SARS-CoV-2 (Wuhan-Hu-1, tüm genom)

SARS-CoV-2 (Wuhan-Hu-1, tüm genom)

29903 bp ss-RNA Lineer

Enes Gültekin, Hikmet Geçkil

Coronavirüs genomunun lineer bir plazmit olarak dizaynı

Detaylar için LINK

Coronavirüs’e Karşı Savaş: Liderlikten Yoksun Bir İnsanlık

YUVAL NOAH HARARI 15 Mart 2020, Time Magazine

Noah Harari, tarihçi, filozof ve en çok satan “Sapiens”, “Homo Deus” ve “21. Yüzyıl için 21 Ders”’in yazarıdır.

Çeviri: Enes Gültekin (Yüksek Lisans Öğrencisi), Düzeltme: Hikmet Geçkil (Öğretim Üyesi)

Birçok insan koronavirüs salgını için küreselleşmeyi suçluyor ve bu tür salgınları önlemenin tek yolunun dünyayı küreselleşmekten kurtarmak olduğunu söylüyor; duvarlar inşa edin, seyahati kısıtlayın, ticareti azaltın. Bununla birlikte, salgınları durdurmak için kısa süreli karantina gerekli olsa da, uzun vadeli izolasyon bulaşıcı hastalıklara karşı gerçek bir koruma sağlamayacağı gibi ekonomik çöküşe yol açacaktır. Tam tersi. Salgının gerçek panzehiri ayrışma değil, küresel işbirliğidir.

Salgınlar, küreselleşme çağından çok önce milyonlarca insanı öldürdü. 14. yüzyılda uçaklar ve yolcu gemileri yoktu, ancak Kara Ölüm on yıldan kısa bir süre içinde Doğu Asya’dan Batı Avrupa’ya yayıldı. Avrasya nüfusunun dörtte birinden fazlasına denk gelen 75-200 milyon arasında insanı öldürdü. İngiltere’de on kişiden dördü öldü. Floransa şehri 100.000 nüfusunun 50.000’ini kaybetti.

Mart 1520’de tek bir çiçek hastalığı taşıyıcısı Francisco de Eguía Meksika’ya ayak bastı. O sırada Orta Amerika’da tren, otobüs ve hatta eşek yoktu. Ancak bir çiçek hastalığı salgını, Orta Amerika’nın tamamını harap etti ve bazı tahminlere göre nüfusun üçte birine kadarını öldürdü.

1918’de özellikle virülan bir grip türü birkaç ay içinde dünyanın en ücra köşelerine yayılmayı başardı. O zamanlar, insan nüfusunun dörtte birinden fazlası olan yarım milyar insanı enfekte etti. Pandemik, bir yıldan az bir sürede belki de 100 milyon kadar insanı öldürdü. Yani dört yıl süren vahşi Birinci Dünya Savaşı’ndan daha fazla insan öldürdü.

1918’den bu yana geçen yüzyılda insanlık, artan nüfus ve daha iyi ulaşımın bir kombinasyonu nedeniyle salgınlara karşı daha savunmasız hale geldi. Tokyo veya Mexico City gibi modern bir metropol, ortaçağ Floransa’dan virüsler için çok daha zengin salgın yerleri sunar ve virüsün küresel ulaşım ağı bugün 1918’den çok daha hızlıdır. Bir virüs, Paris’ten Tokyo’ya ve Mexico City’ye 24 saatten daha kısa bir sürede girebilir. Bu nedenle, bazılarına göre bir ölümcül vebanın ardından başka bir enfeksiyon cehennemi yaşayacağımız sanılıyordu.

Bununla birlikte, salgınların görülmesi ve etkisi aslında dramatik bir şekilde azalmıştır. AIDS ve Ebola gibi korkunç salgınlara rağmen, yirmi birinci yüzyılda salgınlar, Taş Devrinden bu yana önceki zamanlardan çok daha küçük bir oranda insanı öldürüyor. Bunun nedeni, insanların patojenlere karşı en iyi savunmasının izolasyon değil, bilgi olmasıdır. İnsanlık salgın hastalıklara karşı savaşı her zaman kazandı, çünkü patojenler ve doktorlar arasındaki silahlanma yarışında patojenler kör mutasyonlara, doktorlar ise bilginin bilimsel analizine güveniyor.

1918’de hastalara “temiz hava tedavisi”nin uygulandığı bir grip kampı. Bettmann Archive/Getty Images

Kara Ölüm 14. yüzyılda ortaya çıktığında, insanlar buna neyin sebep olduğu ve bu konuda ne yapılabileceği hakkında hiçbir fikir sahibi değildi. Modern döneme kadar, insanlar genellikle öfkeli tanrılar, kötü niyetli şeytanlar veya kötü havadaki hastalıkları suçladılar ve hatta bakteri ve virüslerin varlığından şüphelenmediler bile. İnsanlar meleklere ve perilere inanıyorlardı, ancak tek bir damla suyun ölümcül yırtıcıların tüm bir donanmasını içerebileceğini hayal bile edemiyorlardı. Bu nedenle “Kara Ölüm” veya çiçek hastalığı ziyarete geldiğinde, yetkililerin yapmayı düşünebilecekleri en iyi şey, çeşitli tanrılara ve azizlere toplu dualar düzenlemekti. İşe yaramadı. Gerçekten, insanlar toplu dualar için bir araya geldiklerinde, genellikle kitle enfeksiyonları ortaya çıktı.

Geçen yüzyıl boyunca, bilim adamları, doktorlar ve hemşireler dünya çapında bilgi biriktirdiler ve birlikte hem salgınların arkasındaki mekanizmayı hem de bunlara karşı koymanın yollarını anladılar. Evrim teorisi, yeni hastalıkların neden ve nasıl patladığını ve eski hastalıkların nasıl daha öldürücü hale geldiğini açıkladı. Genetik, bilim insanlarının, patojenlerin hastalık şifrelerini ortaya koymasını sağladı. Ortaçağ insanları Kara Ölüm’e neyin sebep olduğunu asla keşfetmezken, bilim insanlarının yeni koronavirüsü tanımlaması, genomunu sıralaması ve enfekte olmuş insanları tanımlamak için güvenilir bir test geliştirmesi sadece iki hafta sürdü.

Bilim adamları salgınlara neyin neden olduğunu anladığında, onlarla savaşmak çok daha kolay hale geldi. Aşılar, antibiyotikler, iyileştirilmiş hijyen ve çok daha iyi bir tıbbi altyapı, insanlığın görünmez avcılarına üstünlük sağlamasına izin verdi. 1967’de çiçek hastalığı hala 15 milyon insanı enfekte etti ve 2 milyonunu öldürdü. Ancak sonraki on yıl içinde küresel bir çiçek hastalığı aşılama kampanyası o kadar başarılıydı ki, 1979’da Dünya Sağlık Örgütü insanlığın kazandığını ve çiçek hastalığının tamamen ortadan kaldırıldığını ilan etti. 2019’da tek bir kişi çiçek hastalığı tarafından enfekte edilmedi veya öldürülmedi.

7 Mart’ta New York’taki John F. Kennedy Uluslararası Havaalanı’nda bir uluslararası gidiş terminali. Günler sonra, koronavirüs hakkındaki endişeler arttıkça Başkan Trump Avrupa’dan gelen yolcular için kısıtlamalar olduğunu açıkladı. Spencer Platt – Getty Images

Tarih bize şu anki Coronavirus salgını için ne öğretiyor?

İlk olarak, sınırlarınızı kalıcı olarak kapatarak kendimizi koruyamayacağımız görüldü. Salgınların, küreselleşme çağından çok önce, Orta Çağ’da bile hızla yayıldığını unutmayın. Yani İngiltere ile küresel bağlantılarınızı 1348’deki duruma getirseniz bile, bu hala yeterli olmaz. Kendinizi tecrit yoluyla korumak için ortaçağa gitmek yetmez. Tam Taş Devri’ne gitmelisin. Bunu yapabilir misin?

İkincisi, tarih gerçek korumanın güvenilir bilimsel bilginin paylaşılmasından ve küresel dayanışmadan geldiğini gösterir. Bir ülke bir salgına maruz kaldığında, ekonomik felaket korkusu yaşamadan salgın bilgilerini diğer ülkelerle dürüstçe paylaşmalı, kendini izole etmek yerine o ülkeye yardım eli uzatmalıdır. Bugün Çin, tüm dünyadaki ülkelere koronavirüs hakkında bazı önemli ders verebilir. Ancak bu, yüksek düzeyde uluslararası güven ve işbirliği gerektirir.

Etkili karantina önlemleri için de uluslararası işbirliğine ihtiyaç vardır. Salgın hastalıkların yayılmasını durdurmak için karantina ve korunma şarttır. Fakat ülkeler birbirlerine güvenmediğinde ve kendi başına kaldıklarını hissettiğinde, hükümetler bazı sert önlemleri almakta tereddüt ediyorlar. Ülkenizde 100 koronavirüs vakası tespit ederseniz, hemen tüm şehirleri ve bölgeleri kilitler misiniz? Büyük ölçüde, bu diğer ülkelerden ne beklediğinize bağlıdır. Kendi şehirlerinizi kilitlemek ekonomik çöküşe yol açabilir. Diğer ülkelerin sizin yardımınıza geleceğini düşünürseniz, bu sert önlemi benimseme olasılığınız daha yüksek olacaktır. Ancak diğer ülkelerin sizi terk edeceğini düşünüyorsanız, çok geç olana kadar tereddüt edersiniz.

Belki de insanların bu tür salgınlar hakkında fark etmesi gereken en önemli şey, salgının herhangi bir ülkede yayılmasının tüm insan türlerini tehlikeye atığını anlamalarıdır. Çünkü virüsler çoğalır. Korona gibi virüsler, yarasalar gibi hayvanlardan kaynaklanır. İnsanlara geçtiklerinde, başlangıçta bu yeni konaklarına kötü adapte olurlar. İnsanlar içinde çoğalırken, virüsler bazen mutasyonlara uğrarlar. Çoğu mutasyon zararsızdır. Ancak arada sırada bir mutasyon, virüsü daha bulaşıcı, insan bağışıklık sistemine daha dirençli hale getirir ve virüsün bu mutant türü, insan popülasyonunda hızla yayılır. Tek bir kişi sürekli replikasyona uğrayan trilyonlarca virüs parçacığına ev sahipliği yapabileceğinden, enfekte olan her insan, virüslere adapte olabilmeleri için trilyonlarca yeni fırsatlar sunar. Her insan taşıyıcı, virüs için trilyonlarca piyango bileti veren bir kumar makinesi gibidir. Çoğalması için, virüsün sadece bir kazanan bilet çekmesi gerekir.

Bu sadece bir spekülasyon değil. Richard Preston’ın “Kırmızı ZondaKriz”i, 2014 Ebola salgını için tam da böyle bir olay zincirini anlatıyor. Salgın, bazı Ebola virüslerinin yarasadan insana geçmesiyle başladı. Bu virüsler insanları çok hasta etti, ama yine de yarasaların içinde yaşamaya insan vücudundan daha fazla adapte oldular. Ebola’yı nispeten nadir görülen bir hastalıktan öfkeli bir salgına dönüştüren şey, Batı Afrika’nın Makona bölgesinde bir yerde tek bir insana bulaşan bir Ebola virüsündeki tek bir gende tek bir mutasyondu. Mutasyon, Makona suşu adı verilen mutant Ebola suşunun insan hücrelerinin kolesterol taşıyıcılarına bağlanmasını sağladı. Enfekte olan insanlar kolesterol yerine artık Ebola’yı hücrelere taşıyorlardı. Bu yeni Makona türü insanlara dört kat daha bulaşıcıydı.

Bu satırları okurken, belki de benzer bir mutasyon, Tahran, Milano veya Wuhan’da bir kişiyi enfekte eden koronavirüsteki tek bir gende gerçekleşiyor olabilir. Eğer bu gerçekten gerçekleşiyorsa, bu sadece İranlılar, İtalyanlar ya da Çinliler için değil, sizin hayatınız için de doğrudan bir tehdittir. Dünyanın dört bir yanındaki insanlar, koronavirüse böyle bir fırsat vermemek için hummalı bir şekilde çalışıyor. Bu da her ülkedeki herkesi korumamız gerektiği anlamına geliyor.

1970’lerde insanlık çiçek virüsünü yenmeyi başardı çünkü tüm ülkelerdeki tüm insanlar çiçek hastalığına karşı aşılandı. Bir ülke bile nüfusunu aşılamazsa, insanlığın tamamını tehlikeye sokabilirdi, çünkü çiçek hastalığı virüsü bir yerde var olduğu ve evrildiği sürece, her zaman tekrar her yere yayılabilirdi.

Virüslere karşı mücadelede insanlığın sınırlarını yakından koruması gerekiyor. Ancak bu sınırlar ülkeler arasındaki sınırlar değil. Daha ziyade, insan dünyası ve virüs küresi arasındaki sınırı korumalıdır. Dünya gezegeni sayısız virüsle işbirliği yapıyor ve genetik mutasyonlar nedeniyle yeni virüsler sürekli gelişiyor. Bu virüs küresini insan dünyasından ayıran sınır, her insanın bedeninin içinden geçer. Tehlikeli bir virüs bu dünyanın herhangi bir yerinde sınıra nüfuz etmeyi başarırsa, tüm insan türlerini tehlikeye atar.

Geçen yüzyıl boyunca, insanlık bu sınırı daha önce hiç olmadığı kadar güçlendirdi. Modern sağlık sistemleri bu sınırda bir duvar görevi görecek şekilde inşa edildi. Hemşireler, doktorlar ve bilim adamları, virüslere karşı devriye gezen ve davetsiz misafirleri püskürten muhafızlardır. Ancak, bu sınırın uzun bölümleri acımasızca açık bırakılmıştır. Dünya genelinde temel sağlık hizmetlerinden bile yoksun yüz milyonlarca insan var. Bu hepimizi tehlikeye sokar. Ulusal anlamda sağlığı düşünmeye alışkınız, ancak İranlılar ve Çinliler için daha iyi sağlık hizmeti sunmak İsraillileri ve Amerikalıları da salgınlardan korumaya yardımcı olur. Bu basit gerçek herkes için açık olmalı, ancak maalesef dünyadaki en önemli insanlar bile bazen bunu görmezden geliyor.

Başkan Trump, 13 Mart’ta Washington DC, Beyaz Saray’da coronavirus hakkında bir haber konferansı sırasında ulusal bir acil durum ilan ettikten sonra podyumdan ayrılıyor. Alex Brandon — AP

Lidersiz Bir Dünya

Bugün insanlık sadece koronavirüs nedeniyle değil, aynı zamanda insanlar arasında güven eksikliği nedeniyle de akut bir krizle karşı karşıyadır. Bir salgını yenmek için insanların bilim uzmanlarına güvenmesi, vatandaşların kamu yetkililerine güvenmesi ve ülkelerin birbirlerine güvenmesi gerekir. Son birkaç yıldır sorumsuz politikacılar bilime, kamu otoritelerine ve uluslararası işbirliğine kasten zarar verdiler. Sonuç olarak, küresel liderlerden yoksun olmamız, bizi koordine edilmiş bir küresel tepkiye ilham verebilecek, örgütlenebilecek ve finanse edebilecek bu krizle karşı karşıya bıraktı.

2014 Ebola salgını sırasında ABD bu tür bir lider olarak hizmet etti. ABD, 2008 mali krizinde, küresel ekonomik krizi önlemede de benzer bir rol üstlendi. Ancak son yıllarda ABD, küresel lider rolünden istifa etti. Şu anki ABD yönetimi, Dünya Sağlık Örgütü gibi uluslararası organizasyonları desteklemedi ve dünyaya ABD’nin artık gerçek bir arkadaşı olmadığını, sadece çıkarları olduğunu açıkça belirtti. Koronavirüs krizi patladığında, ABD kenarda kaldı ve şimdiye kadar öncü bir rol almaktan kaçındı. Sonunda liderlik üstlenmeye çalışsa bile, mevcut ABD yönetimine duyulan güven o kadar aşındı ki, ancak sadece birkaç ülke ona güvenecekti. Sloganı “Önce Ben” olan bir lideri takip eder misiniz?

ABD’nin bıraktığı boşluk başka hiç kimse tarafından doldurulmadı. Tam tersi. Yabancı düşmanlığı, soyutlanma ve güvensizlik artık uluslararası sistemin çoğunu karakterize ediyor. Güven ve küresel dayanışma olmadan, koronavirüs salgınını durduramayacağız ve gelecekte bu tür salgınları daha fazla göreceğiz. Ancak her kriz bir fırsattır. İnşallah şu anki salgın, ayrışmanın akut tehlikesini insanlığa gösterir.

Salgın E.U. için altın bir fırsat olabilir ve son yıllarda kaybettiği popüleritesini yeniden kazanabilir. Üye ülkelere yardım etmek için hızlı ve cömertçe para, ekipman ve sağlık personeli göndernilir. Bu, Avrupa idealini herhangi bir politik konuşmadan daha iyi kanıtlar. Öte yandan, her ülke kendini savunmak için bırakılırsa, salgın Birlik için ölüm çanı olabilir.

Bu kriz anında, hayati mücadele insanlığın kendi içerisindedir. Bu salgın, insanlar arasında daha fazla muhaliflik ve güvensizlik ile sonuçlanırsa, virüsün en büyük zaferi olacaktır. İnsanlar kavga ettiğinde virüsler iki katına çıkar. Aksine, salgın küresel işbirliğini sağlarsa, sadece koronavirüse değil, gelecekteki tüm patojenlere karşı bir zafer olacaktır.

Telif Hakkı © Yuval Noah Harari 2020

COVID-19 (SARS-CoV2 ENFEKSİYONU) REHBERİ

T.C. Sağlık Bakanlığı
Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü
(Bilim Kurulu Çalışması)
11 MART 2020

GİRİŞ
Coronavirus’lar (CoV), soğuk algınlığından Orta Doğu Solunum Sendromu (MERS-CoV) ve Ağır Akut Solunum Sendromu (Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS-CoV) gibi daha ciddi hastalıklara kadar çeşitli hastalıklara neden olan büyük bir virüs ailesidir. Coronavirus’larzoonotik olup, hayvanlardanbulaşarak insanlarda hastalık yapabilir. Detaylı araştırmalar sonucunda, SARS-CoV’un misk kedilerinden, MERS-CoV’un ise tek hörgüçlü develerden insanlara bulaştığı ortaya çıkmıştır.Henüz insanlara bulaşmamış olan ancak hayvanlarda saptanan birçok Coronavirus mevcuttur.

Coronavirus’ların insanlarda dolaşımda olan alt tipleri (HCoV-229E, HCoV-OC43,HCoV-NL63 ve HKU1-CoV) çoğunlukla soğuk algınlığına sebep olan virüslerdir.SARS-CoV, 21. yüzyılın ilk uluslararası sağlık acil durumu olarak 2003 yılında, daha önceden bilinmeyen bir virüs halinde ortaya çıkmış olup yüzlerce insanın hayatını kaybetmesine neden olmuştur.

Yaklaşık 10 yıl sonra Coronavirus ailesinden, daha önce insan ya da hayvanlarda varlığı gösterilmemiş olan MERSCoV (Middle EastRespiratory Syndrome Coronavirus) Eylül 2012’de ilk defa insanlarda Suudi Arabistan’da tanımlanmış; ancak daha sonra aslında ilk vakaların Nisan 2012’de Ürdün Zarqa’daki bir hastanede görüldüğü ortaya çıkmıştır. SARS Coronavirus’u ile uzaktan bağlantılı olmasına rağmen, yaşanmış olan SARS tecrübesinden ötürü endişe oluşturmuştur.

31 Aralık 2019’da Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) Çin Ülke Ofisi, Çin’in Hubei eyaletinin Vuhan şehrinde etiyolojisi bilinmeyen pnömoni vakalarını bildirmiştir. 7 Ocak 2020’de etken daha önce insanlarda tespit edilmemiş yeni bircoronavirus (2019-nCoV) olarak tanımlanmıştır. Daha sonra 2019-nCoV hastalığının adı COVID-19 olarak kabul edilmiş, virus SARS CoV’e yakın benzerliğinden dolayı SARS-CoV-2 olarak isimlendirilmiştir.

Bu rehber, COVID-19, etkeni, bulaşma yolları, vaka tanımları ve tanı yöntemleri hakkında bilgi vermek; COVID-19vakası veya temaslısı ile karşılaşıldığında izlenmesi gereken strateji ve uygulama şekilleri hakkında yol göstermek amacıyla hazırlanmıştır.Bu doküman ağırlıklı olarakDSÖ önerileri doğrultusunda oluşturulmuştur.COVID-19’a yönelik olarak hazırlanmış olan “COVID-19 (2019-nCoV Hastalığı) Rehberi” güncel DSÖ önerileri ve bilimsel gelişmeler doğrultusunda güncellenmektedir. Güncellenen rehber dokümanıve rehber sunumları, afiş,
broşürler ile sık sorulan sorular ve cevapları Halk Sağlığı Genel Müdürlüğü web sayfasında (www.hsgm.saglik.gov.tr) düzenli olarak yayımlanmaktadır.

I.GENEL BİLGİLER
1.Coronavirus’lar
Coronavirus’lar tek zincirli, pozitif polariteli, zarflı RNA virüsleridir. Pozitif polariteli oldukları için RNA’ya bağımlı RNA polimeraz enzimi içermezler, ancak genomlarında bu enzimi kodlarlar. Yüzeylerinde çubuksu uzantıları vardır. Bu çıkıntıların Latince’deki“corona”, yani “taç” anlamından yola çıkılarak bu virüslere Coronavirus (taçlı virüs) ismi verilmiştir (Şekil 1 ve 2).

Devamı…

Koronavirüs: Küresel Kabus!

Dr. Özlem Ak, TÜBİTAK Bilim ve Teknoloji Dergisi, Mart 2020   

Dünya Sağlık Örgütünün (WHO) uluslararası halk sağlığı acil durumu ilan etmesine neden olan ve hâlihazırda devam eden, başladığı günlerde 2019-nCoV, daha sonra WHO’nun resmi kararıyla Covid-19 olarak adlandırılan salgın, 2019’un Aralık ayının son günlerinden beri dünyanın gündeminde.

Salgına neden olan coronavirüs başlangıçta kulağımıza tanıdık gelmemiş olsa da aslında pek çok kişinin bu virüsün daha hafif türleri ile daha önce karşılaşmış olması muhtemel. Çünkü bu virüsün dört suşu yaygın soğuk algınlığı vakalarının yaklaşık beşte birinin sorumlusu. Coronavirüsler hem insanlarda hem hayvanlarda bulunabilen büyük bir virüs ailesinin bir parçası. Bazıları insanları enfekte edebiliyor ve yaygın olarak basit bir soğuk algınlığına ya da MERS (Orta doğu solunum sendromu) ve SARS (Ciddi akut solunum sendromu) gibi çok ciddi hastalıklara neden olabiliyor. Kaynak: TÜBİTAK Bilim ve Teknoloji Dergisi, Mart 2020 Devamı:    

Koronavirüsler hakkında gerçekler

Sevim Gürbüz1, Hikmet Geçkil2

İnönü Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, 44280 Malatya

(1Yüksek Lisans Öğrencisi; 2Öğretim Üyesi)

Koronvirüsler

Coronavirüsler bir grup büyük, zarflı, pozitif zincirli, tek sarmallı RNA virüsleridir. İki düzine kadar farklı türü, farklı antijenik çapraz reaktiviteleri ve genetik yapı bakımından dört grubu vardır (alfa, beta, gama ve delta). Sadece alfa ve beta-coronavirüs cinsleri, insan ve diğer memeliler için patojenik (hastalığa sebebiyet verici) suşları içerir. (Paules, C.I. ve diğerleri (2020); Chen, Y. ve diğerleri (2020)).

Bununla birlikte, koronavirüsler insanlarda en az 500-800 yıldır buluna gelmekte ve hepsi de yarasa kaynaklıdır. (Chan, P.K. et al (2013); Berry, M. et al (2015)).

Coronavirüsler uzun zamandır önemli veterinerlik patojenleri olarak bilinmekte ve memelilerde ve kuşlarda solunum ve enterik hastalıklara sebep olmaktadır. (Skariyachan, S. et al (2019). SARS-CoV ve MERS-CoV, betacoronavirüslerdir (Chen, Y. et al, (2020)) ve Dünya Sağlık Örgütü’nün “Blueprint Öncelik Hastalıklar Listesi”nde yer alan patojenler arasındadırlar (Bonilla-Aldana, D.K. et al, (2020)).

Koronavirüslerin bol bulunurlukları ve geniş dağılımı göz önüne alındığında, büyük genetik çeşitçililikleri ve ayrıca genomlarının sık rekombinasyonu (kırımı) ve insan-hayvan arasındaki ara yüzde bulunmaları, onları insan sağlığı için büyük tehdit yapmaktadır. (Hui, D.S. et al (2020); Zhu, N. et al (2020)).

Bu gerçek, 2019’un sonları ve 2020’nin başlarında, Wuhan, Çin’de potansiyel ölümcül zatürree dahil olmak üzere solunum hastalıklarına sebep olan ve büyük ve hızla yayılan yeni koronavirüsün salgını ile kendini gösterdi. (WHO Bildirgesi).

Virüs geçici olarak 2019-nCoV olarak adlandırıldı. Ancak, daha sonra SARS-CoV virüsüne benzerliği nedeniyle SARS-CoV-2 resmi adı verildi ve viral genomu dizilendi. SARS-CoV-2 betacoronavirüs olarak karakterize edildildi ve insanda hastalığına neden olan yedinci koronavirüs türü olarak tanımlandı. (Zhu, N. et al (2020)).

Virüsün neden olduğu hastalık, WHO (Dünya Sağlık Örgütü) tarafından Coronavirus Hastalığı 2019 (Covid-19) olarak adlandırıldı.

Koronavirüsler, influenza, parainfluenza, RSV ve rinovirüslerle birlikte soğuk algınlığı dahil olmak üzere hafif, kendiliğinden biten üst solunum yolu enfeksiyonlarına ve zatürreeye sebep olurlar (Chan, J.F. et al (2015)) ve soğuk algınlığı vakaların üçte birinden sorumludurlar. Coronavirüsler ayrıca insanlarda gastroenterite ve diğer hayvanlarda çok sayıda hastalığa neden olurlar (To, K.K. et al (2013); Berry, M. et al (2015)). İnsanlarda patojenik diğer koronavirüslerin aksine, SARS ve MERS ciddi akut solunum yolu hastalığına ve çoklu organ yetmezliğine neden olabilirler (Zumla, A. et al (2016)).

SARS-CoV hakkında gerçekler

Şiddetli akut solunum sendromu (SARS) koronavirüsün neden olduğu yeni bir viral bir hastalık olup, solunum sistemini etkilemektedir. Kasım 2002’de Çin’in Guandong eyaletinde ve 2003 yılının başında Asya’da rapor edilmiştir (Heymann, D.L. et al (2013)). 2003 ilkbaharında SARS küresel bir sağlık tehdidi haline geldi. Hastalık 2003’ten beri yok olmasına rağmen, SARS’ın hızlı küresel yayılımı bunun ve ilgili koronavirüslerin sürekli gözetim altında tutulması gerektiğini gösterdi.

SARS’tan alınan dersler uluslararası düzeyde de etkili bir şekilde uygulandı ve daha sonra 2012 yılında farklı bir koronavirüs türünden kaynaklanan Orta Doğu Solunum Virüsü (MERS-CoV) salgını ile mücadelede yol gösterici (Cheng, V.C. et al (2013); Tevfik, J.A. et al (2014); Zumla, A. et al (2015)). Bu dersler 2020’de tekrar teste tabi tutuldu: Çin’de ve daha sonra küresel ölçekte Covid-19’un ortaya çıkışı ve yayılması (Perlman, S. (2020)).

SARS-CoV’nin Morfolojisi, Yapısı ve Replikasyonu

SARS-CoV virionu küreseldir ve ortalama 78 nm çapındadır (nm, milimetrenin milyonda biridir). Sarmal nükleokapsid bir zarf ile çevrilidir (Goldsmith, C.S. et al (2004)). Ağdan oluşan zarf, yaklaşık 20 nm uzunluğunda tokmak şeklinde, uzun çıkıntı (Spike, S) ve diğerbirkaç proteinle kaplıdır ve tipik taç benzeri (corona) bir görünümü vardır.

Koronavirüsler hücrelerin yüzeyindeki bir reseptöre bağlanarak membran füzyonu yoluyla hücreye girerler. ACE2, SARS-CoV için hücre reseptörü olarak tanımlandı (Wan, Y. et al (2020)). SARS-CoV’un hedef hücreler girişi antiviral aktiviteye sahip olan polianyon (çoklu negatif yüklü) bileşikleri tarafından inhibe edilir. Bu veriler, SARS-CoV zarf proteoglikan proteinlerinin pozitif yüklü olabileceğini göstermektedir. Çünkü, polianyon bileşiklerdeki heparan sülfatın negatif yükleri ile etkileşerek hedef hücrelerin yüzeyine yapışır (Vicenzi, E. et al (2004)). SARS-CoV, enfeksiyon için endozomların asitleştirilmesini gerektirir ve bu da pH’a bağlı bir mekanizmaya işaret etmektedir (Simmons, G. Et al (2004)). Koronavirüsler, sitoplazmada çift zarla çevrili erlen (tabanı geniş üst kısmı boyunlu özel bir deney şişesi) gibi bir yapı içinde viral RNA’larını çoğaltırlar. (Gosert, R. et al (2002)).

Çevrilecek ilk gen, replikaz adı verilen viral bir RNA polimerazdır. Bu enzim, genomu tam uzunluklu boyunca negatif zincir (veya antisens) kopyalara çoğaltır. Bu negatif zincirler daha sonra viral genleri kopyalayan mRNA’ları üretmek için şablon olarak kullanılırlar. Bu subgenomik transkriptler iç içe geçmiştir ve ifade olmayan aynı 5 ‘bölgelerine ve poli-A 3 ‘kuyruklarına sahiptir. Farklı, iç içe geçmiş transkriptler birleştirme (“splays”) ile değil, viral RNA polimeraz ile üretilirler. Viral RNA polimeraz tekrarlanan bir intergenik dizi ile etkileşir (TRS, transkripsiyon regülasyon sekansı). Bu diziler, viral genler arasında bulunur ve 5’ lider dizisi ile her genin başlangıç noktası arasındaki bağlantıyı sağlar. Replikasayon mekanizması tam olarak tanımlanmamıştır. Ancak subgenomik boyutta, lider diziyi içeren eksi (-) zincir RNA’lar üzerinden olması muhtemeldir. Diğer koronavirüslerin enfekte ettiği hücrelerde görülen RNA ve protein içeren büyük granüler bölgeler, SARS-CoV tarafından enfekte olan hücrelerde görülmeyebilir. (Goldsmith, C.S. et al (2004); Song, Z. et al (2019)).

Viral parçacıklar Golgi’de toplanır ve burada dilate (şişmiş) veziküllerde birikir ve daha sonra hücre yüzeyine taşınır ve ekzositoz ile dışarya salınırlarlar.

SARS-CoV, bilinen koronavirüslerden farklı biyolojik özelliklere sahiptir. Düşük sıcaklıkta çoğalan diğer koronavirüslerin aksine SARS-CoV 37ºC’de çoğalır ve alt solunum yollarını enfekte edebilir (Vicenzi, E. et al (2004)). SARS-CoV genomu 29705 and 29751 nükleotid arasındadır (NCBI Sequence Viewer: SARS coronavirüs) ve genomu önceden bilinen üç koronavirüs grubundaki hiçbir koronavirüsle eşleşmemiştir.

SARS-CoV organizasyonu, gen düzeni ile diğer koronavirüslerin organizasyonuna benzer; 5 ‘, replikaz [rep], skipe [S], zarf [E], membran [M], nükleokapsid [N], ifade edilemeyn kısa bir dizi ile biten 3’ bölgesi. (Du, L. et al (2009); Song, Z. et al (2019)). Potansiyel olarak beş adet yapısal olmayan protein kodlayan diziler (ORF, açık okuma çerçevesi) S ve N arasında serpiştirilmiştir. Genom, potansiyel olarak 11 adet açık okuma çerçevesi içerir ancak toplam 23 kadar olgun protein kodlar. (Ruan, Y.J. et al (2003)). ORFlar genomun üçte ikisini kaplar ve iki ana poliproteini kodlar: ORF1a ve ORF1b. Poliproteinler yapısal olmayan proteinler üretmek için proteoliz ile parçalanırlar. En önemli ürünler RNA’ya bağlı RNA polimeraz (RdRp) ve bir ATPaz helisazıdır (Hel). SARS-CoV’un farklı izolatlar arasında komple nükleotit sekansı sadece birkaç pozisyonda değişmiştir.

SARS-CoV’un orijini

Farklı hayvan koronavirüsleri RNA’larını birleştirebilirler (rekombinasyon) ve bu da yeni virüsleri ortaya çıkarabilir. Böylece bu, SARS-CoV’nin bir hayvan ile bir insan virüsü arasındaki rekombinasyon olayının bir sonucu olarak ortaya çıkmış olabileceği hipotezine yol açtı. (Chan, P.K. et al (2013)).

Virüsün insanlar için nasıl bulaşıcı hale geldiği bilinmemektedir. SARS-CoV’un bilinen insan koronavirüs suşlarının herhangi biri ile dizi homolojisi göstermemesi, insanlardaki koronavirüsler arsında bir rekombinasyon sonucu SARS-CoV’un ortaya çıkması ihtimalini zayıf kılmaktadır.

Serolojik testler, SARS-CoV ortaya çıkan bölgelerde vahşi hayvan ticareti ile uğraşanların % 40’ında ve bu hayvanları kesenlerin %20’sinde SARS-CoV antikorlarına rastlandı. Ancak bunların hiç biri SARS benzeri belirtiler göstermiyordu (Berry, M. et al (2015)). Bu nedenle SARS benzeri bir koronavirüs, SARS salgınından en az iki yıl önce muhtemelen bölgede mevcuttu. Başlangıçta bulaşıcı olmayan virüs insanlarda, SARSCoV’ye yol açmak için evrimleşmiş ve insanlara adapte olmuş olabilir.

SARS-CoV’un konakçılara geçişi

SARS koronavirüsü büyük damlacıklar ve doğrudan temas yoluyla bulaşmıştır. (Wong, S.S. et al (2008)). Virüs balgam veya tükürükte ml başına yaklaşık 100 milyon parçacık konsantrasyonuna ulaşabilir. (Drosten, C. et al (2003)) oda sıcaklığında 6 güne kadar yaşayabilir (Cleri, D.J. et al (2010)).

SARS’ın hızla yayılmasına iki önemli faktör katkıda bulunmuştur; Birincisi uluslararası nüfusun yoğun hava yolculuğu, ikincisi, özellikle Asya kıtasındaki kentsel nüfus yoğunluğunun kişiden kişiye geçişini hızlandırması. (Arita, I. et al (2003)).

Belirtiler ve Hastalık

SARS-CoV büyük oranda alt solunum yollarını enfekte eder. Şiddetli, akut viral bir zatürreye neden olur. WHO (Dünya Sağlık Örgütü) olası SARS için vaka tanımı: yüksek ateş (> 38 ° C) veya 48 saat öncesine ait ateş; pnömoni düşündüren göğüs sızıntıları gösteren röntgen, grip benzeri belirtiler (titreme, öksürük, halsizlik, kas ağrısı) veya maruz kalma öyküsü; SARS için testte bir veya daha fazla pozitif tanı. (Cleri, D.J. et al (2010)). Ne yazık ki, erken belirtiler ve klinik görünüm diğer yaygın solunum yollarından kolayca ayırt edilemeyebilir, enfeksiyonlar ve ateş yaşlı erişkinlerde olmayabilir.

Hem otopsi örneklerinin hem de deneysel olarak enfekte olmuş hayvanların analizi SARSCoV’un akciğer enfeksiyonunda pnömonik bölgeleri etkiler ve tip 2 pnömositlerde tespit edilir.(Gralinski, L.E. et al (2015)). Dokulardaki morfolojik değişiklikler yaygın alveoler hasarı, bronşiyal epitelyumun aşınması, siliya kaybı ve skuamöz metaplaziyi içerir.

Solunum yolu, SARS-CoV’un ana hedefi olmasına rağmen, gastrointestinal sistem de buna dahil edilebilir. (Paules, C.I. et al (2020)). Ayrıca, merkezi sinir sisteminde enfeksiyon da rapor edildi (Lau, K.K. et al (2004); Zhang, D.M. et al (2008)).

2003 salgını sırasındaki SARS semptomları tüm hastalarda aynı değildi. Neredeyse yetişkin ve çocukların % 100’ü ateş, yaklaşık yarısı öksürük ve / veya kas ağrısı için başvurdu. Sadece birkaç hastada üst solunum yolu semptomları vardı. İshal, hastaneye ilk gelenlerin % 11-15’inde (Cleri, D.J. et al (2010)), yatan hastaların ise to 40-70% ine görülmüştür. (Hui, D.S. (2005)).

Laktat dehidrogenaz, aspartat aminotransferaz ve kreatinin kinaz enzimlerinin yüksek seviyeleri SARS’ın karaciğer üzerindeki etkisine delalet eder (Drosten, C. et al (2003): Cleri, D.J. et al (2010)). Pulmonar sızıntılar göğüs radyografisinde açık görünüyordu. Akciğer dokusundaki değişiklikler sitokin ve kemokinlerin verdiği hasara işaret eder (Gralinski, L.E. et al (2015)).

Salgın sırasında, enfekte hastaların yaklaşık% 40’ında solunum yetmezliği için Vantilasyon kullanıldı. Ancak hastaların% 90’ı ilk görünümden sonraki bir hafta içinde iyileşme belirtileri gösterdi. Yaşlı hastalarda, yaşlanma ile ilişkili bir zayıflamanın sonucu olarak ortaya çıkan zayıf adaptif (kazanılmış) bağışıklık yanıt sonucu daha fazla morbidite (hastalığın şiddet seviyesi) ve mortalite (ölüm) görüldü. (Frieman, M. et al (2008); Schäfer, A. et al (2014)).

SARS-CoV-2 ve COVID-19 Hakkında Gerçekler

2019 sonlarında, yeni koronavirüs Çin’de ateşli solunum hastalığına neden olmaya başladı; iki ay içinde hızla yayılan hastalık resmi olarak WHO tarafından Coronavirus Hastalığı 2019 (Covid-19) olarak adlandırıldı. Hastalık ilk kez Hubei eyaletinin yoğun nüfuslu bir şehri olan Wuhan’daki doktorlar tarafından rapor edildi. Vakalar Wuhan’daki toptancı deniz ürünleri pazarına bağlandı ve pazar hemen kapatıldı. İlk vakalarda zoonotik (hayvanlardan) bulaşma izlenmesine rağmen, kısa süre sonra hastane ve ailelerde insandan insana bulaşma vakaları rapor edilmeye başlandı. (Chan, J.F. et al (2020); Li, Q. et al (2020)). Esasen, tür bariyeri arasındaki ilk sıçramayı (hayvandan insana geçmesini) takiben, insandan insana bulaşma daha hızlı olmaya başladı (Chen, J. (2020)); Hastalık tek bir noktadan, sadece 30 gün içinde Çin’in her terafına yayıldı (Wu, Z. et al (2020)).

Hastalığa sbep olan virüs başlangıçta 2019-nCoV olarak adlandırıldı ve dizi analizi onun sarbecovirus alt cinsine ait betacoronavirüs olduğunu, ve virüsün genetik dizi bazında yaklaşık %80 (Hui, D.S. et al (2020); Zhu, N. et al (2020); Perlman, S. (2020)), bazı elzem enzimlerinin amino asit dizileri bakımından %90’ın üzerinde SARS-CoV’a benzediğini gösterdi (Morse, J.S. et al (2020)).

Viral genom, pozitif tek zincirli bir RNA olup yapısal proteinleri (özellikle spike [S]) ve yapısal olmayan (3-kimotripsin benzeri proteaz, papain benzeri proteaz, helikaz ve RNA’ya bağlı RNA polimeraz) proteinleri ve yardımcı proteinleri kodladığı görüldü (Li, G. et al (2020); Zhang, L. et al (2020)). SARS-CoV gibi, yeni virüsün de hücreye girmek için kendi S proteinini kullanarak hücre yüzeyindeki ACE2 reseptörüne bağlandığına inanılıyor. (Wan, Y. et al (2020)), (Li, G. et al (2020)). SARS-CoV virüsüne bu benzerliklerinde dolayı, Uluslararası Virüs Taksonomisi Komitesi (ICTV) Coronavirüs Çalışma Grubu bu yeni virüse SARS-CoV-2 adını verdi. SARS-CoV-2’nin muhtemel doğal ara konakçısının Wuhan Canlı Hayvan Marketinde satılan yarasalar olduğu düşünülüyor. (Perlman, S. (2020); Lu, R. et al (2020)). Normalde, yarasalarda bulunan coronavirüsler insanı doğrudan enfekte edemezler. (Wang, R. et al (2020)).

2-14 gün (ortalama 6.5 gün) arasında bir inkübasyonun ardından Covid-19,ateş, öksürük ve nefes darlığı şeklinde kendini gösterir. Gögüs CT taraması opak (taşlanmış cam) gibi bölgeler gösterir (Huang, C. et al (2020); Wu, Z. et al (2020)). Wuhan’daki ilk 425 vaka göstermiştir ki, SARS-CoV-2’nin oldukça bulaşıcı olduğunu ve R0= 2.2 çoğlama değerine sahip olduğunu gösterdi ( (Li, Q. et al (2020)). Bir karşılaştırma yapmak gerekirse, hem SARS-CoV ve hem de MERS-CoV’un R0 dğeri 1’den küçüktü (Wu, J.T. et al (2020)).

İlk 44.000 vakada ölüm oranı (% 2.3) düşük gibi görünse de virüsün hızlı yayılması ve bulaşma kolaylığı küresel alarma neden oldu. Uzmanlar, virüsün bireysel düzeyde düşük bir sağlık tehdidi oluştursa da, kolayca bulaşabilmesi nedeniyle toplum düzeyinde önemli bir risk oluşturabileceğini belirtiyor. Pandemik (tüm dünyaya) potansiyeli göz önüne alındığında (çevirmenin notu: bu yazı hastalık pandemik olarak görülmeden önce kaleme alınmıştır), SARS-CoV-2 virüsünün dikkatli bir şekilde izlenmesi, gelecekteki konak adaptasyonunu, viral evrimini, enfektivitesini, bulaşabilirliğini ve patojenitesini izlemek için önemlidir (Huang, C. et al (2020)).

Teşhisi

Hem virüsün hem de antikorun tespiti için standart reaktifler elde edilene kadar SARS’ın tanısı, klinik semptomlar (belirtiler) ve pozitif epidemiyolojik tarihçesine dayanıyordu. (Cleri, D.J. et al (2010)). SARS ile ilişkili belirtiler yüksek ateş, öksürük ve nefes almada zorluktur. Pnömoni veya solunum sıkıntısı sendromu ile uyumlu infiltrasyon (yayılma) kanıtı varsa, tanı göğüs radyografisi ile doğrulanabilir.

SARS salgını sırasında, FDA ve CDC, SARS tanı testlerinin doğrulanması ve lisanslanması konusunda işbirliği yaptı. Teşhis testine yaklaşımlar arasında serolojik tespit, virüsün hücre kültüründe izolasyon, elektron mikroskopisi ve viral RNA’nın moleküler yöntemlerle saptanması vardı. Koronavirüs antikorlarının saptanması için hem ELISA hem de immünofloresan serolojik testler geliştirildi. (Suresh, M.R. et al (2008)). Bazı hastalar semptomlardan iki hafta sonra saptanabilir anti-SARS virüsü antikorları geliştirir, ancak ateş başladıktan üç hafta sonrasına kadar kesin bir negatif tanı konamaz.

SARS-CoV tespitine yönelik tanı testlerinin hepsinde limitler vardır. ELISA, SARS-CoV’ye karşı yapılan antikorlar ancak semptomların başlamasından sadece 20 gün sonra tespit eder ve sadece onay için yararlıdır ve SARS’ın hızlı tanısı için değildir. İmmünofloresan testi (IFA) semptomların başlamasından 10 gün sonra enfekte hastaların serumunda antikorları tespit edebilir. Ancak serolojik SARS teşhisi dışında kalan tek test laboratuvar testidir. semptomların başlamasından dört hafta sonra antikor için sera negatifse hastalık SARS değildir. (Jernigan, J.A. et al (2004)). Ne hücre kültürlerinde virüs izolasyonu ne de elektron mikroskopisi genel tanısal kullanım için yeterince hassas değildir ve her iki yöntem de sakıncalıdır.

Bir dizi SARS virüsü suşunun RNA dizisi bilgisi hızlı tanı testlerinin geliştirilmesini kolaylaştırıldı. Polimeraz zincir reaksiyonuna (RT-PCR) dayalı moleküler testler revers (ters) transkripsiyona dayalı viral RNA’yı spesifik olarak tespit eder. RT-PCR yegane erken tanı testidir, ancak duyarlılığı düşüktür ve olası SARS vakalarının sadece% 37.5-50’sini tanımlar. (Suresh, M.R. et al (2008)). Viral RNA’nın tespiti, hastalığın başlangıcından yaklaşık 10 gün sonra artar ve zirve yapar. Virüs, bazı hastalarda solunum salgılarında bir aydan daha uzun süre tespit edilebilir. Ancak üç hafta sonra virüs kültürden elde edilemez. Enfeksiyondan sonraki ilk hafta içinde ortaya çıkan ilk aşamada virüs, nazofaringeal aspiratlar, boğaz bezleri ve balgam örnekleri, sonraki aşamalarda viral RNA dışkı örneklerinde daha kolay tespit edilebilir (Chan, K.H. et al (2004)).

RT-PCR şu anda gerekli hassasiyeti verebilen tek hızlı teşhis testidir ve rutin bir klinik teşhis aracı için gerekli olan özgüllükten dolayı salgın sırasında rutin olarak kantitatif RT-PCR teknikleri kullanıldı. (Peiris, J.S. et al (2008)). CDC’den gelen bir rapor, gerçek zamanlı RT-PCR’ın virüs titresi düşük olduğunda erken virüs tespiti için, geleneksel RT-PCR’dan daha yararlı bir teknik olduğunu gösterdi (Emery, S.L. et al (2004)). )). Enfeksiyonun başlarında zirve yapan anti-nükleokapsid protein (NP) antikorlarının ELISA tespiti, Kanadalı araştırmacılar tarafından SARS tanısı koymanın daha güvenilir ve spesifik bir yöntemi olarak tanımlanmıştır. (Suresh, M.R. et al (2008)).

Aralık 2019’da, daha sonra SARS-CoV-2 olarak adlandırlam yeni bir koronavirüs ilk olarak Çin’in Wuhan şehrinde akut solunum yolu hastalığı olan üç hastadan alınan örneklerde bulundu. Virüs bronkoalveoler lavaj sıvısından izole edilmişti; bununla birlikte, viral RNA kanda da tespit edilmiştir., Enfeksiyonu tespit etmek için spesifik PCR teşhis testlerinin üretimini kolaylaştıran SARS-CoV-2’nin genetik sekansı 12 Ocak 2020 WHO’ya sunuldu. (Hui, D.S. et al (2020); Zhu, N. et al (2020)).

Kritik bir gösterge de acil servislere başvuran hastalarda plazma IL-2, IL-7, IL-10, G-CSF, IP10, MCP1, MIP1A, ve TNF-alpha’ya dayalı “sitokin fırtınası” olarak bilinen bu sitokinlerin seviyelerinin yüksek olmasıydı (Huang, C. et al (2020); Zumla, A. et al (2020)).

5 Şubat 2020’de ABD FDA’sı,CDC’nin Gerçek Zamanlı RT-PCR Teşhis Panelinin 2019-nCoV için acil kullanımını önerdi. Teşhis, SARS-CoV-2’nin nazal (burun) veya oral (ağız) swabları gibi solunum sekresyonlarından tespit edilmesini sağlayan bir RT-PCR testine dayalıdır.

Korunma

Enfeksiyöz ajanlara karşı etkili ilaçlar veya aşılar henüz olmadığından (Li, G. et al (2020)), sosyal yakınlaşmalardan geri durma, karantina ve toplumun kendini arındırması coronavirüs salgınına karşı en iyi önlemler gibi görünmektedir (Wilder-Smith, A.et al (2020)).

Bireysel seviyede hijyen virüsün yayılmasına karşı önemlidir (Chen, Y. et al (2020)). Virüsün geçişini önlemek için eller su ve sabunla veya alkolle yıkanabilir. SARS ve diğer koronavirüsler, oda sıcaklığında metal, cam ve plastik yüzeylerde dokuz güne kadar hayatta kalabilir, ancak etanol (% 62-71), hidrojen peroksit (% 0.5) veya sodyum hipoklorit (%0.1) ile dezenfeksiyon yoluyla inaktive edilebilir. (Kampf, G. et al (2020)). MERS virüsü 20ºC’de 48 saate ve 30ªC’de 24 saate kadar hayatta kalabilir. (Chan, J.F. et al (2015)). Sağlık personeli için kişisel koruyucu ekipman (göz dahil) koruma, cerrahi maskeler veya N95 tek kullanımlık filtreleme maskeleri önerilir (Huang, C. et al (2020)).

Aşılar

Koronavirüs salgınlarının, ölü veya zayıflatılmış virüs içeren aşılarl çiftlik hayvanlarında başarılı bir şekilde önlenmesi, aşı çalışmalarının potansiyel başarısına işaret ediyor (Song, Z. et al (2019); (Ma, C. et al (2014); Zhang, N. et al (2015)). DNA aşıları, vektör bazlı, canlı ancak zayıflatılmış ve protein alt birimli aşılar dai dahil olmak üzere, insan MERS-CoV aşıları da şimdilerde geliştirilmektedir (Cho, H. et al (2018); Schindewolf, C. et al (2019)); Bu aşıların çoğu virüsün Spike (çıkıntı) proteinini hedef almktadır (Li, F. et al (2019); Song, Z. et al (2019)).

Tedavi

Şu anda SARS, MERS veya başka herhangi bir koronavirüs enfeksiyonu için onaylanmış ilaç (ilaç, antikor, aşı) tedavisi yoktur.

Geniş Spektrumlu Antiviral Ajanlar

Ribavirin, bazı koronavirüsler, solunum sinsityal virüsü ve metapneumovirüslere karşı aktif olan bir ribonükleozid analogudur. Nispeten geniş spektrumlu antiviral aktivitesinden dolayı, ribavirin SARS için klinik etkinliği için test edilen ilk bileşiklerden biriydi. Ribavirin ile erken tedavi, özellikle kortikosteroidlerle birleştirildiğinde kullanıldı (Cleri, D.J. et al (2010)). Ribavirin, hafif ila orta şiddette bir insan hastalığı modeli olan MERS-CoV’nin rhesus makak maymun modelinde de test edilmiştir. Elde edilen sonuçlar (IFN-a2b artı ribavirin) virüs replikasyonunu azalttı, konakçı yanıtını hafifletti ve klinik sonucu iyileştirdi. Bu, MERS hastalarını tedavi etmek için kombinasyonun kullanımını desteklemektedir (Falzarano, D. et al (2013)).

Antimalariyal ajan klorokin, in vitro anti-SARSCoV-2 aktivite dahil olmak üzere geniş spektrumlu antiviral ve antienflamatuar aktiviteye sahiptir. Klorokin, virüsün konakçı hücre ile füzyonu için gerekli olan endozomal pH’yı arttırarak ve ayrıca SARS-CoV-2’nin hücresel reseptörlerinin glikozsilasyonu önleyerek etki eder. Bu umut verici profile, düşük maliyet ve ilacın kolay bulunabilirliğine dayanarak, Covid-19 zatürree tedavisi için klorokin değerlendiren bir klinik çalışma başladı. (Gao, J. et al (2020)).

Viral Enzim İnhibitörleri

Koronavirüs replikasyon (çoğalma) süreci iyi anlaşılmıştır. Birkaç özel adım antiviral ilaçlar için potansiyel hedefler olarak tanımlanmıştır. Konakçı hücre ile viral füzyon (potansiyel olarak HIV için kullanılan antivirallere benzer) inhibitörler veya membran füzyon inhibitörleri tarafından enfeksiyon bloke edilebilir. Viral proteaz inhibitörleri, viral RNA sentezini inhibe etmek için, polimeraz proteininin işelenmsine karşı kullanılabilir. Nükleosid inhibitörleri, konak hücreye zarar vermeden viral replikasyonu inhibe edebilir. Koronavirüslerin viral enfektivitesini aktive eden serin proteazlara karşı kullanılacak inhibitörler viral döngüyü engelleyebilir.

(Kilianski, A. et al (2014); Zhou, Y. et al (2015)); Bir seri konakçı proteazların, virüsün hücreye girmesini sağlayan S proteinini parçaladığı gösterilmiştir. Bunlar arasında cathepsin, furin and tripsin sayılabilir (Millet, J.K. et al (2015); Kilianski, A. et al (2014)). S proteini ayrıca tip II transmembran serin proteazı (TMPRSS2) içeren diğer konakçı proteazlar tarafından aktive olduğundan, bu enzim de bir antiviral ilaç hedefi olarak kabul edilir. (Kilianski, A. et al (2014); Li, F.et al (2019)).

Lopinavir/ritonavir proteaz inhibitörü kombinasyonu MERS-CoV tedavisi için en yaygın denenen yöntem oldu. Lopinavir/ritonavirin preklinik olarak başarılı değerlendirilmesinin ardından ilave interferon-beta1b kombinasyonun klinik değerlendirmesi önerildi (Chan, J.F. et al (2015; Arabi, Y.M. et al (2018)).

Lopinavir ve ritonavir kombinasyonu zaten mevcut olduğundan Wuhan, Çin’de erken SARS-CoV-2 ile enfekte hastaların tedavisinde randomize kontrollü bir çalışma COVID-19 için kombinasyonun etkinliğini ve güvenilirliğini değerlendirmek üzere hızla başlatıldı (Huang, C. et al (2020)).

RNA-yönlendirilmiş RNA polimaraz (RdRp) inhibitörü remdesivir showed broad-spectrum antiviral koronaviruse karşı geniş-spektrumlu antiviral bir aktivite gösterdi ve hem hayvan orijinli hem de kültürdeki virüslerin replikasyonunu inhibe etti. (Sheahan, T.P. et al (2017; Sheahan, T.P. et al (2020); Wang, M. et al (2020)). Şubat ayı sonlarında ABD NIH, COVID-19 teşhisi konan hastanede yatan yetişkinlerde remdesivirin güvenliğini ve etkinliğini değerlendirmek için randomize, kontrollü bir klinik çalışmayı Omaha’daki Nebraska Üniversitesi Tıp Merkezi’nde başlattı.

A ve B influenza tedavisinde kullanım için onaylanmış bir nükleosid analogu olan Favipiravir, Covid-19 salgında kullanım için potansiyel geniş spektrumlu bir antiviral olarak tanımlanmıştır. Remdesivir gibi, favipiravir çeşitli RNA virüslerinin RdRp’larını inhibe eder; Influenzaya ek olarak favipiravir, sarı humma virüsü, Ebola virüsü, norovirüs ve chikungunya virüsü için de kullanılmıştır (Li, G. et al (2020)).

Diğer potansiyel antiviral ilaç hedefleri, virüsün konakçı hücrelerden salınmasını sağlayan; virüs girişi, montajı ve ekzositozu içerir. Bununla birlikte, viral hedeflerin iyi anlaşılmasına ve in vitro ve hayvan modellerinde potansiyel antiviral ajanların tanımlanmasına rağmen, bu bulgular insanlarda etkinliğe dönüşmemiştir. (Zumla, A. et al (2016); Chen, Y. et al (2020)).

Monoklonal Antikorlar

Monoklonal antikorlar (MAb) ortaya çıkan hastalıklara karşı genellikle ilk başvurulan savunma hattıdır. Kemirgenlere ait, kimerik ve tamamen insan antikorları dahil nötrleştirici MAb’lar test edildi; İnsandan gelen MAb’lar azaltılmış immünojenisiteleri nedeniyle tercih edilir. (Jin, Y. et al (2017)).

Dana-Farber Kanser Enstitüsü (Harvard Üniversitesi)’ndeki bilim adamları, SARS-CoV enfeksiyonunu engelleyebilen bir antikorun insandan izole edildiğini bildirdi . 80R adı verilen antikor, virüsün hücrelere yapışmasını sağlayan sivri uçlu (Spike, S) glikoproteinini hedefler ve virüsün ACE2 reseptörlerine bağlanmasını engeller. Antikor, hayvan modellerinde test edildi ve akut akciğer hasarına karşı koruduğu saptandı. Böyle bir antikorun, SARS-CoV enfeksiyonunun erken tedavisi için pasif aşılamada kullanılması öngörülüyor (Sui, J. ve ark. (2004); Cleri, D.J. ve diğerleri (2010)). Bununla birlikte, daha sonraki çalışmalar, antikorun geniş ölçüde koruyucu olmadığını, 2003-2004 SARS-CoV salgını ile ilişkili farklı bir SARS suşuna karşı etkisiz olduğunu gösterdi (Cleri, D.J. ve diğerleri (2010)).

Ulusal Kanser Enstitüsü’ndeki (NCI) araştırmacılar, 80R’a göre iki yeni antikorun ACE2 reseptörü için yüksek afiniteye sahip olduğunu rapor ettiler. Araştırmacılar, M396 ve S230.15 olarak adlandırdıkları bu monoklonal antikorların (MAb’ler), modelleme çalışmalarında tüm SARS-CoV izolatlarını etkisiz hale getirdiklerini gösterdiler (Zhu, Z. ve diğerleri (2007)).

ABD’li ve Çinli araştırmacılar, monoklonal antikorlar kullanarak Ortadoğu Solunum Sendromu (MERS) koronavirüsünün nötralizasyonunu sağladılar. Geniş bir muhtemel antikor kütüphanesi taranarak MERS-CoV’in sivri uçlu glikoprotein reseptörünü (CD26 / DPP4) hedef alan üç MAb in vitro olarak tanımlandı. MAb m336,virüsü olağanüstü bir şekilde etkisiz hale getirdi ayrıca reaktif olarak büyük bir potansiyele sahip olduğunu ve MERS-CoV aşılarının geliştirilmesini kolaylaştırmak için terapötik bir aday olduğu bildirdi (Ying, T. ve diğerleri (2014)). Japon araştırmacılar ayrıca MERSCoV için anti-CD26 MAb’yi araştırdı ve insan için uyarlanmış MAb YS110’un umut vaat rapor etti.(Ohnuma,K. ve ark. (2013)).

İnterferonlar

Doğal interferon yanıtı dahil olmak üzere, konakçı immün yanıtı; viral replikasyonun kontrolü için çok önemlidir. Koronavirüsler bağışıklık sisteminden kaçınmak için bu yanıtı baskılarlar.

Bununla birlikte, koranavirüslere karşı interferonlar, özellikle rekombinant formlarları kullanılabilir (Zumla, A. ve ark. (2016)). İnterferon-beta, interferon-alfa ve interferon-gama’nın antiviral aktivitesi hastalardan izole edilen SARS-CoV suşlarında değerlendirildi ve Vero ve Caco-2 hücre hatlarında çoğaltıldı (Hensley, L.E. ve diğerleri (2004)). IFN-beta, her iki hücre hattındada SARS-CoV replikasyonunu inhibe eden iyi bir antiviral aktivite gösterdi. IFN-alfa da aktifti, ancak IFN-beta’dan 50 ila 90 kat daha düşük bir duyarlılık indeksi gösterdi. IFN-gamma bir hücre hattında IFN-alfa’dan biraz daha fazla aktif iken başka bir hücre hattında hiç etki göstermedi (Cinatl, J. ve ark. (2003)). In vitro olarak, interferon alfa ile tedaviye, MERS-CoV’nin SARSCoV’dan 50 ila 100 kat daha duyarlı olduğu gösterilmiştir (Abdel-Moneim, A.S. (2014)).

Bir çalışma, Klinik olarak onaylanmış 19 antiviral ilacı arasında, Alferon N’nin (interferon alfa-n3) SARS-CoV’ye karşı en güçlü antiviral aktiviteye sahip olduğunu gösterdi. (Tan, E.L. ve diğerleri (2004)).

Kortikosteroidler

Çin hükümeti, hepatit B için kullanılan bağışıklık sistemini güçlendirici etkiye sahip SciClone’s Zadaxin (timozin alfa 1)’nin SARS salgını sırasında kullanılmasına onay verdi. Zadaxin, vücuda enfeksiyon ile savaşma yeteneği kazandırıp, beyaz kan hücrelerinin üretimini sağlıyor. Her ne kadar ürünün SARS tedavisi üzerindeki etkinliği hakkında kesin veri mevcut olmasa da, bu ve diğer bulaşıcı enfeksiyonlar için bazıları tarafından umut verici bir tedavi yöntemi olarak kabul edililiyor(Goldstein, A.L. ve diğerleri (2009)).

Hepatit koronavirüsleri ile enfekte olan farelerde, Ribavirin proinflamatuar (yangıya sebep olan) sitokinlerin salınımını azaltır ve aynı zamanda bir immünomodülatör görevi de görebilir (Peiris, J.S. ve ark. (2003)). In vitro çalışmalar diğer virüsleri inhibe eden ribavirinin ,SARS-CoV replikasyonunu inhibe etmek için yeterli olmadığını gösterdi (Normile, D. (2003)). Bu nedenle, Ribavirin’in faydası onun immünomodülatör aktivitesinden kaynaklanmış olabilir (Mazzulli, T. ve diğerleri (2004).

Kaynak

Disease Briefing:Coronaviruses, Cortellis – Clarivate Analytics. (Tüm referanslar için dosyanın PDF’sine bakınız)

CRISPR-Cas9 Rehberi

Öğrencilerimin sunumu ile en güncel CRISPR-Cas9 rehberi (addgene’den).