İlk Yapay (Sentetik) Hücre: Tanrının Rolünü Oynamak mı?

Hiç sanmıyorum... Neden mi?

Buna birazdan döneceğim. Ancak, bu çalışmayı rapor eden grup hakkında önce biraz tarihçeye...

J. Graig Venter (JCV) bir biyolog ve aynı zamanda zengin bir iş adamı. O kadar zengin ki, kendi adına Maryland ve California'da iki araştırma enstitüsü (JCVI) ve Nobel Ödülü almış bir bilim adamını da içinde bulunduran 400'ün üzerinde çalışanı var.

Resim: (soldan sağa) J. Craig Venter. Hamilton O. Smith (Nobel Ödüllü), Dan Gibson, Lijie Sun, John Glass, Krishna Kannan, John Gill, and Clyde A. Hutchison III, . (Resim: J. Craig Venter Institute)

JCV ve grubunu aynı zamanda insan genom projesinden tanıyoruz. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.

Aynı grup 2010 yılında kimyasal olarak sentezlenmiş tüm bir bakteri (Mycoplasma mycoides) genomunu, genomu çıkarılmış boş bir bakteri (Mycoplasma capricolum) hücresine aktardıklarını rapor etmişti. Yeni oluşturdukları bu bakteriye "JCVI-syn1.0" adını veren grup, makalelerine cüretkar bir başlık atmışlardı: "ilk sentetik bakteri yaratıldı" (Science, 2010). (genom= hücredeki tüm DNA)

Aynı grup geçen hafta içinde minimum sayıda genle yaşamını devam ettirebilen ilk yapay bakteri genomunu "tasarlayıp sentezlediklerini" bildirdi (Science, 25 Mart 2106). Bu bakteriye de "JCVI-syn3.0" adını verdiklerini görüyoruz.

Grubun 2010'da kullandıkları provokatif "yaratmak" terimini, haklı bilimsel tepkiler sonucu yeni çalışmalarında "sentez" olarak yumuşattığını görüyoruz.

Neyse. konumuza dönelim.

Bakteri hücresi "yaratıldığı!" için bakteriden başlayalım...

Bakteri tek bir hücreden oluşur, fakat aynı zamanda bizim gibi trilyonlarca hücreden oluşan bir canlı gibi yer, içer, davranır. Yani, kısaca bir bakteri hem tek bir hücredir hem de bir organizmadır.

Bitki ve hayvanlara göre bakteriler çok daha basit organizmalardır. Yaşamak ve çoğalmak için de daha az şeye ihtiyaç duyarlar. Genomları küçük ve binden az geni olanları vardır. 

Grubun, 2010’da referans aldığı ve genomunu sentetik olarak kurduğu bakteri, genomu en küçük (yaklaşık 1 milyon harf) bakterilerdendi.

Bir karşılaştırma yaparsak: bir insan hücresinde yaklaşık 20 bin, tipik bir bakteri olan E. coli’de yaklaşık 5 bin gen (protein kodlayan) var. Genin ne olduğunu daha önce burada yazmıştım.

Grubun geçen hafta içinde rapor ettiği yapay bakteri (Syn3.0) “minimal” bir bakteri. Bu bakteri grubun daha önce oluşturduğu sentetik 516 gene sahip Syn2.0 bakterisinden 43 genin daha çıkarılması ile elde edildi. 

Resim:15 bin kez büyütülmüş EJCVI-Syn 3.0 hücrelerinin elektonmikrografı. 

Syn3.0 başka bir hücreye ihtiyaç duymadan tek başına serbest yaşayabilen genomu en küçük bakteri olmaya aday. Bu yapay bakteride sadece 473 gen var. Bunların 324’ü (3’te 2’si) hücrenin sadece yaşamını devam ettirmesi ile ilgili, diğer 149 genin ise foksiyonu tam bilinmiyor.

Bu sentetik bakteriden daha az gene sahip doğal bakteriler var. Ancak, bunlar serbest yaşayamıyor. Bir hücrenin içinde parazit gibi yaşamaya mahkumlar. 

Az sayıda gen bakımından rekor ise böcek hücreleri içinde yaşayan Nasuia. Bu bakterinin sadece 137 geni var.

Çalışmanın şunu gösterdiği ileri sürülüyor: Tüm canlılarda genlerin çoğu ihmal edilebilir. Yani bu genler aksesuar işlevi görüyor. Bunlar olsa da olmasa da canlı (veya hücre) yaşamını devam ettirebilir.

Peki böyle bir çalışmanın amacı ne? Para! Bir ürünü maksimum yapmak.

Şöyle bir düşünün. Hücrede 5000 gen olsun ve bu genleri kullanarak hücre 100 adet çeşitli endüstrilerde kullanımı olan ürün üretsin. Ancak, bu 100 ürün arasından sadece bir tanesi özel bir hastalık için ilaç ve siz sadece onu üretmek istiyorsunuz. Diğer tüm genleri kapatır, hücreyi rezervlerini bu ilaç için kullanmasını sağlarsanız istediğiniz ürünü 100 kat fazla elde edersiniz.

Sorulacak sorular ise, bu ihmal edilebilir genleri çıkarıp atarsanız canlının ne tür badirelerle karşılaşacağı. Özellikle bizim gibi karmaşık yapılı ve eşeyli üreme yapan canlılarda üreme sorunlarından tutun zekâ seviyesine ve sayısız hastalıklara kadar bir ton sorunla karşılaşılmayacağını kim garanti edebilir?

İnsan eli ile yapılmış hilkat garibesi canlıların uzun vadede dünyamızdaki doğal dengeleri nasıl etkileyebileceği etraflıca düşünülmediği görülüyor. Daha doğrusu, “ben para kazanayım da, benden sonrası tufan” mantığı…

Sadede, yani “yaratma”ya gelince…

Craig Venter ve ekibinin yarattığı aslında hiç bir şey yok. Olsa olsa bir Legonun parçaları ile yeni bir araç yapmışlar. Kullandıkları tüm malzeme (enzimler, vs) ve Legolar (DNA ve yapıtaşları) ise doğadan. Yani var olandan alınma.

Kısaca, “yaratma” kastini aşan bir ifade olurdu ve bu nedenledir ki ilk çalışmalarında kullandıkları bu kelimeyi, yeni çalışmada kullanmamışlar.

Hem bilimsel hem de dinsel olarak isabet etmişler.

Öpüşmek öldürür mü?

Belki! 

Herkesin yeni evlenmiş tanıdıkları vardır. 

Birkaç ay sonra bakıyorsunuz eşlerden biri ya da her ikisi inanılmaz derecede zayıflamış ya da aşırı kilo almış. 

Bazen de biri aşırı kilo alırken, diğeri aşırı kilo vermiş. 

Ne oldu da 20-30'lu yaşlarda çok değişmeyen vücut, evliliğin hem sonrasında birkaç ay içinde bu kadar dramatik bir şekilde değişti?

Yenge hanımın güzel yemekleri olamaz herhalde bu değişimin sebebi. Çünkü, eşlerden biri veya her ikisinin bir çırpıda "çırpı gibi" olduğu da oluyor. 

Bir düşünün.., Her bireyin kendine has bir mikrobiyomu (vücuttaki bakteri ve diğer mikroorganizmalar) var. Ve son çalışmalar, insan vücudunda insanın kendi hücrelerinden 10 kat fazla mikrop (bakteri, maya, vs) olduğunu ortaya koyuyor. Vücudumuzdaki mikroorganizmalar hakkında daha önce burada yazmıştım.

Bu mikroorganizmaların büyük kısmı ise bağırsak sistemimizde yaşıyor ve oldukça faydalı işler yapıyorlar. Faydalı vitamin ve amino asit üretmek gibi...

Ancak, hiç kimsenin bağırsağı diğerininkine benzemez. A kişisinin bağırsağındaki barışçıl mikroplar, B kişisinde birer patojen (hastalık yapıcı) gibi davranabilir. Bu da obeziteye kadar götüren bir seri metabolik sendroma yani, beslenme ve enerji eldesi ile ilgili rahatsızlıklara sebep olabiliyor.

Mide-bağırsak sistemimizde bolca bulunan bu mikropların, öpüşme (salya) ile geçebileceği ve bazılarının mide sindirim sistemini geçip, bağırsağa gelip yerleşebileceklerini biliyoruz.

Zor sorular: 

• Öpüşmeden aşk olmaz ve her aşkın da bir bedeli var! Ancak, özellikle Fransız öpücüğünde imtina etmek mi gerekir acaba? 
• Hayvanlar aleminde acaba öpüşme olayı var mı? Onlarda da aşkın bir bedeli var mı?
• Hiç öpüşmeyen toplumlar var mı? Varsa... bunların hastalık, sağlık, ömür uzunlukları konusunda birşey biliyor muyuz?
• Sağlıklı insanların bağırsaklarından izole edilmiş faydalı bakterilerin, bağırsak problemi olan hastalara transferini yapan ve bu konuda yakında bir sektör olacağı düşünülen mikrobiyom transferleri gerçekten tedavi edici olacak mı? 

Umarım romantizmin katili ilan edilmem... 

Ne yapalım. Gerçekler böyle.

Not: Yine umarım eşimi bu yazıdan haberdar etmezsiniz... Yoksa, beni eve koymaz!

Akademik Dünyanın Gerçeği 5Y1O Kuralı: Yay Yayın Yap, Ya da Yok Ol!

Bir basın ve yayın kuralı olan 5N1K'yı çağrıştırsa da, akademik dünyada 5Y1O olarak kısaltabileceğimiz "Yay Yayın Yap, Ya da Yok Ol!" kuralı vardır. Batı dünyasında bunun karşılığı "Publish or Perish"tir.

Çok tartışılan bir konu olsa da, akademik dünyanın bir gerçeğidir yayın yapmak (yayın hazırlamak ve yayına kabul ettirmede 6 altın kuralı burada yazmıştım).

Tartışılan yönleri arasında işe alınma, sözleşme yenileme ve terfi ettirmede yayınların kurumlar tarafından salt (veya en önemli) kriter olarak alınması gösterilmektedir. 

Ayrıca, araştırmacılar üzerinde böyle bir yayın baskısı kurmanın, onları zorlama yayın yapmaya ve bunun da üretilen bilimin kalitesinin düşmesine sebep olduğu yönünde haklı görüşler vardır. Akademik kaygı ile yapılan yayınların, bilim için bir kazanç değil, kayıp olduğunu düşünenler bulunmaktadır. 

Yayın baskısı sadece bize has bir şey değil. Tüm dünyada "yayın yapmak" bilimde üretkenliğin en önemli göstergesi olarak kabul ediliyor. Aksi taktirde, halkın parasının çarçur edilmiş olacağı savı dillendiriliyor.

Ne diyelim... Nasrettin Hoca'nın dediği gibi her iki görüşte kendince haklı.

İşe alacağımız akademisyeni karşımıza alıp, onun eserlerine (yayın, kitap, proje) bakmadan sadece "Anlat bakalım hele. Ne çalıştın, ne ürettin, ne yaptın?" diyemeyiz. Böyle bir soruya, birçok insan bire bin katarak ne derece büyük bir bilim insanı olduğunu anlatacaktır. 

Ancak, kişinin önümüze koyacağı, yukarıda belirttiğim kaygılar sonucu yapılmış, birbirinin kopyası sayılabilecek Web of Science (SCI, SSCI, AHCI) tarafından bir şekilde taranan ancak etki faktörü sıfır yüzlerce derginin herhangi birinde yapılmış onlarca yayının temel referans alınması ne derece doğru olur?

Sanırım bu konuda karar yine seçici kurullardaki bilim insanlarının basiretli tutumuna bırakılmalı. Evrensel bilim ölçülerine göre değerlendirilecek bir dosya veya adayın performansı, onun  ne derece yetkin ve etkin biri olduğunu ortaya zaten apaçık koyacaktır. 

Ancak, bu "apaçık" durum, deveyi pire, pireyi deve yapacak taraflı değerlendirmelerle değil, "apolitik" bir yaklaşımla belirlenebilir. 

Evrensel akademik kriterlere değil kendi uydurma kriterlerine tevessül eden, esasen bir  değerlendirme kriteri bile bulunmayan, kadrolaşmayı bir peşkeşe çevirmiş olan kurumlar ise kaybedenler olacaktır.

Bilim ve Bilim İnsanları Neden Güvenilirliğini ve Saygınlığını Yitirdi?

Her hangi bir dünya ülkesinde bir ülke liderinin "bilim adamlarımızın görüşüne göre şunu şöyle, bunu böyle yaptık. Bu, ülkemiz ve dünyamız için daha iyi olacak" mealinde bir şey dediğini duydunuz mu? 

Tabi ki hayır...

Çünkü ülke yöneticilerinin ve esasen halkın bilim insanlarına güveni yoktur da onun için.

Neden olsun ki... 

Politize olmuş bir bilime, akademik terfi kaygısı ile yapılmış bir yayına, finansörünün beklentisi yönünde sonuçlarını rapor eden bir araştırmaya, araştırmacısının büyük egosuna kurban gitmiş çarpıtılmış bir gerçeğe kim inanır ve güvenir?

Halbuki, geçmişte çoğunu metafizik sandığımız birçok olgunun esasen elle tutulur, gözle görülür şeyler olduğunu bize gösteren bilim değil mi? Bugün kullandığımız araçlardan tutun, yuttuğumuz ilaçlara her şey bilim insanlarının alın terinin sonucu değil mi? 

Dolayısı ile gerçek bilim ve erdemli bilim insanlarının hayatımızı kolay, sağlıklı ve uzun yaşamak; üzerinde yaşadığımız "dünya" denen bu kara parçasını bozmadan, rezervlerini tamamı ile sömürmeden nasıl devam ettireceğimizi göstermesi gerekmez mi?

Bilimsel araştırmalara devletler tarafından milyarlarca dolar para harcandığı bir dünyada, bilim insanlarının ve ürettikleri bilimin daha çok söz sahibi olması gerekmez mi?...

Ancak, büyük paralarla büyük bilim yapılmıyor...

Çünkü, büyük paralarla desteklenen sözüm ona büyük çalışmaları yapan araştırma merkezleri sürekli bir para akışına ihtiyaç duyarlar. Tabi bunun için de, bazen acı gerçeklere değil proje destekçilerinin beklentilerine cevap verecek manipülasyonlara katlanmak zorundadırlar.

Onlarca ülkeden yüzlerce kişinin olduğu konsorsiyum çalışmalarının ürünü olan ve yüksek etki değerine (Impact Factor) sahip dergilerde yayımlanan yayınları herkes biliyordur.

Ne yazık ki, kimin hangi işi yaptığı belli olmayan bu tür kalabalığı bol birçok çalışmada negatif sonuçların (yani gerçeklerin) halı altına süpürüldüğünü, pozitif sonuçların ise şişirildiğini ve tekrarlanabilirliğin ise neredeyse imkansız olduğunu görüyoruz (Bilimsel araştırmaların tekrarlanabilirliği hakkında daha önce burada yazmıştım). 

Çünkü, bu şişirme sonuçlarla uyduruk patent almadan, bir hastaya nispeten iyi diğerine zehir etkisi yapan bir madde geliştirmeden ve bunun adını da "ilaç" koymadan, sürekli bir para akışı sağlamadan o şatafatlı merkezlerin ayakta durması zor olacaktır.

Bilim sadece "inandırıcı" değil aynı zamanda "ikna" edici de olmalı. Yoksa, avazın çıktığı kadar "iklim felaketi" diye bağırırsın, ancak kimsecikler duymaz ve hiç kimse hiç bir önlem almaz. 

Tabi bir de, bilim insanın nasıl algılandığı var toplumlarda...

Halk ve politikacılar nezdinde bilim insanı deyince genellikle "kafayı sıyırmış, asosyal, tuhaf, tip" gibi sıfatlar akla gelir. 

Bu olduğu sürece, bilim adamları devlet ve bilim politikalarında düzgün durup "yol gösterici" olacaklarına, politikacıların yanında boynu eğilmiş "yağdanlık" gibi durmaya devam edeceklerdir. 

Ülke ve hatta bilim politikalarında ise hayatında bilim veya ilmin kıyısında oturmamış, ancak virüs gibi her yere yayılan, devlet adamlarının, politikacıların gözüne girmeyi başaran "filim insanları" yön verecektir. 

Tabi, böyle olunca duvara toslamanız an meselesidir ve uzun vadede kaybeden herkes olur.

İnsanımız Okumaktan Neden Nefret Eder?

Çünkü, eğitim sistemimiz ve aile ortamımız okumayı bir "ceza" olarak sunar da onun için.

Küçücük çocuklara:
"Çocuğum kitabını oku, dersini çalış sonra seni sinemaya götürelim ya da biraz bilgisayar oyunu oynarsın" türünden birşeyler demiyen var mı?

Bu sözün çocuğun kafasındaki gizli anlamı şu: 
"Okumak zor, zahmetli, sıkıcı bir iştir. Eğer sen bu cezaya katlanırsan, seni sinema veya bilgisayar oyunu ile ödüllendireceğiz"

Böyle bir ortamda büyüyen çocukların şuur altına ileriki yaşamlarında "okumak" lafzı "ceza" ile eşdeğerde bir şey olarak kazınır kalır.

Bunun sonucu, üniversitelerde öğrenciler kalem, kitap, defter yerine pahalı iPhone, Samsung, vs telefonlarla gelirler, İnternet'te  amaçsız biçimde oradan oraya savrulurlar. Hepsi çok okuyan toplumlar tarafından yapılmış günümüzün bu araçlarını bizler sadece tüketir, ağzımız açık bakarız.

Okuma aşkının aşılandığı bir toplumun bireyi ile, okumanın "ceza" olarak görüldüğü bir toplumun bireyi arasındaki farkı aşağıdaki fotoğraflardan daha çarpıcı biçimde ne ifade edebilir?

Sokakta yaşayan evsiz-barksız adamdan, tren bekleyen bayana kadar her şart altında ve her ortamda okuyan insanların olduğu bir toplumla, okumaktan nefret eden toplumlardaki bireyler arasındaki kültür, buluş, icat ve üretme farkını varın siz düşünün. 

Bırakın parkta, durakta, otobüste, uçakta okumayı yukarıdaki gibi bir görüntüyü üniversite kampüslerimizde bile zor görürsünüz. İki- üç genç insanın şu kampüste ellerinde kitap, bir arada oturduklarını görsem dişimi kıracağım!

Ondan sonra oturur kös kös düşünürüz. İlaçtan araca neden her şeyi gavur milletinden alıyoruz, bizim neyimiz eksik?  diyerek...

Malatya'dan İstanbul'a (bu bir örnektir) 18 saat otobüs yolculuğu yapar ve bu süreyi önümüzdeki koltuğa ya da yolcuların ensesine bakarak değerlendirirsek, yukarıdaki soruyu daha çok sorarız.

Genç Araştırmacıya Tavsiyeler: Makale Yazma ve Yayına Kabul Ettirmede 6 Altın Kural

SCI kapsamındaki 2 adet uluslararası dergide yıllardır yapmış olduğum editörlük ve birçok dergide yapmış olduğum hakemlik bana şunu öğretti:

• Çarpıcı veriler elde ettiğiniz iyi bir çalışmanız, anlatacağınız parıltılı bir bir hikayeniz var,  ancak sunumunuz kötü. Çalışmanızın yayınlanma şansı çok zayıf.

• Orta halli bir çalışmanız var, ancak sunumunuz harikulade. Çalışmanızın yayınlanma şansı yüksek.

Tabi, bunları ciddi dergiler için söylüyorum.

Yoksa, "ne gönderirsen kabulümüzdür" diyen, aç gözlü, yazardan para talep eden, SCI tarafından bir şekilde taranan ancak etki değeri (Impact Factor) sıfır olan ve ciddi bir editörlük ve hakemlik sistemi bulunmayan yaklaşık 500 dergi için söylemiyorum.

Her ne ise başlayalım...

Madem başlıyoruz Başlık'la başlayalım.

1. Makalenizin başlığı kısa ve özgün olsun. Nerede ise paragraf uzunluğunda olan başlıklar "acemilik" göstergesidir. Uzun başlık, meramınızı kısaca anlatma becerisinden yoksun olduğunuz anlamı taşır.

2. Makaleniz belli bir mantık silsilesi ve bilimsel akış göstersin. Makalenizin başlıktan sonra il okunan yeri neresi? Abstract veya bazen Summary olarak adlandırılan Özet kısmı. Dergi editörleri çoğu zaman makalenin sadece bu kısmına bakarlar ve makalenizi hakemlere (peer-reviewer) gönderip göndermeme konusunda bir fikir sahibi olurlar (Editörler makaleye hiç bir işlem yapmadan doğrudan red etme ya da nadir de olsa hakeme bile göndermeden doğrudan kabul etme hakkına sahiptir).

Dolayısı ile Abstract kısmında en çarpıcı sonuçlarınızı ve bunların ne analama geldiğini yazmalısınız. Bu kısımda literatür bilgisi vermek, genel değerlendirmelerde bulunmak yine "acemilik" göstergesidir.

Makaleniz boyunca kolay anlaşılabilir bir dil kullanın. Uzun ve anlaşılmaz cümlelerden, sofistike terimlerden sakının. Konudan konuya atlamayın. Belli bir konudan bahsettiğinizde, bundan neden bahsetmiş olabileceğinizi sonraki ifadelerinizle gösterin.

Makalenizde nakaratlardan kaçının. Aynı şeyi burada, şurada orada tekrar tekrar yazmayın.

Şekil ve grafikleriniz okunabilir, açık ve profesyonelce olsun. Resim ve diyagramlarınız yüksek çözünürlükte, yazılar okunacak büyüklükte olsun.

3. Makalenizi yazmak için üzerinizde zaman baskısı olmasın.  Atalarımız ne demiş? "Ağır giden yol alır, hızlı giden yolda kalır". Makale yazmak zor iştir. Beyniniz yorulur, ruhen iflas etme noktasına gelirsiniz. İyi derecede İngilizce bildiğim halde bir makaleyi yazmak en az 3 ayımı alır. Makalenize ne kadar çok zaman ayırırsanız, o kadar eksiksiz olacaktır ve okuyucu yazdıklarınızdan zevk alacaktır. Makalenizde yazdıklarınızın kalıcı olduğunu unutmayınız. Dolayısı ile oradaki doğru veya yanlış her şey yakanıza ömür boyu yapışır kalır. Başkalarının makalesinden yırt-yapıştır yapmayın. Başkasının makalesine atıf yaparken bile orijinalin anlamını bozmadan kendi ifadelerinizi kurun. Kendi makalelerinizden de kapsamlı alıntılar yapmayın. Örneğin, yayınlanmış bir makalenizdeki tüm bir paragrafı yeni makalenize kopyalamayın. Buna İngilizcede "self-plagiarism" yani "kendisinden çalma" denir ve bir nevi "bilimsel intihal" sayılır. 

4. Makalenizi yazmada EndNote gibi bir referans dizgileme programı kullanın. Bu size referans yazmada ve metin içinde atıf dizilemede büyük kolaylık sağlayacaktır. Bu sayede yanlış atıf ve referans gösterme olasılığını ortadan kaldırmış olacağınız gibi, bu size büyük zaman kazandıracaktır.

Makaleniz bir dergi tarafından ret edildiği zaman, başka bir derginin formatına çevirmek sadece birkaç saniyenizi alacaktır (EndNote yazılım sistemi yaklaşık 250 dolar olup, bu ve benzer yazılımlar her bilim insanının elinin altında olması gereken bir araçlardır).

Makaleniz Editöre gittiğinde, böyle bir araçla yazıp yazmadığınız hemen anlaşılır ve profesyonelliğin göstergelerinden biridir. 

5. Makalenizi mutlaka "cover letter" denen "açıklayıcı bir mektup"la beraber sunun. Bu tek sayfa ve çoğu zaman tek paragraf olan mektupta, çalışmanızla bilime ne sunduğunuzu ve neden ilgili dergiyi seçtiğinizi belirtin. Editörler çok meşgul insanlar olduğundan, makalenize bakmadan önce bu mektupları okurlar ve çalışmanızdan ya etkilenirler ya da çöpe atarlar.

6. Hakem değerlendirmelerine karşı kibar olun. Peer-review yani meslektaş-görüşü bilimsel yayıncılığın mihenk taşıdır ve çoğu zaman makalenizi bir üst seviye çıkarır.

Hakemler genellikle çalıştığınız konulara yakın konularda uzman insanlar olduklarından, çok absürd olmadığı sürece onların tavsiye ve yorumlarına uyun. Hakem ve editörlerle gereksiz polemiklere girmek size hiç bir fayda sağlamayaz. Bu davaranış, makalenizin kabulünün gecikmesine ya da ret olmasına sebep olacaktır.

Özet olarak, çalışmanızın kabul görmesinde üç önemli şey: profesyonelce sunum, sunum, sunum.

Homo Sapiens'ten GMO Sapiens'e: Son Sürat "Tasarım Bebeklere" Doğru...

Genetik mühendislikte son trend ve tabi panik! Genetiği değiştirilmiş (yani GMO) insanlar mümkün mü?. 

Bugüne kadar genetiği değiştirilmiş organizmalar (GMO) bazı hayvan ve bitkilerle sınırlı kaldı.

Ancak, son yıllarda genetik alfabemizi okuyup, istenilen değişiklikleri tek harf düzeyinde bile yapacak "genom edit etme" mekanizmalarının keşfi ile bu tür değişikliklerin insanlarda da yapılmasının an meselesi olduğu konuşuluyor.

Bu teknolojilerden en yenisi ve en hassası olan CRISPR-Cas genom düzeltme sistemini daha önce burada, burada ve burada yazmıştım.

Bazı bilim insanları, bu tür teknolojilerin sadece tek bir genle geçen belli bir genetik kusurla doğma ihtimali bulunan bebeklerde kullanılabileceğini ve bunun da faydalı bir uygulama olacağını belirtiyorlar.

Ancak, insan istekleri bitmez...

Bu teknolojilerin hassasiyet dereceleri ve başarı oranları arttıkça, insanların da tasarım bebeklerinden bekledikleri özellik sayısı artacaktır. 

Bu özellikler arasında yüksek IQ'den tutun, boy, pos, yakışıklılık, güzellik, kansere ve diğer hastalıklara yakalanma riskini azaltma veya ortadan kaldırma, uzun ömür, Alzheimer ve Parkinson gibi sinir hasarı hastalıkları gibi birçok genle belirlenen özellikler bile olabileceği düşünülüyor. Yani bir nevi süper insan!. Göreceğiz...

Zaten dünyamızın zamanla kaldıramayacağı gibi görünen nüfusa (bkz. Dünyamız ne kadar insanı kaldırabilir?), uzun yaşayanlar da eklenince al sana yeni didişmeler, toprak ve kaynak paylaşımı için savaşlar, vs.. 

Tasarım bebeklerle ilgili bazı konu uzmanları ve sosyal bilimcilerin yorumları:

"Amerika'da neye karar vereceğimize bakılmaksızın, bebek yapmada sperm ve yumurtanın edit edilmesi dünyanın bir yerlerinde yapılacak"

"İnsan genomunun optimize edilmesi için evrim 3.85 milyar yıldır iş başında. Tüm istenmeyen durumlar da göz önüne alındığında, insan genomu ile oynamak isteyen bazı küçük grupların bu işi daha iyi yapabileceklerine gerçekten inanıyor musunuz?!"

"Aşırı derecede koruyucu ve riskten kaçınan ebeveynlerin, deha iyileştirilmiş çocuklar için bu riski alacakları şüphelidir. Bunlar, çocuklarını genetiği değiştirilmiş elma sosu ile bile beslemeyeceklerdir"

Dolayısı ile daha sonraki bir yazımın konusu olacak bu "tasarım bebekler" için öngörülemeyen birçok tehlikenin de olduğu açık.

Ne diyelim... Her nimetin bir külfeti de var.

Dünyamız ne kadar insanı kaldırabilir? Bir beyin jimnastiği...

Dünyamızın bütün karalarının toplamı 150 milyon kilometre kare. Yani, bunu bir kare şeklinde ifade etseydik aşağıdaki gibi bir şey olurdu:

5 Mart 2016 itibarı ile dünyamızın nüfusu 7 milyar 406 milyon (bkz. sayaç).

Bu, şu anlama geliyor. Hali hazırda dünyamızda  her km kareye yaklaşık 50 kişi düşüyor.

Veya, diğer bir deyimle her bir insana yaklaşık 20 dönüm (20 bin metre kare) arazi düşüyor.

20 dönümü, her bir kenarı yaklaşık 140 metre olan bir kara parçası olarak düşünebilirsiniz. İnsanca işlenirse fena değil. Ancak, dünya karalarının sadece % 15'inin tarıma elverişili olduğunu da unutmayınız... Yani, bir şeyler ekip-biçecekseniz size düşen arazi sadece 3 dönüm!

Tabi, dünyamızda sadece insanların yaşamadığını ve esasen insanın yaşamı için diğer canlıların da aynı toprak parçasını paylaşması gerektiğini gözardı etmeyin!

Herkese bir ev (90 metre kare) ve önünde bir bahçesi (110 metre kare) olacak bir dünyada, olması gerek en fazla nüfus ise yaklaşık 720 milyar, yani bugünkü nüfusun yaklaşık 100 katı.

Hemen aklımıza şöyle bir soru takılabilir. İnsanla tıklım tıklım olmuş bir dünyada dünya nüfusu ne kadar olabilir?

Basit. Eğer tıklım tıklımdan kastımız her metre karesine bir insansa, bize düşen arazi parçası olan 20 bin metre kareyi 20 bin insanla paylaşmak gerekecektir.

Dolayısı ile cevap: 7.4 milyar x 20 bin = 150 trilyon insan.

Ancak, böyle bir dünyada yaşamayı hayal bile etmeyin.

Çünkü, size şöyle bir uzanıp tüm yorgunluğunuzu atacak bir yatak yeri kadar bile bir alan düşmeyecek ve ömür boyu 1 metre karelik alanınızda ayakta duracaksınız.

Tüp Bebekler: Şeytanın Gör Dediği!

Evrim konusunda çalışan biyologlara göre, tüp bebeklerin ileri yaşamlarında bir takım öngörülmeyen problemlerle karşılaşma olasılığı bulunmakta. Bu problemlerin başında ise şeker ve obezitenin bir kombinasyonu olan "metabolik sendrom" gelmekte. 

Bu grup bilim adamlarına göre, bir laboratuar tüpü içerisinde "desteklenmiş" olarak yumurta ve spermin kaynaştırılması, normal rahimde gerçekleşen sperm rekabetini baypas etmek anlamına gelmektedir. Dolayısı ile, en sağlıklı spermin seçilmesi değil de tesadüfen seçilmiş bir spermin kullanılması söz konusudur. 

Bilimsel adı ile "in vitro fertilizasyon" veya kısaca IVF olarak bilinen tüp bebek yönteminde, annenin yumurtası ya milyonlarca spermin olduğu bir sıvıda bir araya getirilir ya da bir lab teknisyeni seçtiği bir spermle yumurtayı bir araya getirir. 

Halbuki doğal halinde, milyonlarca spermin yumurtayı döllenme için harekete geçtiği, birkaç yüz tanesinin ancak hedefe ulaştığı ve sadece en kuvvetlisinin dölyatağında yumurtayı döllediği düşünülmektedir.

IVF ile dünyaya gelmiş ilk tüp bebek İngiliz Louise Brown olup henüz 38 yaşındadır. 

(Foto: İlk tüp bebek Louise Brown)

Herhangi bir sağlık problemi bulunmayan Brown'ın yine hiç bir sağlık problemi olmayan 3 ve 10 yaşında 2 oğlu bulunmaktadır. Ayrıca, gün itibarı ile dünyada ailelerinin mutluluk kaynağı olan yaklaşık 5 milyon tüp bebek bulunmaktadır. 1977 yılında geliştirmiş olduğu IVF yöntemi ile onlara bu mutluluğu sağlayan ise 2010'da bunun için Nobel Ödülü alan İngiliz hekim Robert Edwards'dır. 

Ancak bütün bu yaygın kullanımına rağmen bazı bilim adamları IVF ve tüp bebeklerin durumunu, fast-food yani abur-cubur yiyeceklerin toplum üzerindeki etkisinin ancak 50 yıl sonra anlaşılmasına benzetiyor. 

Bilimsel detayından dolayı genel okuyucu için burada detaylar ile değinmeyeceğim "imprint genler" ve "epigenetik hafıza" olaylarının tüp bebek işleminde göz önüne alınmadığı görülüyor. 

İnsanda 100 kadar ebeveyn spesifik imprint gen var. Anneden gelen kopya (alel) ifade edilirse, babadan gelen imprint olur (yani susturulur) veya tersi söz konusudur.

Epigenetik hafıza ise, genetik materyalimizdeki (yani DNA)harflerin dizilişe ile ilgisi olmayan "genetik üstü" bir olaydır. Epigenetiğe, DNA'ya sonradan giydirilmiş elbise gibi bakabiliriz. DNA yapılır ve daha sonra oraya buraya bazı kimyasal gruplar (en çok metil grubu) eklenerek işlevi değiştirilir. Dolayısı ile gen seviyesinde nerede ise %100 benzer olan bireylerin (örn., tek yumurta ikizleri) protein profilleri ve hastalıklara yakalanma özellikleri tamamen farklı olabilir. Bunun sebebi bu epigenetik işaretlerin ve hafızanın her bireyin genomunu farklı şekilde etkilemesidir.

Fakat bazı yeni IVF yöntemleri bu konuları gündeme taşıyan biyologların çekincelerini kısmen de olsa ortadan kaldıracağa benziyor. 

Yeni bir yöntemde yumurta ve spermler pirinç tanesi büyüklüğündeki bir silikon bir kapsüle konmakta ve bu kapsül döl yatağına yerleştrilmektedir. Kapsül üzerinde nano boyutlarda delikçikler anne sıvısının kapsüle girişine izin verirken, yumurta ve spermlerin çıkışına izin vermemektedir. Bunun tüpteki olaydan farkı yumurta ve spermin annenin kendi döllenme sıvısı ile bir araya gelmesini ve doğala yakın bir döllenme gerçekleştirilmesini sağlamaktır.  

Yaklaşık 40 yıldır uygulanagelen tüp bebek yöntemi bu ve benzer yönleri için hala tartışılırken, mitokondriyel transfer veya halk arasındaki adı ile "üç ebeveynli tüp bebekler" olarak bilinen oldukça yeni bir tüp bebek uygulama biçimi için İngiltere'de yasal düzenlemeler yapıldı ve kliniklerde yapılmasının önü açıldı. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsisniz.

Acınası Bilim İnsanları!!! Memurluğu Akademisyenliğe Tercih Edenler...

Şark Kültürü: Çocuğum devlet memuru olacak. Çocuğum müdür olacak. Çocuğum yönetici olacak.

“Çocuğum bilim insanı olacak” diyeni çok az görürsünüz. Çünkü bilim insanı olmak zor ve meşakkatli bir iştir. Sırtında laboratuar önlüğü, elinde eldivenler…  İnsanımız bunu “amelelikle” bir görür…

Hâlbuki elinde bir Bond çantan, büyük bir odan, önünde şatafatlı bir masan ve insanların getirdikleri evraklara bir imza atıyor veya bir mühür basıyorsan senden büyük yok.

Zaten atalarımız ne demiş: “oğlum! baş ol da istersen soğan başı ol”

Ne yazık ki, yıllarca eğitim almış (lisans, yüksek lisans, doktora, vs) ve bunun için ailesi ve ülkesinin büyük paralar harcadığı insanımız bu tür memurluklara çok hevesli. Henüz mesleğinin başındaki birçok genç insanın bir ilkokul mezunun bile yapabileceği basit bir yöneticiliğe (ben buna memurluk diyorum) heveslenip, esas mesleğinden (yani akademisyenlikten) uzaklaştığını görüyoruz.

Halbuki aslolan senin mesleğin ve ürettiklerindir. Esas işini yaparak yetiştirdiğin öğrenciler ve onların öğrencilerinde bir bilim kültürü ve yaşam felsefesi kazandırırsın. Öğrencilerin belki seni yıllarca (tabi mevta olup gitmiş isen rahmetle) anacak, yazdığın kitap ve makaleler, ürettiğin araç ve gereçler senden sonra da insanların elinde ve dilinde olacaktır.

Senin o güzelim (soğan başı!) yöneticiliğini ise 5 yıl sonra kimsecikler hatırlamayacaktır. 

Amerika'da bulunduğum süre içinde gördüm ki bu tip yöneticilikler, hiç bir projesi olmayan, yayın yapmayan, lisansüstü öğrencisi olmayan ve bir araştırma labı bulunmayan sadece derse girip çıkan insanlara veriliyor. 

Ha şunu hemen belirteyim, ülkenin ve kurumunun bilim politikalarına yön veren en üst yönetici pozisyonunda bulunuyorsan ve bunu da hakkı ile yerine getirebiliyorsan ne ala. Gerisi fasa fiso. Çünkü baş nereye ayaklar da oraya…

Ancak, böyle bir pozisyondaki insanın kendisinin de erdem sahibi, dünyayı tanıyan, vizyoner ve en önemlisi de kendisinin de adam gibi bir bilim insanı olması gerekir.

Örnekle bitireyim.

Bir mal üreten bir fabrikanız var. Hadi diyelim o işletmede akıllı telefon üretiyorsunuz. Yöneticiliği sevdiğimiz için Türkiye’deki gibi 100 yöneticiniz ve 100’de çalışanınız (bilim adamı, mühendis vs.) var. Bütün yöneticilerin el ve ayaklarını bağlasanız veya esasen işe hiç gelmeseler bile o fabrikada yine akıllı telefonlarınız sorunsuz üretilecektir. Ancak, hafıza çipini yapan mühendisiniz, onu yerine takan çalışanınız (yani iş yapan 2 kişi) yoksa telefonu unutun. Çok yakında iflas bayrağını fabrikanın önüne asarsınız.  

Ondan sonra oturup düşünürüz. Şirketim, ülkem neden bir akıllı telefon üretemiyor?, üniversitem neden ilk 100’e girmiyor?… vs. vs.

Çünkü, ortada iş yapacak memur bırakmamışsın (işi bilen çalışan anlamında), sen hepsini amir yapmışsın. Ortalıkta amirden geçilmiyor ama işin ucundan tutan yok.

Bahse girerim, geçen yıl Nobel Ödülü alan vatandaşımız Aziz Sancar bugün ülkeye gelse, bizim rektörler onu hemen sadece tabelası olan bir araştırma merkezine müdür yaparlar. Aziz Sancar ülkenin gelecekteki akademisyen ve belki de Nobelistlerini yetiştireceğine, müflis esnaf misali büyük bir odada şatafatlı bir masanın başında “müdür”lük yapmanın dayanılmaz cazibesini! yaşayacaktır… 

Nobel Ödülü Kazanmak İçin 10 Basit Kural!

Aşağıdaki yazı ve tabi ki konu başlığının kendisi Nobel Ödülü almış bir bilim adamının: Richard J. Roberts.

(Not: anlamını bozmadan yazıyı oldukça kısaltmış ve kendimce küçük değişiklikler yapmış bulunuyorum.)

RJ Roberts, “genlerin yapısı” konusundaki çalışması ile 1993 yılında Nobel Tıp Ödülünü Phillip Sharp’la paylaştı.

PLoS Computational Biology’deki 2015 yılı makalesinde bu 10 kurala başlamadan önce Roberts şunu söylüyor:

-          - Gerçek şudur ki, bilim adamlarını sadece ödülü düşünerek çalışmaları hiç doğru bir şey değildir. Araştırmayı büyük bir istek ve zevkle yapmaları yeterlidir. Gerisi gelecektir.

Her ne ise… Kıssadan hisse başlayalım Richard J. Roberts’ın 10 kuralına:

1. Kariyerine asla Nobel Ödülü için başlama. Bu maddenin aslında diğer 9 kural olmasa da yeteceğini ifade ediyor. Sadece soracağın güzel sorularla en iyisini yapmaya çalış ve bundan mutlu ol. Eğer şansın da yanında ise öyle buluşlar yaparsın ki Nobel ayağına gelir (bilim adamlarının şans konusunda söylediği bir söz: “iyi olmaktansa, şanslı olmayı tercih ederim”


2. Deneylerini kurmadan üzerinde iyi düşün ve elinden geldiğince hata yapmamaya çalış. Hata, hesaplamadan tutun öğrencilerinizin gelen bir telefonla tüm bir deneyin mahvolmasına kadar değişik nedenlerden kaynaklanabilir. Bu sizi yorar, bıktırır ve pes ettirir.


3. Çalışmanıza gerçek katkı sağlayacak insanlarla çalışın. Ancak, çalıştığınız kişi ya da kişilerin sizden daha iyi olmaması gerekiyor! Yoksa, en fazla 3 araştırmacıya verilen Nobel Ödülünü beraber çalıştığınız adamınız alır.


4. Kazanma şansınızı artırmak için iyi bir aile kurmaya çalışın. Nobel Ödülü kazanan 7 kişinin çocukları da Nobel Ödülü kazandı (örneğin: Lawrence Bragg ve babası William Bragg, Roger Kornberg ve babası Arthur Kornberg, Aage Bohr ve babası Niels Bohr değişik zamanlarda Nobel ödülü kazandılar). Bu bağlamda 4 karı-koca Nobel ödülünü paylaştı. Bu konuda rekor Marie Curie aliesine ait: kendisi iki adet olmak üzere, kocası, kızı ve damadı Nobel Ödülü kazandılar. Yani bir aileden 4 Nobelist ve 5 Nobel Ödülü çıktı.


5. Daha önce Nobel Ödülü kazanmış birisinin laboratuarında çalışmaya çalışınız. Bu konuda en güzel örnek İngiltere’deki Medical Research Council (MRC) Laboratory verilebilir. Burada 9 Nobel Ödüllü bilim adamı yetişti. En ünlüleri ise değişik zamanlarda protein dizilemeyi ve DNA dizilemeyi keşfeden ve bunlar için 2 Nobel Ödülü alan Fred Sanger. Sanger, RNA dizilemeyi de keşfetti. Ancak, bir kişiye 3 Nobel Ödülü vermek, Nobel Komitesi için de zor bir şey olurdu her halde.


6. 5. kuraldan belki de daha iyisi, Nobel Ödülü kazanması muhtemel birinin laboratuarında çalışın.


7. En iyi deneylerini, şansın yaver gittiğinde bitirmeye çalış.


8. Hayatını asla bir Nobel Ödülü kazanmak için planlama.


9. İsveçli bilim adamlarına karşı kibar ol! Özellikle de eğer bu bilim adamları, Nobel Ödülü komitesinde yer alıyorlarsa. Tanıdığım birkaç kişi, uçakta yaşadıkları bu tür tartışmalarla ödüllerine beklenenden geç kavuştular.


10.  Biyoloji çalış. Bunun için birçok neden var. Bir kere biyoloji keyif verici bir alan, doğrudan insan hayatını ilgilendiriyor ve bu alanda bilinmeyen o kadar çok şey var ki.

Roberts yazısını şöyle bitiriyor:

-Özet olarak 1. Kural benim en iyi tavsiyem. 

İnsan Genetik Alfabesinin (Genom Dizisinin) Belirlenmesinin 15. Yaş Günü

İnsan Genomunun taslak dizisi 15 yıl önce, tamamı da 2003 yılında (yani 13 yıl önce) yayımlandı. Peki, kimine göre “yüzü astarından pahalıya mal olan” bu proje, parasına (3.3 miyar dolar) değdi mi?  

Bence değdi. Neden mi? 

Bir kere, para kâğıttan yapılmış. Öyle veya böyle harcanacak. Çoğu zaman da gereksiz yerlere. Ancak, bu projeye harcanan para en azından insanoğlunun merakını az da olsa bazı konularda giderdi. Buna yazımın sonunda değineceğim. 

Ancak 15. yılını kutladığımız İnsan Genom Projesinin ilk taslağı hakkında biraz tarihçeye girelim: 1980’lerin sonunda insan genom dizisinin belirlenmesi fikri ortaya atıldı. Fakat, birçok bilim adamı insan genomunun çoğunun “bir işlevi olmayan çöp DNA’dan meydana geldiğini” ileri sürerek, böyle bir projenin anlamsız olacağını savundu. Kaldı ki, sadece 10 insanın genom dizisi çıkarılacaktı ve bu bütün insanları nasıl temsil edecekti!

Buna rağmen, o zamanki teknoloji ile milyarlarca dolara mal olacak bu projenin başlatılmasına karar verildi.

Kimine göre, çoğu "çöp DNA” olsa bile, genomumuzda bu çöp DNA’nın orada ne iş yaptığının belirlenmesi bile bu projenin yapılması için yeterli sebepti. 

İnsan genomunu yapan harflerin belirlenmesi (biyologlar buna “genom dizisi” diyorlar) için 1990’ların başında iki farklı proje başlatıldı. 

(Kitaplık: Wellcome Trust İnsan Genom Dizisi arşivi. Toplam 4 harften (A,T,G,C) oluşan haploid genomumuzdaki (yani 23 kromozomdaki) harflerin sayısı ve dizilişi kataloglanmıştır. Örnek: en büyük kromozom 1. kromozomumuzdur. Dolayısı ile bu kromozomda harf sayısı ile her biri 1000 sayfa olan 9 cilt kitap dolmuştur).

İlki Amerika Birleşik Devletleri önderliğinde ve birkaç başka ülkenin dâhil olduğu kısa adı IGHP olan “devletler projesi”, diğer ise zengin bir biyolog olan Craig Venter’in şirketi tarafından başlatılan proje. 

Uluslararası İnsan Genom Projesi (IGHP), insan genomunun taslak dizisini Nature dergisinin 15 Ocak 2001 sayısında, özel bir kuruluş olan Celera Genomics ise kendi taslak dizisini bir gün sonra Science dergisinin 16, Şubat 2001 sayısında yayımladı. 

IGHP, beklendiği gibi insan genomunun %50’sinin tekrarlanmış dizilerden oluştuğunun rapor etti. Bu tekrarlanmış düzlerin %90’ı ise “sıçrayıcı” ya da diğer adı ile “hareketli” diziler olarak bilinen “transpozonlar”dan oluştuğu belirlendi. Makalelerinin 11 sayfasını bu tekrar dizileri ve onların evrimini anlatmaya ayırdılar. 

Çöp veya atık olarak bilinen bu yavan dizilerin esas olarak biyolojik olgu için bize çok şey ifade ettikleri ve paleontolojik olarak birçok ilginç olayı barındırdıkları bilim adamları tarafından zaten daha önce bilinmekte idi. 

İşin maliyetine gelince: gerçekten de yukarıda bahsettiğim taslakların ortaya çıkarılması için 3.3 milyar dolar kadar bir para harcandı. Genomumuzun (haploid yani annemizden ya da babamızdan gelen 23 kromozom) yaklaşık 3.3 milyar baz çiftinden oluştuğu biliniyor. 

Bu, şu anlama geliyor: her genetik harfimizin belirlenmesi için 1 dolar harcandı. Her halükarda büyük para! Bu nedenle, insan genom projesi birçok bilim adamı tarafından tepki aldı. 

Bu projenin ortaya koyduğu en önemli bulgulardan biri, gen sayımızla ilgili idi. Tüm canlılar âleminin en karmaşığı olarak düşünülen insanın, gen sayısı bakımından hiç de o kadar üstün olmadığı görüldü. Yaklaşık 25 bin genimiz vardı. Bu sayı basit bir toprak kurçuğunun (Caenorhabditis elegans) gen sayısından çok da fazla değildi. Hatta bir su piresi (dafnia) taşıdığı yaklaşık 30,000 genle bizden daha fazla gene sahipti. 

İnsan genomunda kaç gen bulunduğunu ve genin tarifini burada yazmıştım. Tekrar üzerinde durmayacağım. 

Tabi projenin bu en önemli bulgusu yine tepkilere neden oldu. Çünkü eğer insan genomu büyük oranda anlamsız veya çöp dediğimiz dizilerden oluşuyorsa, zaten gen sayısının da çok olmaması gerekirdi. Basit bir matematik hesap bunu ortaya koyabilirdi. 

Peki insanda bir çok hayvana (hatta bitkilere) nazaran az sayıda genin olduğunun keşfedilmesi, insanoğlunun büyüklük egosuna büyük bir darbe mi vuracaktı? Hayır… 

Farklılığımız başka bir yerde idi. Henüz sayısını bilmediğimiz protein çeşitlerinde. 

İnsanın diğer canlılara göre çok daha zengin bir protein profiline sahip olduğu düşünülmekte. Fakat bir sorun var. Genler proteinleri kodluyorsa, az sayıdaki genle nasıl böyle zengin bir protein çeşitliliğine sahip oluyoruz? Bu konuda ifade edilen dizilerin karması, alternatif ifade gibi bazı deliller bulunsa da, bunu anlamaktan şu anda çok uzağız. 

Her ne ise… İnsan Genom Projesi ve öncesi hakkında kronolojik bir açıklama aşağıdaki resimde yapılmıştır ve bu konu üzerinde daha fazla durmadan esas konumuz olan bu projenin sonuçlarına gelelim…

(Büyütmek veya indirmek için resmin üzerini tıklayınız)

Bu projenin sonuçlarını kullanan daha sonraki çalışmalarla bugün yaklaşık 2000 hastalığı gen seviyesinde biliyoruz ve çoğunu genetik testlerle belirleyebiliyoruz. 

Proje sayesinde günümüzde genom dizileme araçları gelişti ve değişti ve bir genomun dizisi neredeyse bugün 1 milyon kat daha ucuza mal olmakta (3300 dolar/genom). 

Yani, tüm genomunuzun dizisini belirlemek istiyorsanız, bunu damağınızdan kulak pamuğu ile alacağınız örnekten  yaklaşık 3000 dolar vererek yapabilirsiniz. Bu rakamın önümüzdeki birkaç yıl içinde 1000 dolar civarlarına düşeceği tahmin ediliyor. 

Bu meblağ bile sizin bütçenizi aşıyorsa, 300 TL (100 dolar) vererek genetik orijininizi (daha çok Asyalı mı, Avrupalı mı yoksa Afrikalı mısınız? Ya da hepsinin belli oranlardaki karışımı mı olduğunuzu) belirleyebilirsiniz. 

Önümüzdeki dönemde genomumuzun bilinmeyenlerine doğru yolculuğumuz son sürat devam edecektir. İnsan genom çeşitliliğini konu olan 2015 yılında biten benzer bir projede dünyanın 26 değişik toplumundan (ırklarından) 2500 bireyin genomu dizilendi. Referans insan genomu ile kıyaslandığında, bu 2500 kişinin genomu kişiden kişiye farklılık gösterse de 4 ila 5 milyon bölgede farklar olduğu görüldü. Bu farklar bizi biz yapan farklar. 

Bundan 5 yıl önce, yani insan genom dizisi belirlendikten 10 yıl sonra, değişik canlı türleri için dizilen genomların sayısı aşağıdaki resimde verilmiştir. Teknolojinin gelişmesi ve ucuzlaması ile bu konuda tam bir patlama yaşandığı görülecektir.

(Büyütmek veya indirmek için resmin üzerini tıklayınız)

Ancak, genomik çalışmalar sonucu ortaya konan bu kadar bilgi ve bulgunun anlamlandırılması (mana) gerekiyor. Bunun için, makineler değil insanların beyin gücüne daha çok ihtiyaç olacaktır.

Kütle Çekim Dalgaları: Büyük bir keşif mi, büyük bir dalga geçmek mi?

Bu hafta içinde (Çarşamba günü) eğer doğru ise 2016 yılının belki de en büyük keşfi olacak olan Einstein’in 100 yıl önce ortaya attığı yaygın adı ile "izafiyet teorisi"nin kanıtlandığı ileri sürüldü. Yani, “zaman ve mekânın bükülmesine" sebep olan “kütle çekim dalgaları”nın keşfedildiği bildirildi.

Şayet, bu doğru ise evren ve yaşam için çok moda olan Big-Bang Teorisini çöpe atabilirsiniz... (Fizikçilerin bitmek tükenmek bilmeyen sayısız teorileri hakkındaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz).

Konumuza dönersek; MIT, Caltech ve LIGO araştırmacılarının hangi kanıta dayanarak kütle çekim dalgalarını keşfettiklerini anlamak zor. İki ayrı yolu, ancak aynı mesafeyi kat edip dönen kızıl ötesi ışınların dalga boylarının “tam simetri” (yani üst üste mükemmel çakışma) göstermedikleri ve bir protonun çapının binde biri (1/1000) kadar olan bir sapmaya neden olduğu ileri sürüldü (1 protonun çapı yaklaşık 2 × 10^-14 metre, yani 0.00000000000002 metre ya da 0.00000000002 mm). 

Buna, güneşten 30 kat daha büyük ve bize 1.3 milyar ışık yılı uzaktaki bilmem hangi iki karanlık deliğin çarpışıp kaynaşmasından sonra ortaya çıkan ve ışık hızına eşit bir hızla yayılan kütle çekim dalgalarının sebep olduğu ileri sürüldü.

"Kızıl ötesi ışınların aynı mesafeyi çok az da olsa değişik zaman süresi içinde almalarının yegane kanıt sayıldığı"  açıklamada, medya önünde kişi ellerini havaya kaldırıp bir zafer edası ile aynen şunları söyledi (bkz. aşağıdaki videodaki konuşma):

• “Kütle Çekim Dalgaları’nı keşfettik. Evet…  başardık” 

Bu kadar önemli bir konu, alkışlarla kesilen 2 dakika içinde medyaya servis yapıldı. İlgili zat bilgisayar ortamında hazırlanmış, tamamen hayali animasyonlarla konuyu bu 2 dakikada anlatmaya çalıştı.

Bu konu bir anda bütün TV, gazete, blog ve diğer web sitelerinde yayılış gösterdi (bilim haberciliğinde bir rekor kırıldığından eminim).

Umarım, bu haber ilgili bilim adamlarının büyük egosunun bir sonucu değildir ve doğru çıkar. Higgs Bozonu ya da diğer ünlü adı ile Tanrı Parçacığı için bir grafiğe dayandırılan ve onun üzerinde koparılan fırtınaları hatırlayınız!

Fizikçiler kusura bakmasın ama, bir ara "soğuk füzyonu" da keşfettiklerini ve bir bardak su ile dünyamızın tüm enerji sorununu halledebileceklerini ileri sürmüşlerdi!.. 

Aradan 25 yıl geçti. İlk ortaya atıldığında Nobel Fizik Ödülüne bile aday gösterilen soğuk füzyona ne oldu dersiniz? 

Buluşun sahiplerinin rencide olması ve "soğuk duş" almasından başka bir işe yaramadı...

Bir başka örnek: Bazılarınız hatırlayacaktır. Birkaç yıl önce de NASA’da çalışan bilim adamları, DNA’sında (genetik materyalimiz) arsenik olan bakteriler keşfettiklerini söylemişlerdi. Ancak, daha sonra yapılan çalışmalar bunun bir safsatadan ibaret olduğu gösterildi. Çünkü deney tekrarlanamadı. NASA araştırmacılarının kontamine (bulaşık) bir ortamda bu çalışmayı yaptıkları ve belirlenen arseniğin esasen ortamda bulunduğu ve bakterilerin DNA’sının bir parçası olmadığı anlaşıldı.

Milyonlarca dolara mal olan, ancak kimine göre 50 yıldan beri bildiğimiz şeyleri bize yeniymiş gibi sunmaya çalışan ENCODE projesi ile ilgili de daha önce burada bir yazı yazmıştım.

Ne yazık ki bilime en büyük kötülüğü, medyatik olmada, projelerine büyük paralar cebellezi etmede mahir açık gözlü ve aç gözlü bilim adamları yapmakta ve bunların yalancı çoban misali “sürüye kurt geldi” çığırtkanlığı doğru olsa bile artık kimseler inanmamaktadır.

Bundan dolayıdır ki, ülkeleri yönetenler bilim adamlarından çok film adamlarını danışman olarak seçerler. Çünkü bilgelikten (ve çoğu zaman bilginlikten) uzak bu bilim adamları ile filim adamları arasında pek de bir fark yoktur ve dolayısı ülkelere bilim politikaları değil filim politikaları yön verir.

Bu nedenledir ki, dünyamızın da her konuda çivisi çıkmış…

Terör Hücreleri!

2000’li yılların başlarında biyotıp literatüründe eski bir inanışı nerede ise çöpe atan yeni keşifler ortaya kondu.

Bu yeni bulgular, vücudumuza giren mikrop ve diğer yabancı ajanlara karşı savaştığını bildiğimiz makrofajların (bir çeşit bağışıklık hücresi) kanser tümörlerine karşı o kadar da düşmanca davranmadıklarını ortaya koydu.

Hatta, makrofajların kanser hücrelerini uyardıkları, onların daha da çoğalmalarına ve metastaz (vücut içinde dağılıp yeni yerlerde kök salma) neden olduklarını ortaya koydu.

Eskiden neye inanıyorduk? Eğere bağışıklık sistemimizi (bunların içinde makrofaj hücreleri da var) güçlendirirsek, bu hücreler vücudumuzdaki kanser hücrelerine savaş açacak ve onları silip süpürecekti.

Heyhat… kanser hücreleri birer mikrop veya parazit değildi. Vücudumuzun bizatihi ürettiği kendi hücrelerimizdi. Tek farkları, normal hücrelerimiz gibi yaşlanıp normal veya vücut tarafından programlanmış bir yolla öleceklerine, kendilerini koruma içgüdüsü ile ölümsüzlüğü seçiyorlardı. Bu durum bizim aleyhimize olsa da, onların lehine idi ve böylece sonsuz yaşayabilirlerdi.

Dolayısı ile bugün kanser hücrelerine karşı geliştirdiğimiz birçok ilaç kendi hücrelerimize da aynı derecede zarar verir. Tek fark, kanser hücreleri daha agressif çoğaldığından, en çok bu hücrelerin çoğalması engellenir.

Makrofaj konusuna dönersek. Yaygın görüşün tersine, bu hücrelerin tümör çevresinde toplanmadıkları ve hatta salgıladıkları birtakım küçük kimyasallarla (kemokin ve sitokin) kanser hücrelerinin daha da agresif bölünmelerini ve bunların beslenmeleri için yeni kan damarlarının oluşmasını (anjiyogenez) teşvik ettikleri sanılmaktadır.

Hatta, kanserli farelerin makrofajları hedeflenip ve bu bağışıklık hücrleri tamamen ortadan kaldırıldığında, tümörlerin metastaz yapamadığı saptanmıştır.

Makrofajlar adeta bir amip gibi sürünerek hareket ederler ve kandaki belki de en hareketli hücreleridir. Kanserli bir hücre ile karşılaştıklarında, yalancı kollarını ona doğru uzatırlar. Ancak, yaygın görüşün tersine, kanserli hücreyi sarıp yutacaklarına, salgıladıkları kimyasallarla onun oradan sökülüp vücudun başka yererline gidip monte olup orada da bir tümör oluşturmasına sebep olurlar.

Sonuç olarak, vücudumuzdaki tüm hücrleri (kanser hücreleri dahil) birer küçük canlı (esasen de zaten canlılar) olarak tahayyül ediniz. Kimisi makrofajlar gibi hareketli kimisi de özel yerine monte edilmiş ve orada özel bir işlevi yerine getiriyor. Bazıları (kanser hücrleri), ise raydan çıkmış ve vücudu bir parazit gibi kendi lehine sömürme niyetinde. Hareketli savunma hücrelerimiz bu parazit emsali hücrelerle karşı karşıya geldiklerinde, “-ohh seni yakaldım şimdi sonun geldi” demiyor.

O andaki konjoktür çok önemli. Savaş da olabilir barış da. Savaş kazanılırsa harika!… Barış olursa, sonun kötü biteceği kesin…

Dünyanın En Etkili Bilim Beyinleri, 2015: Türkiye’den 9 kişi listede...

(THE WORLD’S MOST INFLUENTIAL SCIENTIFIC MINDS,2015: A Thomson Reuters Report)

Dünyada yaklaşık 9 milyon araştırmacının olduğu tahmin ediliyor. Ve bu araştırmacılar yine yılda 2 milyonun üzerinde yayın yapıyor (Thomson Reuters, 2015).

Bu, araştırmacı sayısı başına yılda yaklaşık 0.22 yayına denk geliyor. Yani, yaklaşık 5 araştırmacıya yılda 1 adet yayın düşüyor. Çünkü, yayın yapmak gerçekten meşakkatli bir iş.

Önce, bir projen olacak. Bu projeyi yürütmek için yeterli finansal destek sağlayacaksın (TÜBİTAK 1001 projelerinin nasıl zor kabul olunduğunu biliyoruz. Sanırım 1001'e sunulan projelerin yaklaşık % 10'u destekleniyor). Projeyi başlatıp aylarca araştırma yapacaksın ve elde ettiğin verilerden yayın yapacaksın. Adam gibi bir yayını yazmak ise en az 3 ayını alır (bunu yaklaşık 8 yıl Amerika'da okumuş ve çalışmış biri olarak söylüyorum).

Ancak, büyük araştırma merkezlerinde 10'larca (bazen 100'e yakın) araştırmacısı bulunan bazı bilim adamları bir yıl içinde 10'larca yayın yapabiliyor. Çünkü çalışanlarının çoğu doktorasını almış kişilerdir. Bu becerikli araştırmacılar, makaleyi baştan sona yazarlar ve proje yürütücüsü veya asıl araştırmacıya sadece şöyle bir okumak ve varsa revizyon kalır.

Problem, aklı başında bir projesi olmayan, hiç bir yerden finansal destek almayan (BAP projelerini projeden saymıyorum) ve laboratuarında (eğer tabi laboratuarı varsa) doğru dürüst çalışanı olmayan bazı göz açıkların bir yılda 10'larca yayın yapmasıdır. Bundan, şüphe duymak gerekir. Çünkü, bilimde şüphecilik birinci kaidedir.

Neyse, konumuza dönelim. Tabi dünyada bu kadar araştırmacı ve yayın olunca, kimlerin “en etkili bilim adamları” olduğunu yayınlarından detaylı bir analiz yaparak çıkarıp sunmak oldukça zor (eğer imkansız değilse). Dolayısı ile Thomson Reuters gibi dergi indeksleme ve onlara etki faktörü vermede tekel oluşturmuş bir kurum, işin kolayına kaçıp sadece “yayın sayısı” ile bir değerlendirme yapmakta ve böyle çalıştığı üniversitesi bile olmayan HAYALET bilim adamaları ortaya çıkmakta.

Bunun için, GOOGLE’da “THE WORLD’S MOST INFLUENTIAL SCIENTIFIC MINDS 2015” dosyasını taratıp indirin ve PDF dosyasında “search” düğmesini tıklayarak “Turkey” yazın. Uzun listede 9 Türk bilim insanı da var. Bazılarını tenzih ederim ama, bağlı oldukları kurumu “Üniversite Mahallesi” olarak yazmış 3 kişi var. Bunlar, “GERÇEK” kişiler mi? yoksa “HAYALET” mi? Beni düzeltirlerse memnun olurum… Ayrıca, 3 çiftin soyadı ve çalıştığı kurumlar aynı. Bu, bana biraz aile içi şirket görüntüsü veriyor.