Pandoranın Kutusu: Koronavirüs

Pandoranın Kutusu: Protein ve Yağlı Kılıfla Sarılı Coronavirus Genomu ve Deşifre Proteinleri

 Jonathan Corum and Carl Zimmer, April 3, 2020, The New York Times'ın izniyle...
Covid-19'a neden olan ilk SARS-CoV-2 Wuhan'daki deniz ürünleri pazarında çalışan 41 yaşındaki bir adamdan geldi.
Devam eden salgınla savaşmak için ilaç, aşı vs için çalışıyoruz.
Virüsün genomu: Bir RNA Zinciri
Virüsler çoğalmak ve yaymak için canlı hücreleri esir alırlar. Koronavirüs uygun bir hücre bulduğunda, tüm genomunu (bir RNA ipliği) enjekte ederler.

Yeni koronavirüsün genomu 30.000 “harf” kadar. (İnsan genomu 3 milyarın üzerindedir.) Virüs, kendi kopyalarını üretmek, vücudumuzun bağışıklık tepkisini bastırmak, vs gibi bir dizi işlev için 29 kadar protein kodlayan gen taşır.
RNA harflerinin ilk sırası şöyle:
auuaaagguuuauaccuucccagguaacaaaccaaccaacuuucgaucucuuguagaucuguucucuaaacgaacuuuaaaaucuguguggcugucacucggcugcaugcuuagugcacucacgcaguauaauuaauaacuaauuacugucguugacaggacacgaguaacucgucuaucuucugcaggcugcuuacgguuucguccguguugcagccgaucaucagcacaucuagguuucguccgggugugaccgaaagguaag
Bu dizi, a, c, g ve u gibi RNA harflerini okumak ve bunları koronavirüs proteinlerine çevirmek için enfekte olmuş hücrenin içindeki ribozomlara bağlanmak için kullanılır.

Tüm bir koronavirüs genomu ve kodladığı proteinler:
Bir Protein Zinciri: ORF1ab
Enfekte olmuş hücrenin içinde yaratılan ilk viral proteindir. En büyüğü ve karmaşığıdır. Aslında bir araya getirilen 16 protein zincirinden oluşur. Bu proteinlerden ikisi makas gibi davranarak, farklı proteinler arasındaki bağları keser ve onları serbest bırakarak aktive eder.

Diğer koronavirüsler üzerinde yapılan araştırmalar, bize bazı SARS-CoV-2 proteinlerinin ne yaptığını konusunda fikir verse de, bu yeni virüsün diğer proteinleri çok daha gizemli.
Hücreyi Sabote Eden Protein: NSP1

Bu protein, enfekte olmuş hücrenin kendi proteinlerini üretimesini yavaşlatır. Bu sabotaj, hücreyi daha fazla virüs proteini yapmaya zorlar ve virüsü durdurabilecek hücrenin antiviral proteinlerinin bir araya gelmesini önler.

auggagagccuugucccugguuucaacgagaaaacacacguccaacucaguuugccuguuuuacagguucgcgacgugcucguacguggcuuuggagacuccguggaggaggucuuaucagaggcacgucaacaucuuaaagauggcacuuguggcuuaguagaaguugaaaaaggcguuuugccucaacuugaacagcccuauguguucaucaaacguucggaugcucgaacugcaccucauggucauguuaugguugagcugguagcagaacucgaaggcauucaguacggucguaguggugagacacuugguguccuugucccucaugugggcgaaauaccaguggcuuaccgcaagguucuucuucguaagaacgguaauaaaggagcugguggccauaguuacggcgccgaucuaaagucauuugacuuaggcgacgagcuuggcacugauccuuaugaagauuuucaagaaaacuggaacacuaaacauagcagugguguuacccgugaacucaugcgugagcuuaacggaggg

Gizemli Protein: NSP2

Bilim adamları NSP2'nin ne yaptığından emin değil. Bağladığı diğer proteinler bazı ipuçları verebilir. Bunlardan biri, hücre etrafında endozom adı verilen özel moleküllerle dolu kabarcıkların hareket etmesine yardımcı olmak.

gcauacacucgcuaugucgauaacaacuucuguggcccugauggcuacccucuugagugcauuaaagaccuucuagcacgugcugguaaagcuucaugcacuuuguccgaacaacuggacuuuauugacacuaagagggguguauacugcugccgugaacaugagcaugaaauugcuugguacacggaacguucugaaaagagcuaugaauugcagacaccuuuugaaauuaaauuggcaaagaaauuugacaccuucaauggggaauguccaaauuuuguauuucccuuaaauuccauaaucaagacuauucaaccaaggguugaaaagaaaaagcuugauggcuuuauggguagaauucgaucugucuauccaguugcgucaccaaaugaaugcaaccaaaugugccuuucaacucucaugaagugugaucauuguggugaaacuucauggcagacgggcgauuuuguuaaagccacuugcgaauuuuguggcacugagaauuugacuaaagaaggugccacuacuugugguuacuuaccccaaaaugcuguuguuaaaauuuauuguccagcaugucacaauucagaaguaggaccugagcauagucuugccgaauaccauaaugaaucuggcuugaaaaccauucuucguaaggguggucgcacuauugccuuuggaggcuguguguucucuuauguugguugccauaacaagugugccuauuggguuccacgugcuagcgcuaacauagguuguaaccauacagguguuguuggagaagguuccgaaggucuuaaugacaaccuucuugaaauacuccaaaaagagaaagucaacaucaauauuguuggugacuuuaaacuuaaugaagagaucgccauuauuuuggcaucuuuuucugcuuccacaagugcuuuuguggaaacugugaaagguuuggauuauaaagcauucaaacaaauuguugaauccugugguaauuuuaaaguuacaaaaggaaaagcuaaaaaaggugccuggaauauuggugaacagaaaucaauacugaguccucuuuaugcauuugcaucagaggcugcucguguuguacgaucaauuuucucccgcacucuugaaacugcucaaaauucugugcguguuuuacagaaggccgcuauaacaauacuagauggaauuucacaguauucacugagacucauugaugcuaugauguucacaucugauuuggcuacuaacaaucuaguuguaauggccuacauuacaggugguguuguucaguugacuucgcaguggcuaacuaacaucuuuggcacuguuuaugaaaaacucaaacccguccuugauuggcuugaagagaaguuuaaggaagguguagaguuucuuagagacgguugggaaauuguuaaauuuaucucaaccugugcuugugaaauugucgguggacaaauugucaccugugcaaaggaaauuaaggagaguguucagacauucuuuaagcuuguaaauaaauuuuuggcuuugugugcugacucuaucauuauugguggagcuaaacuuaaagccuugaauuuaggugaaacauuugucacgcacucaaagggauuguacagaaaguguguuaaauccagagaagaaacuggccuacucaugccucuaaaagccccaaaagaaauuaucuucuuagagggagaaacacuucccacagaaguguuaacagaggaaguugucuugaaaacuggugauuuacaaccauuagaacaaccuacuagugaagcuguugaagcuccauugguugguacaccaguuuguauuaacgggcuuauguugcucgaaaucaaagacacagaaaaguacugugcccuugcaccuaauaugaugguaacaaacaauaccuucacacucaaaggcggu

Etiket Sökmek ve Kesmek: NSP3

NSP3, iki önemli işi olan büyük bir protein: Biri diğer viral proteinleri kesip aktive etmek, diğeri enfekte olmuş hücrenin proteinlerinin çoğunu değiştirmek.
Normalde, sağlıklı bir hücre eski proteinleri yıkım için etiketler. Ancak koronavirüs bu etiketleri kaldırabilir, proteinlerin dengesini değiştirebilir ve muhtemelen hücrenin virüsle savaşma yeteneğini azaltabilir.

gcaccaacaaagguuacuuuuggugaugacacugugauagaagugcaagguuacaagagugugaauaucacuuuugaacuugaugaaaggauugauaaaguacuuaaugagaagugcucugccuauacaguugaacucgguacagaaguaaaugaguucgccuguguuguggcagaugcugucauaaaaacuuugcaaccaguaucugaauuacuuacaccacugggcauugauuuagaugaguggaguauggcuacauacuacuuauuugaugagucuggugaguuuaaauuggcuucacauauguauuguucuuucuacccuccagaugaggaugaagaagaaggugauugugaagaagaagaguuugagccaucaacucaauaugaguaugguacugaagaugauuaccaagguaaaccuuuggaauuuggugccacuucugcugcucuucaaccugaagaagagcaagaagaagauugguuagaugaugauagucaacaaacuguuggucaacaagacggcagugaggacaaucagacaacuacuauucaaacaauuguugagguucaaccucaauuagagauggaacuuacaccaguuguucagacuauugaagugaauaguuuuagugguuauuuaaaacuuacugacaauguauacauuaaaaaugcagacauuguggaagaagcuaaaaagguaaaaccaacagugguuguuaaugcagccaauguuuaccuuaaacauggaggagguguugcaggagccuuaaauaaggcuacuaacaaugccaugcaaguugaaucugaugauuacauagcuacuaauggaccacuuaaagugggugguaguuguguuuuaagcggacacaaucuugcuaaacacugucuucauguugucggcccaaauguuaacaaaggugaagacauucaacuucuuaagagugcuuaugaaaauuuuaaucagcacgaaguucuacuugcaccauuauuaucagcugguauuuuuggugcugacccuauacauucuuuaagaguuuguguagauacuguucgcacaaaugucuacuuagcugucuuugauaaaaaucucuaugacaaacuuguuucaagcuuuuuggaaaugaagagugaaaagcaaguugaacaaaagaucgcugagauuccuaaagaggaaguuaagccauuuauaacugaaaguaaaccuucaguugaacagagaaaacaagaugauaagaaaaucaaagcuuguguugaagaaguuacaacaacucuggaagaaacuaaguuccucacagaaaacuuguuacuuuauauugacauuaauggcaaucuucauccagauucugccacucuuguuagugacauugacaucacuuucuuaaagaaagaugcuccauauauagugggugauguuguucaagaggguguuuuaacugcugugguuauaccuacuaaaaaggcugguggcacuacugaaaugcuagcgaaagcuuugagaaaagugccaacagacaauuauauaaccacuuacccgggucaggguuuaaaugguuacacuguagaggaggcaaagacagugcuuaaaaaguguaaaagugccuuuuacauucuaccaucuauuaucucuaaugagaagcaagaaauucuuggaacuguuucuuggaauuugcgagaaaugcuugcacaugcagaagaaacacgcaaauuaaugccugucuguguggaaacuaaagccauaguuucaacuauacagcguaaauauaaggguauuaaaauacaagagggugugguugauuauggugcuagauuuuacuuuuacaccaguaaaacaacuguagcgucacuuaucaacacacuuaacgaucuaaaugaaacucuuguuacaaugccacuuggcuauguaacacauggcuuaaauuuggaagaagcugcucgguauaugagaucucucaaagugccagcuacaguuucuguuucuucaccugaugcuguuacagcguauaaugguuaucuuacuucuucuucuaaaacaccugaagaacauuuuauugaaaccaucucacuugcugguuccuauaaagauugguccuauucuggacaaucuacacaacuagguauagaauuucuuaagagaggugauaaaaguguauauuacacuaguaauccuaccacauuccaccuagauggugaaguuaucaccuuugacaaucuuaagacacuucuuucuuugagagaagugaggacuauuaagguguuuacaacaguagacaacauuaaccuccacacgcaaguuguggacaugucaaugacauauggacaacaguuugguccaacuuauuuggauggagcugauguuacuaaaauaaaaccucauaauucacaugaagguaaaacauuuuauguuuuaccuaaugaugacacucuacguguugaggcuuuugaguacuaccacacaacugauccuaguuuucuggguagguacaugucagcauuaaaucacacuaaaaaguggaaauacccacaaguuaaugguuuaacuucuauuaaaugggcagauaacaacuguuaucuugccacugcauuguuaacacuccaacaaauagaguugaaguuuaauccaccugcucuacaagaugcuuauuacagagcaagggcuggugaagcugcuaacuuuugugcacuuaucuuagccuacuguaauaagacaguaggugaguuaggugauguuagagaaacaaugaguuacuuguuucaacaugccaauuuagauucuugcaaaagagucuugaacgugguguguaaaacuuguggacaacagcagacaacccuuaaggguguagaagcuguuauguacaugggcacacuuucuuaugaacaauuuaagaaagguguucagauaccuuguacgugugguaaacaagcuacaaaauaucuaguacaacaggagucaccuuuuguuaugaugucagcaccaccugcucaguaugaacuuaagcaugguacauuuacuugugcuagugaguacacugguaauuaccaguguggucacuauaaacauauaacuucuaaagaaacuuuguauugcauagacggugcuuuacuuacaaaguccucagaauacaaagguccuauuacggauguuuucuacaaagaaaacaguuacacaacaaccauaaaaccaguuacuuauaaauuggaugguguuguuuguacagaaauugacccuaaguuggacaauuauuauaagaaagacaauucuuauuucacagagcaaccaauugaucuuguaccaaaccaaccauauccaaacgcaagcuucgauaauuuuaaguuuguaugugauaauaucaaauuugcugaugauuuaaaccaguuaacugguuauaagaaaccugcuucaagagagcuuaaaguuacauuuuucccugacuuaaauggugaugugguggcuauugauuauaaacacuacacacccucuuuuaagaaaggagcuaaauuguuacauaaaccuauuguuuggcauguuaacaaugcaacuaauaaagccacguauaaaccaaauaccugguguauacguugucuuuggagcacaaaaccaguugaaacaucaaauucguuugauguacugaagucagaggacgcgcagggaauggauaaucuugccugcgaagaucuaaaaccagucucugaagaaguaguggaaaauccuaccauacagaaagacguucuugaguguaaugugaaaacuaccgaaguuguaggagacauuauacuuaaaccagcaaauaauaguuuaaaaauuacagaagagguuggccacacagaucuaauggcugcuuauguagacaauucuagucuuacuauuaagaaaccuaaugaauuaucuagaguauuagguuugaaaacccuugcuacucaugguuuagcugcuguuaauagugucccuugggauacuauagcuaauuaugcuaagccuuuucuuaacaaaguuguuaguacaacuacuaacauaguuacacgguguuuaaaccguguuuguacuaauuauaugccuuauuucuuuacuuuauugcuacaauuguguacuuuuacuagaaguacaaauucuagaauuaaagcaucuaugccgacuacuauagcaaagaauacuguuaagagugucgguaaauuuugucuagaggcuucauuuaauuauuugaagucaccuaauuuuucuaaacugauaaauauuauaauuugguuuuuacuauuaaguguuugccuagguucuuuaaucuacucaaccgcugcuuuagguguuuuaaugucuaauuuaggcaugccuucuuacuguacugguuacagagaaggcuauuugaacucuacuaaugucacuauugcaaccuacuguacugguucuauaccuuguaguguuugucuuagugguuuagauucuuuagacaccuauccuucuuuagaaacuauacaaauuaccauuucaucuuuuaaaugggauuuaacugcuuuuggcuuaguugcagagugguuuuuggcauauauucuuuucacuagguuuuucuauguacuuggauuggcugcaaucaugcaauuguuuuucagcuauuuugcaguacauuuuauuaguaauucuuggcuuaugugguuaauaauuaaucuuguacaaauggccccgauuucagcuaugguuagaauguacaucuucuuugcaucauuuuauuauguauggaaaaguuaugugcauguuguagacgguuguaauucaucaacuuguaugauguguuacaaacguaauagagcaacaagagucgaauguacaacuauuguuaaugguguuagaagguccuuuuaugucuaugcuaauggagguaaaggcuuuugcaaacuacacaauuggaauuguguuaauugugauacauucugugcugguaguacauuuauuagugaugaaguugcgagagacuugucacuacaguuuaaaagaccaauaaauccuacugaccagucuucuuacaucguugauaguguuacagugaagaaugguuccauccaucuuuacuuugauaaagcuggucaaaagacuuaugaaagacauucucucucucauuuuguuaacuuagacaaccugagagcuaauaacacuaaagguucauugccuauuaauguuauaguuuuugaugguaaaucaaaaugugaagaaucaucugcaaaaucagcgucuguuuacuacagucagcuuaugugucaaccuauacuguuacuagaucaggcauuagugucugauguuggugauagugcggaaguugcaguuaaaauguuugaugcuuacguuaauacguuuucaucaacuuuuaacguaccaauggaaaaacucaaaacacuaguugcaacugcagaagcugaacuugcaaagaauguguccuuagacaaugucuuaucuacuuuuauuucagcagcucggcaaggguuuguugauucagauguagaaacuaaagauguuguugaaugucuuaaauugucacaucaaucugacauagaaguuacuggcgauaguuguaauaacuauaugcucaccuauaacaaaguugaaaacaugacaccccgugaccuuggugcuuguauugacuguagugcgcgucauauuaaugcgcagguagcaaaaagucacaacauugcuuugauauggaacguuaaagauuucaugucauugucugaacaacuacgaaaacaaauacguagugcugcuaaaaagaauaacuuaccuuuuaaguugacaugugcaacuacuagacaaguuguuaauguuguaacaacaaagauagcacuuaaggguggu

Kabarcık Yapıcı: NSP4
NSP4, diğer proteinlerle birleşerek, enfekte olmuş hücrelerde sıvı dolu kabarcıkların oluşmasına yardımcı olur. Bu baloncukların içinde, virüsün yeni kopyaları için parçalar montajlanır.

aaaauuguuaauaauugguugaagcaguuaauuaaaguuacacuuguguuccuuuuuguugcugcuauuuucuauuuaauaacaccuguucaugucaugucuaaacauacugacuuuucaagugaaaucauaggauacaaggcuauugaugguggugucacucgugacauagcaucuacagauacuuguuuugcuaacaaacaugcugauuuugacacaugguuuagccagcguggugguaguuauacuaaugacaaagcuugcccauugauugcugcagucauaacaagagaaguggguuuugucgugccugguuugccuggcacgauauuacgcacaacuaauggugacuuuuugcauuucuuaccuagaguuuuuagugcaguugguaacaucuguuacacaccaucaaaacuuauagaguacacugacuuugcaacaucagcuuguguuuuggcugcugaauguacaauuuuuaaagaugcuucugguaagccaguaccauauuguuaugauaccaauguacuagaagguucuguugcuuaugaaaguuuacgcccugacacacguuaugugcucauggauggcucuauuauucaauuuccuaacaccuaccuugaagguucuguuagagugguaacaacuuuugauucugaguacuguaggcacggcacuugugaaagaucagaagcugguguuuguguaucuacuagugguagauggguacuuaacaaugauuauuacagaucuuuaccaggaguuuucugugguguagaugcuguaaauuuacuuacuaauauguuuacaccacuaauucaaccuauuggugcuuuggacauaucagcaucuauaguagcuggugguauuguagcuaucguaguaacaugccuugccuacuauuuuaugagguuuagaagagcuuuuggugaauacagucauguaguugccuuuaauacuuuacuauuccuuaugucauucacuguacucuguuuaacaccaguuuacucauucuuaccugguguuuauucuguuauuuacuuguacuugacauuuuaucuuacuaaugauguuucuuuuuuagcacauauucaguggaugguuauguucacaccuuuaguaccuuucuggauaacaauugcuuauaucauuuguauuuccacaaagcauuucuauugguucuuuaguaauuaccuaaagagacguguagucuuuaaugguguuuccuuuaguacuuuugaagaagcugcgcugugcaccuuuuuguuaaauaaagaaauguaucuaaaguugcguagugaugugcuauuaccucuuacgcaauauaauagauacuuagcucuuuauaauaaguacaaguauuuuaguggagcaauggauacaacuagcuacagagaagcugcuuguugucaucucgcaaaggcucucaaugacuucaguaacucagguucugauguucuuuaccaaccaccacaaaccucuaucaccucagcuguuuugcag

Makas Protein: NSP5

Bu protein, diğer NSP proteinlerini kesip işleyerek işlevsel hale gelmelerini sağlar.

agugguuuuagaaaaauggcauucccaucugguaaaguugaggguuguaugguacaaguaacuugugguacaacuacacuuaacggucuuuggcuugaugacguaguuuacuguccaagacaugugaucugcaccucugaagacaugcuuaacccuaauuaugaagauuuacucauucguaagucuaaucauaauuucuugguacaggcugguaauguucaacucaggguuauuggacauucuaugcaaaauuguguacuuaagcuuaagguugauacagccaauccuaagacaccuaaguauaaguuuguucgcauucaaccaggacagacuuuuucaguguuagcuuguuacaaugguucaccaucugguguuuaccaaugugcuaugaggcccaauuucacuauuaaggguucauuccuuaaugguucaugugguaguguugguuuuaacauagauuaugacugugucucuuuuuguuacaugcaccauauggaauuaccaacuggaguucaugcuggcacagacuuagaagguaacuuuuauggaccuuuuguugacaggcaaacagcacaagcagcugguacggacacaacuauuacaguuaauguuuuagcuugguuguacgcugcuguuauaaauggagacaggugguuucucaaucgauuuaccacaacucuuaaugacuuuaaccuuguggcuaugaaguacaauuaugaaccucuaacacaagaccauguugacauacuaggaccucuuucugcucaaacuggaauugccguuuuagauaugugugcuucauuaaaagaauuacugcaaaaugguaugaauggacguaccauauuggguagugcuuuauuagaagaugaauuuacaccuuuugauguuguuagacaaugcucagguguuacuuuccaa

Köpük Kabarcık Fabrikası: NSP6

Virüs kabarcık fabrikası yapmak için NSP3 ve NSP4 ile çalışır.

agugcagugaaaagaacaaucaaggguacacaccacugguuguuacucacaauuuugacuucacuuuuaguuuuaguccagaguacucaauggucuuuguucuuuuuuuuguaugaaaaugccuuuuuaccuuuugcuauggguauuauugcuaugucugcuuuugcaaugauguuugucaaacauaagcaugcauuucucuguuuguuuuuguuaccuucucuugccacuguagcuuauuuuaauauggucuauaugccugcuaguugggugaugcguauuaugacaugguuggauaugguugauacuaguuugucugguuuuaagcuaaaagacuguguuauguaugcaucagcuguaguguuacuaauccuuaugacagcaagaacuguguaugaugauggugcuaggagaguguggacacuuaugaaugucuugacacucguuuauaaaguuuauuaugguaaugcuuuagaucaagccauuuccaugugggcucuuauaaucucuguuacuucuaacuacucagguguaguuacaacugucauguuuuuggccagagguauuguuuuuauguguguugaguauugcccuauuuucuucauaacugguaauacacuucaguguauaaugcuaguuuauuguuucuuaggcuauuuuuguacuuguuacuuuggccucuuuuguuuacucaaccgcuacuuuagacugacucuugguguuuaugauuacuuaguuucuacacaggaguuuagauauaugaauucacagggacuacucccacccaagaauagcauagaugccuucaaacucaacauuaaauuguuggguguugguggcaaaccuuguaucaaaguagccacuguacag

Kopyalama Asistanı Proteinler: NSP7 ve NSP8


Bu iki protein, NSP12'ye yardımcı olur ve beraber yeni RNA genomunun yapılıp bir virüsün içine girmesine böylece yeni virüs kopyalarının yapılmasına yardımcı olur.

ucuaaaaugucagauguaaagugcacaucaguagucuuacucucaguuuugcaacaacucagaguagaaucaucaucuaaauugugggcucaauguguccaguuacacaaugacauucucuuagcuaaagauacuacugaagccuuugaaaaaaugguuucacuacuuucuguuuugcuuuccaugcagggugcuguagacauaaacaagcuuugugaagaaaugcuggacaacagggcaaccuuacaa

gcuauagccucagaguuuaguucccuuccaucauaugcagcuuuugcuacugcucaagaagcuuaugagcaggcuguugcuaauggugauucugaaguuguucuuaaaaaguugaagaagucuuugaauguggcuaaaucugaauuugaccgugaugcagccaugcaacguaaguuggaaaagauggcugaucaagcuaugacccaaauguauaaacaggcuagaucugaggacaagagggcaaaaguuacuagugcuaugcagacaaugcuuuucacuaugcuuagaaaguuggauaaugaugcacucaacaacauuaucaacaaugcaagagaugguuguguucccuugaacauaauaccucuuacaacagcagccaaacuaaugguugucauaccagacuauaacacauauaaaaauacgugugaugguacaacauuuacuuaugcaucagcauugugggaaauccaacagguuguagaugcagauaguaaaauuguucaacuuagugaaauuaguauggacaauucaccuaauuuagcauggccucuuauuguaacagcuuuaagggccaauucugcugucaaauuacag

Hücrenin Tam Kalbine (Çekirdeğe) Giden Protein: NSP9

Bu protein, hücrelerde kromozomlarımızın içinde bulunduğu çekirdeğin içine sızar (çekirdek kanal veya porlarından). Bu durum, çekirdeklerin içine ve dışına moleküllerin hareketini etkileyebilir. Ancak, bunu hangi amaçla yaptığı belli değil.

aauaaugagcuuaguccuguugcacuacgacagaugucuugugcugccgguacuacacaaacugcuugcacugaugacaaugcguuagcuuacuacaacacaacaaagggagguagguuuguacuugcacuguuauccgauuuacaggauuugaaaugggcuagauucccuaagagugauggaacugguacuaucuauacagaacuggaaccaccuuguagguuuguuacagacacaccuaaagguccuaaagugaaguauuuauacuuuauuaaaggauuaaacaaccuaaauagagguaugguacuugguaguuuagcugccacaguacgucuacaa

Genetik Kamuflaj Proteini: NSP10

Virüs RNA’sı hücrlerimize girince, bu RNA’yı bulup parçalayan antiviral proteinlerimiz vardır. Bu protein, NSP16 ile birlikte çalışarak virüsün genlerini kamufle eder ve böylece onu saldırıdan korur.

gcugguaaugcaacagaagugccugccaauucaacuguauuaucuuucugugcuuuugcuguagaugcugcuaaagcuuacaaagauuaucuagcuagugggggacaaccaaucacuaauuguguuaagauguuguguacacacacugguacuggucaggcaauaacaguuacaccggaagccaauauggaucaagaauccuuugguggugcaucguguugucuguacugccguugccacauagaucauccaaauccuaaaggauuuugugacuuaaaagguaaguauguacaaauaccuacaacuugugcuaaugacccuguggguuuuacacuuaaaaacacagucuguaccgucugcgguauguggaaagguuauggcuguaguugugaucaacuccgcgaacccaugcuucag

Kopyalama Makinesi Protein: NSP12

Bu protein, genetik harflerden yeni virüs genomları oluşturur. Bir antiviral olan remdesivir’in diğer koronavirüslerde NSP12'yi inhibe ettiği gösterildi. Bu ilacın Covid-19'u tedavi edip edemeyeceği şimdilerde önemli bir araştırma konusu.
Enfekte hücrenin ribozomu, NSP12’ye ait ucagcugaugcacaaucguuuuuaaac... RNA dizisini okumaya başlar. Daha sonra geri döner ve uçtaki c’yi tekrar okur, şöyle devam eder:

...cggguuugcgguguaagugcagcccgucuuacaccgugcggcacaggcacuaguacugaugucguauacagggcuuuugacaucuacaaugauaaaguagcugguuuugcuaaauuccuaaaaacuaauuguugucgcuuccaagaaaaggacgaagaugacaauuuaauugauucuuacuuuguaguuaagagacacacuuucucuaacuaccaacaugaagaaacaauuuauaauuuacuuaaggauuguccagcuguugcuaaacaugacuucuuuaaguuuagaauagacggugacaugguaccacauauaucacgucaacgucuuacuaaauacacaauggcagaccucgucuaugcuuuaaggcauuuugaugaagguaauugugacacauuaaaagaaauacuugucacauacaauuguugugaugaugauuauuucaauaaaaaggacugguaugauuuuguagaaaacccagauauauuacgcguauacgccaacuuaggugaacguguacgccaagcuuuguuaaaaacaguacaauucugugaugccaugcgaaaugcugguauuguugguguacugacauuagauaaucaagaucucaaugguaacugguaugauuucggugauuucauacaaaccacgccagguaguggaguuccuguuguagauucuuauuauucauuguuaaugccuauauuaaccuugaccagggcuuuaacugcagagucacauguugacacugacuuaacaaagccuuacauuaagugggauuuguuaaaauaugacuucacggaagagagguuaaaacucuuugaccguuauuuuaaauauugggaucagacauaccacccaaauuguguuaacuguuuggaugacagaugcauucugcauugugcaaacuuuaauguuuuauucucuacaguguucccaccuacaaguuuuggaccacuagugagaaaaauauuuguugaugguguuccauuuguaguuucaacuggauaccacuucagagagcuagguguuguacauaaucaggauguaaacuuacauagcucuagacuuaguuuuaaggaauuacuuguguaugcugcugacccugcuaugcacgcugcuucugguaaucuauuacuagauaaacgcacuacgugcuuuucaguagcugcacuuacuaacaauguugcuuuucaaacugucaaacccgguaauuuuaacaaagacuucuaugacuuugcugugucuaaggguuucuuuaaggaaggaaguucuguugaauuaaaacacuucuucuuugcucaggaugguaaugcugcuaucagcgauuaugacuacuaucguuauaaucuaccaacaaugugugauaucagacaacuacuauuuguaguugaaguuguugauaaguacuuugauuguuacgaugguggcuguauuaaugcuaaccaagucaucgucaacaaccuagacaaaucagcugguuuuccauuuaauaaaugggguaaggcuagacuuuauuaugauucaaugaguuaugaggaucaagaugcacuuuucgcauauacaaaacguaaugucaucccuacuauaacucaaaugaaucuuaaguaugccauuagugcaaagaauagagcucgcaccguagcuggugucucuaucuguaguacuaugaccaauagacaguuucaucaaaaauuauugaaaucaauagccgccacuagaggagcuacuguaguaauuggaacaagcaaauucuauggugguuggcacaacauguuaaaaacuguuuauagugauguagaaaacccucaccuuauggguugggauuauccuaaaugugauagagccaugccuaacaugcuuagaauuauggccucacuuguucuugcucgcaaacauacaacguguuguagcuugucacaccguuucuauagauuagcuaaugagugugcucaaguauugagugaaauggucauguguggcgguucacuauauguuaaaccagguggaaccucaucaggagaugccacaacugcuuaugcuaauaguguuuuuaacauuugucaagcugucacggccaauguuaaugcacuuuuaucuacugaugguaacaaaauugccgauaaguauguccgcaauuuacaacacagacuuuaugagugucucuauagaaauagagauguugacacagacuuugugaaugaguuuuacgcauauuugcguaaacauuucucaaugaugauacucucugacgaugcuguuguguguuucaauagcacuuaugcaucucaaggucuaguggcuagcauaaagaacuuuaagucaguucuuuauuaucaaaacaauguuuuuaugucugaagcaaaauguuggacugagacugaccuuacuaaaggaccucaugaauuuugcucucaacauacaaugcuaguuaaacagggugaugauuauguguaccuuccuuacccagauccaucaagaauccuaggggccggcuguuuuguagaugauaucguaaaaacagaugguacacuuaugauugaacgguucgugucuuuagcuauagaugcuuacccacuuacuaaacauccuaaucaggaguaugcugaugucuuucauuuguacuuacaauacauaagaaagcuacaugaugaguuaacaggacacauguuagacauguauucuguuaugcuuacuaaugauaacacuucaagguauugggaaccugaguuuuaugaggcuauguacacaccgcauacagucuuacag

Başka bir dizi olan NSP11, bu RNA dizisi ile üst üste çakışır. Ancak bu gen (NSP11) tarafından kodlanan küçük proteinin herhangi bir işlevi olup olmadığı açık değil.
Düğümü Çüzen Protein: NSP13

Normalde virüs RNA’sı, karmaşık bükülmelere ve dönüşlere sahip bir sarılı moleküldür. NSP13'ün bu düğüm ve bükülmeleri açarak diğer proteinlerin ifade edilmesini sağlıyor.

gcuguuggggcuuguguucuuugcaauucacagacuucauuaagauguggugcuugcauacguagaccauucuuauguuguaaaugcuguuacgaccaugucauaucaacaucacauaaauuagucuugucuguuaauccguauguuugcaaugcuccagguugugaugucacagaugugacucaacuuuacuuaggagguaugagcuauuauuguaaaucacauaaaccacccauuaguuuuccauugugugcuaauggacaaguuuuugguuuauauaaaaauacauguguugguagcgauaauguuacugacuuuaaugcaauugcaacaugugacuggacaaaugcuggugauuacauuuuagcuaacaccuguacugaaagacucaagcuuuuugcagcagaaacgcucaaagcuacugaggagacauuuaaacugucuuaugguauugcuacuguacgugaagugcugucugacagagaauuacaucuuucaugggaaguugguaaaccuagaccaccacuuaaccgaaauuaugucuuuacugguuaucguguaacuaaaaacaguaaaguacaaauaggagaguacaccuuugaaaaaggugacuauggugaugcuguuguuuaccgagguacaacaacuuacaaauuaaauguuggugauuauuuugugcugacaucacauacaguaaugccauuaagugcaccuacacuagugccacaagagcacuauguuagaauuacuggcuuauacccaacacucaauaucucagaugaguuuucuagcaauguugcaaauuaucaaaagguugguaugcaaaaguauucuacacuccagggaccaccugguacugguaagagucauuuugcuauuggccuagcucucuacuacccuucugcucgcauaguguauacagcuugcucucaugccgcuguugaugcacuaugugagaaggcauuaaaauauuugccuauagauaaauguaguagaauuauaccugcacgugcucguguagaguguuuugauaaauucaaagugaauucaacauuagaacaguaugucuuuuguacuguaaaugcauugccugagacgacagcagauauaguugucuuugaugaaauuucaauggccacaaauuaugauuugaguguugucaaugccagauuacgugcuaagcacuauguguacauuggcgacccugcucaauuaccugcaccacgcacauugcuaacuaagggcacacuagaaccagaauauuucaauucaguguguagacuuaugaaaacuauagguccagacauguuccucggaacuugucggcguuguccugcugaaauuguugacacugugagugcuuugguuuaugauaauaagcuuaaagcacauaaagacaaaucagcucaaugcuuuaaaauguuuuauaaggguguuaucacgcaugauguuucaucugcaauuaacaggccacaaauaggcgugguaagagaauuccuuacacguaacccugcuuggagaaaagcugucuuuauuucaccuuauaauucacagaaugcuguagccucaaagauuuugggacuaccaacucaaacuguugauucaucacagggcucagaauaugacuaugucauauucacucaaaccacugaaacagcucacucuuguaauguaaacagauuuaauguugcuauuaccagagcaaaaguaggcauacuuugcauaaugucugauagagaccuuuaugacaaguugcaauuuacaagucuugaaauuccacguaggaauguggcaacuuuacaa

Viral Hata Düzeltici Protein: NSP14

NSP12, koronavirüs genomunu kopyalarken, bazen yeni kopyaya yanlış bir harf ekler. NSP14 bu hataları keser, böylece bunun yerine doğru harf eklenebilir.

gcugaaaauguaacaggacucuuuaaagauuguaguaagguaaucacuggguuacauccuacacaggcaccuacacaccucaguguugacacuaaauucaaaacugaagguuuauguguugacauaccuggcauaccuaaggacaugaccuauagaagacucaucucuaugauggguuuuaaaaugaauuaucaaguuaaugguuacccuaacauguuuaucacccgcgaagaagcuauaagacauguacgugcauggauuggcuucgaugucgaggggugucaugcuacuagagaagcuguugguaccaauuuaccuuuacagcuagguuuuucuacagguguuaaccuaguugcuguaccuacagguuauguugauacaccuaauaauacagauuuuuccagaguuagugcuaaaccaccgccuggagaucaauuuaaacaccucauaccacuuauguacaaaggacuuccuuggaauguagugcguauaaagauuguacaaauguuaagugacacacuuaaaaaucucucugacagagucguauuugucuuaugggcacauggcuuugaguugacaucuaugaaguauuuugugaaaauaggaccugagcgcaccuguugucuaugugauagacgugccacaugcuuuuccacugcuucagacacuuaugccuguuggcaucauucuauuggauuugauuacgucuauaauccguuuaugauugauguucaacaaugggguuuuacagguaaccuacaaagcaaccaugaucuguauugucaaguccaugguaaugcacauguagcuaguugugaugcaaucaugacuaggugucuagcuguccacgagugcuuuguuaagcguguugacuggacuauugaauauccuauaauuggugaugaacugaagauuaaugcggcuuguagaaagguucaacacaugguuguuaaagcugcauuauuagcagacaaauucccaguucuucacgacauugguaacccuaaagcuauuaaguguguaccucaagcugauguagaauggaaguucuaugaugcacagccuuguagugacaaagcuuauaaaauagaagaauuauucuauucuuaugccacacauucugacaaauucacagaugguguaugccuauuuuggaauugcaaugucgauagauauccugcuaauuccauuguuuguagauuugacacuagagugcuaucuaaccuuaacuugccugguugugaugguggcaguuuguauguaaauaaacaugcauuccacacaccagcuuuugauaaaagugcuuuuguuaauuuaaaacaauuaccauuuuucuauuacucugacaguccaugugagucucauggaaaacaaguagugucagauauagauuauguaccacuaaagucugcuacguguauaacacguugcaauuuagguggugcugucuguagacaucaugcuaaugaguacagauuguaucucgaugcuuauaacaugaugaucucagcuggcuuuagcuuguggguuuacaaacaauuugauacuuauaaccucuggaacacuuuuacaagacuucag

Temizlikçi Protein: NSP15

Bu proteinin, enfekte hücrenin antiviral savunmasından kaçmak için, virüsün işe yaramaz parçalını ortadan kaldırdığı sanılıyor.

agaguuuagaaaauguggcuuuuaauguuguaaauaagggacacuuugauggacaacagggugaaguaccaguuucuaucauuaauaacacuguuuacacaaaaguugaugguguugauguagaauuguuugaaaauaaaacaacauuaccuguuaauguagcauuugagcuuugggcuaagcgcaacauuaaaccaguaccagaggugaaaauacucaauaauuuggguguggacauugcugcuaauacugugaucugggacuacaaaagagaugcuccagcacauauaucuacuauugguguuuguucuaugacugacauagccaagaaaccaacugaaacgauuugugcaccacucacugucuuuuuugaugguagaguugauggucaaguagacuuauuuagaaaugcccguaaugguguucuuauuacagaagguaguguuaaagguuuacaaccaucuguaggucccaaacaagcuagucuuaauggagucacauuaauuggagaagccguaaaaacacaguucaauuauuauaagaaaguugaugguguuguccaacaauuaccugaaacuuacuuuacucagaguagaaauuuacaagaauuuaaacccaggagucaaauggaaauugauuucuuagaauuagcuauggaugaauucauugaacgguauaaauuagaaggcuaugccuucgaacauaucguuuauggagauuuuagucauagucaguuaggugguuuacaucuacugauuggacuagcuaaacguuuuaaggaaucaccuuuugaauuagaagauuuuauuccuauggacaguacaguuaaaaacuauuucauaacagaugcgcaaacagguucaucuaaguguguguguucuguuauugauuuauuacuugaugauuuuguugaaauaauaaaaucccaagauuuaucuguaguuucuaagguugucaaagugacuauugacuauacagaaauuucauuuaugcuuugguguaaagauggccauguagaaacauuuuacccaaaauuacaa

Bir Başka Kamuflaj Proteini NSP16

NSP16, NSP10 ile birlikte çalışarak, virüs genlerini parçalayan proteinlerimizden saklanmasına yardımcı oluyor.

ucuagucaagcguggcaaccggguguugcuaugccuaaucuuuacaaaaugcaaagaaugcuauuagaaaagugugaccuucaaaauuauggugauagugcaacauuaccuaaaggcauaaugaugaaugucgcaaaauauacucaacugugucaauauuuaaacacauuaacauuagcuguacccuauaauaugagaguuauacauuuuggugcugguucugauaaaggaguugcaccagguacagcuguuuuaagacagugguugccuacggguacgcugcuugucgauucagaucuuaaugacuuugucucugaugcagauucaacuuugauuggugauugugcaacuguacauacagcuaauaaaugggaucucauuauuagugauauguacgacccuaagacuaaaaauguuacaaaagaaaaugacucuaaagaggguuuuuucacuuacauuuguggguuuauacaacaaaagcuagcucuuggagguuccguggcuauaaagauaacagaacauucuuggaaugcugaucuuuauaagcucaugggacacuucgcaugguggacagccuuuguuacuaaugugaaugcgucaucaucugaagcauuuuuaauuggauguaauuaucuuggcaaaccacgcgaacaaauagaugguuaugucaugcaugcaaauuacauauuuuggaggaauacaaauccaauucaguugucuuccuauucuuuauuugacaugaguaaauuuccccuuaaauuaagggguacugcuguuaugucuuuaaaagaaggucaaaucaaugauaugauuuuaucucuucuuaguaaagguagacuuauaauuagagaaaacaacagaguuguuauuucuagugauguucuuguuaacaacuaaacgaaca

Spike Proteini: S
Başak (diken) proteini, koronavirüsün RNA'sını koruyan dış katmanını oluşturan dört yapısal proteinden (S, E, M ve N) biridir. Yapısal proteinler ayrıca virüsün yeni kopyalarının inşasına ve salınmasına yardımcı olur.

S proteinleri, kendilerini üçlü gruplar halinde düzenleyerek virüsün yüzeyinde belirgin sivri uçlar oluştururlar. Koronavirüslerin adı bu taç benzeri yapılardan geliyor.

Spike’ın bir kısmı, insan solunum yolundaki belirli hücrelerin yüzeyinde olan ACE2 reseptörüne (aşağıda sarı renkte) bağlanır. Virüs daha sonra hücreyi istila eder.

Yeni koronavirüs olan SARS-CoV-2'deki S proteini geni, 12 yeni genetik harfe sahiptir: ccucggcgggca. Bu mutasyon, sivri uçların insan hücrelerine sıkıca bağlanmasına yardımcı olabilir. Bu durum, yarasalara ve diğer türlere bulaşan bir virüsün evriminde önemli bir adımı oluşturmuştur.
Bazı bilimsel ekipler, sivri uçların insan hücrelerine yapışmasını önleyebilecek aşılar tasarlamaktadır.

auguuuguuuuucuuguuuuauugccacuagucucuagucaguguguuaaucuuacaaccagaacucaauuacccccugcauacacuaauucuuucacacgugguguuuauuacccugacaaaguuuucagauccucaguuuuacauucaacucaggacuuguucuuaccuuucuuuuccaauguuacuugguuccaugcuauacaugucucugggaccaaugguacuaagagguuugauaacccuguccuaccauuuaaugaugguguuuauuuugcuuccacugagaagucuaacauaauaagaggcuggauuuuugguacuacuuuagauucgaagacccagucccuacuuauuguuaauaacgcuacuaauguuguuauuaaagucugugaauuucaauuuuguaaugauccauuuuuggguguuuauuaccacaaaaacaacaaaaguuggauggaaagugaguucagaguuuauucuagugcgaauaauugcacuuuugaauaugucucucagccuuuucuuauggaccuugaaggaaaacaggguaauuucaaaaaucuuagggaauuuguguuuaagaauauugaugguuauuuuaaaauauauucuaagcacacgccuauuaauuuagugcgugaucucccucaggguuuuucggcuuuagaaccauugguagauuugccaauagguauuaacaucacuagguuucaaacuuuacuugcuuuacauagaaguuauuugacuccuggugauucuucuucagguuggacagcuggugcugcagcuuauuauguggguuaucuucaaccuaggacuuuucuauuaaaauauaaugaaaauggaaccauuacagaugcuguagacugugcacuugacccucucucagaaacaaaguguacguugaaauccuucacuguagaaaaaggaaucuaucaaacuucuaacuuuagaguccaaccaacagaaucuauuguuagauuuccuaauauuacaaacuugugcccuuuuggugaaguuuuuaacgccaccagauuugcaucuguuuaugcuuggaacaggaagagaaucagcaacuguguugcugauuauucuguccuauauaauuccgcaucauuuuccacuuuuaaguguuauggagugucuccuacuaaauuaaaugaucucugcuuuacuaaugucuaugcagauucauuuguaauuagaggugaugaagucagacaaaucgcuccagggcaaacuggaaagauugcugauuauaauuauaaauuaccagaugauuuuacaggcugcguuauagcuuggaauucuaacaaucuugauucuaagguuggugguaauuauaauuaccuguauagauuguuuaggaagucuaaucucaaaccuuuugagagagauauuucaacugaaaucuaucaggccgguagcacaccuuguaaugguguugaagguuuuaauuguuacuuuccuuuacaaucauaugguuuccaacccacuaaugguguugguuaccaaccauacagaguaguaguacuuucuuuugaacuucuacaugcaccagcaacuguuuguggaccuaaaaagucuacuaauuugguuaaaaacaaaugugucaauuucaacuucaaugguuuaacaggcacagguguucuuacugagucuaacaaaaaguuucugccuuuccaacaauuuggcagagacauugcugacacuacugaugcuguccgugauccacagacacuugagauucuugacauuacaccauguucuuuugguggugucaguguuauaacaccaggaacaaauacuucuaaccagguugcuguucuuuaucaggauguuaacugcacagaagucccuguugcuauucaugcagaucaacuuacuccuacuuggcguguuuauucuacagguucuaauguuuuucaaacacgugcaggcuguuuaauaggggcugaacaugucaacaacucauaugagugugacauacccauuggugcagguauaugcgcuaguuaucagacucagacuaauucuccucggcgggcacguaguguagcuagucaauccaucauugccuacacuaugucacuuggugcagaaaauucaguugcuuacucuaauaacucuauugccauacccacaaauuuuacuauuaguguuaccacagaaauucuaccagugucuaugaccaagacaucaguagauuguacaauguacauuuguggugauucaacugaaugcagcaaucuuuuguugcaauauggcaguuuuuguacacaauuaaaccgugcuuuaacuggaauagcuguugaacaagacaaaaacacccaagaaguuuuugcacaagucaaacaaauuuacaaaacaccaccaauuaaagauuuuggugguuuuaauuuuucacaaauauuaccagauccaucaaaaccaagcaagaggucauuuauugaagaucuacuuuucaacaaagugacacuugcagaugcuggcuucaucaaacaauauggugauugccuuggugauauugcugcuagagaccucauuugugcacaaaaguuuaacggccuuacuguuuugccaccuuugcucacagaugaaaugauugcucaauacacuucugcacuguuagcggguacaaucacuucugguuggaccuuuggugcaggugcugcauuacaaauaccauuugcuaugcaaauggcuuauagguuuaaugguauuggaguuacacagaauguucucuaugagaaccaaaaauugauugccaaccaauuuaauagugcuauuggcaaaauucaagacucacuuucuuccacagcaagugcacuuggaaaacuucaagauguggucaaccaaaaugcacaagcuuuaaacacgcuuguuaaacaacuuagcuccaauuuuggugcaauuucaaguguuuuaaaugauauccuuucacgucuugacaaaguugaggcugaagugcaaauugauagguugaucacaggcagacuucaaaguuugcagacauaugugacucaacaauuaauuagagcugcagaaaucagagcuucugcuaaucuugcugcuacuaaaaugucagaguguguacuuggacaaucaaaaagaguugauuuuuguggaaagggcuaucaucuuauguccuucccucagucagcaccucaugguguagucuucuugcaugugacuuaugucccugcacaagaaaagaacuucacaacugcuccugccauuugucaugauggaaaagcacacuuuccucgugaaggugucuuuguuucaaauggcacacacugguuuguaacacaaaggaauuuuuaugaaccacaaaucauuacuacagacaacacauuugugucugguaacugugauguuguaauaggaauugucaacaacacaguuuaugauccuuugcaaccugaauuagacucauucaaggaggaguuagauaaauauuuuaagaaucauacaucaccagauguugauuuaggugacaucucuggcauuaaugcuucaguuguaaacauucaaaaagaaauugaccgccucaaugagguugccaagaauuuaaaugaaucucucaucgaucuccaagaacuuggaaaguaugagcaguauauaaaauggccaugguacauuuggcuagguuuuauagcuggcuugauugccauaguaauggugacaauuaugcuuugcuguaugaccaguugcuguaguugucucaagggcuguuguucuuguggauccugcugcaaauuugaugaagacgacucugagccagugcucaaaggagucaaauuacauuacacauaaacgaacuu

Şovmen Protein: ORF3a

SARS-CoV-2 genomu ayrıca bir grup “yardımcı protein” kodlar. Bunlar, virüsün çoğalmasını kolaylaştırmak için enfekte olmuş hücrenin içindeki ortamı değiştirir.
ORF3a proteini, enfekte olmuş bir hücrenin zarında bir delik açarak yeni virüslerin kaçmasını kolaylaştırır ve ayrıca Covid-19'un en tehlikeli semptomlarından biri olan iltihabı tetikler.

auggauuuguuuaugagaaucuucacaauuggaacuguaacuuugaagcaaggugaaaucaaggaugcuacuccuucagauuuuguucgcgcuacugcaacgauaccgauacaagccucacucccuuucggauggcuuauuguuggcguugcacuucuugcuguuuuucagagcgcuuccaaaaucauaacccucaaaaagagauggcaacuagcacucuccaaggguguucacuuuguuugcaacuugcuguuguuguuuguaacaguuuacucacaccuuuugcucguugcugcuggccuugaagccccuuuucucuaucuuuaugcuuuagucuacuucuugcagaguauaaacuuuguaagaauaauaaugaggcuuuggcuuugcuggaaaugccguuccaaaaacccauuacuuuaugaugccaacuauuuucuuugcuggcauacuaauuguuacgacuauuguauaccuuacaauaguguaacuucuucaauugucauuacuucaggugauggcacaacaaguccuauuucugaacaugacuaccagauuggugguuauacugaaaaaugggaaucuggaguaaaagacuguguuguauuacacaguuacuucacuucagacuauuaccagcuguacucaacucaauugaguacagacacugguguugaacauguuaccuucuucaucuacaauaaaauuguugaugagccugaagaacauguccaaauucacacaaucgacgguucauccggaguuguuaauccaguaauggaaccaauuuaugaugaaccgacgacgacuacuagcgugccuuuguaagcacaagcugaugaguacgaacuu

ORF3b aynı RNA ile çakışır, ancak bilim adamları SARS-CoV-2'nin protein üretmek için bu geni kullanıp kullanmadığından emin değil.
Zarf Proteini: E

Zarf proteini, virüsün yağlı kabarcıklarını oluşturmaya yardımcı olan yapısal bir proteindir. Virüs hücrenin içine girdikten sonra yapılacak işler de olabilir. Araştırmacılar, kendi genlerimizi açıp kapatmaya yardımcı olan proteinlere de bu proteinin yapıştığını ve böylece onların işlevini değiştirdiğini zannetmektedir.

auguacucauucguuucggaagagacagguacguuaauaguuaauagcguacuucuuuuucuugcuuucgugguauucuugcuaguuacacuagccauccuuacugcgcuucgauugugugcguacugcugcaauauuguuaacgugagucuuguaaaaccuucuuuuuacguuuacucucguguuaaaaaucugaauucuucuagaguuccugaucuucuggucuaaacgaacuaaauauuauauuaguuuuucuguuuggaacuuuaauuuuagcc

Membran (zar) Proteini: M

Virüsün dış kaplamasının bir parçası olan başka bir yapısal protein.

Auggcagauuccaacgguacuauuaccguugaagagcuuaaaaagcuccuugaacaauggaaccuaguaauagguuuccuauuccuuacauggauuugucuucuacaauuugccuaugccaacaggaauagguuuuuguauauaauuaaguuaauuuuccucuggcuguuauggccaguaacuuuagcuuguuuugugcuugcugcuguuuacagaauaaauuggaucaccgguggaauugcuaucgcaauggcuugucuuguaggcuugauguggcucagcuacuucauugcuucuuucagacuguuugcgcguacgcguuccauguggucauucaauccagaaacuaacauucuucucaacgugccacuccauggcacuauucugaccagaccgcuucuagaaagugaacucguaaucggagcugugauccuucguggacaucuucguauugcuggacaccaucuaggacgcugugacaucaaggaccugccuaaagaaaucacuguugcuacaucacgaacgcuuucuuauuacaaauugggagcuucgcagcguguagcaggugacucagguuuugcugcauacagucgcuacaggauuggcaacuauaaauuaaacacagaccauuccaguagcagugacaauauugcuuugcuuguacaguaagugacaacag

Sinyal Kesici Protein: ORF6

Bu aksesuar protein, enfekte olmuş hücrenin bağışıklık sistemine göndereceği sinyali bloke eder. Ayrıca, hücrenin virüsle savaşan proteinlerini de engeller. Aynı savaşçı proteinler çocuk felci ve grip gibi diğer virüsler tarafından engellenir.

auguuucaucucguugacuuucagguuacuauagcagagauauuacuaauuauuaugaggacuuuuaaaguuuccauuuggaaucuugauuacaucauaaaccucauaauuaaaaauuuaucuaagucacuaacugagaauaaauauucucaauuagaugaagagcaaccaauggagauugauuaaacgaac

Virüsün Efendisi: ORF7a

Yeni virüsler bir hücreden kaçmaya çalıştığında, hücre onları teterin (zincire vuran) adı verilen proteinlerle yakalayabilir. Bazı araştırmalar, ORF7a'nın enfekte bir hücrenin tetherin tedarikini azalttığını ve daha fazla virüsün kaçmasına izin verdiğini gösteriyor. Araştırmacılar ayrıca bu proteinin enfekte olmuş hücreleri intihar etmek için tetikleyebileceğini buldular. Bu da Covid-19'un akciğerlere verdiği hasara katkıda bulunuyor.

augaaaauuauucuuuucuuggcacugauaacacucgcuacuugugagcuuuaucacuaccaagaguguguuagagguacaacaguacuuuuaaaagaaccuugcucuucuggaacauacgagggcaauucaccauuucauccucuagcugauaacaaauuugcacugacuugcuuuagcacucaauuugcuuuugcuuguccugacggcguaaaacacgucuaucaguuacgugccagaucaguuucaccuaaacuguucaucagacaagaggaaguucaagaacuuuacucuccaauuuuucuuauuguugcggcaauaguguuuauaacacuuugcuucacacucaaaagaaagacagaaugauugaacuuucauuaauugacuucuauuugugcuuuuuagccuuucugcuauuccuuguuuuaauuaugcuuauuaucuuuugguucucacuugaacugcaagaucauaaugaaacuugucacgccuaaacgaac

Bu dizi ile, ORF7b’nin dizisi üst üste çakışıyor. Ancak ORF7b geninin işlevi belli değil.
Gizemli Protein: ORF8

Bu yardımcı proteini kodlayan gen SARS-CoV-2'yi diğer koronavirüslerden önemli ölçüde ayırır. Ancak, bunun da fonksiyonu tam belli değil.

Augaaauuucuuguuuucuuaggaaucaucacaacuguagcugcauuucaccaagaauguaguuuacagucauguacucaacaucaaccauauguaguugaugacccguguccuauucacuucuauucuaaaugguauauuagaguaggagcuagaaaaucagcaccuuuaauugaauugugcguggaugaggcugguucuaaaucacccauucaguacaucgauaucgguaauuauacaguuuccuguuuaccuuuuacaauuaauugccaggaaccuaaauuggguagucuuguagugcguuguucguucuaugaagacuuuuuagaguaucaugacguucguguuguuuuagauuucaucuaaacgaacaaacuaaa

Nükleokapsid Proteini: N

N proteini virüs RNA'sını korur ve virüs içinde onun virüsün içinde kararlı olmasını sağlar. Birçok N proteini birbirine bağlanarak RNA'yı uzun bir spiral şeklinde sarıp sarmalar:

augucugauaauggaccccaaaaucagcgaaaugcaccccgcauuacguuugguggacccucagauucaacuggcaguaaccagaauggagaacgcaguggggcgcgaucaaaacaacgucggccccaagguuuacccaauaauacugcgucuugguucaccgcucucacucaacauggcaaggaagaccuuaaauucccucgaggacaaggcguuccaauuaacaccaauagcaguccagaugaccaaauuggcuacuaccgaagagcuaccagacgaauucgugguggugacgguaaaaugaaagaucucaguccaagaugguauuucuacuaccuaggaacugggccagaagcuggacuucccuauggugcuaacaaagacggcaucauauggguugcaacugagggagccuugaauacaccaaaagaucacauuggcacccgcaauccugcuaacaaugcugcaaucgugcuacaacuuccucaaggaacaacauugccaaaaggcuucuacgcagaagggagcagaggcggcagucaagccucuucucguuccucaucacguagucgcaacaguucaagaaauucaacuccaggcagcaguaggggaacuucuccugcuagaauggcuggcaauggcggugaugcugcucuugcuuugcugcugcuugacagauugaaccagcuugagagcaaaaugucugguaaaggccaacaacaacaaggccaaacugucacuaagaaaucugcugcugaggcuucuaagaagccucggcaaaaacguacugccacuaaagcauacaauguaacacaagcuuucggcagacgugguccagaacaaacccaaggaaauuuuggggaccaggaacuaaucagacaaggaacugauuacaaacauuggccgcaaauugcacaauuugcccccagcgcuucagcguucuucggaaugucgcgcauuggcauggaagucacaccuucgggaacgugguugaccuacacaggugccaucaaauuggaugacaaagauccaaauuucaaagaucaagucauuuugcugaauaagcauauugacgcauacaaaacauucccaccaacagagccuaaaaaggacaaaaagaagaaggcugaugaaacucaagccuuaccgcagagacagaagaaacagcaaacugugacucuucuuccugcugcagauuuggaugauuucuccaaacaauugcaacaauccaugagcagugcugacucaacucaggccuaaacucaugcagaccacacaaggcag

Aksesuar proteinler ORF9b ve ORF9c, bu RNA zinciri ile üst üste çakışır. ORF9b, virüslere karşı savunmada önemli bir molekül olan interferonu bloke eder, ancak ORF9c'nin kullanılıp kullanılmadığı net değildir.
Gizemli Protein: ORF10

SARS-CoV-2 virüsünün yakın akrabalarının çoğu bu küçük aksesuar proteinini kodalayan gene sahip değildir. Bu nedenle henüz bu genin ne yaptığını, hatta onun bir protein kodlayıp kodlamadığını bile bilmiyoruz.

augggcuauauaaacguuuucgcuuuuccguuuacgauauauagucuacucuugugcagaaugaauucucguaacuacauagcacaaguagauguaguuaacuuuaaucucacauag

Zincirin Sonu

Koronavirüs genomu, hücrenin protein yapma makinesini durduran tekrarlayıcı bir aaaaaaaaaaaaa dizisi ile sonlanır.

caaucuuuaaucaguguguaacauuagggaggacuugaaagagccaccacauuuucaccgaggccacgcggaguacgaucgaguguacagugaacaaugcuagggagagcugccuauauggaagagcccuaauguguaaaauuaauuuuaguagugcuauccccaugugauuuuaauagcuucuuaggagaaugacaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

Virüsü Çin’den COVID-19’un ilacı da Çin’den mi olacak?

SARS-CoV-2 (2019-nCoV) Tespit Kitleri, Antijenleri, Antikorları ve Proteinleri

Koronavirüsler pozitif ifadeli tek sarmallı RNA virüsleridir. İnsanları enfekte ettiği bilinen yedi tip koronavirüs vardır. Bu virüslerle enfekte olan hastalarda çeşitli şiddette solunum semptomları gelişir. HCoV-229E ve HCoV-OC43ilk yıllarda keşfedilen iki koronavirüs olup, yaygın soğuk algınlığına neden olur.

Diğer beş koronavirüs, potansiyel olarak ölümcül olabilen daha şiddetli solunum yolu enfeksiyonuna yol açar. 2000 yılından bu yana, koronavirüslerin neden olduğu dünya çapında üç büyük sağlık krizi, 2003 SARS salgını, 2012 MERS salgını ve 2019 COVID-19 salgınıdır. Bu salgınlar sırasında binlerce insan öldü, ancak şaşırtıcı bir şekilde aşı, tedavi veya teşhis yapılmadı. COVID-19’un patlak vermesi, bu virüslerin biyolojisini anlamak ve enfeksiyonları önleme ve tedavi etmenin yollarını bulma konusunda biyomedikal camianın uyanışı ve ciddi bir çaba göstermesine yol açtı.

Yeni tanımlanan koronavirüs SARS-CoV-2 (2019-nCoV), dünya çapında 240.000’den fazla insanda pnömoniye (COVID-19) yol açtı. Bu yeni virüs, SARS-CoV (2003) ve MERS-CoV (2012) ‘yi de içeren Betacoronavirus cinsine aittir. Diğer tüm koronavirüslerde olduğu gibi, SARS-CoV-2 (2019-nCoV) genomu başak proteini (S, Spike), zarf proteinini (E), membran proteini (M) ve nükleokapsid proteinini (N) kodlar.

Başak proteini (Spike yani S-proteini) reseptör bağlanması ve membran füzyonuna (kaynaşmasına) aracılık eder. Spike proteini, S1 ve S2 olmak üzere iki alt birim içerir. S1, hücre yüzeyi reseptörünün tanınmasından ve bağlanmasından sorumlu olan bir reseptör bağlanma alanı (RBD, Reseptör Bağlanma Domeyni) içerir. S2 alt birimi, membran füzyonu için gerekli diğer temel elementleri içeren yapının “gövdesidir”. Spike proteini, antikorları ve aşıları nötralize etmek için ana hedeftir. SARS-CoV-2’nin insan ACE2 reseptörü ile etkileşim yoluyla solunum epitel hücrelerini enfekte edebileceği bildirilmiştir. Gerçekten de, rekombinant Spike proteininin rekombinant ACE2 proteini ile bağlanabildiği gösterilmiştir.

Spike proteini (Detay)

Coronavirus Spike proteini, sınıf I viral bir füzyon proteinidir ve konukçu reseptöre bağlanmaya aracılık eder. Bol miktarda N-glikozile edilmiş S proteininin boyutu değişik CoV türleri arasında önemli ölçüde değişiklik (1100 ila 1600 amino asit ve yaklaşık 220 kDa’ya varan kütlesi). S proteininin üç alt birimi, CoV partikülünün membran yüzeyini süsleyen 18-23 nm uzunluğunda, saksı şeklinde sivri uçları oluşturur. Spike proteini, antikor ve aşılar için ortak hedeftir.

Spike proteini işlevsel olarak farklı iki alt birime ayrılabilir: küresel S1 alt birimi reseptör tanıma ile ilişkili iken, S2 alt birimi membran füzyonunu kolaylaştırır ve S’yi viral membrana tutturur. S1, S proteininin geniş reseptör bağlanma alanını, S2 ise başak molekülünün sapını oluşturur. Betacoronavirüs başak proteinlerinin S1 alt birimi, çok alanlı bir mimari sergilemektedir ve yapısal olarak A ve B bölgelerinin bir RBD olarak işlev görebileceği dört farklı (A-D) bölgesinde yapısal olarak düzenlenmiştir.

Virüsün hücre füzyonunu kolaylaştıran anahtar protein segmentlerini içeren S2 alt birimi yüksek oranda korunmuştur. Bunlar arasında füzyon peptidi, iki heptad (7’li) tekrar bölgesi (HR1 ve HR2) ve farklı cinsler arasındaki CoV türleri arasında iyi korunmuş membran geçişli alanlar yer alır. SARS-CoV-2’nin S geni, diğer CoV’lerle kıyaslandığında oldukça farklıdır. RaTG13’ye % 93.1’lik nükleotid benzerliği varken, diğer SARSr-CoV’lere nükleotid benzerliği % 75’in altınadır. SARS-CoV ile karşılaştırıldığında, SARS-CoV-2’deki en büyük değişiklik N-terminal bölgesindeki fazladan üç kısa parçanın olması ki bunlar siyalik asit bağlanma aktivitesine yol açabilir ve reseptör bağlanma motifindeki beş temel amino asitten dördünün değişmiş olmasıdır. 

Spike- Reseptör Etkileşimi

Koroanvirüs başak glikoprotei üzerinde yapışan çalışmalar, hem N-terminal bölgesi (NTR, beta-CoV’te A domeyni) hem de S1’in C-terminal bölgesinin (beta-CoV’de B, C ve D domeynlerini içeren CTR) konakçı reseptörüne bağlanmak için RBD’ler olarak işlev görebileceklerini gösterdi. Alfa ve betacoronavirüslerin CTR’sinin sadece protein reseptörlere bağlandığı görülmüştür.

Nükleokapsid Protein (N-protein) koronavirüste en bol bulunan proteindir. N-proteini oldukça immünojenik (antijenik) bir fosfoproteindir ve normalde çok korunmuştur. Koronavirüsün N proteini genellikle teşhis tahlillerinde bir belirteç (marker) olarak kullanılır.

Virion oluşumu sırasında, N proteini viral RNA’ya bağlanır ve sarmal nükleokapsidin oluşumuna yol açar. N proteinin bolluğu ve yüksek hidrofilikliğinin (suda kolay erimesinin), koroanvirüs enfeksiyonundan sonra güçlü bağışıklığa katkıda bulunduğu düşünülmektedir.

Nükleokapsid Protein Fonksiyonu

N proteini, nükleokapsidde bulunan tek proteini oluşturur. Her ikisi de RNA’yı in vitro bağlayabilen iki ayrı domeynden [N-terminal domeyn (NTD) ve C-terminal domeyn (CTD)] içerir, ancak her domeyn RNA’yı bağlamak için farklı mekanizmalar kullanır.

N proteini de ağır fosforile edilimiştir ve fosforilasyonun, viral ve viral olmayan RNA’ya karşı afiniteyi arttıran yapısal bir değişikliği tetiklediği ileri sürülmüştür.

N proteini, viral genomu ip üstündeki boncuklar misali bir yapıya dönüştürür. N proteini için iki spesifik RNA substratı tanımlanmıştır; TRS’ler ve genomik paketleme sinyali. Genomik paketleme sinyalinin spesifik olarak ikinci veya C-terminal RNA bağlama domeynine bağlandığı bulunmuştur.

N proteini ayrıca replikaz kompleksinin önemli bir bileşeni olan nsp3’e ve M proteinine de bağlanır. Bu protein etkileşimleri muhtemelen viral genomun replikaz-transkriptaz kompleksine (RTC) bağlanmasına yardımcı olur ve daha sonra kapsüllenmiş genomu viral partiküllere paketler.

Sino Biological. Inc.: Virüsün ilk ilacı da Çin’den mi olacak?

Sino Biological. Inc.

Bu mücadeleyi desteklemek için Sino Biological, bilinen tüm insan koronavirüslerinden önemli proteinler de dahil olmak üzere kapsamlı bir rekombinant viral antijen paneli geliştirdi.

Sino Biological, dünya çapında SARS-CoV-2’nin rekombinant proteinlerini sunan ilk şirkettir. Sino Biological Inc., SARS-CoV-2 için teşhis kitleri ve antikorları içeren araştırma reaktifleri paneli geliştirmiştir: Bunlar arasında rekombinant antijenler (N proteini, S proteini ve onun S1 ve S2 altbirimleri ile RBD domeynleri dahil) antikorlar, antijen saptama kitleri ve genler sayılabilir. Bu reaktiflerden bazıları Çin’de Ulusal Tıbbi Ürünler Yönetimi (NMPA) onaylı COVID-19 teşhis kitlerini üretmek için kullanılmıştır. Sino Biological, ayrıca Bill & Melinda Gates vakfından COVID-19’un kolloid altın ve ELISA tabanlı tanı için destek almıştır. Fon, SARS-CoV-2’nin (2019-nCoV) hızlı ve yüksek verim tespiti için gerekli anahtar antijen ve antikor reaktiflerinin geliştirilmesi için kullanılacak.

COVID19’a yakalanıp iyileşirseniz ne olacağı hakkında konuşalım

COVID19’a yakalanıp iyileşirseniz ne olacağı hakkında konuşalım. Hastalığa karşı bağışık mısın? Bağışıklık ne kadar sürer? Ve bu hayatınız ve toplumumuz sağlığı ve ekonomisi için ne anlama geliyor?

Nicholas A. Christakis, @NAChristakis (Twitter) 

Sterling Professor of Social & Natural Science at Yale. Physician. Author of “Blueprint: The Evolutionary Origins of a Good Society”.

(http://www.humannaturelab.net/)

Geçmiş pandemilerden yola çıkarsak muhtemelen insanların %40 kadarı önümüzdeki 2-3 yıl içinde COVID19’a maruz kalacaktır. Herkes hastalığa yakalanmayacak. Yaklananların sadece bir kısmı (muhtemelen <% 1.0) ölecektir. Gerisi iyileşecek. Ve neredeyse herkes bağışıklık kazanacak. Ancak bu bağışıklığın ne kadar süreceğini bilmiyoruz. Bazı hastalıklara (çocuk felci veya su çiçeği gibi), hayatımız buyunca bağışık kalırız. Ama diğerleri için durum böyle değil. Bu, bağışıklık biliminin karmaşık bir alanıdır. Bunu çözmek için, birçok kişinin tartıştıklarından farklı bir teste ihtiyacımız var. Çoğu insan, hastaların koronavirüs RNA’sına sahip olup olmadığını tespit eden rRT-PCR analizlerini tartışıyor. Ancak bu sadece SARS-CoV-2’nin kendisini tespit etmek içindir (yani şu anda enfekte olan insanlar için geçerlidir)

Çinli bilim adamları, SARS-CoV-2’nin için Ocak ayı başında testler geliştirdi: https://sciencemag.org/news/2020/02/labs-scramble-spot-hidden-coronavirus-infections Bu makale, ABD’nin o zamanlar bile testlerdeki gecikmesini gösteriyor. (Bu arada, Çinli bilim adamlarının fotoğrafta sahip olduğu koruyucu ekipmanları kıskanıyorum, ama bu işin başka yönü). COVID19’unuz varsa ve artık semptomlarınız yoksa, viral RNA için mevcut test size hiçbir şey söylemeyecektir. Kendi vücudunuzun virüse karşı yaptığı “antikorları”  ölçen “serolojik” test adı verilen farklı bir teste ihtiyacımız var demektir.

İnsanlar SARS-Cov-2 gibi bir enfeksiyon kaptığında, istilacı bileşenlere, özellikle virüsün yüzeyindeki proteinlere karşı antikorlar yapar. Bu antikorlar, virüsü nötralize edebilir ve ayrıca tekrar enfekte olmamızı engeller. SARS-CoV-2’ye karşı insan antikorları için önemli bir hedef (bu hedeflere “antijen” diyoruz), virüs yüzeyinde bulunan “başak ya da çıkıntı proteini”dir.

Virüs için ihtiyacımız olan “serolojik” testler, bu tür viral antijenlere karşı insan antikorlarını saptar. Yani bu durum, virüsün varlığından ziyade virüse cevabımızın bir testidir. Bilim adamları bu testleri yıllardır mükemmelleştirdiler (örn., Https://academic.oup.com/aje/article/91/6/585/213597).

SARS-CoV-2 antikorları için ilk test 4 Şubat’ta ortaya çıktı: https://tandfonline.com/doi/full/10.1080/22221751.2020.1729071. Hem IgM ve IgG (iki farklı antikor tipidir, üçüncüsü IgA’dır)’lerin sıfırıncı gündeki seviyeleri ya çok düşük veya saptanamaz düzeyde idi, ancak hemen hemen tüm hastalarda (N = 16) 5. güne kadar arttı.

Singapur’daki bilim adamları, Şubat ayında da bir antikor testi uyguladılar. https://sciencemag.org/news/2020/02/singapore-claims-first-use-antibody-test-track-coronavirus-infections Birçok grup, büyük ticari ve klinik değere sahip olacak testler oluşturmak için yarışıyor. Virüse karşı antikorlar seviyemiz sıfır ile yüksek seviyeler arasında ölçülebilir.

Bu arada, aşı yapma yollarımızdan bir insanlara virüsün bulaşıcı olmayan küçük bir kısmını vererek bağışıklığımızı yapay olarak uyarmaktır. Böylece vücudumuzda antikorlar oluşur ve daha sonra ortaya enfeksiyonlarla savaşırlar. Dolayısı ile aşı, taklit edilmiş bir enfeksiyondur.

SARS-CoV-2 çok “immünojenik” olduğu için şanslıyız. Yani bağışıklık sistemimiz virüsü çok tahriş edici buluyor ve buna karşı güçlü bir bağışıklık tepkisi oluşturabiliyor. Lanet virüs.

Serolojik testlerin geliştirilmesi aslında ulusal ve uluslararası bir öncelik olmalıdır. Birçok sebepten ötürü. ABD, COVID19’un akut fazı için RNA testi eksikliği yaşamamak için bir fırsata sahiptir. Bağışıklık ve kimin bağışıklık olduğunu bilmek hepimizin yararına olduğu için, test ücretsiz olmalıdır ve sigorta kapsamına alınmalıdır (mevzuata ihtiyacımız var): https://medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.17.20037713v1 https://twitter.com/florian_krammer/status/1240432285184405505?s=20 https://medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.17.20037713v1

B çalışmalarda sunulan deneyler o kadar hassastırlar ki, belirti başladıktan 3 gün sonra virüsü tespit edilebilir. Analizler başka bir şey de gösteriyor: insanlar bu virüse daha önce rastlamamış gibi görünüyor. Hepimiz “immünolojik olarak naifiz”. Doğal bağışıklığımız yok. Bu durum, virüsün neden bu kadar hızlı yayıldığını ve pandemi haline geldiğini açıklıyor. Türümüzde çok az (eğer o da varsa) virüslere karşı doğal dalgakıran vardır.

Önceki araştırmalardan, viral antijenlere karşı antikorların bizi bağışık hale getirdiğini biliyoruz, ancak bağışıklığın ne kadar süreceğini henüz bilmiyoruz (bunu öğrenmek için takip süresi gerekecektir ve hala sadece salgının başındayız). Bu nedenle, SARS-CoV-2 gibi yeni bir koronavirüsün bağışıklık süresini bilmek çok zordur. Sadece ‘beklemeli ve görmeliyiz’. Bu ifadeyi, COVID19 için çok sık kullanıyorum ve hepimiz için çok sinir bozucu olduğunun farkındayım.

Ancak, hastalık başlangıcından bu yana geçen ilk 40 gün boyunca COVID19’un “erken” bağışıklık sürecini zaten biliyoruz. https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3546052

173 hastada  antikor, IgM ve IgG için “serolojik dönüşüm” 11, 12 ve 14 günde görüldü. İlk 7 günde antikor varlığı <%40 iken, 15. günde hızla %100, %94 ve %80’e yükseldi, Buna karşılık viral RNA 7. günden önce %67 iken,  15 ila 39. Günler arasında  % 46’ya düştü.

Bununla birlikte, diğer koronavirüslere bakarak ve daha uzun takiple COVID19 için olası bağışıklık süresi hakkında bir şeyler öğrenebiliriz. Geçmişteki bilim ve bilgiye dayanarak bunu tahmin edebiliriz.

“Farklı” bir koronavirüs ile “kasıtlı olarak” enfekte olmuş 15 gönüllüden oluşan klasik bir 1990 çalışmasında, bir yıl boyunca bağışıklık izlendi. Bağışıklık 2 haftada maksimuma ulaşmış ve bir yıl sonra ortadan kalkmıştı. https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2271881/pdf/epidinfect00023-0213.pdf

Şaşırtıcı bir şekilde, 9 gönüllü, virüse ‘yeniden meydan okumak’ için ikinci kez laboratuvara döndü! Antikor titreleri azalmış olmasına rağmen, hala bazı bağışıklıkları vardı, çünkü 9’undan sadece 6’sı yeniden enfekte oldu ve hiçbiri hastalık belirtisi göstermedi. Yani, bu harika birşey!

Ancak, henüz soğuk algınlığı için bile aşıya sahip olmadığımızı düşünürsek, COVID19 için bir aşı geliştirmenin çok zor olabileceğini tahayyül edebilirsiniz.

Serolojik testler COVID19’un akut (şiddetli) fazında bile önemlidir, çünkü virüsün kendisi için testler yanlış negatif olabilir (birçok klinik ve teknik nedenden ötürü). Virüse karşı antikorları tespit etmek bize bu küçük şeytanları tespit etmek için başka bir yol sunuyor. Salgın ilerledikçe, iyileşmiş ve bağışıklık olasılığı yüksek olan kişileri tanımlamak için mümkün olduğunca çok insan üzerinde serolojik testler (kan alarak) yapmak isteyeceğiz. Bu ulusal bir öncelik olmalıdır. SARS-CoV-2 için bu tür serolojik testlere dayanarak bağışık olduğu bilinen insanlar artık bulaşıcı değildir (temel olarak virüsü yayamazlar) ve işe, okula vb. geri dönebilirler ve sağlık çalışanları için çok değerlidirler.

Bu şu demektir: COVID19’a karşı bağışık olduğunuzda, işinize devam edebilir ve ekonominizi iyileştirmeye katkı sunabilirsiniz. Bu tür insanların sayısı arttıkça, viral iletim engellenecek ve hepimize yardım ederek topluma “sürü bağışıklığı” da kazandıracaktır! Bu arada, bir evdeki bir kişinin mevcut RNA testine dayanan COVID’i biliniyorsa ve şimdi iyileşmişse, onun artık bağışık olduğu söylenir ve gündelik işine dönebilir.

Serolojik testler de önemlidir. Çünkü belirtiler olmadan veya minimal belirtilerde enfekte olan ve iyileşen insanların gerçek durumlarını belirlemeye yardımcı olurlar. Bu, COVID19 enfeksiyondan ölüm oranını hesaplamak için çok önemlidir: https://washingtonpost.com/opinions/2020/03/06/why-its-so-hard-pin-down-risk-dying-coronavirus/

Bir insanın örnek olabilecek yaygın bir serolojik testine sahipseniz, SARS-COV-2’ye zaten maruz kalmış insan sayısını hesaplayabilirsiniz (yani aşı olmadan doğal olarak bağışıklık sahibi). Enfeksiyondan ölüm oranının korktuğumuzdan çok daha düşük olduğunu görebiliriz. Hatta, bağışık olan insanların verdiği kandan elde ettiğimiz serumdan antikorlar bile elde edilebilir ve COVID19’lu ciddi hasta insanlar için bir tedavi olarak kullanabiliriz (bu tedavi başka sorunlara neden olabilir, ancak bu başka bir hikaye).

Serum kullanarak bir hastadan diğerine ‘pasif antikor transferi’ ile COVID19’u tedavi etmek için birçok olası stratejinin güzel bir biyolojisi burada verilmiştir: https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7029759/ pdf / f1000arama-9-24634.pdf