Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)

15 Haziran 2016

Başarıyı Köreltenler: Okullar!

Kaliteli bir eğitimin nasıl olması gerektiği tüm zamanların en tartışılan konuları arasında olmuştur. Ancak bu, "kalite"den ne kastettiğimize bağlıdır. 

Kast ettiğimiz şey, öğrencilerimizin sadece test skorları ise büyük bir hata yapıyoruz demektir. Çünkü toplumun sorunlarını çözmek, ihtiyaçlarını karşılamada yardımcı olacak bir şeyler üretmek istiyorsak, gerçek yaşamda önümüze soru banklarındaki soruların cevaplarını ezberlemekten daha fazlası çıkar. 

Peki okullar ne yapar?
Okullarına ve eğitimlerine gözleri ışıltı dolu bir hevesle başlayan çocukların heveslerini kursaklarında bırakırlar...

Nasıl mı?
Çocukların inanılmaz hayal güçlerini absürt bularak, yaratıcı fikirlerini küçümseyerek ve sonu gelmeyen soruları için bıkkınlık tavrı sergileyerek.

Sonuç?
Kendimiz gibi birçok konuda bilgisi olan, fakat kafasındaki bu ezbere bilginin kölesi durumuna gelmiş normalize bir insan.

"Çocuklarıma asla bir şeyler öğretmeye çalışmam. Onlara öğrenecekleri bir ortam sağlarım."
-Albert Einstein

Bundan daha veciz bir söz ne olabilir.

Allah aşkına üniversitelerimizi bir düşünün...

Çoğu kendilerine gelen öğrencilere halihazırda bilinenlerden başka ne öğretiyor? Zaten bu soru yanlış... "Öğretmek!"

Hangi devirde yaşıyoruz. Çocuklar senin o "öğrettim" dediğin şeyleri İnternet'ten de öğrenebilirler. Böylece rahatlarını bozmadan okula gelip dört duvar arasında vermiş olduğun sıkıcı nutuklardan da kurtulmuş olurlar.

Sadece bilgi yüklenmenin bir anlam ifade etmeyeceğini bilmeliyiz. Eğer etseydi bugün hemen her alanda en gelişmiş ülkeler olan Amerika, İngiltere ve Almanya'nın açlıktan ölmeleri gerekirdi. Mesele öğrenmiş olduğun bilgi ile ne yaptığındır... Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.

Önemli olan onlara öğretmeyi değil "anlama" veya "anlamlandırma"yı göstermek, yaratıcılıklarını ortaya koyacak bir ortam sağlamaktır. Sayfa sayısı binlerle ifade edilen ders kitaplarındaki kuru gerçekleri sıralayıp, sonucu bilinen deneyleri önlerine koyarsak kendi kendimizi tekrardan başka ne işe yarayacaktır. 

Bunu yaparsak öğrenci, zaten her şeyin bulunup keşfedilmiş olduğunu, bunlarla ilgili bilginin kitaplarda yazılı olduğunu, kendilerine düşenin bu kitaplardaki sonu gelmez kavram ve konuları ezberlemek olduğunu düşünecek ve merakı, dolayısı ile üreticiliği, keşfetme hazzı tamamen dumura uğrayacaktır. Bu konuda yine Einstein aynen şunu söylüyor: "Bu çeşit formal bir eğitimle merakımın tamamen yok olmadığına hayret ediyorum". 

Zaten bu değil midir ki ülkemin güzel insanı diplomasını cebine koyduğunda artık her şeyin bitmiş olduğu kanısına varır ve bırakın araştırma ve üretmeyi, okumayı bile rafa kaldırır. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.

Çocuklarımızın öğrenme, anlama, problem çözme, keşfetme, üretmeleri için bilinenlerden çok bilinmeyenleri tartışmalı ve onların meraklarını daha da ileri taşıyacak uygulamalar yapmalıyız. Böylece çocuklarımızın kendine güveni gelir ve henüz bilinmeyen dünya kadar konu içinde kendilerinin de çözebileceği, keşfedeceği şeyler olabileceğinin fevkine varırlar...

Ne zaman iflah oluruz? 

Karşımızdaki öğrencilere medrese hocası edası ile her şeyi kendimizin bildiğini veya kitaplarda yazılı olduğunu, onlara düşenin ise hiç bir şey sormadan, yorum yapmadan bizi dinlemeleri, kitaplardakini okuyup ezberlemeleri olduğunun yanlış bir yol olduğunu anlarsak... 

31 Mayıs 2016

Mitokondri: Tüm Biyoloji Kitapları Yeniden mi Yazılacak?

Yaşam bilimlerinde çalışan insanlar mitokondrinin ne derece hayati öneme sahip bir organel (hücre içindeki bir yapı) olduğunu bilirler.

Enerjimizin (ATP) %90'ından fazlası mitokondrilerde yapılır. Yani, hücrelerdeki bu" enerji santralleri" olmadan kılımızı bile kıpırdatamayız.

Ancak, mitokondrilerin hücre ve organizmadaki rolü bununla sınırlı değildir...

Hücre ölümü, yaşlanma, kanser ve daha birçok şeyde bu organellerin büyük rolünün olduğunu görüyoruz.

Örneğin, kanserlerin % 80'inde işlevi bozulmuş mitokondriler göze çarpmaktadır. Kanser hücrelerinde mitokondriler hasarlı olduğundan, hücresel solunum daha çok glikoliz dediğimiz bir çeşit fermantasyon süreci ile sınırlı kalmakta ve hücreler bol miktarda laktik asit üretmektedir. Bu nedenledir ki, kanser tümörler genellikle asidik bir çevreye sahiptir ve normal hücreler bu çevrede yaşayamazlar.

Yaşlanmanın en önemli teorilerinden biri "mitokondriyel yaşlanma teorisi"dir. Soluduğumuz oksijenin büyük kısmı bu yapılar tarafından kullanılır ve en son suya çevrilir. Ancak, bu çevirim sırasında az da olasa elektrik kaçağı olur ve bu kaçak elektronlar "serbest radikaller" dediğimiz "aç" oksijen türevlerini yapar. Elektronlara aç olan bu oksijen türevleri hücredeki hemen diğer tüm moleküllere (DNA, RNA, protein, yağ) bağlanarak onların işlevini ya azaltır ya da bozar. Sonuç: yaşlanmaya adım adım gitme. Çünkü, hücrenin tamir mekanizmasını da bozan bu sistem, hücrelerin onarımına büyük bir sekte vurmuş olur.

Hücrenin en önemli programlı ölüm mekanizmalarından (apoptoz) biri mitokondrilere dayalıdır. Bu organellerdeki sinyal moleküllerine dayalı olan hücre ölümü veya intiharı en yaygın hücre ölümü çeşidini oluştur.

Bugüne kadar yapılan araştırmalar bu yapıların bakteriler hariç tüm diğer canlıların (ökaryotlar diyoruz) hücrelerinde bulunduğu yönünde idi. Ökaryot nedir derseniz, gözle görülen ve ya görülmeyen bakteri dışındaki tüm canlılar... (yani hayvan, bitki, mantar, amip gibi diğer tek hücreliler, vs..).

Dolayısı ile bilim kitaplarında, bakterilerle ökaryotlar arsındaki en belirgin farklar arasında bu organel de sayılıyordu.

Ancak, yeni bulgu ve bilgiler kitaplarımızı bu konuda yeniden yazdıracak nitelikte...

Her ne ise... konu başlığımız dönmeden önce, genel okuyucu için biraz mitokondri nedir, ne değildir bahsine girmekte fayda var.

Bilim dünyası, boyutları ve birçok özelliği bir bakteriye benzeyen bu organellerin bize bakterilerin mirası olduğunu düşünmektedir. 

Düşünceye göre, 1-2 milyar yıl öncesine kadar atmosferimizde çok az bulunan oksijenden dolayı, basit ökaryot (çekirdekli) hücreler oksijen yerine metan gibi başka gazlarla solunum yapıyorlardı (dolayısı ile işlevi için oksijene gerek duyan mitokondriye de gerek yoktu). Bu basit hücreler bir bakteriyi (protobakteri) yuttu ve onu parçalayacak iken, onu içinde tuttu ve her nasıl oldu ise bir şekilde onunla karşılıklı çıkara dayanan simbiyotik bir ilişkiye girdi.

Zamanla da bu bakteri hücre içinde bugün bildiğimiz mitokondriye evrildi. 
Benzer şekilde, bir bakteri de (siyanobakteri) kloroplastı olmayan bir bitki hücresine girdi ve orada bildiğimiz kloroplasta farklılaştı. Kloroplastın ortaya çıkması ile onun ürünü olan oksijen de atmosferimizde arttıkça arttı. Bu yükselen oksijen trendi, içinde mitokondri bulunan hücrelerin mantar gibi çoğalmasını ve diğerleri ile rekabeti kazanmasını sağladı. 

Çünkü, mitokondri oksijenle çalışan bir yapı idi ve içine girdiği hücreye rekabette bir üstünlük sağladı. Oksijeni kullanamayanlar ise (bunların çoğu yine bakteri idi) yerin dibine girdiler. Çünkü, kloroplastın yapmış olduğu fotosentez sonucu atmosferde biriken ve gittikçe artan oksijen mitokondrisi olmayan bakterilerin bazısı için bir zehir etkisi yaratıyordu. Bakterilerin geri kalan kısmı ise, oksijenle yaşamayı sağlayacak bir takım modifikasyonlara gittiler.

Biraz da bu organelin bazı ilginç özelliklerinden bahsederek bu konuyu kapatıp esas konumuz dönelim. 

Erkek veya kadın olalım, hücrelerimizdeki tüm mitokondrileri annemizden alırız. Spermle yumurtaya mitokondri girmez, girenler de yok edilir. Birazdan, az da olsa bahsedeceğimiz mitokondri DNA'sına bakarak anne soyumuzun nereden geldiğini tahmin edebiliriz. Baba tarafını merak ediyorsak ve erkeksek, en iyi referansımız Y kromozomu olacak (bu konuya kısmen değinen bir yazımı burada okuyabilirsiniz). Çünkü, kadında babadan gelen Y kromozomu bulunmaz. Kadındaki iki X kromozomundan hangisinin babadan, hangisinin anneden geldiğini belirlemek ise meşakkatli bir iştir.

Mitokondri, içinde DNA bulunan nadir organellerden biridir. Bir diğeri ise bitkilerdeki kloroplasttır. Bunların neden bize ve bitkilere miras kalan bakteri kalıntıları olduğunu sanırım şimdi daha iyi anlamışsınızdır! 

İnsanlarda mitokondri DNA'sı üzerinde 37 gen bulunmaktadır. Bunlardan 13 tanesi proteinleri kodlamakta, diğerleri ise başkaca işlevleri olan RNA'ları. Ancak, mitokondrinin işlevinin ve yapısının büyük oranda kromozomlarımızdaki genlere dayalı olduğunu biliyoruz. Yine de, bazı hastalıklar mitokondriyel kalıtımla geçer. Mitokondriyel DNA genetik geçmişimiz (akrabalığımız) hakkında da önemli ipuçları verir.
Son zamanlarda üç ebeveynli tüp bebekler konusunda mitokondri transferinin ne maçla yapıldığını buradaki bir yazımda okuyabilirsiniz. 

Konu başlığımıza dönersek... 

Bazı ökaryotların mitokondri taşımadığı konusu. Bu konu henüz çok yeni ve geçen hafta yayımlandı (bkz. Current Biology) ve bilim dünyasında büyük bir yankılanması oldu.

Bu çalışmaya göre, kemirgenlerde bir bağırsak içi hücre paraziti olan ve kendisi de ökaryot olan Monocercomonoides'in mitokondri ve mitokondri proteinleri içermediği rapor edildi. Yani, diyebiliriz ki bu canlı oksijeni kullanmayabilir ve buna rağmen fevkalade büyüyüp çoğalabilir. Muhtemelen glikoliz yolağını esas enerji yolu olarak kullanıyor.  

Başka bağımsız araştırmalar da aynı sonuca varırsa, tüm biyoloji kitaplarımızdaki mitokondri ile ilgili kısımları yeniden yazabiliriz. Bunlar içinde özellikle biyokimya alanında büyük bir yer kaplayan "metabolizma" konusu da olacak. 

Tabi bu, birçok uygulama için hücreye yaklaşımımız da değiştirecek. 

Son olarak şunu söyleyeyim: Bilimde ne kadar keşfedersek edelim, ne kadar bir konuyu ince ayrıntılarına kadar bildiğimizi düşünürsek düşünelim, DOĞA her defasında karşımıza bir sürprizle çıkmakta, bizi şaşırtmakta ve o zamana kadar evrensel olduğunu düşündüğümüz birçok konu ve kavramı esasen eksik kavradığımızı göstermektedir. 

Zaten bilimin de güzelliği burada değil mi? Her an yeni bir şey keşfederek ileri doğru yol almak... Bazı keşifler dünyamızın sonunu getirecek nitelikte olsa da.

19 Mayıs 2016

Genler Kaderimiz mi? Yoksa Bizi Biz Yapan Genler Üstü Bir Durumda da mı Var?

Gen dışındaki olaylara gelmeden önce biraz gen ve genetikten konuşalım (yazalım). Sonra da bizi biz yapan şeyler sadece genlerimizde mi kodlu yoksa başka şeylerde mi var siz karar verin...

Hemen herkes "genetik" diye bir şey duymuştur. Adı üzerinde... Genlerle uğraşan bir alan! Bazen "kalıtım" olarak da bilinir. Annemizin "yumurtasından" ve babamızın "sperminden" bize aktarılan miras... Bu mirası aktaran moleküle DNA diyoruz.

Sperm ve yumurtada 23 tane DNA molekülü varken, vücudumuzu yapan 200 trilyon hücrenin her birinde 46 tane DNA molekülü var. Çünkü, 23 tanesi babamızın sperminden 23 tanesi de annemizin yumurtasından gelir.  Bu DNA molekülleri özel proteinlerle birleşir ve her biri bir kromozom yapar. Yani 46 kromozom! (sperm ve yumurtada 23'er kromozom). Dolayısı ile 23 çift!

Bunların 22'si mükemmel çift oluştururken, cinsiyetimizi belirleyen ve adına X ve Y dediğimiz kromozomlar mükemmel çiftler değildir.

Flöresan boyaların bağlı olduğu DNA dizileri kullanılarak işartelenen insan kromozomları (Buradaki bir erkek hücresindeki görünümdür. Bayan hücrelerinde Y kromozomu hariç diğer kromozom setleri aynıdır. Bayanda iki adet X bulunur)


Erkek isek, X kromozomunu annemizden, Y kromozomunu babamızdan alıyoruz. Böylece her hücremizde, her bir çiftin bir tanesinin annemizden ve bir tanesinin babamızdan geldiği 22 çift kromozomumuz ve bir de  XY çifti var.

22 çift kromozom için kadınlarda da aynı durum söz konusudur. Ancak, kadınların her hücresinde erkelerdeki XY kromozomları yerine, birinin anneden diğerinin babadan geldiği 2X kromozomu vardır ve birbirlerine oldukça benzerdirler. Yani, görünüşlerine bakarak hangisinin anneden, hangisinin babadan geldiğini anlayamayız.

Mükemmel çift oluşturan kromozomlarımızdan hangisinin annemizden hangimizin babamızdan geldiğini ayırt edemezken, X ve Y kromozomları bariz biçimde farklıdır. Çünkü, mikroskop altında X kromozomu Y kromozomundan 3 kat büyük görünür. Hatta, kromozomlar arasındaki en küçük kromozom Y kromozomudur. Bundan dolayıdır ki, İnsan Genom Projesinde dizisi ilk saptanan kromozom Y kromozomu olmuştur.

Daha da işi sıkıcı yapmadan, bu konuyu son bir şeyle bitireyim: erkek çocuğu olmayan beyefendiler, sakın ola ki hanımlarının üzerine kuma getirmesinler. Neden mi? Çünkü, erkek çocuğu olup olmayacağını tamamen erkek belirler de onun için... İçinde Y kromozomu olan sperm yumurtaya girerse çocuk erkek, içinde X kromozomu olan sperm yumurtaya girerse çocuk kız olur da ondan. Annenin tüm yumurtalarında X kromozomu olduğu için, onun yapacağı fazla bir şey yoktur.

Neyse konumuza dönelim... Genler Kaderimiz mi? Yoksa Bizi Biz Yapan Genler Üstü Bir Hafıza da mı Var?

DNA'ya baktığınız zaman onun çok da göz alıcı bir molekül olmadığını görürsünüz. Adına "nükleotid" denen 4 adet (A, G, C ve T harfi ile gösterilen) kimyasalın değişik tekrarlarından oluşan, uzun, birbirine saralı iki zincirden oluşan bir yapı. Dolayısı ile buna "DNA sarmalı" ya da "DNA heliksi" diyoruz. Geleneksel olarak, DNA molekülünü büyüklüğüne göre kromozomları sıralamışız. Yani, 1. kromozom en büyük DNA molekülüne sahipken, 22. kromozom en küçük DNA molekülüne sahip. Dolayısı ile, yukarıdaki 4 harften yaklaşık 250 milyon tane 1. kromozomda bulunurken, 22. kromozomda bu sayı yaklaşık 50 milyondur.

DNA moleküllerini yapan bu harfler birer şifredir. Şifrelerin bazıları 1000 harften daha uzun, bazıları 10-100 kadar kısa olabilir. Çoğu, 100-1000 arasındadır. Bunlara "gen" diyoruz. 4 harften oluşan bu sıkıcı şifreler hücrede belli makineler tarafından deşifre edilirler. Deşifre olan ürünler ise karmaşık yapısı olan proteinler veya yine sıkıcı tek düze dizileri olan RNA'lardır. Bunlara değinip konuyu daha da karmaşık hale getirmeyelim...

Bir benzetme yaparsak. DNA'yı çıplak vücutlarımıza benzetebiliriz. Elbise giymediğimiz sürece biri birimize az çok benzeriz. Baş, ayaklar,kollar, bacaklar... Ancak, elbiselerimiz giydiğimizde bir renk cümbüşü... (bir stadyumdaki seyircileri düşünün).


Çıplak DNA: sperm ve yumurtada DNA böyle bulunur.

Buna benzer şekilde, annemizin yumurtasındaki ve babamızın spermindeki DNA'lar da ana maddesi 4 nükleotid olan dizilerdir ve her insanda büyük oranda (%99.9) benzer dizilim gösterir. Yani hepimiz neredeyse aynıyız. Yani gen seviyesinde insanoğlu arasında sadece binde 1 bir fark var.

Peki nasıl oluyor da bu kadar farklı fiziki ve kişilik özellikleri gösteriyoruz?

Bunu şu an kimse cevaplayacak konumda değil ve bunun cevabı henüz ufukta bile görünmüyor.

Ancak...

Bir kere sperm yumurtayı dölleyince, her şey allak bullak olmaya başlar. Hem spermden gelen ve hem de yumurtada bulunan o yeknesak DNA moleküllerinin orasına burasına "küçük kimyasal gruplar" eklenmeye başlar. Böylece, çıplak DNA'lara kişiye özgü olarak elbise giyindirilmiş olur ve aynı DNA dizilerine sahip genleri olsa bile insanlar boy, kilo, davranış, hastalıklara meyil veya direnç, ömür uzunluğu gibi sayamayacağınız kadar konuda farklılıklara sahip olurlar. Aynı yumurta ikizlerinde bile bu farklılıklar ortaya çıkar. Çünkü, DNA'nın orasına burasına sonradan eklenen bu küçük kimyasallar (metil ve asetil grupları) onun aktivitesini dramatik bir şekilde değiştirir.

Giyindirilmiş DNA: Sperm yumurtayı dölleyince küçük kimyasal gruplar DNA'nın orasına burasına eklenmeye başlar ve onun işlevini tamamen değiştirebilir.

İşte, bunlara genetik üstü faktörler, ya da moda terimi ile "epigenetik" faktörler diyoruz. Son yıllarda yeni yeni anlamaya başladığımız bu çeşit bir değişimin bir "hafıza" misali genler gibi nesilden nesile de geçebildiği konusunda raporlar var. Örneğin, genlerde bir değişiklik yapmayan belli kimyasalların koklatıldığı hayvanların yavrularının da bu kimyasallara aynı tepkiyi gösterdikleri rapor edildi.

Tabi bu durum kitaplarda yazılana oldukça ters. Çünkü, günümüzde kalıtımda "gen merkezli" ve "doğal seçilime dayalı" evrim görüşü hakim. Eğer yukarıdaki durum gerçekse, bu görüşlerinde oldukça revize edilmesi gerekecek. Artık kitaplarımızda ve makalelerimizde "sonradan kazanılan karakterlerin kalıtımı" konusunu da bunlara eklememiz gerekecek. Ancak, bunu yaparsak, 19. yüzyıla dönmüş olacağız. Neden mi? Çünkü, Lamarckism bu çeşit bir kalıtımı öne sürüyor da ondan. Taa o zamanlar, Fransız biyolog Lamarck sonradan kazanılmış karakterlerin de bir sonraki nesle geçtiğini ileri sürmüştü (Yüksek dallardaki yaprakları yemek için uzanan zürafaların, boyunlarının uzaması! ve bunun nesilden nesile geçmesi gibi bir şeyler hatırlıyorsunuzdur).

Örnek mi istersiniz? alın size "mühürlenmiş genler" diye bir şey...

Anne ve babamızda bunlardan 100 kadar var. Normal kalıtımın dışında bir davranış gösteriyorlar. Bu genlerin her biri için annemizden ve babamızdan birer kopya (allel) alıyoruz. Ancak, bireyden bireye fark gösteriyorlar. Anneden gelen kopya işlevsel ise, babadan gelen kopya "mühürlenmiş" oluyor. Veya tersi. Aynı bireyde her iki kopya birden işlevsel olmuyor. Yada her ikisi mühürlenmiş olmuyor.

Yukarıda, bolca X ve Y kromozomlarından bahsettim. Epigenetikle ilgisinden dolayı bu cinsiyet kromozomlarına tekrar dönelim...

Her erkeğin vücudundaki hücrelerde bir X ve bir Y var. Ancak her kadının hücrelerinde 2 X kromozomu var. Gen dozu (sayısı) bakımından, kadının daha fazla gene sahip olduğu açık. Ancak, erkekle kadının hücrelerindeki bu gen dozaj farkı tam bilemediğimiz bir mekanizma ile ortadan kaldırılıyor. Nasıl mı? kadının XX kromozomlarından biri kapatılıyor yani "mühürleniyor". Kadında kapatılan X kromozomu annesinden de babasından da gelmiş olabilir. Esasen, kadınlarda vücut bu kromozomlar bakımından bir çeşit "mozaik" yapı gösterir. Vücudunun belli doku ve organlarında annesinden gelen X mühürlenmiş iken, vücudunun başka taraflarında babasından gelen X mühürlenmiş olabilir. Yani tam bir mozaik yapı... Erkeklerde ise bu durum söz konusu değil. Çünkü erkeğin vücudundaki tüm X kromozomları annesinden gelir, Y kromozomları ise babasından.

İşi daha da karmaşıklaştıralım mı?...

Kadının her hücresindeki 2 X kromozomundan birinin kapalı veya mühürlü olduğunu söylemiştim. Bu her zaman böyle değil... Açık yani iş gören X kromozomuna bir bir şekilde hasar görür ve işlevini yitirirse, mühürlenmiş olan X'in mührü açılır ve hasar telafi edilir. Erkeklerde bu tür bir hasar telafisi söz konusu değildir. Çünkü, tek bir X'leri var ve hasar görürse hapı yutar!!! Bu nedenledir ki, eşeye bağlı genetik hasar ve ölümlere erkekler kadınlara göre 5 kat daha yatkındır. İşte tüm bunlar da "gen üstü" nedenlerden kaynaklanıyor. Bu, bize kadınların hemen her toplumda erkelerden neden 5 ila 10 yıl daha fazla yaşadıklarını belki açıklıyordur...

Sonuç olarak, tüm bu konularda (genetik ve epigenetik) bilgi ve bildiklerimiz henüz çok primitif ve sandığınız gibi her şey genlerle belirlenmiyor. Yediğiniz, içtiğiniz besinlerdeki kimyasallar da sizi şekillendiriyor, hayatta yaşadığını tecrübeler de. Ve bunlar bir şekilde kayıt altına alınıp gelecekteki nesil ve nesillerinize geçiyor.

21 Nisan 2016

Kanseri Yenmek: İçerden Savaş!

Herkes "bağışıklık sistemi"ni duymuştur. Bizi dışarıdan gelen hastalık yapıcı ajanlara (bakteri, virüs, vs) karşı koruyan bir savunma sistemi. Yabancı ajanlar vücudumuza girince, bu sistem tarafından sağlanan değişik çeşitte bağışıklık hücresi harekete geçer ve onları vücudumuzda daha fazla çoğalmadan etkili bir şekilde bertaraf eder.

Peki kanser hücreleri için de aynı şey söz konusu değil mi? Ne yazık ki hayır...

Çünkü, kanser hücrelerini vücudumuz kendisi üretir ve onları bakteri veya virüs gibi yabancı değil, tanıdık veya "dost" kabul eder. O halde, yukarıdaki gibi yabancıya karşı işleyen bir mekanizmayı kendimizin de olsa "anormal" olan kanser hücrelerine karşı harekete geçiremez miyiz? Olası... Nasıl?

Bir şaşırtmaca yada aldatmaca ile...
Kanser hücrelerine saldırı (Büyütmek için resmin üzerini tıklayınız)
Kan dolaşımımızda bulunan T-hücreleri bir çeşit bağışıklık hücreleridir. Bu hücreler yüzeylerindeki tanıma molekülleri (reseptör) ile vücudumuza giren yabancı ajanları ve kanser gibi anormal hücreleri tanıyıp  onlara bağlanabilirler.

Bu bağlanma bir "el sıkışma" veya bir "savaş"la sonuçlanabilir. El sıkışma olursa, işimiz Allah'a kalmış. Hasatlık artarak devam eder ve vücuda yayılır. Savaş başlatılır ve kazanılırsa ne ala. Bu konuda bir yazımı burada okuyabilirsiniz...

Peki savaşı nasıl kazanırız? Yukarıda dediğim gibi... Bir şaşırtmaca ya da aldatmaca ile..

Kanseri ilaçlara tedavi (kemoterapi) genellikle normal hücrelere de zarar verir. Bu ilaçlar ayrım yapmaksızın vücutta hızlı çoğalan tüm hücrelere zarar verir. Vücuda dışarıdan giren yabancı ajanlara (antijen) karşı vücudumuz etkili bir şekilde ve kısa sürede birçok bağışıklık hücresi ürettiğinden, kemoterapiden en çok etkilenen hücreler bu çeşit hızlı büyüyen bağışıklık hücreleri, kıl kökü hücreleri ve ve mide-bağırsak hücrelerdir. Bu nedenledir ki, kemoterapi gören insanların bağışıklık sistemi zayıflar, saçları dökülür ve sindirim sistemleri bozulur.

Ancak, hedefe (yani sadece kanser hücresine bağlanan) yeni nesil ilaçlarla yukarıdaki tip olumsuzlukların üstesinden gelinebilir ve vücudun savunma hücreleri olan T-hücreleri kanser hücreleri ile el sıkışacağına, onları elimine edebilirler. Nasıl mı?

Kanser hücreleri normal hücrelerde bulunmayan bazı işaretlere sahip olabiliyorlar. Genellikle protein yapıda olan olan bu işaretler (antijenler) hücrenin dışını saran zara gömülü olduklarından, bağışıklık hücreleri tarafından tanınırlar. Bu işaretlere bağlanan bağışıklık hücrelerinin bir sonraki davranışı, bağlandıkları bu işareti "yabancı veya yerli" olarak algılamalarına bağlıdır. Yabancı olarak algılanırsa, savaş başlar ve kanser hücresi vücudun savunma hücreleri olan bir seri başka bağışıklık hücresinin işbirliği ile ortadan kaldırılır.

Ancak, T-hücreler bağlanmış oldukları bu işareti yabancı değil de yerli ya da dost olarak algılarsa, kanser hücreleri için gün doğar ve azgın bir çoğalma trendine girerler.

Bu yeni nesil ilaçların çalışma moduna gelince... T-hücrelerinin yüzeyinde kanser hücresindeki yukarıda bahsettiğim işareti tanıyıp oraya demirlemesini sağlayan bir yapının (reseptör) yanında, sadece kanser hücresinde bulunan diğer işaretlere de bağlanır. Yani, bir çeşit çifte bağlanmadan söz edilebilir. Bu çifte bağlanma olduğu zaman, kanser hücresi ile savunma hücresi (T-hücresi) arasında tam bir dostluk kurulur. Bu çifte el sıkışma sayesinde, kanser hücresi agresif büyümesini arttırarak devam ettirir.

Ancak, T-hücresi tarafından kanser hücresine uzatılan 2. elin içine bir şey (ilaç) sıkıştırırsanız, uzatılan el havada kalır. Bu, karşıdaki (kanser hücresi) ile el şıkışılamayacağı ve imha edilmesi gerektiği anlamı taşır.

Fakat, hayvan deneyleri ile gösterilen bu çeşit bağışıklık terapisi (immünterapi)'nin kliniğe gelmesinin zaman alacağı aşikar. Farelerde araştırma amaçlı yapılan çalışmaların, birçok yönü ile fareye benzemeyen! insanlarda tedavi edici bir yöntem olup olmayacağı belli değil. Kanser denilen çok yüzlü ve yönlü illetin tamamen tedavisinin yakın gelecekte mümkün olmadığını görüyoruz.

Yıllardır yapılagelen "bu buluşla kanserin kökü kazınacak" gibi haddini aşan açıklamalara, siz siz olun inanmayın. Ve sanırım "tedavi" yerine "terapi" terimini daha uzun bir süre kullanamaya devam edeceğiz.

9 Nisan 2016

Bir Üniversitede Yönetim Nasıl Olmalı? Nasıl Olmamalı?

Bir üniversiteyi İYİ veya SIRADAN yapan yönetimsel özellikler vardır. Önce sıradan olanlarla başlayalım...

  • POPÜLİZM: Yöneticileri tarafından popülist politikalara kurban edilen üniversiteler sıradan olmaya mahkumdur. Yukarıdan "tak" diye emredilince, gerçeklerini hiç göz önüne almadan aşağıda "şak" diye yapan üniversiteler sıradan üniversitelerdir. Örneğin, araştırmaya giden zamanı da hesaba kattığınızda, akademik kadrosu en fazla 4 bin öğrenciye eğitim verebilecek seviyede olan bir üniversiteye 40 bin öğrenci alırsanız, o üniversite sıradan olur. Orada ne araştırmadan ne de eğitimden bahsedilebilir. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz. 
  • YERELLEŞME: Akraba evliliği zararlıdır! Bu durum üniversiteler için de geçerlidir. Bir üniversitede çalışanların (ve okuyanların) % 20'sinden fazlası lokal ise, bırakın o üniversitenin dünya üniversitesini olmasını, ulusal bile olamaz. Olsa olsa bir şehir üniversitesi! olur. Adına üniversite demek bile uygun olmaz. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
  • ESNAF KAFASI İLE İDARE: Para her şey değildir. Cepleriniz para ile dolup taşabilir, ancak insan kaliteniz, entelektüel seviyeniz dibe vurmuşsa, bırakın dünya üniversiteler ligini, kendi ülkenizin üniversiteler ligine bile giremezsiniz. Amatör ligde çakılır kalırsınız. Ülkenin parası ile çok güzel binalar yapmak, içini WiFi, bilgisayar ve pahalı makinelerle donatmak sizi iyi bir üniversite yapmaz. En azından kampüsünüzdeki teknolojilerin bir kısmı kendi araştırma enstitülerinizde ve laboratuarlarınızda bizatihi bilim insanlarınız tarafından üretilmelidir. Yoksa parası bol bir köy ağası da, istediğiniz teknolojiyi satın alıp tarlasına kurabilir. Ve bu tarla, ülkenin bilmem en büyük ne tarlası olabilir.
  • TANITIM: Web sayfaları, kataloglar, basın büroları bir üniversitenin dünyaya açılan pencereleridir. Bu pencerelerde, üretilen bilim değil de yöneticilerin boy boy fotoğrafları ve misafir ağırlama haberleri sergileniyorsa bu sizi sıradan bir üniversite yapar. Unutulmamalıdır ki, en iyi üniversiteler akademisyenlerin kendi rektörlerinin adını bile bilmediği üniversitelerdir.
  • SOSYAL MEKAN: "Aslan yattığı yerden belli olur". Kampüsü olmayan bir üniversiteyi üniversiteden saymak abesle iştigaldir. Sadece kuru binalardan oluşan üniversiteler olsa olsa birer dersane olur. Ancak, kampüsü olup da, o kampüste sadece insanların sık kullandıkları alanları temiz tutan, geri kalan kısımlarında ise insan boyunda otların bittiği dağ başı görünüm sizi sıradan üniversite yapar. Bir misafiriniz geldiğinde, akşam nerede ağırlayıp bir sohbet edebiliriz endişesinin yaşandığı, akademik ve idari elemanlarına hapishane gardiyanlarının mahkumlara layık gördüğü tabldot içinde yemek sunan aş evleri!'ni layık gören üniversiteler sıradan üniversitelerdir. Kampüse giren otobüs ve minibüs duraklarının yerine bile kendisi karar veremeyen, bunları belediyelerden bekleyen ve bu nedenle kaza ve ölümlerin an meselesi olduğu üniversiteler sıradan üniversitelerdir. Milyon liralarla binalar yapan, ancak bu binaların önündeki tabelaları pastan okunmayan, tuvaletleri damlayan, gözden uzak köşelere çöplerini yığan üniversiteler sıradan olamaya mahkumdur. 
  • YÖNETİCİLER: Sadece seçim zamanları yaklaştığında kampüsün işlek yerlerinde tur atarak, oy avcılığı yapan yöneticiler iyi bir üniversite yapamazlar. Akşama kadar gelsin çaylar-gitsin kahveler, iş adamları ve para babaları ile oturup kalkanlar, hali hazırdaki işini değil de görev süresi bitince ne olacağı endişesi taşıyan ve bunun için yatırım yapan, ancak akademisyenlerine bir randevu verme nezaketi bile göstermeyen yöneticiler üniversitelerini sıradan yaparlar.
  • KADROLAŞMA: Bu konudaki yazımı burada okuyabilirsiniz.
  • SİYASET: Siyasetçilerin her dediğini yapmayacaksınız, ancak onlarla iyi geçineceksiniz. Kraldan çok kralcı olmayacaksınız ve siyaseti siyasetçilere bırakacaksınız. Sabah-akşam siyasetle çenelerin yorulduğu bir üniversite bilim yapmaya, ürün üretmeye enerji bulamayacaktır.

Gerçek (İYİ) bir üniversitenin özelliklerine gelince... 

Yukarıdakilerin tersini yapan üniversiteler iyi üniversitelerdir.

6 Nisan 2016

Dünyadaki Tüm Bilgiyi Birkaç Gramında Depolayabilecek Bir Molekül: DNA

DNA'yı herkes biliyordur. Kitaplarda veya popüler medyada şu güzelim biri birine sarılmış iki zincirli sarmal. Her canlıyı yapan, bilginin nesilden nesile aktarımını sağlayan, genetik bilginin şifre şeklinde kaydedildiği molekül.

Çok basit bir dil kullanıyor. Bu dilde sadece 4 harf var: A, G, C, T. Bizim alfabe gibi 29 harf değil. Gözle görülen veya görülmeyen, bakteriden, böceğe, bitkiye, file, insana her canlının ortak alfabesi.

Bu harflerin farklı sayı ve sırada tekrarlanması ile yeryüzündeki tüm canlıları yapan moleküldür DNA. Tüm bir insanı yapan DNA'da 6 milyar harf var. Ağırlığı ise sadece 6 pikogram! Yani, 1 gramın trilyonda biri (1 gram= 1,000,000,000,000 pikogram). Gözle görülemeyen bir hücreden 10 kat daha küçük bir ortama, yani hücre çekirdeğine sığıyor (İnsan genomu ile ilgili bir yazımı burada okuyabilirsiniz?.

Bir özelliği, oldukça kararlı olması. Bir reçine içine koyup saklarsanız 4 milyar yıl dayanır. Yani, dünyadaki tüm yaşamdan daha eski.Açık ortamda, yarılanma ömrü 10 bin yılın üstünde.

Tüm kitaplarımız 29 harfle yazılmamış mı? 

Her alfabe harfini, DNA şifresi ile yazabilirsiniz (örn, H= CAG). İnsan için verdiğimiz örneğe dönersek: 6 milyar DNA harfi, 2 milyar alfabe harfine karşılık gelir. 2 milyar harfle, her sayfasında 1000 harf bulunan ve her biri 2000 sayfa olan 1000 adet kitap yazabilirsiniz. Bunu sadece 1 pikogram DNA ile yaptığınızı unutmayınız. Dolayısı ile her biri 1000 sayfa 1 katrilyon kitabı 1 gram DNA'ya sığdırabilirsiniz. 

Dünyada yaklaşık 130 milyon kitap olduğu düşünülüyor (Ref: Google). Dolayısı ile 1 gram DNA'ya sadece tüm bu kitaplardaki bilgiyi değil, aynı zamanda tüm resim, video ve ses kayıtlarını da sığdırabilirsiniz.

Böylece,  dünyamızın ürettiği tüm bilgiyi DNA şifresi olarak kodlayabilirsiniz. Bu DNA'yı hücrenin içine atıp saklayabilirsiniz. Sentetik (yapay) hücre ile ilgili yazımı burada okuyabilirsiniz. Ancak, hücreler o kadar dayanıklı değildir ve binlerce yıl dayanmazlar. Bu DNA'yı hava almayan bir kapsülün içine koyup saklarsanız milyon hatta milyarlarca yıl dayanır.

Neye mi yarayacak?

Dünyadaki tüm yaşamın ve bilginin ortadan kalktığı bir kıyamet senaryosunu düşünelim! Milyarlarca yıl geçti ve bir şekilde bugünküne benzer insanoğlu (veya daha zeki yaratıklar!) ortaya çıktı. Bu kapsülü alıp bir DNA dizgi belirleme makinesinde okutacaklar ve bu bilgiyide bir bilgisayara yükleyip bilgisayar dili olan 1 ve 0'lara çevirip tüm yazı, resim, videolara, ses kayıtlarına ulaşacaklar.

Bizim için ne mi diyecekler?
"Atalarımız zeki yaratıklarmış. Sonlarını getirecek felaketi öngörmüşler. Ancak, hırs ve açgözlülüklerinin kurbanı olmuşlar".

29 Mart 2016

İlk Yapay (Sentetik) Hücre: Tanrının Rolünü Oynamak mı?

Hiç sanmıyorum... Neden mi?

Buna birazdan döneceğim. Ancak, bu çalışmayı rapor eden grup hakkında önce biraz tarihçeye...

J. Graig Venter (JCV) bir biyolog ve aynı zamanda zengin bir iş adamı. O kadar zengin ki, kendi adına Maryland ve California'da iki araştırma enstitüsü (JCVI) ve Nobel Ödülü almış bir bilim adamını da içinde bulunduran 400'ün üzerinde çalışanı var.

Resim: (soldan sağa) J. Craig Venter. Hamilton O. Smith (Nobel Ödüllü), Dan Gibson, Lijie Sun, John Glass, Krishna Kannan, John Gill, and Clyde A. Hutchison III, . (Resim: J. Craig Venter Institute)

JCV ve grubunu aynı zamanda insan genom projesinden tanıyoruz. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.

Aynı grup 2010 yılında kimyasal olarak sentezlenmiş tüm bir bakteri (Mycoplasma mycoides) genomunu, genomu çıkarılmış boş bir bakteri (Mycoplasma capricolum) hücresine aktardıklarını rapor etmişti. Yeni oluşturdukları bu bakteriye "JCVI-syn1.0" adını veren grup, makalelerine cüretkar bir başlık atmışlardı: "ilk sentetik bakteri yaratıldı" (Science, 2010). (genom= hücredeki tüm DNA)

Aynı grup geçen hafta içinde minimum sayıda genle yaşamını devam ettirebilen ilk yapay bakteri genomunu "tasarlayıp sentezlediklerini" bildirdi (Science, 25 Mart 2106). Bu bakteriye de "JCVI-syn3.0" adını verdiklerini görüyoruz.

Grubun 2010'da kullandıkları provokatif "yaratmak" terimini, haklı bilimsel tepkiler sonucu yeni çalışmalarında "sentez" olarak yumuşattığını görüyoruz.

Neyse. konumuza dönelim.

Bakteri hücresi "yaratıldığı!" için bakteriden başlayalım...

Bakteri tek bir hücreden oluşur, fakat aynı zamanda bizim gibi trilyonlarca hücreden oluşan bir canlı gibi yer, içer, davranır. Yani, kısaca bir bakteri hem tek bir hücredir hem de bir organizmadır.

Bitki ve hayvanlara göre bakteriler çok daha basit organizmalardır. Yaşamak ve çoğalmak için de daha az şeye ihtiyaç duyarlar. Genomları küçük ve binden az geni olanları vardır. 

Grubun, 2010’da referans aldığı ve genomunu sentetik olarak kurduğu bakteri, genomu en küçük (yaklaşık 1 milyon harf) bakterilerdendi.

Bir karşılaştırma yaparsak: bir insan hücresinde yaklaşık 20 bin, tipik bir bakteri olan E. coli’de yaklaşık 5 bin gen (protein kodlayan) var. Genin ne olduğunu daha önce burada yazmıştım.

Grubun geçen hafta içinde rapor ettiği yapay bakteri (Syn3.0) “minimal” bir bakteri. Bu bakteri grubun daha önce oluşturduğu sentetik 516 gene sahip Syn2.0 bakterisinden 43 genin daha çıkarılması ile elde edildi. 

Resim:15 bin kez büyütülmüş EJCVI-Syn 3.0 hücrelerinin elektonmikrografı. 

Syn3.0 başka bir hücreye ihtiyaç duymadan tek başına serbest yaşayabilen genomu en küçük bakteri olmaya aday. Bu yapay bakteride sadece 473 gen var. Bunların 324’ü (3’te 2’si) hücrenin sadece yaşamını devam ettirmesi ile ilgili, diğer 149 genin ise foksiyonu tam bilinmiyor.

Bu sentetik bakteriden daha az gene sahip doğal bakteriler var. Ancak, bunlar serbest yaşayamıyor. Bir hücrenin içinde parazit gibi yaşamaya mahkumlar. 

Az sayıda gen bakımından rekor ise böcek hücreleri içinde yaşayan Nasuia. Bu bakterinin sadece 137 geni var.

Çalışmanın şunu gösterdiği ileri sürülüyor: Tüm canlılarda genlerin çoğu ihmal edilebilir. Yani bu genler aksesuar işlevi görüyor. Bunlar olsa da olmasa da canlı (veya hücre) yaşamını devam ettirebilir.

Peki böyle bir çalışmanın amacı ne? Para! Bir ürünü maksimum yapmak.

Şöyle bir düşünün. Hücrede 5000 gen olsun ve bu genleri kullanarak hücre 100 adet çeşitli endüstrilerde kullanımı olan ürün üretsin. Ancak, bu 100 ürün arasından sadece bir tanesi özel bir hastalık için ilaç ve siz sadece onu üretmek istiyorsunuz. Diğer tüm genleri kapatır, hücreyi rezervlerini bu ilaç için kullanmasını sağlarsanız istediğiniz ürünü 100 kat fazla elde edersiniz.

Sorulacak sorular ise, bu ihmal edilebilir genleri çıkarıp atarsanız canlının ne tür badirelerle karşılaşacağı. Özellikle bizim gibi karmaşık yapılı ve eşeyli üreme yapan canlılarda üreme sorunlarından tutun zekâ seviyesine ve sayısız hastalıklara kadar bir ton sorunla karşılaşılmayacağını kim garanti edebilir?

İnsan eli ile yapılmış hilkat garibesi canlıların uzun vadede dünyamızdaki doğal dengeleri nasıl etkileyebileceği etraflıca düşünülmediği görülüyor. Daha doğrusu, “ben para kazanayım da, benden sonrası tufan” mantığı…

Sadede, yani “yaratma”ya gelince…

Craig Venter ve ekibinin yarattığı aslında hiç bir şey yok. Olsa olsa bir Legonun parçaları ile yeni bir araç yapmışlar. Kullandıkları tüm malzeme (enzimler, vs) ve Legolar (DNA ve yapıtaşları) ise doğadan. Yani var olandan alınma.

Kısaca, “yaratma” kastini aşan bir ifade olurdu ve bu nedenledir ki ilk çalışmalarında kullandıkları bu kelimeyi, yeni çalışmada kullanmamışlar.

Hem bilimsel hem de dinsel olarak isabet etmişler.

25 Mart 2016

Öpüşmek öldürür mü?

Belki! 

Herkesin yeni evlenmiş tanıdıkları vardır. 

Birkaç ay sonra bakıyorsunuz eşlerden biri ya da her ikisi inanılmaz derecede zayıflamış ya da aşırı kilo almış. 

Bazen de biri aşırı kilo alırken, diğeri aşırı kilo vermiş. 

Ne oldu da 20-30'lu yaşlarda çok değişmeyen vücut, evliliğin hem sonrasında birkaç ay içinde bu kadar dramatik bir şekilde değişti?

Yenge hanımın güzel yemekleri olamaz herhalde bu değişimin sebebi. Çünkü, eşlerden biri veya her ikisinin bir çırpıda "çırpı gibi" olduğu da oluyor. 

Bir düşünün.., Her bireyin kendine has bir mikrobiyomu (vücuttaki bakteri ve diğer mikroorganizmalar) var. Ve son çalışmalar, insan vücudunda insanın kendi hücrelerinden 10 kat fazla mikrop (bakteri, maya, vs) olduğunu ortaya koyuyor. Vücudumuzdaki mikroorganizmalar hakkında daha önce burada yazmıştım.

Bu mikroorganizmaların büyük kısmı ise bağırsak sistemimizde yaşıyor ve oldukça faydalı işler yapıyorlar. Faydalı vitamin ve amino asit üretmek gibi...

Ancak, hiç kimsenin bağırsağı diğerininkine benzemez. A kişisinin bağırsağındaki barışçıl mikroplar, B kişisinde birer patojen (hastalık yapıcı) gibi davranabilir. Bu da obeziteye kadar götüren bir seri metabolik sendroma yani, beslenme ve enerji eldesi ile ilgili rahatsızlıklara sebep olabiliyor.

Mide-bağırsak sistemimizde bolca bulunan bu mikropların, öpüşme (salya) ile geçebileceği ve bazılarının mide sindirim sistemini geçip, bağırsağa gelip yerleşebileceklerini biliyoruz.

Zor sorular: 

  • Öpüşmeden aşk olmaz ve her aşkın da bir bedeli var! Ancak, özellikle Fransız öpücüğünde imtina etmek mi gerekir acaba? 
  • Hayvanlar aleminde acaba öpüşme olayı var mı? Onlarda da aşkın bir bedeli var mı?
  • Hiç öpüşmeyen toplumlar var mı? Varsa... bunların hastalık, sağlık, ömür uzunlukları konusunda birşey biliyor muyuz?
  • Sağlıklı insanların bağırsaklarından izole edilmiş faydalı bakterilerin, bağırsak problemi olan hastalara transferini yapan ve bu konuda yakında bir sektör olacağı düşünülen mikrobiyom transferleri gerçekten tedavi edici olacak mı? 

Umarım romantizmin katili ilan edilmem... 

Ne yapalım. Gerçekler böyle.

Not: Yine umarım eşimi bu yazıdan haberdar etmezsiniz... Yoksa, beni eve koymaz!

22 Mart 2016

Akademik Dünyanın Gerçeği 5Y1O Kuralı: Yay Yayın Yap, Ya da Yok Ol!

Bir basın ve yayın kuralı olan 5N1K'yı çağrıştırsa da, akademik dünyada 5Y1O olarak kısaltabileceğimiz "Yay Yayın Yap, Ya da Yok Ol!" kuralı vardırBatı dünyasında bunun karşılığı "Publish or Perish"tir.

Çok tartışılan bir konu olsa da, akademik dünyanın bir gerçeğidir yayın yapmak (yayın hazırlamak ve yayına kabul ettirmede 6 altın kuralı burada yazmıştım).

Tartışılan yönleri arasında işe alınma, sözleşme yenileme ve terfi ettirmede yayınların kurumlar tarafından salt (veya en önemli) kriter olarak alınması gösterilmektedir. 

Ayrıca, araştırmacılar üzerinde böyle bir yayın baskısı kurmanın, onları zorlama yayın yapmaya ve bunun da üretilen bilimin kalitesinin düşmesine sebep olduğu yönünde haklı görüşler vardır. Akademik kaygı ile yapılan yayınların, bilim için bir kazanç değil, kayıp olduğunu düşünenler bulunmaktadır. 


Yayın baskısı sadece bize has bir şey değil. Tüm dünyada "yayın yapmak" bilimde üretkenliğin en önemli göstergesi olarak kabul ediliyor. Aksi taktirde, halkın parasının çarçur edilmiş olacağı savı dillendiriliyor.

Ne diyelim... Nasrettin Hoca'nın dediği gibi her iki görüşte kendince haklı.

İşe alacağımız akademisyeni karşımıza alıp, onun eserlerine (yayın, kitap, proje) bakmadan sadece "Anlat bakalım hele. Ne çalıştın, ne ürettin, ne yaptın?" diyemeyiz. Böyle bir soruya, birçok insan bire bin katarak ne derece büyük bir bilim insanı olduğunu anlatacaktır. 

Ancak, kişinin önümüze koyacağı, yukarıda belirttiğim kaygılar sonucu yapılmış, birbirinin kopyası sayılabilecek Web of Science (SCI, SSCI, AHCI) tarafından bir şekilde taranan ancak etki faktörü sıfır yüzlerce derginin herhangi birinde yapılmış onlarca yayının temel referans alınması ne derece doğru olur?

Sanırım bu konuda karar yine seçici kurullardaki bilim insanlarının basiretli tutumuna bırakılmalı. Evrensel bilim ölçülerine göre değerlendirilecek bir dosya veya adayın performansı, onun  ne derece yetkin ve etkin biri olduğunu ortaya zaten apaçık koyacaktır. 

Ancak, bu "apaçık" durum, deveyi pire, pireyi deve yapacak taraflı değerlendirmelerle değil, "apolitik" bir yaklaşımla belirlenebilir. 

Evrensel akademik kriterlere değil kendi uydurma kriterlerine tevessül eden, esasen bir  değerlendirme kriteri bile bulunmayan, kadrolaşmayı bir peşkeşe çevirmiş olan kurumlar ise kaybedenler olacaktır.

15 Mart 2016

Bilim ve Bilim İnsanları Neden Güvenilirliğini ve Saygınlığını Yitirdi?

Her hangi bir dünya ülkesinde bir ülke liderinin "bilim adamlarımızın görüşüne göre şunu şöyle, bunu böyle yaptık. Bu, ülkemiz ve dünyamız için daha iyi olacak" mealinde bir şey dediğini duydunuz mu? 

Tabi ki hayır...

Çünkü ülke yöneticilerinin ve esasen halkın bilim insanlarına güveni yoktur da onun için.

Neden olsun ki... 

Politize olmuş bir bilime, akademik terfi kaygısı ile yapılmış bir yayına, finansörünün beklentisi yönünde sonuçlarını rapor eden bir araştırmaya, araştırmacısının büyük egosuna kurban gitmiş çarpıtılmış bir gerçeğe kim inanır ve güvenir?

Halbuki, geçmişte çoğunu metafizik sandığımız birçok olgunun esasen elle tutulur, gözle görülür şeyler olduğunu bize gösteren bilim değil mi? Bugün kullandığımız araçlardan tutun, yuttuğumuz ilaçlara her şey bilim insanlarının alın terinin sonucu değil mi? 

Dolayısı ile gerçek bilim ve erdemli bilim insanlarının hayatımızı kolay, sağlıklı ve uzun yaşamak; üzerinde yaşadığımız "dünya" denen bu kara parçasını bozmadan, rezervlerini tamamı ile sömürmeden nasıl devam ettireceğimizi göstermesi gerekmez mi?

Bilimsel araştırmalara devletler tarafından milyarlarca dolar para harcandığı bir dünyada, bilim insanlarının ve ürettikleri bilimin daha çok söz sahibi olması gerekmez mi?...


Ancak, büyük paralarla büyük bilim yapılmıyor...

Çünkü, büyük paralarla desteklenen sözüm ona büyük çalışmaları yapan araştırma merkezleri sürekli bir para akışına ihtiyaç duyarlar. Tabi bunun için de, bazen acı gerçeklere değil proje destekçilerinin beklentilerine cevap verecek manipülasyonlara katlanmak zorundadırlar.
Onlarca ülkeden yüzlerce kişinin olduğu konsorsiyum çalışmalarının ürünü olan ve yüksek etki değerine (Impact Factor) sahip dergilerde yayımlanan yayınları herkes biliyordur.

Ne yazık ki, kimin hangi işi yaptığı belli olmayan bu tür kalabalığı bol birçok çalışmada negatif sonuçların (yani gerçeklerin) halı altına süpürüldüğünü, pozitif sonuçların ise şişirildiğini ve tekrarlanabilirliğin ise neredeyse imkansız olduğunu görüyoruz (Bilimsel araştırmaların tekrarlanabilirliği hakkında daha önce burada yazmıştım). 

Çünkü, bu şişirme sonuçlarla uyduruk patent almadan, bir hastaya nispeten iyi diğerine zehir etkisi yapan bir madde geliştirmeden ve bunun adını da "ilaç" koymadan, sürekli bir para akışı sağlamadan o şatafatlı merkezlerin ayakta durması zor olacaktır.

Bilim sadece "inandırıcı" değil aynı zamanda "ikna" edici de olmalı. Yoksa, avazın çıktığı kadar "iklim felaketi" diye bağırırsın, ancak kimsecikler duymaz ve hiç kimse hiç bir önlem almaz. 

Tabi bir de, bilim insanın nasıl algılandığı var toplumlarda...

Halk ve politikacılar nezdinde bilim insanı deyince genellikle "kafayı sıyırmış, asosyal, tuhaf, tip" gibi sıfatlar akla gelir. 

Bu olduğu sürece, bilim adamları devlet ve bilim politikalarında düzgün durup "yol gösterici" olacaklarına, politikacıların yanında boynu eğilmiş "yağdanlık" gibi durmaya devam edeceklerdir. 

Ülke ve hatta bilim politikalarında ise hayatında bilim veya ilmin kıyısında oturmamış, ancak virüs gibi her yere yayılan, devlet adamlarının, politikacıların gözüne girmeyi başaran "filim insanları" yön verecektir. 

Tabi, böyle olunca duvara toslamanız an meselesidir ve uzun vadede kaybeden herkes olur.

11 Mart 2016

İnsanımız Okumaktan Neden Nefret Eder?

Çünkü, eğitim sistemimiz ve aile ortamımız okumayı bir "ceza" olarak sunar da onun için.

Küçücük çocuklara:
"Çocuğum kitabını oku, dersini çalış sonra seni sinemaya götürelim ya da biraz bilgisayar oyunu oynarsın" türünden birşeyler demiyen var mı?

Bu sözün çocuğun kafasındaki gizli anlamı şu: 
"Okumak zor, zahmetli, sıkıcı bir iştir. Eğer sen bu cezaya katlanırsan, seni sinema veya bilgisayar oyunu ile ödüllendireceğiz"

Böyle bir ortamda büyüyen çocukların şuur altına ileriki yaşamlarında "okumak" lafzı "ceza" ile eşdeğerde bir şey olarak kazınır kalır.

Bunun sonucu, üniversitelerde öğrenciler kalem, kitap, defter yerine pahalı iPhone, Samsung, vs telefonlarla gelirler, İnternet'te  amaçsız biçimde oradan oraya savrulurlar. Hepsi çok okuyan toplumlar tarafından yapılmış günümüzün bu araçlarını bizler sadece tüketir, ağzımız açık bakarız.

Okuma aşkının aşılandığı bir toplumun bireyi ile, okumanın "ceza" olarak görüldüğü bir toplumun bireyi arasındaki farkı aşağıdaki fotoğraflardan daha çarpıcı biçimde ne ifade edebilir?
Sokakta yaşayan evsiz-barksız adamdan, tren bekleyen bayana kadar her şart altında ve her ortamda okuyan insanların olduğu bir toplumla, okumaktan nefret eden toplumlardaki bireyler arasındaki kültür, buluş, icat ve üretme farkını varın siz düşünün. 

Bırakın parkta, durakta, otobüste, uçakta okumayı yukarıdaki gibi bir görüntüyü üniversite kampüslerimizde bile zor görürsünüz. İki- üç genç insanın şu kampüste ellerinde kitap, bir arada oturduklarını görsem dişimi kıracağım!

Ondan sonra oturur kös kös düşünürüz. İlaçtan araca neden her şeyi gavur milletinden alıyoruz, bizim neyimiz eksik?  diyerek...

Malatya'dan İstanbul'a (bu bir örnektir) 18 saat otobüs yolculuğu yapar ve bu süreyi önümüzdeki koltuğa ya da yolcuların ensesine bakarak değerlendirirsek, yukarıdaki soruyu daha çok sorarız.

10 Mart 2016

Genç Araştırmacıya Tavsiyeler: Makale Yazma ve Yayına Kabul Ettirmede 6 Altın Kural


SCI kapsamındaki 2 adet uluslararası dergide yıllardır yapmış olduğum editörlük ve birçok dergide yapmış olduğum hakemlik bana şunu öğretti:
  • Çarpıcı veriler elde ettiğiniz iyi bir çalışmanız, anlatacağınız parıltılı bir bir hikayeniz var,  ancak sunumunuz kötü. Çalışmanızın yayınlanma şansı çok zayıf.
  • Orta halli bir çalışmanız var, ancak sunumunuz harikulade. Çalışmanızın yayınlanma şansı yüksek.
Tabi, bunları ciddi dergiler için söylüyorum.

Yoksa, "ne gönderirsen kabulümüzdür" diyen, aç gözlü, yazardan para talep eden, SCI tarafından bir şekilde taranan ancak etki değeri (Impact Factor) sıfır olan ve ciddi bir editörlük ve hakemlik sistemi bulunmayan yaklaşık 500 dergi için söylemiyorum.

Her ne ise başlayalım...

Madem başlıyoruz Başlık'la başlayalım.

1. Makalenizin başlığı kısa ve özgün olsun. Nerede ise paragraf uzunluğunda olan başlıklar "acemilik" göstergesidir. Uzun başlık, meramınızı kısaca anlatma becerisinden yoksun olduğunuz anlamı taşır.

2. Makaleniz belli bir mantık silsilesi ve bilimsel akış göstersin. Makalenizin başlıktan sonra il okunan yeri neresi? Abstract veya bazen Summary olarak adlandırılan Özet kısmı. Dergi editörleri çoğu zaman makalenin sadece bu kısmına bakarlar ve makalenizi hakemlere (peer-reviewer) gönderip göndermeme konusunda bir fikir sahibi olurlar (Editörler makaleye hiç bir işlem yapmadan doğrudan red etme ya da nadir de olsa hakeme bile göndermeden doğrudan kabul etme hakkına sahiptir).

Dolayısı ile Abstract kısmında en çarpıcı sonuçlarınızı ve bunların ne analama geldiğini yazmalısınız. Bu kısımda literatür bilgisi vermek, genel değerlendirmelerde bulunmak yine "acemilik" göstergesidir.

Makaleniz boyunca kolay anlaşılabilir bir dil kullanın. Uzun ve anlaşılmaz cümlelerden, sofistike terimlerden sakının. Konudan konuya atlamayın. Belli bir konudan bahsettiğinizde, bundan neden bahsetmiş olabileceğinizi sonraki ifadelerinizle gösterin.

Makalenizde nakaratlardan kaçının. Aynı şeyi burada, şurada orada tekrar tekrar yazmayın.

Şekil ve grafikleriniz okunabilir, açık ve profesyonelce olsun. Resim ve diyagramlarınız yüksek çözünürlükte, yazılar okunacak büyüklükte olsun.

3. Makalenizi yazmak için üzerinizde zaman baskısı olmasın.  Atalarımız ne demiş? "
Ağır giden yol alır, hızlı giden yolda kalır". Makale yazmak zor iştir. Beyniniz yorulur, ruhen iflas etme noktasına gelirsiniz. İyi derecede İngilizce bildiğim halde bir makaleyi yazmak en az 3 ayımı alır. Makalenize ne kadar çok zaman ayırırsanız, o kadar eksiksiz olacaktır ve okuyucu yazdıklarınızdan zevk alacaktır. Makalenizde yazdıklarınızın kalıcı olduğunu unutmayınız. Dolayısı ile oradaki doğru veya yanlış her şey yakanıza ömür boyu yapışır kalır. Başkalarının makalesinden yırt-yapıştır yapmayın. Başkasının makalesine atıf yaparken bile orijinalin anlamını bozmadan kendi ifadelerinizi kurun. Kendi makalelerinizden de kapsamlı alıntılar yapmayın. Örneğin, yayınlanmış bir makalenizdeki tüm bir paragrafı yeni makalenize kopyalamayın. Buna İngilizcede "self-plagiarism" yani "kendisinden çalma" denir ve bir nevi "bilimsel intihal" sayılır. 


4. Makalenizi yazmada EndNote gibi bir referans dizgileme programı kullanın. Bu size referans yazmada ve metin içinde atıf dizilemede büyük kolaylık sağlayacaktır. Bu sayede yanlış atıf ve referans gösterme olasılığını ortadan kaldırmış olacağınız gibi, bu size büyük zaman kazandıracaktır.

Makaleniz bir dergi tarafından ret edildiği zaman, başka bir derginin formatına çevirmek sadece birkaç saniyenizi alacaktır (EndNote yazılım sistemi yaklaşık 250 dolar olup, bu ve benzer yazılımlar her bilim insanının elinin altında olması gereken bir araçlardır).

Makaleniz Editöre gittiğinde, böyle bir araçla yazıp yazmadığınız hemen anlaşılır ve profesyonelliğin göstergelerinden biridir. 

5. Makalenizi mutlaka "cover letter" denen "açıklayıcı bir mektup"la beraber sunun. Bu tek sayfa ve çoğu zaman tek paragraf olan mektupta, çalışmanızla bilime ne sunduğunuzu ve neden ilgili dergiyi seçtiğinizi belirtin. Editörler çok meşgul insanlar olduğundan, makalenize bakmadan önce bu mektupları okurlar ve çalışmanızdan ya etkilenirler ya da çöpe atarlar.

6. Hakem değerlendirmelerine karşı kibar olun. Peer-review yani meslektaş-görüşü bilimsel yayıncılığın mihenk taşıdır ve çoğu zaman makalenizi bir üst seviye çıkarır.

Hakemler genellikle çalıştığınız konulara yakın konularda uzman insanlar olduklarından, çok absürd olmadığı sürece onların tavsiye ve yorumlarına uyun. Hakem ve editörlerle gereksiz polemiklere girmek size hiç bir fayda sağlamayaz. Bu davaranış, makalenizin kabulünün gecikmesine ya da ret olmasına sebep olacaktır.

Özet olarak, çalışmanızın kabul görmesinde üç önemli şey: profesyonelce sunum, sunum, sunum.

6 Mart 2016

Homo Sapiens'ten GMO Sapiens'e: Son Sürat "Tasarım Bebeklere" Doğru...

Genetik mühendislikte son trend ve tabi panik! Genetiği değiştirilmiş (yani GMO) insanlar mümkün mü?. 

Bugüne kadar genetiği değiştirilmiş organizmalar (GMO) bazı hayvan ve bitkilerle sınırlı kaldı.

Ancak, son yıllarda genetik alfabemizi okuyup, istenilen değişiklikleri tek harf düzeyinde bile yapacak "genom edit etme" mekanizmalarının keşfi ile bu tür değişikliklerin insanlarda da yapılmasının an meselesi olduğu konuşuluyor.

Bu teknolojilerden en yenisi ve en hassası olan CRISPR-Cas genom düzeltme sistemini daha önce burada, burada ve burada yazmıştım.

Bazı bilim insanları, bu tür teknolojilerin sadece tek bir genle geçen belli bir genetik kusurla doğma ihtimali bulunan bebeklerde kullanılabileceğini ve bunun da faydalı bir uygulama olacağını belirtiyorlar.

Ancak, insan istekleri bitmez...

Bu teknolojilerin hassasiyet dereceleri ve başarı oranları arttıkça, insanların da tasarım bebeklerinden bekledikleri özellik sayısı artacaktır. 

Bu özellikler arasında yüksek IQ'den tutun, boy, pos, yakışıklılık, güzellik, kansere ve diğer hastalıklara yakalanma riskini azaltma veya ortadan kaldırma, uzun ömür, Alzheimer ve Parkinson gibi sinir hasarı hastalıkları gibi birçok genle belirlenen özellikler bile olabileceği düşünülüyor. Yani bir nevi süper insan!. Göreceğiz...

Zaten dünyamızın zamanla kaldıramayacağı gibi görünen nüfusa (bkz. Dünyamız ne kadar insanı kaldırabilir?), uzun yaşayanlar da eklenince al sana yeni didişmeler, toprak ve kaynak paylaşımı için savaşlar, vs.. 

Tasarım bebeklerle ilgili bazı konu uzmanları ve sosyal bilimcilerin yorumları:
"Amerika'da neye karar vereceğimize bakılmaksızın, bebek yapmada sperm ve yumurtanın edit edilmesi dünyanın bir yerlerinde yapılacak"
"İnsan genomunun optimize edilmesi için evrim 3.85 milyar yıldır iş başında. Tüm istenmeyen durumlar da göz önüne alındığında, insan genomu ile oynamak isteyen bazı küçük grupların bu işi daha iyi yapabileceklerine gerçekten inanıyor musunuz?!"
"Aşırı derecede koruyucu ve riskten kaçınan ebeveynlerin, deha iyileştirilmiş çocuklar için bu riski alacakları şüphelidir. Bunlar, çocuklarını genetiği değiştirilmiş elma sosu ile bile beslemeyeceklerdir"

Dolayısı ile daha sonraki bir yazımın konusu olacak bu "tasarım bebekler" için öngörülemeyen birçok tehlikenin de olduğu açık.

Ne diyelim... Her nimetin bir külfeti de var.