeden kesmektedir. Bunun sonucu hücrenin normal tamir mekanizması devreye girmekte ve o bölgeyi onarmaktadır. Böylece, embriyodan gelişen fetüs, bebek, birey yaşamı boyunca hiç ilaca gerek duymadan normal yaşamını sürdürmektedir. Çünkü genetik hastalığı gen seviyesinde tamir edilmiştir ve başlangıçta birkaç hücrede yapılan bu düzeltme (gen editing) tüm 100 trilyon hücreye ve muhtemelen cinsiyet hücrelerine de (sperm ve yumurta) geçmiştir. Dolayısı ile kişinin genetik kusuru düzeltildiği gibi, ondan olacak çocuklarda da o genetik hastalık muhtemelen olmayacaktır.

Bu çeşit doğrudan insanlardaki kullanımlarının yanında, bu uygulamalarla kaliteli ve bol meyve, sebze, et, süt vb. birçok başka ürün üretilebileceği düşünülmektedir.  

Ancak, bitirirken şunu belirteyim. Bu sistemin kötü kullanımlarının da olabileceği (örn., “tasarım bebekler”) düşünülmektedir. Yine, düşük bir ihtimal de olsa, bu tür uygulamalar hedef dışı bazı değişikliklere de sebep olabilir. Dolayısı ile bu sistemlerin gelecek nesillerdeki tahrip edici sonuçlarının da iyi düşünülüp tartışılması gerekecektir. 

İlgili konuda bir videoyu keşfeden iki kişiden birinden (Jennifer Doudna) izleyebilirsiniz:

15 Ocak 2016

Dünyamızın Ateşi Yükseldi mı? Düştü mü? Küresel iklim değişikliğinde son 500 milyon yıl

(Büyütmek için resmin üzerini tıklayın)
Yorum!


13 Ocak 2016

Bir Üniversite Nasıl Geri Bırakılır? Diriden Çok Ölüye Önem Vererek!

Şimdi hemen diyeceksiniz ki, ölülerimizden dualarımızı mı eksik edelim? Haşa... Tabi ki onları özlem ve rahmetle anar ve günümüzü onlara borçlu olduğumuzdan minnet duyarız.

Ancak, bir taşra üniversitesi düşünün ki çalışanlarının en az %50'si bulunduğu kentten ve hemen her gün çalışanların elektronik posta kutuları şöyle mesajlarla dolup taşıyor:

Falancanın babası, annesi, kayınvalidesi, kayınpederi, amcası, dayısı, dayısının kızı, eniştesi, eniştesinin hanımı, bilmem falanın filanı, filanın falanı vefat etmiştir. Cenazesi X mezarlığında falan gün defnedilecektir. Bunun için servisler filanca yerden falanca saate kalkacaktır vs.. vs.. vs..

Tabi, işten kaytarma peşinde olan uyanıklar! için bu “dokuz köye… duyurular” bulunmaz bir fırsattır. Tanıdık veya tanımadık bu cenazelere gitme bahanesi ile mesailerini bırakır, daha mezarlığa gitmeden servislerden inerler. İnsafsızlık yapmayalım, bazıları biraz daha sabrederek defin sonrası servislerden iner ve şehirde günün keyfini kendilerince çıkarırlar.

Bu türden duyurular esasen cenaze sahiplerine maddi ve manevi büyük yük getirir. En acı günlerinde, hayatlarında iki kere merhaba etmedikleri bir otobüs dolusu insanı karşılamak, ağırlamak, yedirmek, içirmek, yolcu etmek, vs.

Tabi takdir edersiniz ki, bu durum büyük iş gücü kaybına, çalışmaların aksamasına neden olur. Sonra oturup düşünürüz. Neden sayımız arttı da, marifetimiz artmadı?

İnsanlara (en azından idari personele) her sabah mesaiye gelme formları imzalatırsınız, ancak öğleden sonra ortadan kaybolduklarında nerede bu adamlar? dersiniz. Tabi, insanlara bu şekilde bir suiistimal yolunu kendiniz açtığınız için, kişi “cenazeye gittim” deyince yapacağınız bir şey de yoktur…

Bu duyurular olmazsa ne olur?

Çok güzel olur… Vefat eden insanın en yakın arkadaş, dost ve ahbabı zaten haberdar olacaktır. Sizin ayrıca dünya âleme bir duyuru yapmanıza gerek duyulmaz. Vefat eden, kurumda çalışan biri ise ilgili birim çalışanlarına bir başsağlığı mesajı web sayfasında yazabilir.

Velhasıl… Allahım! sen aklımıza mukayyet ol.

7 Ocak 2016

Üniversitelerimizin Geri Kalmışlığındaki En Büyük Neden: Rektör Atamaları, Akademik ve Diğer İdari Kadroların Belirlenmesi

Doktoramı yurtdışında yapıp yurda döneli 20 yıl olmuş. Bazen bakıyorum da, bölümümüzdeki özellikle 1. sınıf öğrencilerinin çoğu henüz 20 yaşında değil. Yani, kısaca yaşlanmışız!… Bu 20 yıl içinde, kendi üniversitemde birkaç rektör ve birçok akademik ve idari eleman gördüm. Tabii kendim de bunlardan biriyim.

Peki 20 yıl öncesine kıyasla, Türkiye’deki üniversiteler gün itibarı ile istenen seviyede mi?

Üniversite sayısına bakarsak göz alıcı bir değişim: 1996 yılında 60 olan üniversite sayısı 3 katından fazla artarak bugün 193 olmuş.

Peki, ülkelerin yüksek bilim ve teknolojisini üreten ve dolayısı ile ekonomilere yüksek katma değer sağlayan üniversiteler ülkemizde aynı görevleri hakkı ile yerine getirebildi mi?

Cevap: En iyimser ifade ile “Belki bir arpa boyu yol aldık”.   Kötümser cevapta ise bu cümle “almadık” yüklemi ile bitecekti.

Gözlemlerime göre, üniversitelerimizin bu acınacak durumda kalmalarında en büyük sebep üniversitelerin yine kendileri… Peki nasıl?

Liyakate göre değil; yalakalık, dirsek teması, sadakate göre her şeyi ölçüp biçmemiz.

Başlayalım…

Amerika’nın en saygın 8 üniversitesinin bulunduğu “Sarmaşık Ligi” üniversiteleri ve genel olarak diğer üniversiteleri akademik ve idari kadrolarını nasıl doldururlar?

Objektif ilanlarla. Hem de bu ilanlara sadece Amerika’da yaşayanların başvurması da gerekmez. Kendine güvenen tüm dünya insanları başvurabilir.

Örnek: Harvard Üniversitesi.

Rektör seçimi için bir “aday belirleme komitesi” oluşturur ve bu komite NATURE ve SCIENCE gibi “etki faktörü” 40 olan dergilerde ilana çıkar. (Hemen şunu belirteyim, tamamı ülkemiz bilim insanlarından oluşan ve ülkemizde yapılan bir çalışmaya dayalı bu dergilerde yılda ya bir yayın görürsünüz ya da görmezsiniz (bkz. Web of Science)).

Aday Belirleme Komitesi başvuruları değerlendirir ve seçilen 3-5 potansiyel rektör adayı üniversitenin Mütevelli Heyeti önünde projelerini ve projelerindeki hedeflere nasıl ve ne zaman ulaşabilecekleri konusunda sunum yaparlar. Böylece Mütevelli Heyeti üniversiteyi geleceğe taşıyacak sorumlu bir rektör atar (Amerika’da “Rektör” terimi kullanılmaz. Bunun yerine, “Üniversite Başkanı” terimi kullanılır). Rektörün görevde kalması, onun başlangıçta kabul gören hedeflerine ne derece vardığı ile doğrudan ilişkilidir ve uygun görülmezse normal süresi bitmeden görevi biter.

Göreve böyle gelmiş rektörler tabi ki, hedeflerine ulaşmak için en iyi bilim adamlarını devşirme ve en yetenekli ve vizyoner yöneticilerle yol almaya çalışırlar. Bunun için, her derecede akademik kadro için ilanlar yukarıda belirttiğim gibi yapılır ve ilgili herkes başvurabilir. Böylece, Amerika’nın hemen her üniversitesi idari ve akademik olarak kozmopolit, heterojen bir yapı gösterir ve her eyalet ve hatta her milletten bilim insanının rekabetçi çalışmasına ortam sağlar.

Bu durum; bizde dirsek teması ve sadakate dayalı olarak gerçekleşen ve “belli bir adayın çalışmasına” göre ilanların yapıldığı sisteme hiç benzemez. Unutmayalım ki “bilimsel seviyeye” değil de, bu tür neredeyse “adayın ayakkabı numarasına” göre yapılan alım ve atamalar ile "evrensel" değil "lokal" şehir üniversiteleri yaratırız. Öreneğin, kendi üniversitemde akademik personelin bile % 50 kadarının Malatya'lı olduğuna bahse girerim. Bu durum, kurumlarda hemşehriciliğe, tembelliğe, çürümüşlüğe sebep olur ve ilk önce o kuruma, uzun vadede ülkeye zarar verir.

Sonra oturup kara kara düşünürüz: Neden bir iPhone üretemiyoruz? Neden Nature ve Science’ta yayın yapamıyoruz? Neden yüzlerce insanın alın teri ile üretilen 1000 gömleği satarak eloğlundan sadece 1 adet yüksek teknoloji ürün alabiliyoruz? Neden hiçbir üniversitemiz dünyada ilk 100'e girmiyor? Neden? Neden? Neden?

Önümüzdeki 20 yılda umarım bu NEDEN'ler yok olur veya en azından sayıları azalır... 

30 Aralık 2015

Yılın Buluşu: Gen ve Genom Edit Etme

Hemen tüm bilim haberi ve yayını yapan sitelerde 2015 yılının en büyük buluşu olarak 2005 yılında keşfedilen CRISPR-Cas9 verildi.

Peki nedir bu her yerde bahsedilen CRISPR-Cas9?

Bizim için yeni olsa da bu olay bakteriler tarafından milyonlarca (eğer birkaç milyar değilse) başvurula gelen ve bakterileri yabancı düşmanlarına (örn, virüslere) karşı koruyan doğal bir bağışıklık sistemidir (insandakine benzer).

Ancak, insanoğlunun birçok genetik  (özellikle Huntington hastalığı gibi tek genle geçen) hastalığı ortadan kaldırma potansiyeli olduğu düşünülen bu olayı keşfetmesi için birkaç milyar yılın geçmesi gerekirmiş. 

Elli yıl önce, rekombinant (yeniden birleştirme) DNA devrimi yine bakterilerdeki kısıtlama (restriksiyon) enzimlerinin keşfedilmesi ile başlamıştı. Bu enzimler sayesinde modern biyoteknoloji endüstrisi doğudu ve günümüzde insülinden interferona ve büyüme hormonuna kadar kullandığımız birçok ürünün bakterilere yaptırılması mümkün oldu.

On yıl önce ise bilim adamları, bakterilerde kümelenmiş ancak düzenli serpiştirlmiş kısa ters tekrarlar içeren ve "rehber RNA" olarak adlandırılan RNA içeren bir Cas enziminin varlığının olduğunu ve bunun hücreye giren yabancı DNA'lara karşı bir savunma mekanizması olarak işlediğini gösterdiler.

(Büyütmek için resmin üzerini tıklayın)

Dolayısı ile uygun rehber RNA'lar kullanılarak herhangi bir gendeki belli bölgenin hedeflenebileceği ve uygun şekilde değiştirilebileceği anlaşıldı.

Böylece, dizayn edeceğimiz RNA'ların Cas sistemi ile bir araya getirilmesi ile genomun veya genin istenen bölgesi hedef alınabilr ve değiştirilebilirdi. Öyleki, tek bir harf (nukleotid) değişkiliği yapmak bile bu sistemle mümkün gibi görünüyor.

Bu sistemin ileride klinik kullanıma sunulması ile birçok genetik hasatlığın daha embriyo safhasında düzeltilebileceği düşünülmektedir. Yani, bu sistemin gen tedavisinden "tasarım bebekler"e kadar etik veya etik olmayan birçok yönde (iyi veya kötü) kullanım potansiyeli bilinmektedir.

Ancak, henüz günümüzde bu mümkün görülmemekte ve hatta mümkün olsa bile, bu sistemle yapılacak bir genetik değişikliğin ilgili bireyin ilerideki yaşamı ve onun soyu konusunda bir ton cevaplanması gereken soru bulunmaktadır. Örneğin, bu sistemle yapılacak bir genetik düzeltmenin ileride kalıcı kalıtsal değişikliklere neden olabileceği kuşkusu vardır. 

Ancak, bana göre bu keşif konusunda kesin olan şey, onun kaşifleri olan Jennifer Doudna and Emmanuelle Charpentier'e uzun yıllar beklemeden bir Nobel Ödülü kazandıracağıdır.
CISPR-Cas genom edit etme tekniği ile ilgili bir video kaydı aşağıda izleyebilrsiniz:

23 Aralık 2015

İki Emekli Bilim Adamının Hikâyesi: Genetikçiye karşı Biyokimyacı

Biyokimyacı DOUG ve onun genetikçi arkadaşı (ki onu kimse tanımaz) iki emekli Profesördür. Bir tepenin eteğinde bulunan evlerinde her sabah kahvelerini içerken ve her öğleden sonra biralarını yudumlarken DOUG ve genetikçi arkadaşı birçok bilimsel konuyu tartışır ve kafa yorarlarmış. 

Bir sabah, sohbetleri hemen evlerinin aşağısında kurulu olan bir araba fabrikası üzerine yoğunlaşmış. DOUG ve arkadaşı sabah fabrikaya bir kısmı tulum giymiş işçi, diğerleri takım elbise-kravatlı, ellerinde Bond çanta iki grup insanın girdiğini ve akşama doğru fabrikanın diğer ucundan yeni arabaların çıkıp, sağa dönüp bir park yerinde dizildiklerini izlerlermiş.

Ömürlerini üniversitede araştırma ile geçirmiş DOUG ve genetikçi arkadaşının arabaların nasıl çalıştığı konusunda en ufak bir fikirleri yokmuş. Her ikisi de buna iyice kafayı takmış ve farklı alanlardan gelen bilgi birikimleri ile arabaların nasıl çalıştığını anlamak için farklı çalışma metotları denemişler. 

DOUG zengin bir adam olduğu için (biyokimyacıların çoğu gibi) hemen 100 araba satın almış, hepsini eritmiş ve analizleri sonucu eritilmiş maddenin % 10 cam, % 25 plastik ve % 60 çelikten meydana geldiğini ve ayrıca % 5 oranında bilinmeyen maddelerden oluştuğunu belirlemiş. DOUG arabaların hangi materyallerden ve hangi oranlarda yapılmış olduğunu belirlediği için buna çok sevinmiş. Bir sonraki fazdaki çalışmasında, bu belirlediği kimyasalları bulduğu oranlarda karıştırdığında nasıl bir sonuç çıkacağını merak etmiş. Dolayısı ile sabah kahvesi ile öğleden sonraki bira molaları arasındaki zaman içinde oldukça yoğun çalışmaya başlamış. Ancak, uygun oranlarda karıştırdığı bu materyallerden her defasında arabaya benzer herhangi bir şeyin çıkmadığını görünce de hayal kırıklığı yaşamış. 


Bu sırada fazla çalışmaya alışık olmayan DOUG’un genetikçi arkadaşı (genetikçilerin çoğu gibi) daha ucuz ve daha az yorucu bir metodu denemekle meşgulmüş. Bir gün sabah kahvesinden önce yamaçtan aşağı inmiş ve tulumlulardan gelişi güzel birini seçmiş, ellerini bağlamış.

Kahvelerini içtikten sonra biyokimyacı tekrar iş elbisesini giyip, alev makinesi ile yeni materyaller eritip bunların kimyasal analizlerini yapmaya koyulurken, genetikçi ikinci bir kahve eline alıp evin etrafında bir tur attıktan sonra oturup Genetik dergisinin son sayısına bakmaya koyulmuş. Ancak, bu sırada aklı da elini bağlamış işçiden yoksun çalışacak fabrikada imiş ve ne olacağını merakla düşünüyormuş.

O gün öğleden sonra her ikisi biralarını yudumlamak için oturduklarında, DOUG terini silip şöyle bir nefes aldıktan sonra genetikçi arkadaşına dönmüş ve heyecanla anlatmaya başlamış:

“Bu günkü çalışmalarımda özellikle sürekli olarak % 25 plastik fraksiyonu ve % 75 oranında çelik fraksiyonu olan bir parça ile karşılaştım ve bu parça şu şekilde bir şey (bu sırada önündeki peçetenin bir köşesine bir direksiyon şekli çizmiştir). Şu sıralar, bunun herhangi bir aktiviteye sahip olup olmadığını anlamak için bu karışıma cam fraksiyonu ekliyorum. Her ne kadar şu ana kadar pek bir şey bulamadıysam da, cam fraksiyonunun ilavesi ile umarım bir yerlere varırım. Eğere elimde daha büyük bir alev makinesi olsaydı belki daha iyi sonuçlar elde ederdim”

DOUG bunları anlatırken, genetikçi arkadaşının bir kulağından girip öbüründen çıkıyormuş. Çünkü onun aklı fabrikadaymış. Akşama doğru arabalar birleştirme platformundan çıkıp, park yerine dizilirken hemen bir şey fark etmiş. Tüm arabalarda yan camlar takılı fakat ön ve arka camlar yokmuş. DOUG’ın konuşmasını bitirmesini bekledikten sonra (genetikçiler çok kibar konuşmacılardır) genetikçi DOUG’a dönüp;

“Bu gün iki gerçeği belirledim. Ellerini bağladığım işçi arabaların ön ve arka camlarını takmaktan sorumlu ve ayrıca ön ve arka camların takılması yan camların takılmasından bağımsız bir proses”

Ertesi gün, genetikçi başka bir işçinin ellerini bağlar ve akşama doğru platformdan çıkan araçların park yerinde biri birinin üzerine yığıldıklarını ve bu arabalarda tek bir şeyin eksik olduğunu görür: biyokimyacının kendisine bir gün önce göstermiş olduğu DİREKSİYON.

O gece genetikçi DOUG’ı dehşete düşürecek sonuçlar açıklar: direksiyonlar arabaların sağa sola döndürülmesinden ve ellerini bağladığı ikinci işçi ise direksiyonları monte etmekten sorumludur.


Başarılarından cesaret alan genetikçi, ertesi sabah takım-elbise, kravatlı ve bir elinde Bond çanta diğerinde bir lazer pointer olan birinin (ki bu fabrikanın müdür yardımcısıdır) ellerini bağlar. O akşam DOUG ve genetikçi bunun arabalar üzerinde ne gibi bir etki ile kendini göstereceğini heyecanla beklemeye koyulurlar. Bu sırada her ikisi de belki de hiç araba oluşturulamayacağı konusunda spekülasyon yaparlar. Ancak, o akşam çıkan arabalarda herhangi önemli bir eksiklik olmadığını gördüklerinde oldukça şaşırırlar. Bunun üzerine, ertesi sabah her ikisi elerine ipleri alıp, fabrikaya giren bütün takım-elbise, kravatlı ve Bond çantalıları bağlarlar ve akşama yine önemli bir eksiklik olamadığını keşfederler.

Bu yazının orijinali için bkz.: Üniversite ve Toplum

Test edilemeyen fikir ve teoriler bilim sayılır mı?

Bu konularda rekor hiç şüphesiz ki Fizik alanında. Fizikçilerin akla yatkın ve güzel formüllerle izah ettiği o kadar çok teori ve hipotezleri vardır ki bunlar ne yanlışlaşabilir ne de doğrulanabilirler. Birkaç örnek: “Sicim Teorisi”, “Big-Bang”, “Çoklu Evren Kuramı”, vs.

Şüphesiz insanoğlunun birkaç yüz yıl önce gözlemleyebildiği cisimler santimetre veya milimetre boyutunda iken, bugün santimetrenin trilyonda biri (10-12 cm) gibi atom-altı parçacıkları belirleme noktasına erişilmiştir. Uzak mesafeleri görmek için de benzer şeyler söylenebilir. Ancak, modern fiziğin dayandığı birçok teori (bunların bazılarına belki varsayım da diyebiliriz) ne yazık ki, bu sınırların ötesi için ileri sürülmüş ve günümüz teknolojisi ile kanıtlanmaları imkânsızdır.

(Büyütmek için resmin üzerini tıklayın)

Sanırım bu nedenledir ki, fizikçiler muazzam hayal güçleri ile bu bilinmeyen bölgelerde gezinerek olur olmaz teorilerini ileri sürmekte ve tabiri caizse “bir delinin kuyuya attığı taş, kırk akıllıyı da ömürleri boyunca meşgul etmektedir”. Bu teorilerden bazıları kanıtlansa bile, dünyamızın iyiliğine ne katkı sağlayacakları şüphelidir. Ancak, fizikçilerin çoğu sanırım tersini düşünmekte! Çünkü onlara göre,  örneğin Biyoloji biliminin nispeten az gelişmiş olmasının temelinde bu alanda çok az sayıda teori üretilmesindendir.

Fizikçilerin bu savı belki ilerdeki bir yazımın konusu olacaktır.

Yazımı bir Biyolog'dan bir alıntı ile bitireyim:
Sabit fikirlere dayanan teyit edilmesi imkânsız teorileri akılda tutmaktansa, hiç bir şey bilmemek daha iyidir.
-Claude Bernard (1813-1878)

29 Kasım 2015

100+ yıl yaşamak ister misiniz? (2)

İlk yazımda da (bkz. 100 yıl yaşamak ister misiniz? (1)) belirttiğim gibi toplumlarda "asırlık" insanların sayısı oldukça azdır. Örneğin dünya ortalaması 1 milyon nüfus başına sadece 40 kadardır ve ülkemizde ise 3000 kadar 100 yaş ve üstü insan vardır.

Peki bu insanların ortak özellikleri var mı? Uzun yaşam onların genlerinden mi yoksa çevresinden mi kaynaklanıyor? Yoksa her ikisi mi? Unutmayın, Çevre deyince sadece fiziki çevreyi kast etmiyorum. Yediğimiz içtiğimiz her şey, yaşadığımız ortam, arkadaşlarımız, soluduğumuz hava, yani genler hariç bu dünyada tecrübe ettiğimiz her şeyi kastediyorum.

Her ne ise, konuyu daha fazla eğip bükmeden sadede gelelim.

Bir kere şu andaki genetik yapımız ve dünyamız (yani çevre) göz önüne alındığında, 100 yaş yaşamak gerçekten olağanüstü bir şey. Çünkü, vücudumuz özellikle 50 yaştan sonra hızlı bir yıkıma uğrar ve ne yazık ki kendini çok az tamir eder. Diğer bir deyimle 100 yaşına doğru, bir tepeden aşağı giden, freni ve sürücüsü olmayan ancak hala tekerleri üzerinde olan bir araca benzeriz. Dolayısı ile 100 yaşına varmak o kadar zordur ki, 105 yaşına gelenlere "süper sentenerianlar" deniyor. Çünkü, bu yaşta bir günü bile yaşamak başarıdır. Genç bir birey için 5 yıl daha yaşamak nasıl olağan bir şeyse, 100 yaşlarına gelmiş bir bireyin 1 veya 2 yıl daha yaşaması aynı derecede olağan dışı bir şeydir.

Gelelim bizim bunu nasıl başarabileceğimize. Ne yazık ki bu, ne tek başına genetik tabanımızın sağlamlığına ne de tek başına çevreye bağlı. her ikisinin de ömür uzunluğunda büyük rol oynadığı aşikar. Yani sağlam bir genetik profiliniz yoksa, siz ne kadar iyi beslenirseniz veya cennet-mekan ortamlarda yaşarsanız yaşayın asırlık biri olamayacağız. Aynı şekilde, sağlam bir genetik dizgimiz olabilir, fakat hiç bir zararlı alışkanlıktan imtina etmiyorsak pek uzun yaşamayacağız demektir. Yani, genetik dizgimiz yazgımız değil.

Özür dileyerek sadede geleyim.

Asırlık insanlar üzerinde yapılan çalışmalar çok yeni. Bu çalışmalardan, gen-dışı çevresel faktörleri inceleyenlerin "asırlık" insanlar için elde ettikleri bazı ortak bulgular var (tabi ki bu uzun yaşayan insanların da kendine ait birinen diğerine farklı olan alışkanlıkları var).

Bu ortak özelliklerden en öne çıkan ikisi, hepsinin dingin bir hayatının (kaliteli bir uyku ve uyanıklık hali) olması ve beslenmede günlük gerekli olan kalorinin minimumu ile idare ediyor olmaları. Bu da vücuda alınanın tamamen kullanımı demektir. Gerçekten de, son çalışmalar yüksek kalorinin hücre ve vücudumuz üzerinde yıkıcı bir etki yarattığı ve bizi birçok hastalığa duçar ettiği yönünde. Çünkü, vücudumuzun ihtiyaç duyduğundan fazlasını aldığımızda, ortaya çıkan birçok ürün ve yan madde (kimisi zararlı) ile hücrelerimiz uğraşıp durmakta ve onu şekilden şekle sokmaktadır. Buda hücreyi ve genelde organizmayı zamanla yıpratır ve birçok şeye karşı hassasiyetini bozar.

Bu asırlık insanların genetik profilleri de onların uzun ömürleri için ipuçları veriyor. Bir kere hiç birinde kalp damar hastalıkları ve sinir dejenerasyonunda rolü olan genlerde ölümcül mutasyonlar (hasar) yok.

Lafı fazla uzatmadan (her ne kadar zaten uzadı ise de!) demem odur ki, uzun yaşam ne yazık ki tamamen elimizde olan bir şey değil ve uzun yaşamak için "git şunu yap, bunu yapma" diyecek sihirli bir formül de henüz bulunmamakta. Dünyamızın sonunu hep beraber getirmez isek (global iklim değişikliği vs)  ileride çocuklarımız ve torunlarımızın bizden daha uzun yaşamaları olası. Çünkü, unutmayalım ki 50 yıl öncesine göre (basit bir enfeksiyondan insanların öldüğü zamanlar), bugünkü yaş ortalamamız % 50 artmış bulunuyor (50 olan yaş ortalaması şimdilerde 75'lerin üzerinde).

Ha, şunu da unutmayalım. Acaba, biz uzun yaşarsak çocuklarımızda uzun yaşar mı? Bu ebklenen bir durum olmakla beraber bazen tersi de olabiliyor. Çünkü, genlerimiz de bazen "bencil" davranıyor. Örneğin, bir annenin karnındaki bebeğe karşı bu "bencil" genler devrede. Onu, fazla büytmeyecek ki, rahat doğurabilsin. Yoksa sonuç her ikisi için de felaket olur. Bu nedenledir ki, yapılı bir anne hiç beklemediğimiz minik bir bebek doğurabiliyor.

Dolayısı ile asırlık insanarın da çocuklarının çoğu toplum ortalamasında bir ömür uzunluğuna sahip. Acaba "bencil genler" burada da  devrede mi?

İslam Dünyası Bilimde Neden Bu Kadar Geri?

İslam Dünyasının bilime yön veren rolü neredeyse 700 sene önce sona erdi. Adı geçen dünyada, özellikle 8. ve 13. yüzyıllar arasında "altın çağ"ını yaşayan bilim, nasıl oldu da bugünlere geldi: geri, içine kapanık ve ciddiye alınmayan.

Buna sebep olan nedenler konusunda birçok tartışmanın yapılmış olduğu, yazının yazıldığı, yayının yapıldığı aşikar. Ancak, bu konuda geçen ay Nature dergisinde çıkan bir yazıyı kısmen yorumlarımı da katarak kısaca görüşlerinize sunayım.



  • Dünyadaki 57 İslam ülkesinin nüfusu, dünya nüfusunun yaklaşık % 25'i. Ancak, 2012 itibarı ile bu ülkelerin aldıkları patent sayısı tüm patentlerin sadece yaklaşık % 2'sini,  çıkardıkları yayınlar toplam yayınların % 6'sını ve araştırma harcamalarının ise dünyanın sadece % 2.4'ne denk geldiğini görüyoruz. Dünyada yaklaşık 200 ülke olduğu kabul edilirse (veya nüfus göz önüne alınırsa), bu rakamların İslam dünyası için yaklaşık % 25'lerde olması gerekirdi.
  • Daha da acınacak halimiz tüm İslam dünyasında bilimde alınan Nobel Ödülü sayısının sadece 3 olduğudur (Mohammad Abdus Salam (fizik 1979), Ahmed Zewail (kimya 1999), Aziz Sancar (kimya 2015)) . Buna Nobel Ekonomi, Edebiyat ve Barış Ödüllerini de dahil ederseniz islam dünyasının bugüne kadar aldığı toplam Nobel sayısı 12'dir. Gurur duymalıyız ki, bu 12 ödülden 2'si ülkemiz insanına aittir (Orhan Pamuk ve Aziz Sancar)
  • Dünyadaki nüfusu yaklaşık 1.5 milyar olan Müslümanların 12 Nobel ödülüne karşı, acaba tüm dünyada sayısı sadece 35 milyon olan Yahudilerin kaç Nobel Ödülü var. Tamı tamına 170.
  • İslam ülkelerin dünyadaki "top 400 üniversite"si arasında sadece 10 kadar üniversitesi, ilk 100 üniversite arasında ise hiç üniversitesi bulunmamaktadır.
  • İslam ülkelerinde gayri safi yurt içi hasıladan araştırma ve geliştirmeye ayrılan pay ortalama % 0.5 iken, gelişmiş ülkelerde bu oran % 2-3'lerde seyretmektedir.
  • İslam ülkelerindeki ders kitaplarının çoğunun miyadını doldurmuş olduğu (10 yıllık kitapların hala okutulduğu) ve eğitim öğretim metotlarının eski usulle devam ettiği belirtilmektedir (Bu bağlamda şunu unutmayalım: Bilimde kitabın yenisi, tarih ve felsefe gibi sosyal bilimlerde ise kitabın eskisi makbuldür).
  • İslam dünyasında yapılan yayınlar çok daha az "atıf" almaktadır. Örneğin, Güney Afrika ve İsrail'in yayın başına aldığı atıf sayısı, biz İslam ülkelerinin sırası ile yaklaşık 2 ve 3 katıdır. (Bu, sadece yayın olsun da ne olursa olsun mentalitemizi gösteriyor).
Peki bütün bu geri kalmışlığın nedeni bu rakamlar mı? Yani, İslam ülkeleri GSMH'larının % 5'ini bile araştırmalara harcasalardı durum çok mu değişik olacaktı? Hey hat! olmazdı... Para ile akıl alınmıyor çünkü...

Şapkamızı önümüze koyup düşünürsek, her konuda gittikçe marjinalleşen (radikalleşen) biz İslam ülkelerinde bu duruma gelinmesi gayet normaldir. Çünkü, bilim ve teknoloji  sadece her tür görüş ve düşüncenin (absürd bile olsalar) serbestçe  tartışılıp konuşulduğu, kimsenin kimseyi düşünce ve dünya görüşü ile yargılamadığı ortamlarda büyür ve gelişir. 


Biz İslam ülkelerinde kimin neyi bildiği (yani liyakat) önemli olmayıp, kimin kimin adamı olduğu (yani yalakalık) önemli olduğu sürece, başkalarının kuyruğu olunmaya devam edeceğiz. 


Kitapları 500 yıl boyunca batı dillerine çevrilen ve üniversitelerinde ana ders kitapları olarak okutulan İbn-i Sina'nın bir sözü ile bitireyim:


"Bilim ve Sanat taktir edilmediği yerden göç eder". 


Her milleten bilim adamını devşirmiş, 100 yıl gibi bir sürede dünyanın bugünkü bilim ve teknolojideki (tabi ekonomideki) süper gücü haline gelmiş ve her yıl Nobel ödüllerini süpürüp götüren Amerika acaba bunu yukarıdaki manada bir "takdir"le mi başardı?

Çünkü, bilimde Nobel Ödülü alan yukarıda adını verdiğim 3 Müslüman bilim adamı kendi ülkelerinde değil, ABD'de yaptıkları çalışmalarla bu ödülü aldılar.

18 Kasım 2015

100+ yıl yaşamak ister misiniz? (1)

Toplumlarda belli nüfus başına 100 yaş ve üzeri insanların sayısının 2050 yılında bugünkünün 3 katı olacağı tahmin edilmektedir. "Centenerian" denen bu 100 ve üstü yaşındaki "asırlık" insanların sayısı günümüzde hiç de sandığımız kadar çok değil.

Tüm dünyada 100 yaş ve üstü yaşayan insanların bugünkü sayısının yaklaşık 300,000 olduğu düşünülmektedir. 2014 yılında nüfusu 7 milyarı bulan dünyamızda bu "asırlık" insanların toplam nüfusa oranı milyon nüfusta sadece 40 kadardır. Bu orana göre, Türkiye'de sadece 3000 kadar asırlık insan bulunmaktadır. Bir kıyaslama yaparsak, belli nüfusa oranla en çok asırlık insan bulunan Japonya'da 60 bin asırlık insan bulunmakta olup, bu 100 bin nüfusta yaklaşık 40 kişi demektir (dünya ortalamasının 10 katı!)

Toplumdan topluma biraz farklılık gösterse de, genel olarak bir asır ve daha yaşlı kadın sayısı erkeklerden 5 kat fazladır. Biz erkekleri mahveden, cinsiyet hormonlarından başka bir görevi olmayan küçük bir Y kromozomu taşımamızdır. Halbuki, kadınlarda bunun yerine ikinci bir X kromozomu vardır ve birinde bir arıza oluşursa diğeri onun etkisini telafi etmektedir. Erkeklerde ise ne yazık ki sadece bir adet X kromozomu bulunmaktadır.

Bu arada cinsiyeti belirleyenin (yani doğacak çocuğun kız mı ya da erkek mi olacağını) sadece baba olduğunu da bilmemiz gerekir.Dolayısı ile 5 kız sahibi olup da, eşim erkek doğurmuyor deyip yeniden evlenen veya kuma getiren erkeler için bu beyhude bir çaba!

Gelelim konumuz asırlık insanlara.

  • Asırlık insanların ortak özelikleri var mı?
  • Uzun yaşamın en önemli faktörleri (genetik ve çevresel) neler?
  • Son çalışmalar neyi işaret ediyor?
Bunlar ve diğer hepsi bir sonraki yazımızın konusu ...

16 Kasım 2015

Bağırsağımız Beynimizdir!

Son çalışmalar, bağırsak floramızın (bağırsaklarımızda yaşayan bakteri, virüs vd mikroorganizmalar) kişiliğimizi şekillendirme konusunda büyük pay sahibi olduğunu ortaya koymaktadır. Hatta bu görüşün en ileri haline göre, bizler bağırsaklarımızda yaşayan bu mikropların kölesiyiz: onalar bize neyi emrediyorsa onu düşünüyor ve yapıyoruz.

Örneğin, obezite, şeker hastalığı, kanser ve hatta günlük moralimizde bile bağırsaklarımızda yaşayan bu görünmeyen ortaklarımızın rollerinin olduğu düşünülmektedir. Her ne kadar bize görünmezlerse de, vücudumuzdaki bu küçük misafirlerinin kendi hücrelerimizin 10 katı olduğu saptanmıştır (ergin bir vucutta 200 trilyon hücre, 2 katirliyon mikrop bulunduğu hesaplanmaktadır). Dolayısı ile, bazılarına göre vücdümuzun esas ev sahipleri mikroplar, azınlık olan kendi hücrelerimiz ise misafir konumundadır.

Biyokimya konusunda çalışanlar bilirler. Vücudumuzun sağlıklı olması ve devam etmesi için gerekli 20 amino asitten (proteinlerin yapı taşları) ancak yarısını yapabiliyoruz. Vitaminlerin ise hiçbirini yapamayız. Dolayısı ile bu amino asit ve vitaminleri bağırsaklarımızda yaşayan bu faydalı mikroplar yapıp bize sunarlar ya da bunları dışarıdan besinle almamız gerekir. Dolayısı ile sağlıklı bir yaşam için, sağlıklı bir bağırsak florasına sahip olmak gerekir. Hafif bir soğuk algınlığı için hemen antibiyotiklere sarılıp, avuç avuç ilaç almak ve az sayıda raydan çıkmış kötü mikrop için bu faydalı mikropları da vücudumuzdan süpürüp atmak ileride bize pahalıya mal olabilir.

Günümüzde, sağlıklı insanların bağırsak florasındaki faydalı mikropları hasta insanlara nakleden tedaviler bile ortaya çıkmıştır. Probiyotik yoğurtları veya hapları tüketmemizin esas sebebi de bağırsak floramızı tekrar düzeltmektir.

Yazımın başlığı olan "Bağırsağımız Beynimizdir!"e gelince. Gerçekte, bazı virüsler hariç hiç bir mikrop kan-beyin bariyerini geçmez ve doğrudan beyinle temasa gelmezler. Ancak, bağırsaklarımızda yaşayan bu mikropların ürettiği maddeler kanla taşınarak beynimize gelir ve gelen maddenin çeşidine göre beynimizi, düşüncemizi, zekamızı, hafızamızı, hasılı sağlığımızı iyi veya kötü yönde etkiler.

Öreneğin, serotonin, dopa, dopamin gibi hormonların mutluluk, canlılık ve güçlü bir hafıza oluşmasında önemli rolleri var ve bunların iki ünemli üretim yeri var: beyin ve bağırsak. Bağırsak floramız tarafından da yapılan bu şuur şekillendiriciler kana verilir ve beynimize gelir ve orada etkilerini gösterirler. Yani kısaca sağlıklı bir bağırsak florasına sahip ol, mutlu ol.

Bu konuda sayısız örnekten biri de bu mikroplar tarafından "bütirat" yapılmasıdır.  Bir çeşit yağ asiti olan bütirat sinir hücreleri arasındaki bağlantıyı güçlendirerek, kan-beyin bariyerini kuvvetlendirerek sağlıklı bir sinyal transferi sağlar.

Kötü mikropların ise benzer şekilde yatıkları olumsuz ürünlerle agresiflikten tutun, olağan dışı her tür davaranışımızda rolleri olduğu sanılmaktadır.

İnsan Mikrobiom Projesi, genom projesi gibi insanın bağırsak sisteminde (mide dahil) bulunan tüm mikropların genomlarının aydınlatılmasını hedef alıyor. Ancak, "İnsan Genom Projesi"ne kıyasla, "İnsan Mikrobiom Projesi" çok daha zor görünüyor. İnsan Genom Projesinin sonuçları bizlerin genom seviyesinde %99.99 benzer olduğumuzu ortaya koydu. Ancak, mikroplarımızla biri birimize o kadar da benzemiyoruz. Diğer bir deyimle, kimsenin bağırsağındaki mikroplar kimseninkine benzemiyor!!!

Dolayısı ile sormadan edemiyor insan. Acaba fiziki ve davranışsal karakterlerimiz genlerimizden çok mikroplarımızla mı belirleniyor?

15 Kasım 2015

Bilim Dünyasında Büyük Çatlak ve Çatışma: ENCODE Genom Sonuçları

Amerikan Ulusal Genom Araştırma Enstitüsü (NHGRI) tarafından desteklenen ve 2003'te başlatılan ENCODE Projesinin amacı, insan genom projesinden elde edilen bulguları da kullanarak, insan genomunun aktif tüm elementlerini ortaya koymak olarak verilebilir. Bu aktif elementler sadece protein kodlayan genlerle sınırlı olmayıp, aynı zamanda her çeşit RNA (ribozomlar RNAlar, kodlama yapmayan diğer birçok RNAlar) ve DNA'nın başka moleküllerle (RNA, protein, transkripsiyon faktörleri, diğer küçük moleküller) bağlanma bölgelerini de içeriyordu.

ENCODE'in ilk sonuçları 2010'da bir seri makale ile ünlü bilim dergisi Nature'de yayımlandı. Makaleler yayınlanır yayınlanmaz bilim dünyasında bir ŞOK yarattı lehte ve aleyhte birçok yazı ve makale çıktı. Bunun nedeni, ENCODE sonuçlarının insan genomu hakkında o güne kadar bildiklerimize ters sonuçlar ortaya koyması idi.

ENCODE sonuçlarından önce, tüm kitap ve makalelerde genomuzun büyük kısmının "çöp veya atık DNA" segmentleri ile dolu olduğu görüşü hakimdi. Bilgilerimize göre, genomumuzun sadece % 2'lik kısmı protein kodlamasında kullanılıyordu. Protein kodlamayan ve bazı işlevleri olan RNAları da hesaba katarsak, genomun işlevsel kısmının ancak % 10 kadar olabileceği, geri kalan % 90'lık kısmının ise çöp DNA fragmanları ile kaplanmış olduğu görüşü hakimdi.

Ancak, ENCODE sonuçları ile bilim dünyası tam anlamı ile ikiye bölündü. Çünkü bu projenin sonuçlarına göre genomumuzun % 80'den fazlasının bir işlevi vardı. ENCODE araştırmacılarına göre, genomumuzun %10'luk kısmı protein ve çeşitli RNAları kodlasa da, % 70'ten fazlasının sayısız çeşitte protein (örn. transkripsiyon faktörü vs.) ve RNA (örn., kodlama yapmayan mi-RNA'lar, si-RNAlar vs) için bağlanma bölgesi oluşturduğu ve bütün bunların genom aktivitesini etkilediğini ileri sürdüler.

Özellikle evrimsel biyolojiyi çalışan bilim adamları, ENCODE sonuçlarını büyük bir şüphe ile karşıladılar ve bu proje sahiplerinin bilimsel görüşe ters, yaratılışçı teoriyi ileri sürenlerin fikirleri doğrultusunda olduğunu, veri ve yorumlarının dayanaktan yoksun, kendi egolarını tatmin eden türden olduğunu ileri sürdüler. Çünkü, bilim camiasınında yaygın görüşe göre, genomuzun sadece küçük bir kısmı fonsiyonel ve geriye kalan büyük kısmı bize geçmişimizden (bakteri, virüs, vs) kalan mirastı.

Bilim dünyasında ortaya çıkan bu karmaşanın nereye varacağını ileride göreceğiz.

13 Kasım 2015

Alzheimer hastalığı bulaşıcı mı?

 Alzheimer hastalığı bir çeşit sinir hasarı olup, ortaya çıktığı insanlarda gittikçe ağır bir vaka olarak seyreder ve en önemli belirtileri gittikçe ağırlaşan hafıza ve bilinç kaybıdır. Hastalığın büyük ölçüde genetik temelli olduğu ve birçok genle ilişkili olduğu sanılmaktadır. Patolojik bulguların en önemlisi, beyin hücreleri olan nöronlarda (sinir hücreleri) amiloid proteininin birikmesi ve bu hücrelerin elastikiyetini (ve dolayısı ile sinyal akışını) kaybetmesine sebep olmasıdır.  

Son çalışmalar, boy problemi olan ve bu nedenle “büyüme hormonu” tedavisi gören çocukların küçük bir kısmında 40-50 yaşlarına vardıklarında Alzheimer belirtileri olduğunu göstermiştir. Bu hormon, 1980’den önce kadavralar kullanılarak beynin alt tarafında yer alan hipofiz (pituitar) bezinden saflaştırılıyordu. Ancak, bu saflaştırma sırasında hormonun insanlarda Creutzfeldt–Jakob hasatlığına sebep olan “prion” proteinleri ile kirlendiği (kontaminasyon) ve bunun sonucu hormon tedavisi görenlerde amiloid plakaların yapılmasının tetiklediği düşünülmektedir.

Bilindiği gibi enfektif prionlar,  beyindeki normal prion proteinlerini de enfektif prionlara dönüştürürler. 1980’lerde Avrupa’yı (özellikle İngiltere) kasıp kavuran, prionların sebep olduğu ve hayvanların beyinlerini sünger gibi delik-deşik ettiği “deli dana hastalığı”nı birçok insan hatırlıyordur.  Creutzfeldt–Jakob hasatlığı deli dana hastalığının insanlardaki şeklidir.

Alzheimer hastalığında, amiloid yığılmasının hormon tedavisi sırasında prionlarla kontamine olan hormondan kaynaklandığı düşünülmektedir. Hastalığın hormon tedavisi sonrası belirtilerini göstermesi (inkübasyon süresi) yaklaşık 5- ila 40 yıl arasında değişmektedir.


Bu çeşit bir bulaşmanın (yani prion bulaşması) cerrahi aletler ve kan yolu ile hormon tedavisi görmeyen insanlarda da olabileceği ihtimaller arasındadır.  

11 Kasım 2015

İnsanda kaç gen ve kaç çeşit protein var?

Genlerin birkaç farklı türü vardır. Kimisi proteinleri kodlar, bazısı tRNA ve ribozomal RNA gibi RNA'ları kodlar, bazısı ise küçük katalitik RNA'ları kodlar. Şimdi biliyoruz ki, bazı genler ise henüz fonksiyonu bilinmeyen çeşitli düzenleyici kodlama yapmayan RNA'lar (örn., lncRNA’lar) kodlar. Genomumuzda 21,000 kadar potansiyel fonksiyonel lncRNA varsa da, bunların biyolojik önemi henüz tam belli değildir.


Her ne kadar biyologlar genel olarak genlerle proteinleri bağdaştırırlarsa da, binlerce genin son ürünü “kodlama yapmayan” RNA’lardır. Örneğin, taşıyıcı ya da transfer RNA’lar adaptör RNA türleri olup, RNA’nın üçlü (triplet) baz kodunu proteinlerin amino asit koduna çeviriler (buna translasyon denir). Ribozomal RNA  (rRNA)’lar da translasyon düzeneğinin esas molekülleridir. Proteinlere kodlanan mesajcı RNA (mRNA)’ların, ribozomlarda bulunan rRNA’lar sayesinde oraya ribozomlara yerleştiklerini biliyoruz. Hatta, son çalışmalar ribozomlarda iki amino asit arasında kurulan peptid bağının protein yapıdaki enzimlerle değil, bir rRNA (katalitik RNA) türü ile kurulduğunu göstermektedir. Küçük nükleolar RNA (çekirdekçikteki küçük RNA) türleri çekirdekçikte rRNA işlemede ve baz modifikasyonunda görev alırlar. Küçük nüklear RNA’ların intron kesip çıkarmada görevi olan splaysozomda görev aldıkları bilinmektedir.


Diğer kodlama yapmayan RNA’lar içinde telomeraz RNA’sı ve 7SL sinyal tanıma partikülündeki RNA gibi biyokimyasal fonksiyonu bilenenler olduğu gibi, X kromozomu dozu ayarlamada rolü olan Xsit RNA’sı ve ribozomun neredeyse 3 katı büyüklüğü olan ancak işlevi bilinmeyen kubbeli ribonukleoprotein kompleksindeki küçük RNA’lar da bulunmaktadır.

Bundan dolayı, insan genomundaki genlerin sayısını tahmin etmek zordur. Geçen 20 yıl boyunca, insan genomundaki protein kodlayan genlerin sayısı yaklaşık 30,000’den 20,000’e kadar düştü. Güncel hesaplamalar, proteinler için yaklaşık 20,000 gen ve fonksiyonel RNA'lar için yaklaşık 5000 gen olduğunu göstermektedir. Kütle spektrometresi tekniği ve iyi açıklamalı genom dizilerinin varlığı sayesinde,  protein kodlayan genlerinin % 85’i çeşitli deneylerle tespit edilmiştir.

Yaklaşık 2,400 genin protein ürününün tüm hücrelerde bulunduğu belirlendi. Bunlara, "housekeeping" (hücreyi idame eden) genler denmektedir. Ancak bu genlerin sayılarının çok daha fazla olduğu (10,000 kadar) düşünülmektedir. Housekeeping genlerin transkripsiyon, translasyon, DNA replikasyonu, mitokondri oluşumu, temel metabolizma, zarda özel görevleri olan proteinleri yaptıkları bilinmektedir. 

Bazı genler ise sadece bazı dokuları yapan hücrelerde protein kodlar. Bu nedenle vücudumuzda yapı ve işlevi farklı olan yaklaşık 200 kadar hücre (örn. Sinir hücresi, kan hücreleri, deri hücresi, kas hücresi, vs) bulunur. Bazı genler, gelişme sırasında sınırlı bir zaman için ifade edilir. Bazı genler ise “yalancı genler"dir ve işlevsel bir protein yapmazlar. Bu genler protein kodlasa bile, o proteinin hücrede bir görevi yoktur. Diğer bir deyimle, genomumuzda nasıl ki “çöp ya da artık DNA varsa” benzer şekilde “çöp protein” de bulunabilir.
İnsan proteomu (bir hücredeki tüm protein çeşitleri), genoma göre oldukça büyük bir zenginliğe sahiptir. Genomumuz tüm hücre çeşitlerimizde stataik bir yapı gösterirken, proteom profilimiz hücre çeştleri arasında oldukça dinamik bir yapı göztermektedir. Bazı hücrelerimizde (örn. kırmızı kan hücreleri) protein çeşidi gen saysından bile azken, bazı hücrelerde (örn. karaciğer hücreleri) protein çeşitliliğinin milyonları bulabildiği tahmin edilmektedir.


Sonuç olarak, insan genomunda en az 17,000-18,000 protein kodlayan gen mevcut olup, bu sayının 20,000’den çok da büyük olduğu sanılmamaktadır. Ancak, genomun oldukça dinamik yapısı ve “alternatif ifade” ile hücrenin cinsine bağlı olarak protein sayısının bunun 5 katı bile olabileceği tahmin edilmektedir. 

9 Ekim 2015

Türkiye için büyük onur: 2015 Nobel Kimya Ödülünü Aziz Sancar aldı

Orhan Pamuk’tan sonra ikinci Nobel Ödülünü Aziz Sancar, DNA (genetik bilgimizi aktaran molekül) tamir mekanizmasını aydınlattığı için aldı. 

Kimya alanında verilen bu ödül esasen % 99.99 biyoloji çalışması. Aziz Sancar, DNA’nın yapıtaşları olan nükleotidlerin her hücremizde ve her gün yüzlerce, belki binlerce kez olan yanlışlıklarının (mutasyon) nasıl kesilip düzeltildiğini bilim dünyasına gösterdi.
(Büyütmek için posterin üzerini tıklayınız. Yazıları okumak için bilgisayarınıza indiriniz)
Aziz Sancar’ın bize gösterdiği bir diğer şey, Mardin’in bir köyünden 8 kardeşli bir aileden çıkan bir çocuğun bile sıkı çalışma ve adanmışlıkla ve tabi bilime değer verilen bir ortamda neleri başarabileceği.  


Aziz Sancar'ın "Türk Biyokimya Dergisi" tarafından deveti üzerine kaleme aldığı "DNA tamiri ve kanser" konulu makalesini aşağıdaki linkten indirebilirsiniz:

Nükleotid Eksizyon Onarımı ve Kanser