Halkın ve politikacıların gözünde bilim insanları genellikle uçuk-kaçık fikirleri olan, üstü başı dağınık, ne dedikleri anlaşılmayan "tuhaf!" insanlardır.
Elinde Bond çanta, yazın 40 derece sıcağında bile takım elbise giyip kravat takıp caka satan, kafaları boş ancak ağızları laf dolu, yalaka, takkıyeci ve şarlatanlar ise el üstünde tutulur ve tüm devlet kademelerinde virüs gibi çoğalıp kurumları ve ülkeleri avuçları içine alırlar.
Peki böyle bir duruma sebep olan ne?
Öz eleştiri yaparsak, bütün bunlara sebep olanlar yine büyük çapta bilim insanlarının kendileri (Bilim insanlarının neden güvenilirliğini ve saygınlığını yitirdiğine dair bir yazımı burada okuyabilirsiniz).
Konuşmaları ah, ıh uhlarla dolu, yazdıkları kendi meslektaşları tarafından bile anlaşılmayan bilim insanları, toplumların başta bilim olmak üzere diğer politikalarına nasıl yön verebilirler.
Dolayısı ile ülkelerin bilim politikalarını da bilim insanları değil, filim insanları ve politikacılar belirler.
Politikacılar ve kanun yapıcılar sadece çeşni olsun diye yanlarına "danışman" adı altında ancak hiç danışmadıkları birkaç bilim insanı alırlar ve böylece en azından görüntüde durumu kurtarmış olurlar. Sözüm ona bu danışmanlar ise beşinci sınıf bir politikacı veya yöneticinin yanında yağdanlık gibi durmayı içine sindirirler.
Bilim insanlarının kendi mesleklerini, adı yöneticilik! olan basit bir memurluğa tercih etmeleri ise kendileri hakkındaki bu algının devam edeceğini göstermektedir. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
Bu nedenledir ki, dünyamızın adeta her konuda çivisi çıkmış.
Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)
31 Ağustos 2016
Yazdıkları Anlaşılmayan, Söyledikleri Saçma Bulunanlar: Bilim İnsanları!
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
25 Ağustos 2016
Aziz Sancar ve Diğer 2016 TASSA Konferansı Konuşmacıları
TASSA (Türk Amerikan Bilim Adamları ve Araştırmacıları Derneği) Amerika Birleşik Devletlerinde faaliyet gösteren, ABD-Türkiye arasında bir bilim köprüsü olmayı hedeflemiş bir bilim organizasyondur.
Aşağıda 2016 yılı TASSA konuşmalarını izleyebilirsiniz:
Aşağıda 2016 yılı TASSA konuşmalarını izleyebilirsiniz:
Konferans sunumları
Açılış Konuşmaları
Genç bilim insanı ödül konuşması
Genç bilim insanı ödülünü kazananlar
Yüksek eğitimde Şikago yöntemi
1. Oturum
2. Oturum
Açılış konuşması:
3. Oturum
4. Oturum
5. Oturum
6. Oturum
Üniversite sıralamalrı üzerine bir panel ve Türk Üniversiteleri- Moderator: Selcuk Guderi
Labels:
Aziz Sancar,
TASSA
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
9 Ağustos 2016
Bir ülkenin bilim ve teknolojide gelişmesi ve müreffeh bir toplum olmasının önündeki en büyük engel: Cemaat kültürü
Darbe!
Aman Allah'ım şu devirde... Ne ilkellik ve iğrençlik.
İyi ile kötü konusunda bireysel karar veremeyen, demokratik bir seçimle işbaşına gelmiş idareye sırf duymuş olduğu kin ve nefretten dolayı şer güçlerle birleşip kendi halkına kuşun sıkacak, meclisini bombalayacak, cumhurbaşkanını öldürmeyi isteyecek kadar gözü dönmüş eşkıya ve paralı askerler.
Peki buraya nasıl geldik?
Bireysel düşünme ve kendini cesurca ifade etmenin zor olduğu bir cemaat(ler) ortamında ömür tüketerek:
Bodoslama biat.
Sorgusuz sadakat.
İrdelemeden itaat.
Zaman ve mekana göre takkiyeyi öğrenmek.
Ve sonuç: Darbe'ye teşebbüs! (veya moda terimle Kalkışma!)
Şimdi bazıları çıkıp "kardeşim tüm cemaatleri aynı kefeye koyma diyebilir".
Doğru. Her birinin kendince bir ajandası var!
Sayıları birken takkiye, sayıları bin olunca devleti ele geçirme ve liyakat gözetmeksizin elemanlarını devletin kadrolarına devşirme...
Şimdi Allah aşkına şu ortama bir bakın.
Bu güzel ülkede mesleğinin en üst noktasına gelmişsin (veya getirilmişsin!). Hakim olmuşsun, savcı olmuşsun, vali olmuşsun, kaymakam olmuşsun, emniyet amiri olmuşsun, profesör olmuşsun, general olmuşsun. Ancak, kaba softa ham yobaz beşinci sınıf bir imamın seni kumanda etmesinden hala kurtulamamışsın.
Neden?
Çünkü cemaatin öyle emrediyor da onun için. Bugün FETÖ, yarın bir başkası.
"Kaba softa, ham yobaz" demişken... Ne diyor Mehmet Akif?
Sofuluk satıyorsun,
Elinde boy boy tespih,
Çevrende dalkavuklar,
Tapınır gibi la-teşbih!
Sarık, cübbe ve şalvar,
Hepsi istismar, riya,
Şekil yönünden sanki,
Ömer'in devri güya!
Herkes namaz, oruçta,
Hepsi sözünü dinler,
Zikir, Kur'an sesinden,
Yerler ve gökler inler!
Ha bu din, iman, takva,
İnan ki hepsi yalan,
Sen onları kendine,
Taptırırsın vesselam!
Derdin davan sadece,
Hep nefsi saltanatın,
Bunların putu sensin,
Tapılan menfaatin!
Hey kukla kafalı adam,
Dinle sözümü tut,
Senin dilinde var hak,
Ama kalbin dolu put!
Diğer ilgili yazılar:
Aman Allah'ım şu devirde... Ne ilkellik ve iğrençlik.
İyi ile kötü konusunda bireysel karar veremeyen, demokratik bir seçimle işbaşına gelmiş idareye sırf duymuş olduğu kin ve nefretten dolayı şer güçlerle birleşip kendi halkına kuşun sıkacak, meclisini bombalayacak, cumhurbaşkanını öldürmeyi isteyecek kadar gözü dönmüş eşkıya ve paralı askerler.
Peki buraya nasıl geldik?
Bireysel düşünme ve kendini cesurca ifade etmenin zor olduğu bir cemaat(ler) ortamında ömür tüketerek:
Bodoslama biat.
Sorgusuz sadakat.
İrdelemeden itaat.
Zaman ve mekana göre takkiyeyi öğrenmek.
Ve sonuç: Darbe'ye teşebbüs! (veya moda terimle Kalkışma!)
Şimdi bazıları çıkıp "kardeşim tüm cemaatleri aynı kefeye koyma diyebilir".
Doğru. Her birinin kendince bir ajandası var!
Sayıları birken takkiye, sayıları bin olunca devleti ele geçirme ve liyakat gözetmeksizin elemanlarını devletin kadrolarına devşirme...
Şimdi Allah aşkına şu ortama bir bakın.
Bu güzel ülkede mesleğinin en üst noktasına gelmişsin (veya getirilmişsin!). Hakim olmuşsun, savcı olmuşsun, vali olmuşsun, kaymakam olmuşsun, emniyet amiri olmuşsun, profesör olmuşsun, general olmuşsun. Ancak, kaba softa ham yobaz beşinci sınıf bir imamın seni kumanda etmesinden hala kurtulamamışsın.
Neden?
Çünkü cemaatin öyle emrediyor da onun için. Bugün FETÖ, yarın bir başkası.
"Kaba softa, ham yobaz" demişken... Ne diyor Mehmet Akif?
Sofuluk satıyorsun,
Elinde boy boy tespih,
Çevrende dalkavuklar,
Tapınır gibi la-teşbih!
Sarık, cübbe ve şalvar,
Hepsi istismar, riya,
Şekil yönünden sanki,
Ömer'in devri güya!
Herkes namaz, oruçta,
Hepsi sözünü dinler,
Zikir, Kur'an sesinden,
Yerler ve gökler inler!
Ha bu din, iman, takva,
İnan ki hepsi yalan,
Sen onları kendine,
Taptırırsın vesselam!
Derdin davan sadece,
Hep nefsi saltanatın,
Bunların putu sensin,
Tapılan menfaatin!
Hey kukla kafalı adam,
Dinle sözümü tut,
Senin dilinde var hak,
Ama kalbin dolu put!
Diğer ilgili yazılar:
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
26 Temmuz 2016
Bilimin Henüz Cevaplayamadığı Sorular: Moleküllerin Solaklığı veya Sağlaklığı (Kiralite)!
Şöyle bir düşünün... İnsanoğlu Mars'ta, Europa'da yaşam var
mı yok mu diye kafa yorup, buralara kadar uzay araçları gönderiyor. Ancak aynı
insanoğlu, yaşamın her türlüsünün bir renk cümbüşü ile yeşerip yayılmış olduğu
dünyamızda yaşamın nasıl başladığını hala bilmiyor.
Çünkü bir şeyi görmek, onun nasıl meydana geldiğini
anlamaktan çok daha kolay bir iştir.
Dolayısı ile bir hücrenin veya canlının
nasıl oluştuğunu anlamak ve esrarını çözmek, muhteşem görünümlü bir galaksiyi
teleskopla izleyip fotoğraflamaktan çok daha zor bir iştir.
Bu nedenledir ki, şu gezegen üzerinde hücrenin veya yaşamın
nasıl ortaya çıktığı sorusu tüm zamanların en zor sorusunu teşkil etmiştir.
Hatta "yaşam nedir?" sorusunun bizatihi kendisi en zor sorulardandır.
Çünkü, "yaşam" terimini atfettiğimiz canlılar esasen hava ve suyu,
taşı ve toprağı yapan cansız atomlardan oluşurlar.
Cansızlardan farkımız bu atomların uygun miktar ve dizilişte
bir araya gelerek molekülleri, onların da bir araya gelerek hücreleri,
onlarında bir araya doku ve organları ve onlarında bir araya gelerek canlıları
oluşturmasıdır.
Yani, cansız bir şeyden farkımız atomların dizilişinden
başka bir şey değildir. Ancak bu basit açıklama, "hayat (yaşam)
nedir?" sorusuna cevap vermez. Çünkü; yiyen, içen, düşünen, rüya gören,
havayı soluyup karada yürüyen, denizde yüzüp gökte uçan canlı dediğimiz şeyi
yapmak için bundan daha fazlasına gerek vardır.
Yakın bir gelecekte bütün bunlara cevaplar bulacağımız ise
şüphelidir. Ancak bakterilerden bitkilere, mayalardan hayvanlara bütün canlılarda moleküllerinin aynı formda (örneğin amino asiterin "solak", şekerlerin "sağlak", DNA'nın "sağlak" formda olması) inanılmaz bir şey!
Şimdi başlığımıza dönelim...
Önce sağlak ve solak terimleri... Aynaya tuttuğunuzda birbirinin üzerine çakışmayan yapılar sağlak ve solak bir form gösterirler. Buna en iyi örnek ellerimizdir: iki elimizi birbiri üzerine sala çakıştıramazsınız (tabi ters çevirmezseniz!). Vücudumuzdaki çoğu molekülde de aynı durum söz konusudur. Moleküllerde bu duruma aynı zamanda "kiralite" denir.
Yukarıda söylediğim gibi, bu yapı ve molekülleri aynaya tuttuğunuzda birbirinin üzerine çakışmayan bir görüntü sergilerler.
Dolayısı ile kiral veya sağlak-solak moleküller asimetrik olup optik aktivite gösterirler. Böyle moleküllerin üzerine düzlemsel polarize ışığı tutturmamızda ışığı ya sağa (dekstro rotasyon) ya da sola (levo rotasyon) kırarlar. Işık, gözlem yapana saat yönünde geliyorsa "sağlak", saat yönünün tersi yönde geliyorsa "solak" rotasyon olarak adlandırılır.
Yeryüzünde insanların çoğu sağlaktır. Yani, ağır işler, yazma, tokalaşma vb için sağ ellerini kullanırlar. Hatta, sağlak bir insan, solak biri ile tokalaştığında solak kişi sağ elini kullanır. Yani, yaygın olan sağlaklıktır.
Yukarıda söylediğim gibi, bu yapı ve molekülleri aynaya tuttuğunuzda birbirinin üzerine çakışmayan bir görüntü sergilerler.
Dolayısı ile kiral veya sağlak-solak moleküller asimetrik olup optik aktivite gösterirler. Böyle moleküllerin üzerine düzlemsel polarize ışığı tutturmamızda ışığı ya sağa (dekstro rotasyon) ya da sola (levo rotasyon) kırarlar. Işık, gözlem yapana saat yönünde geliyorsa "sağlak", saat yönünün tersi yönde geliyorsa "solak" rotasyon olarak adlandırılır.
Yeryüzünde insanların çoğu sağlaktır. Yani, ağır işler, yazma, tokalaşma vb için sağ ellerini kullanırlar. Hatta, sağlak bir insan, solak biri ile tokalaştığında solak kişi sağ elini kullanır. Yani, yaygın olan sağlaklıktır.
Ancak, bizleri (daha doğrusu tüm canlıları) yapan
moleküllerde durum nedir?
Cevap: genelde solaklık özelde sağlaklık.
Örnegin DNA'mız sağlak yöndedir. Canlıların genetik bilgisini taşıyan DNA, en basit bakteriden en gelişmiş yaratığa (insan!) sağa doğru dönen bir sarmaldır. Peki canlıların kuru ağırlığının % 60'ını yapan proteinler? Onları da yapan 20 çeşit amino asitin hepsi solaktır.
Yukarıda sol ve sağ el ayası içine oturtulmuş aynı amino
asiti görüyorsunuz. R ile belirtilmiş olan grup hariç, proteinlerin yapıtaşı
olan 20 çeşit amino asitin hepsi aynı
omurgaya sahiptir. Proteinlerin yapısına ise sadece sağ elin içine oturtulmuş
olan "solak" amino asitler girer. Sol elin içine oturmuş olan
"sağlak" amino asitler asla proteinlerin yapısına girmez.
Ya genel olarak enerji molekülleri olan şekerler? Bunlar yukarıdaki kurala ters. Şekerlerin ise hepsi "sağlak".
Kullandığımız ilaçların çoğu ya sağlak ya da solaktır. Belli bir ilaç hem sağlak hem solak olamaz. Eğer her iki formu taşırsa, bu ilacın etkisi kestirilemez. Sizi iyileştirebilir de veya öldürebilir de!
Kullandığımız ilaçların çoğu ya sağlak ya da solaktır. Belli bir ilaç hem sağlak hem solak olamaz. Eğer her iki formu taşırsa, bu ilacın etkisi kestirilemez. Sizi iyileştirebilir de veya öldürebilir de!
Acaba, amino asitler sağ-el formunda, şekerler sol-el formunda olsaydı gezegenimiz üzerinde yaşam ortaya çıkar mı isi? Esasen yaşam için ilk moleküllerin dünyamızda ortaya çıkmış oldukları konusu da tam bir muamma.
Çünkü, son çalışmalar yaşamın orijinini oluşturabilecek bir potansiyele sahip kiral bir molekül olan propilen oksit'in uzayın derinliklerinde var olduğunu saptamış bulunuyor. Acaba yaşamın ilk öncül molekülleri dünyamıza diğer gezegenlerden mi geldi?
Gel de işin içinden çık!
Çünkü, son çalışmalar yaşamın orijinini oluşturabilecek bir potansiyele sahip kiral bir molekül olan propilen oksit'in uzayın derinliklerinde var olduğunu saptamış bulunuyor. Acaba yaşamın ilk öncül molekülleri dünyamıza diğer gezegenlerden mi geldi?
Gel de işin içinden çık!
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
15 Haziran 2016
Başarıyı Köreltenler: Okullar!
Kast ettiğimiz şey, öğrencilerimizin sadece test skorları ise büyük bir hata yapıyoruz demektir. Çünkü toplumun sorunlarını çözmek, ihtiyaçlarını karşılamada yardımcı olacak bir şeyler üretmek istiyorsak, gerçek yaşamda önümüze soru banklarındaki soruların cevaplarını ezberlemekten daha fazlası çıkar.
Peki okullar ne yapar?
Okullarına ve eğitimlerine gözleri ışıltı dolu bir hevesle başlayan çocukların heveslerini kursaklarında bırakırlar...
Nasıl mı?
Çocukların inanılmaz hayal güçlerini absürt bularak, yaratıcı fikirlerini küçümseyerek ve sonu gelmeyen soruları için bıkkınlık tavrı sergileyerek.
Sonuç?
Kendimiz gibi birçok konuda bilgisi olan, fakat kafasındaki bu ezbere bilginin kölesi durumuna gelmiş normalize bir insan.
"Çocuklarıma asla bir şeyler öğretmeye çalışmam. Onlara öğrenecekleri bir ortam sağlarım."
-Albert Einstein
Bundan daha veciz bir söz ne olabilir.
Allah aşkına üniversitelerimizi bir düşünün...
Çoğu kendilerine gelen öğrencilere halihazırda bilinenlerden başka ne öğretiyor? Zaten bu soru yanlış... "Öğretmek!"
Hangi devirde yaşıyoruz. Çocuklar senin o "öğrettim" dediğin şeyleri İnternet'ten de öğrenebilirler. Böylece rahatlarını bozmadan okula gelip dört duvar arasında vermiş olduğun sıkıcı nutuklardan da kurtulmuş olurlar.
Sadece bilgi yüklenmenin bir anlam ifade etmeyeceğini bilmeliyiz. Eğer etseydi bugün hemen her alanda en gelişmiş ülkeler olan Amerika, İngiltere ve Almanya'nın açlıktan ölmeleri gerekirdi. Mesele öğrenmiş olduğun bilgi ile ne yaptığındır... Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
Önemli olan onlara öğretmeyi değil "anlama" veya "anlamlandırma"yı göstermek, yaratıcılıklarını ortaya koyacak bir ortam sağlamaktır. Sayfa sayısı binlerle ifade edilen ders kitaplarındaki kuru gerçekleri sıralayıp, sonucu bilinen deneyleri önlerine koyarsak kendi kendimizi tekrardan başka ne işe yarayacaktır.
Bunu yaparsak öğrenci, zaten her şeyin bulunup keşfedilmiş olduğunu, bunlarla ilgili bilginin kitaplarda yazılı olduğunu, kendilerine düşenin bu kitaplardaki sonu gelmez kavram ve konuları ezberlemek olduğunu düşünecek ve merakı, dolayısı ile üreticiliği, keşfetme hazzı tamamen dumura uğrayacaktır. Bu konuda yine Einstein aynen şunu söylüyor: "Bu çeşit formal bir eğitimle merakımın tamamen yok olmadığına hayret ediyorum".
Zaten bu değil midir ki ülkemin güzel insanı diplomasını cebine koyduğunda artık her şeyin bitmiş olduğu kanısına varır ve bırakın araştırma ve üretmeyi, okumayı bile rafa kaldırır. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
Çocuklarımızın öğrenme, anlama, problem çözme, keşfetme, üretmeleri için bilinenlerden çok bilinmeyenleri tartışmalı ve onların meraklarını daha da ileri taşıyacak uygulamalar yapmalıyız. Böylece çocuklarımızın kendine güveni gelir ve henüz bilinmeyen dünya kadar konu içinde kendilerinin de çözebileceği, keşfedeceği şeyler olabileceğinin fevkine varırlar...
Ne zaman iflah oluruz?
Karşımızdaki öğrencilere medrese hocası edası ile her şeyi kendimizin bildiğini veya kitaplarda yazılı olduğunu, onlara düşenin ise hiç bir şey sormadan, yorum yapmadan bizi dinlemeleri, kitaplardakini okuyup ezberlemeleri olduğunun yanlış bir yol olduğunu anlarsak...
Labels:
nasıl bir eğitim,
Türkiye'de eğitim,
Türkiye'de üniversiteler,
Türkiye'de yüksek öğrenim,
üniversiteler
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
31 Mayıs 2016
Mitokondri: Tüm Biyoloji Kitapları Yeniden mi Yazılacak?
Enerjimizin (ATP) %90'ından fazlası mitokondrilerde yapılır.
Yani, hücrelerdeki bu" enerji santralleri" olmadan kılımızı bile
kıpırdatamayız.
Ancak, mitokondrilerin hücre ve organizmadaki rolü bununla sınırlı değildir...
Hücre ölümü, yaşlanma, kanser ve daha birçok şeyde bu
organellerin büyük rolünün olduğunu görüyoruz.
Örneğin, kanserlerin % 80'inde işlevi bozulmuş mitokondriler
göze çarpmaktadır. Kanser hücrelerinde mitokondriler hasarlı olduğundan,
hücresel solunum daha çok glikoliz dediğimiz bir çeşit fermantasyon süreci ile
sınırlı kalmakta ve hücreler bol miktarda laktik asit üretmektedir. Bu
nedenledir ki, kanser tümörler genellikle asidik bir çevreye sahiptir ve normal
hücreler bu çevrede yaşayamazlar.
Yaşlanmanın en önemli teorilerinden biri "mitokondriyel
yaşlanma teorisi"dir. Soluduğumuz oksijenin büyük kısmı bu yapılar
tarafından kullanılır ve en son suya çevrilir. Ancak, bu çevirim sırasında az
da olasa elektrik kaçağı olur ve bu kaçak elektronlar "serbest radikaller"
dediğimiz "aç" oksijen türevlerini yapar. Elektronlara aç olan bu
oksijen türevleri hücredeki hemen diğer tüm moleküllere (DNA, RNA, protein,
yağ) bağlanarak onların işlevini ya azaltır ya da bozar. Sonuç: yaşlanmaya adım
adım gitme. Çünkü, hücrenin tamir mekanizmasını da bozan bu sistem, hücrelerin
onarımına büyük bir sekte vurmuş olur.
Hücrenin en önemli programlı ölüm mekanizmalarından
(apoptoz) biri mitokondrilere dayalıdır. Bu organellerdeki sinyal moleküllerine
dayalı olan hücre ölümü veya intiharı en yaygın hücre ölümü çeşidini oluştur.
Bugüne kadar yapılan araştırmalar bu yapıların bakteriler
hariç tüm diğer canlıların (ökaryotlar diyoruz) hücrelerinde bulunduğu yönünde
idi. Ökaryot nedir derseniz, gözle görülen ve ya görülmeyen bakteri dışındaki
tüm canlılar... (yani hayvan, bitki, mantar, amip gibi diğer tek hücreliler,
vs..).
Dolayısı ile bilim kitaplarında, bakterilerle ökaryotlar
arsındaki en belirgin farklar arasında bu organel de sayılıyordu.
Ancak, yeni bulgu ve bilgiler kitaplarımızı bu konuda
yeniden yazdıracak nitelikte...
Her ne ise... konu başlığımız dönmeden önce, genel okuyucu
için biraz mitokondri nedir, ne değildir bahsine girmekte fayda var.
Bilim dünyası, boyutları ve birçok özelliği bir bakteriye
benzeyen bu organellerin bize bakterilerin mirası olduğunu düşünmektedir.
Düşünceye göre, 1-2 milyar yıl öncesine kadar atmosferimizde çok az bulunan
oksijenden dolayı, basit ökaryot (çekirdekli) hücreler oksijen yerine metan gibi
başka gazlarla solunum yapıyorlardı (dolayısı ile işlevi için oksijene gerek
duyan mitokondriye de gerek yoktu). Bu basit hücreler bir bakteriyi
(protobakteri) yuttu ve onu parçalayacak iken, onu içinde tuttu ve her nasıl
oldu ise bir şekilde onunla karşılıklı çıkara dayanan simbiyotik bir ilişkiye
girdi.
Zamanla da bu bakteri hücre içinde bugün bildiğimiz mitokondriye evrildi.
Benzer şekilde, bir bakteri de (siyanobakteri) kloroplastı olmayan bir
bitki hücresine girdi ve orada bildiğimiz kloroplasta farklılaştı. Kloroplastın
ortaya çıkması ile onun ürünü olan oksijen de atmosferimizde arttıkça arttı. Bu
yükselen oksijen trendi, içinde mitokondri bulunan hücrelerin mantar gibi
çoğalmasını ve diğerleri ile rekabeti kazanmasını sağladı.
Çünkü, mitokondri
oksijenle çalışan bir yapı idi ve içine girdiği hücreye rekabette bir üstünlük
sağladı. Oksijeni kullanamayanlar ise (bunların çoğu yine bakteri idi) yerin
dibine girdiler. Çünkü, kloroplastın yapmış olduğu fotosentez sonucu atmosferde
biriken ve gittikçe artan oksijen mitokondrisi olmayan bakterilerin bazısı için
bir zehir etkisi yaratıyordu. Bakterilerin geri kalan kısmı ise, oksijenle
yaşamayı sağlayacak bir takım modifikasyonlara gittiler.
Biraz da bu organelin bazı ilginç özelliklerinden bahsederek
bu konuyu kapatıp esas konumuz dönelim.
Erkek veya kadın olalım, hücrelerimizdeki tüm
mitokondrileri annemizden alırız. Spermle yumurtaya mitokondri girmez, girenler
de yok edilir. Birazdan, az da olsa bahsedeceğimiz mitokondri DNA'sına bakarak anne soyumuzun nereden geldiğini tahmin edebiliriz. Baba tarafını merak ediyorsak ve erkeksek, en iyi referansımız Y kromozomu olacak (bu konuya kısmen değinen bir yazımı burada okuyabilirsiniz). Çünkü, kadında babadan gelen Y kromozomu bulunmaz. Kadındaki iki X kromozomundan hangisinin babadan, hangisinin anneden geldiğini belirlemek ise meşakkatli bir iştir.
Mitokondri, içinde DNA bulunan nadir organellerden biridir.
Bir diğeri ise bitkilerdeki kloroplasttır. Bunların neden bize ve bitkilere
miras kalan bakteri kalıntıları olduğunu sanırım şimdi daha iyi
anlamışsınızdır!
İnsanlarda mitokondri DNA'sı üzerinde 37 gen bulunmaktadır.
Bunlardan 13 tanesi proteinleri kodlamakta, diğerleri ise başkaca işlevleri
olan RNA'ları. Ancak, mitokondrinin işlevinin ve yapısının büyük oranda
kromozomlarımızdaki genlere dayalı olduğunu biliyoruz. Yine de, bazı
hastalıklar mitokondriyel kalıtımla geçer. Mitokondriyel DNA genetik geçmişimiz
(akrabalığımız) hakkında da önemli ipuçları verir.
Son zamanlarda üç ebeveynli tüp bebekler konusunda mitokondri transferinin ne maçla yapıldığını buradaki bir yazımda okuyabilirsiniz.
Son zamanlarda üç ebeveynli tüp bebekler konusunda mitokondri transferinin ne maçla yapıldığını buradaki bir yazımda okuyabilirsiniz.
Konu başlığımıza dönersek...
Bazı ökaryotların
mitokondri taşımadığı konusu. Bu konu henüz çok yeni ve geçen hafta yayımlandı
(bkz. Current Biology) ve bilim dünyasında büyük bir yankılanması oldu.
Bu çalışmaya göre, kemirgenlerde bir bağırsak içi hücre
paraziti olan ve kendisi de ökaryot olan Monocercomonoides'in mitokondri ve
mitokondri proteinleri içermediği rapor edildi. Yani, diyebiliriz ki bu canlı
oksijeni kullanmayabilir ve buna rağmen fevkalade büyüyüp çoğalabilir.
Muhtemelen glikoliz yolağını esas enerji yolu olarak kullanıyor.
Başka bağımsız araştırmalar da aynı sonuca varırsa, tüm
biyoloji kitaplarımızdaki mitokondri ile ilgili kısımları yeniden yazabiliriz.
Bunlar içinde özellikle biyokimya alanında büyük bir yer kaplayan
"metabolizma" konusu da olacak.
Tabi bu, birçok uygulama için hücreye
yaklaşımımız da değiştirecek.
Son olarak şunu söyleyeyim: Bilimde ne kadar keşfedersek edelim, ne kadar bir konuyu ince ayrıntılarına kadar bildiğimizi düşünürsek düşünelim, DOĞA her defasında karşımıza bir sürprizle çıkmakta, bizi şaşırtmakta ve o zamana kadar evrensel olduğunu düşündüğümüz birçok konu ve kavramı esasen eksik kavradığımızı göstermektedir.
Zaten bilimin de güzelliği burada değil mi? Her an yeni bir şey keşfederek ileri doğru yol almak... Bazı keşifler dünyamızın sonunu getirecek nitelikte olsa da.
Labels:
mitokondri
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
19 Mayıs 2016
Genler Kaderimiz mi? Yoksa Bizi Biz Yapan Genler Üstü Bir Durumda da mı Var?
Hemen herkes "genetik" diye bir şey duymuştur. Adı üzerinde... Genlerle uğraşan bir alan! Bazen "kalıtım" olarak da bilinir. Annemizin "yumurtasından" ve babamızın "sperminden" bize aktarılan miras... Bu mirası aktaran moleküle DNA diyoruz.
Sperm ve yumurtada 23 tane DNA molekülü varken, vücudumuzu yapan 200 trilyon hücrenin her birinde 46 tane DNA molekülü var. Çünkü, 23 tanesi babamızın sperminden 23 tanesi de annemizin yumurtasından gelir. Bu DNA molekülleri özel proteinlerle birleşir ve her biri bir kromozom yapar. Yani 46 kromozom! (sperm ve yumurtada 23'er kromozom). Dolayısı ile 23 çift!
Bunların 22'si mükemmel çift oluştururken, cinsiyetimizi belirleyen ve adına X ve Y dediğimiz kromozomlar mükemmel çiftler değildir.
Flöresan boyaların bağlı olduğu DNA dizileri kullanılarak işartelenen insan kromozomları (Buradaki bir erkek hücresindeki görünümdür. Bayan hücrelerinde Y kromozomu hariç diğer kromozom setleri aynıdır. Bayanda iki adet X bulunur)
Erkek isek, X kromozomunu annemizden, Y kromozomunu babamızdan alıyoruz. Böylece her hücremizde, her bir çiftin bir tanesinin annemizden ve bir tanesinin babamızdan geldiği 22 çift kromozomumuz ve bir de XY çifti var.
22 çift kromozom için kadınlarda da aynı durum söz konusudur. Ancak, kadınların her hücresinde erkelerdeki XY kromozomları yerine, birinin anneden diğerinin babadan geldiği 2X kromozomu vardır ve birbirlerine oldukça benzerdirler. Yani, görünüşlerine bakarak hangisinin anneden, hangisinin babadan geldiğini anlayamayız.
Mükemmel çift oluşturan kromozomlarımızdan hangisinin annemizden hangimizin babamızdan geldiğini ayırt edemezken, X ve Y kromozomları bariz biçimde farklıdır. Çünkü, mikroskop altında X kromozomu Y kromozomundan 3 kat büyük görünür. Hatta, kromozomlar arasındaki en küçük kromozom Y kromozomudur. Bundan dolayıdır ki, İnsan Genom Projesinde dizisi ilk saptanan kromozom Y kromozomu olmuştur.
Daha da işi sıkıcı yapmadan, bu konuyu son bir şeyle bitireyim: erkek çocuğu olmayan beyefendiler, sakın ola ki hanımlarının üzerine kuma getirmesinler. Neden mi? Çünkü, erkek çocuğu olup olmayacağını tamamen erkek belirler de onun için... İçinde Y kromozomu olan sperm yumurtaya girerse çocuk erkek, içinde X kromozomu olan sperm yumurtaya girerse çocuk kız olur da ondan. Annenin tüm yumurtalarında X kromozomu olduğu için, onun yapacağı fazla bir şey yoktur.
Neyse konumuza dönelim... Genler Kaderimiz mi? Yoksa Bizi Biz Yapan Genler Üstü Bir Hafıza da mı Var?
DNA'ya baktığınız zaman onun çok da göz alıcı bir molekül olmadığını görürsünüz. Adına "nükleotid" denen 4 adet (A, G, C ve T harfi ile gösterilen) kimyasalın değişik tekrarlarından oluşan, uzun, birbirine saralı iki zincirden oluşan bir yapı. Dolayısı ile buna "DNA sarmalı" ya da "DNA heliksi" diyoruz. Geleneksel olarak, DNA molekülünü büyüklüğüne göre kromozomları sıralamışız. Yani, 1. kromozom en büyük DNA molekülüne sahipken, 22. kromozom en küçük DNA molekülüne sahip. Dolayısı ile, yukarıdaki 4 harften yaklaşık 250 milyon tane 1. kromozomda bulunurken, 22. kromozomda bu sayı yaklaşık 50 milyondur.
DNA moleküllerini yapan bu harfler birer şifredir. Şifrelerin bazıları 1000 harften daha uzun, bazıları 10-100 kadar kısa olabilir. Çoğu, 100-1000 arasındadır. Bunlara "gen" diyoruz. 4 harften oluşan bu sıkıcı şifreler hücrede belli makineler tarafından deşifre edilirler. Deşifre olan ürünler ise karmaşık yapısı olan proteinler veya yine sıkıcı tek düze dizileri olan RNA'lardır. Bunlara değinip konuyu daha da karmaşık hale getirmeyelim...
Bir benzetme yaparsak. DNA'yı çıplak vücutlarımıza benzetebiliriz. Elbise giymediğimiz sürece biri birimize az çok benzeriz. Baş, ayaklar,kollar, bacaklar... Ancak, elbiselerimiz giydiğimizde bir renk cümbüşü... (bir stadyumdaki seyircileri düşünün).
Çıplak DNA: sperm ve yumurtada DNA böyle bulunur.
Buna benzer şekilde, annemizin yumurtasındaki ve babamızın spermindeki DNA'lar da ana maddesi 4 nükleotid olan dizilerdir ve her insanda büyük oranda (%99.9) benzer dizilim gösterir. Yani hepimiz neredeyse aynıyız. Yani gen seviyesinde insanoğlu arasında sadece binde 1 bir fark var.
Peki nasıl oluyor da bu kadar farklı fiziki ve kişilik özellikleri gösteriyoruz?
Bunu şu an kimse cevaplayacak konumda değil ve bunun cevabı henüz ufukta bile görünmüyor.
Ancak...
Bir kere sperm yumurtayı dölleyince, her şey allak bullak olmaya başlar. Hem spermden gelen ve hem de yumurtada bulunan o yeknesak DNA moleküllerinin orasına burasına "küçük kimyasal gruplar" eklenmeye başlar. Böylece, çıplak DNA'lara kişiye özgü olarak elbise giyindirilmiş olur ve aynı DNA dizilerine sahip genleri olsa bile insanlar boy, kilo, davranış, hastalıklara meyil veya direnç, ömür uzunluğu gibi sayamayacağınız kadar konuda farklılıklara sahip olurlar. Aynı yumurta ikizlerinde bile bu farklılıklar ortaya çıkar. Çünkü, DNA'nın orasına burasına sonradan eklenen bu küçük kimyasallar (metil ve asetil grupları) onun aktivitesini dramatik bir şekilde değiştirir.
Giyindirilmiş DNA: Sperm yumurtayı dölleyince küçük kimyasal gruplar DNA'nın orasına burasına eklenmeye başlar ve onun işlevini tamamen değiştirebilir.
İşte, bunlara genetik üstü faktörler, ya da moda terimi ile "epigenetik" faktörler diyoruz. Son yıllarda yeni yeni anlamaya başladığımız bu çeşit bir değişimin bir "hafıza" misali genler gibi nesilden nesile de geçebildiği konusunda raporlar var. Örneğin, genlerde bir değişiklik yapmayan belli kimyasalların koklatıldığı hayvanların yavrularının da bu kimyasallara aynı tepkiyi gösterdikleri rapor edildi.
Tabi bu durum kitaplarda yazılana oldukça ters. Çünkü, günümüzde kalıtımda "gen merkezli" ve "doğal seçilime dayalı" evrim görüşü hakim. Eğer yukarıdaki durum gerçekse, bu görüşlerinde oldukça revize edilmesi gerekecek. Artık kitaplarımızda ve makalelerimizde "sonradan kazanılan karakterlerin kalıtımı" konusunu da bunlara eklememiz gerekecek. Ancak, bunu yaparsak, 19. yüzyıla dönmüş olacağız. Neden mi? Çünkü, Lamarckism bu çeşit bir kalıtımı öne sürüyor da ondan. Taa o zamanlar, Fransız biyolog Lamarck sonradan kazanılmış karakterlerin de bir sonraki nesle geçtiğini ileri sürmüştü (Yüksek dallardaki yaprakları yemek için uzanan zürafaların, boyunlarının uzaması! ve bunun nesilden nesile geçmesi gibi bir şeyler hatırlıyorsunuzdur).
Örnek mi istersiniz? alın size "mühürlenmiş genler" diye bir şey...
Anne ve babamızda bunlardan 100 kadar var. Normal kalıtımın dışında bir davranış gösteriyorlar. Bu genlerin her biri için annemizden ve babamızdan birer kopya (allel) alıyoruz. Ancak, bireyden bireye fark gösteriyorlar. Anneden gelen kopya işlevsel ise, babadan gelen kopya "mühürlenmiş" oluyor. Veya tersi. Aynı bireyde her iki kopya birden işlevsel olmuyor. Yada her ikisi mühürlenmiş olmuyor.
Yukarıda, bolca X ve Y kromozomlarından bahsettim. Epigenetikle ilgisinden dolayı bu cinsiyet kromozomlarına tekrar dönelim...
Her erkeğin vücudundaki hücrelerde bir X ve bir Y var. Ancak her kadının hücrelerinde 2 X kromozomu var. Gen dozu (sayısı) bakımından, kadının daha fazla gene sahip olduğu açık. Ancak, erkekle kadının hücrelerindeki bu gen dozaj farkı tam bilemediğimiz bir mekanizma ile ortadan kaldırılıyor. Nasıl mı? kadının XX kromozomlarından biri kapatılıyor yani "mühürleniyor". Kadında kapatılan X kromozomu annesinden de babasından da gelmiş olabilir. Esasen, kadınlarda vücut bu kromozomlar bakımından bir çeşit "mozaik" yapı gösterir. Vücudunun belli doku ve organlarında annesinden gelen X mühürlenmiş iken, vücudunun başka taraflarında babasından gelen X mühürlenmiş olabilir. Yani tam bir mozaik yapı... Erkeklerde ise bu durum söz konusu değil. Çünkü erkeğin vücudundaki tüm X kromozomları annesinden gelir, Y kromozomları ise babasından.
İşi daha da karmaşıklaştıralım mı?...
Kadının her hücresindeki 2 X kromozomundan birinin kapalı veya mühürlü olduğunu söylemiştim. Bu her zaman böyle değil... Açık yani iş gören X kromozomuna bir bir şekilde hasar görür ve işlevini yitirirse, mühürlenmiş olan X'in mührü açılır ve hasar telafi edilir. Erkeklerde bu tür bir hasar telafisi söz konusu değildir. Çünkü, tek bir X'leri var ve hasar görürse hapı yutar!!! Bu nedenledir ki, eşeye bağlı genetik hasar ve ölümlere erkekler kadınlara göre 5 kat daha yatkındır. İşte tüm bunlar da "gen üstü" nedenlerden kaynaklanıyor. Bu, bize kadınların hemen her toplumda erkelerden neden 5 ila 10 yıl daha fazla yaşadıklarını belki açıklıyordur...
Sonuç olarak, tüm bu konularda (genetik ve epigenetik) bilgi ve bildiklerimiz henüz çok primitif ve sandığınız gibi her şey genlerle belirlenmiyor. Yediğiniz, içtiğiniz besinlerdeki kimyasallar da sizi şekillendiriyor, hayatta yaşadığını tecrübeler de. Ve bunlar bir şekilde kayıt altına alınıp gelecekteki nesil ve nesillerinize geçiyor.
Labels:
epigenetik,
genetik,
kromozomlar
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
21 Nisan 2016
Kanseri Yenmek: İçerden Savaş!
Herkes "bağışıklık sistemi"ni duymuştur. Bizi dışarıdan gelen hastalık yapıcı ajanlara (bakteri, virüs, vs) karşı koruyan bir savunma sistemi.
Yabancı ajanlar vücudumuza girince, bu sistem tarafından sağlanan değişik çeşitte bağışıklık hücresi harekete geçer ve onları vücudumuzda daha fazla çoğalmadan etkili bir şekilde bertaraf eder.
Peki kanser hücreleri için de aynı şey söz konusu değil mi? Ne yazık ki hayır...
Çünkü, kanser hücrelerini vücudumuz kendisi üretir ve onları bakteri veya virüs gibi yabancı değil, tanıdık veya "dost" kabul eder. O halde, yukarıdaki gibi yabancıya karşı işleyen bir mekanizmayı kendimizin de olsa "anormal" olan kanser hücrelerine karşı harekete geçiremez miyiz? Olası... Nasıl?
Bir şaşırtmaca yada aldatmaca ile...
Kan dolaşımımızda bulunan T-hücreleri bir çeşit bağışıklık hücreleridir. Bu hücreler yüzeylerindeki tanıma molekülleri (reseptör) ile vücudumuza giren yabancı ajanları ve kanser gibi anormal hücreleri tanıyıp onlara bağlanabilirler.
Bu bağlanma bir "el sıkışma" veya bir "savaş"la sonuçlanabilir. El sıkışma olursa, işimiz Allah'a kalmış. Hasatlık artarak devam eder ve vücuda yayılır. Savaş başlatılır ve kazanılırsa ne ala. Bu konuda bir yazımı burada okuyabilirsiniz...
Peki savaşı nasıl kazanırız? Yukarıda dediğim gibi... Bir şaşırtmaca ya da aldatmaca ile..
Kanseri ilaçlara tedavi (kemoterapi) genellikle normal hücrelere de zarar verir. Bu ilaçlar ayrım yapmaksızın vücutta hızlı çoğalan tüm hücrelere zarar verir. Vücuda dışarıdan giren yabancı ajanlara (antijen) karşı vücudumuz etkili bir şekilde ve kısa sürede birçok bağışıklık hücresi ürettiğinden, kemoterapiden en çok etkilenen hücreler bu çeşit hızlı büyüyen bağışıklık hücreleri, kıl kökü hücreleri ve ve mide-bağırsak hücrelerdir. Bu nedenledir ki, kemoterapi gören insanların bağışıklık sistemi zayıflar, saçları dökülür ve sindirim sistemleri bozulur.
Ancak, hedefe (yani sadece kanser hücresine bağlanan) yeni nesil ilaçlarla yukarıdaki tip olumsuzlukların üstesinden gelinebilir ve vücudun savunma hücreleri olan T-hücreleri kanser hücreleri ile el sıkışacağına, onları elimine edebilirler. Nasıl mı?
Kanser hücreleri normal hücrelerde bulunmayan bazı işaretlere sahip olabiliyorlar. Genellikle protein yapıda olan olan bu işaretler (antijenler) hücrenin dışını saran zara gömülü olduklarından, bağışıklık hücreleri tarafından tanınırlar. Bu işaretlere bağlanan bağışıklık hücrelerinin bir sonraki davranışı, bağlandıkları bu işareti "yabancı veya yerli" olarak algılamalarına bağlıdır. Yabancı olarak algılanırsa, savaş başlar ve kanser hücresi vücudun savunma hücreleri olan bir seri başka bağışıklık hücresinin işbirliği ile ortadan kaldırılır.
Ancak, T-hücreler bağlanmış oldukları bu işareti yabancı değil de yerli ya da dost olarak algılarsa, kanser hücreleri için gün doğar ve azgın bir çoğalma trendine girerler.
Bu yeni nesil ilaçların çalışma moduna gelince... T-hücrelerinin yüzeyinde kanser hücresindeki yukarıda bahsettiğim işareti tanıyıp oraya demirlemesini sağlayan bir yapının (reseptör) yanında, sadece kanser hücresinde bulunan diğer işaretlere de bağlanır. Yani, bir çeşit çifte bağlanmadan söz edilebilir. Bu çifte bağlanma olduğu zaman, kanser hücresi ile savunma hücresi (T-hücresi) arasında tam bir dostluk kurulur. Bu çifte el sıkışma sayesinde, kanser hücresi agresif büyümesini arttırarak devam ettirir.
Ancak, T-hücresi tarafından kanser hücresine uzatılan 2. elin içine bir şey (ilaç) sıkıştırırsanız, uzatılan el havada kalır. Bu, karşıdaki (kanser hücresi) ile el şıkışılamayacağı ve imha edilmesi gerektiği anlamı taşır.
Fakat, hayvan deneyleri ile gösterilen bu çeşit bağışıklık terapisi (immünterapi)'nin kliniğe gelmesinin zaman alacağı aşikar. Farelerde araştırma amaçlı yapılan çalışmaların, birçok yönü ile fareye benzemeyen! insanlarda tedavi edici bir yöntem olup olmayacağı belli değil. Kanser denilen çok yüzlü ve yönlü illetin tamamen tedavisinin yakın gelecekte mümkün olmadığını görüyoruz.
Yıllardır yapılagelen "bu buluşla kanserin kökü kazınacak" gibi haddini aşan açıklamalara, siz siz olun inanmayın. Ve sanırım "tedavi" yerine "terapi" terimini daha uzun bir süre kullanamaya devam edeceğiz.
Peki kanser hücreleri için de aynı şey söz konusu değil mi? Ne yazık ki hayır...
Çünkü, kanser hücrelerini vücudumuz kendisi üretir ve onları bakteri veya virüs gibi yabancı değil, tanıdık veya "dost" kabul eder. O halde, yukarıdaki gibi yabancıya karşı işleyen bir mekanizmayı kendimizin de olsa "anormal" olan kanser hücrelerine karşı harekete geçiremez miyiz? Olası... Nasıl?
Bir şaşırtmaca yada aldatmaca ile...
Kanser hücrelerine saldırı (Büyütmek için resmin üzerini tıklayınız) |
Bu bağlanma bir "el sıkışma" veya bir "savaş"la sonuçlanabilir. El sıkışma olursa, işimiz Allah'a kalmış. Hasatlık artarak devam eder ve vücuda yayılır. Savaş başlatılır ve kazanılırsa ne ala. Bu konuda bir yazımı burada okuyabilirsiniz...
Peki savaşı nasıl kazanırız? Yukarıda dediğim gibi... Bir şaşırtmaca ya da aldatmaca ile..
Kanseri ilaçlara tedavi (kemoterapi) genellikle normal hücrelere de zarar verir. Bu ilaçlar ayrım yapmaksızın vücutta hızlı çoğalan tüm hücrelere zarar verir. Vücuda dışarıdan giren yabancı ajanlara (antijen) karşı vücudumuz etkili bir şekilde ve kısa sürede birçok bağışıklık hücresi ürettiğinden, kemoterapiden en çok etkilenen hücreler bu çeşit hızlı büyüyen bağışıklık hücreleri, kıl kökü hücreleri ve ve mide-bağırsak hücrelerdir. Bu nedenledir ki, kemoterapi gören insanların bağışıklık sistemi zayıflar, saçları dökülür ve sindirim sistemleri bozulur.
Ancak, hedefe (yani sadece kanser hücresine bağlanan) yeni nesil ilaçlarla yukarıdaki tip olumsuzlukların üstesinden gelinebilir ve vücudun savunma hücreleri olan T-hücreleri kanser hücreleri ile el sıkışacağına, onları elimine edebilirler. Nasıl mı?
Kanser hücreleri normal hücrelerde bulunmayan bazı işaretlere sahip olabiliyorlar. Genellikle protein yapıda olan olan bu işaretler (antijenler) hücrenin dışını saran zara gömülü olduklarından, bağışıklık hücreleri tarafından tanınırlar. Bu işaretlere bağlanan bağışıklık hücrelerinin bir sonraki davranışı, bağlandıkları bu işareti "yabancı veya yerli" olarak algılamalarına bağlıdır. Yabancı olarak algılanırsa, savaş başlar ve kanser hücresi vücudun savunma hücreleri olan bir seri başka bağışıklık hücresinin işbirliği ile ortadan kaldırılır.
Ancak, T-hücreler bağlanmış oldukları bu işareti yabancı değil de yerli ya da dost olarak algılarsa, kanser hücreleri için gün doğar ve azgın bir çoğalma trendine girerler.
Bu yeni nesil ilaçların çalışma moduna gelince... T-hücrelerinin yüzeyinde kanser hücresindeki yukarıda bahsettiğim işareti tanıyıp oraya demirlemesini sağlayan bir yapının (reseptör) yanında, sadece kanser hücresinde bulunan diğer işaretlere de bağlanır. Yani, bir çeşit çifte bağlanmadan söz edilebilir. Bu çifte bağlanma olduğu zaman, kanser hücresi ile savunma hücresi (T-hücresi) arasında tam bir dostluk kurulur. Bu çifte el sıkışma sayesinde, kanser hücresi agresif büyümesini arttırarak devam ettirir.
Ancak, T-hücresi tarafından kanser hücresine uzatılan 2. elin içine bir şey (ilaç) sıkıştırırsanız, uzatılan el havada kalır. Bu, karşıdaki (kanser hücresi) ile el şıkışılamayacağı ve imha edilmesi gerektiği anlamı taşır.
Fakat, hayvan deneyleri ile gösterilen bu çeşit bağışıklık terapisi (immünterapi)'nin kliniğe gelmesinin zaman alacağı aşikar. Farelerde araştırma amaçlı yapılan çalışmaların, birçok yönü ile fareye benzemeyen! insanlarda tedavi edici bir yöntem olup olmayacağı belli değil. Kanser denilen çok yüzlü ve yönlü illetin tamamen tedavisinin yakın gelecekte mümkün olmadığını görüyoruz.
Yıllardır yapılagelen "bu buluşla kanserin kökü kazınacak" gibi haddini aşan açıklamalara, siz siz olun inanmayın. Ve sanırım "tedavi" yerine "terapi" terimini daha uzun bir süre kullanamaya devam edeceğiz.
Labels:
kanser araştırmaları
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
9 Nisan 2016
Bir Üniversitede Yönetim Nasıl Olmalı? Nasıl Olmamalı?
Bir üniversiteyi İYİ veya SIRADAN yapan yönetimsel özellikler vardır. Önce sıradan olanlarla başlayalım...
Gerçek (İYİ) bir üniversitenin özelliklerine gelince...
Yukarıdakilerin tersini yapan üniversiteler iyi üniversitelerdir.
- POPÜLİZM: Yöneticileri tarafından popülist politikalara kurban edilen üniversiteler sıradan olmaya mahkumdur. Yukarıdan "tak" diye emredilince, gerçeklerini hiç göz önüne almadan aşağıda "şak" diye yapan üniversiteler sıradan üniversitelerdir. Örneğin, araştırmaya giden zamanı da hesaba kattığınızda, akademik kadrosu en fazla 4 bin öğrenciye eğitim verebilecek seviyede olan bir üniversiteye 40 bin öğrenci alırsanız, o üniversite sıradan olur. Orada ne araştırmadan ne de eğitimden bahsedilebilir. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
- YERELLEŞME: Akraba evliliği zararlıdır! Bu durum üniversiteler için de geçerlidir. Bir üniversitede çalışanların (ve okuyanların) % 20'sinden fazlası lokal ise, bırakın o üniversitenin dünya üniversitesini olmasını, ulusal bile olamaz. Olsa olsa bir şehir üniversitesi! olur. Adına üniversite demek bile uygun olmaz. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
- ESNAF KAFASI İLE İDARE: Para her şey değildir. Cepleriniz para ile dolup taşabilir, ancak insan kaliteniz, entelektüel seviyeniz dibe vurmuşsa, bırakın dünya üniversiteler ligini, kendi ülkenizin üniversiteler ligine bile giremezsiniz. Amatör ligde çakılır kalırsınız. Ülkenin parası ile çok güzel binalar yapmak, içini WiFi, bilgisayar ve pahalı makinelerle donatmak sizi iyi bir üniversite yapmaz. En azından kampüsünüzdeki teknolojilerin bir kısmı kendi araştırma enstitülerinizde ve laboratuarlarınızda bizatihi bilim insanlarınız tarafından üretilmelidir. Yoksa parası bol bir köy ağası da, istediğiniz teknolojiyi satın alıp tarlasına kurabilir. Ve bu tarla, ülkenin bilmem en büyük ne tarlası olabilir.
- TANITIM: Web sayfaları, kataloglar, basın büroları bir üniversitenin dünyaya açılan pencereleridir. Bu pencerelerde, üretilen bilim değil de yöneticilerin boy boy fotoğrafları ve misafir ağırlama haberleri sergileniyorsa bu sizi sıradan bir üniversite yapar. Unutulmamalıdır ki, en iyi üniversiteler akademisyenlerin kendi rektörlerinin adını bile bilmediği üniversitelerdir.
- SOSYAL MEKAN: "Aslan yattığı yerden belli olur". Kampüsü olmayan bir üniversiteyi üniversiteden saymak abesle iştigaldir. Sadece kuru binalardan oluşan üniversiteler olsa olsa birer dersane olur. Ancak, kampüsü olup da, o kampüste sadece insanların sık kullandıkları alanları temiz tutan, geri kalan kısımlarında ise insan boyunda otların bittiği dağ başı görünüm sizi sıradan üniversite yapar. Bir misafiriniz geldiğinde, akşam nerede ağırlayıp bir sohbet edebiliriz endişesinin yaşandığı, akademik ve idari elemanlarına hapishane gardiyanlarının mahkumlara layık gördüğü tabldot içinde yemek sunan aş evleri!'ni layık gören üniversiteler sıradan üniversitelerdir. Kampüse giren otobüs ve minibüs duraklarının yerine bile kendisi karar veremeyen, bunları belediyelerden bekleyen ve bu nedenle kaza ve ölümlerin an meselesi olduğu üniversiteler sıradan üniversitelerdir. Milyon liralarla binalar yapan, ancak bu binaların önündeki tabelaları pastan okunmayan, tuvaletleri damlayan, gözden uzak köşelere çöplerini yığan üniversiteler sıradan olamaya mahkumdur.
- YÖNETİCİLER: Sadece seçim zamanları yaklaştığında kampüsün işlek yerlerinde tur atarak, oy avcılığı yapan yöneticiler iyi bir üniversite yapamazlar. Akşama kadar gelsin çaylar-gitsin kahveler, iş adamları ve para babaları ile oturup kalkanlar, hali hazırdaki işini değil de görev süresi bitince ne olacağı endişesi taşıyan ve bunun için yatırım yapan, ancak akademisyenlerine bir randevu verme nezaketi bile göstermeyen yöneticiler üniversitelerini sıradan yaparlar.
- KADROLAŞMA: Bu konudaki yazımı burada okuyabilirsiniz.
- SİYASET: Siyasetçilerin her dediğini yapmayacaksınız, ancak onlarla iyi geçineceksiniz. Kraldan çok kralcı olmayacaksınız ve siyaseti siyasetçilere bırakacaksınız. Sabah-akşam siyasetle çenelerin yorulduğu bir üniversite bilim yapmaya, ürün üretmeye enerji bulamayacaktır.
Gerçek (İYİ) bir üniversitenin özelliklerine gelince...
Yukarıdakilerin tersini yapan üniversiteler iyi üniversitelerdir.
Labels:
akademik kadro ilanları,
rektör seçimleri,
Türkiye'de üniversiteler,
Türkiye'de yüksek öğrenim
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
6 Nisan 2016
Dünyadaki Tüm Bilgiyi Birkaç Gramında Depolayabilecek Bir Molekül: DNA
DNA'yı herkes biliyordur. Kitaplarda veya popüler medyada şu güzelim biri birine sarılmış iki zincirli sarmal. Her canlıyı yapan, bilginin nesilden nesile aktarımını sağlayan, genetik bilginin şifre şeklinde kaydedildiği molekül.
Çok basit bir dil kullanıyor. Bu dilde sadece 4 harf var: A, G, C, T. Bizim alfabe gibi 29 harf değil. Gözle görülen veya görülmeyen, bakteriden, böceğe, bitkiye, file, insana her canlının ortak alfabesi.
Bu harflerin farklı sayı ve sırada tekrarlanması ile yeryüzündeki tüm canlıları yapan moleküldür DNA. Tüm bir insanı yapan DNA'da 6 milyar harf var. Ağırlığı ise sadece 6 pikogram! Yani, 1 gramın trilyonda biri (1 gram= 1,000,000,000,000 pikogram). Gözle görülemeyen bir hücreden 10 kat daha küçük bir ortama, yani hücre çekirdeğine sığıyor (İnsan genomu ile ilgili bir yazımı burada okuyabilirsiniz?.
Bir özelliği, oldukça kararlı olması. Bir reçine içine koyup saklarsanız 4 milyar yıl dayanır. Yani, dünyadaki tüm yaşamdan daha eski.Açık ortamda, yarılanma ömrü 10 bin yılın üstünde.
Tüm kitaplarımız 29 harfle yazılmamış mı?
Her alfabe harfini, DNA şifresi ile yazabilirsiniz (örn, H= CAG). İnsan için verdiğimiz örneğe dönersek: 6 milyar DNA harfi, 2 milyar alfabe harfine karşılık gelir. 2 milyar harfle, her sayfasında 1000 harf bulunan ve her biri 2000 sayfa olan 1000 adet kitap yazabilirsiniz. Bunu sadece 1 pikogram DNA ile yaptığınızı unutmayınız. Dolayısı ile her biri 1000 sayfa 1 katrilyon kitabı 1 gram DNA'ya sığdırabilirsiniz.
Dünyada yaklaşık 130 milyon kitap olduğu düşünülüyor (Ref: Google). Dolayısı ile 1 gram DNA'ya sadece tüm bu kitaplardaki bilgiyi değil, aynı zamanda tüm resim, video ve ses kayıtlarını da sığdırabilirsiniz.
Böylece, dünyamızın ürettiği tüm bilgiyi DNA şifresi olarak kodlayabilirsiniz. Bu DNA'yı hücrenin içine atıp saklayabilirsiniz. Sentetik (yapay) hücre ile ilgili yazımı burada okuyabilirsiniz. Ancak, hücreler o kadar dayanıklı değildir ve binlerce yıl dayanmazlar. Bu DNA'yı hava almayan bir kapsülün içine koyup saklarsanız milyon hatta milyarlarca yıl dayanır.
Neye mi yarayacak?
Dünyadaki tüm yaşamın ve bilginin ortadan kalktığı bir kıyamet senaryosunu düşünelim! Milyarlarca yıl geçti ve bir şekilde bugünküne benzer insanoğlu (veya daha zeki yaratıklar!) ortaya çıktı. Bu kapsülü alıp bir DNA dizgi belirleme makinesinde okutacaklar ve bu bilgiyide bir bilgisayara yükleyip bilgisayar dili olan 1 ve 0'lara çevirip tüm yazı, resim, videolara, ses kayıtlarına ulaşacaklar.
Bizim için ne mi diyecekler?
"Atalarımız zeki yaratıklarmış. Sonlarını getirecek felaketi öngörmüşler. Ancak, hırs ve açgözlülüklerinin kurbanı olmuşlar".
Çok basit bir dil kullanıyor. Bu dilde sadece 4 harf var: A, G, C, T. Bizim alfabe gibi 29 harf değil. Gözle görülen veya görülmeyen, bakteriden, böceğe, bitkiye, file, insana her canlının ortak alfabesi.
Bu harflerin farklı sayı ve sırada tekrarlanması ile yeryüzündeki tüm canlıları yapan moleküldür DNA. Tüm bir insanı yapan DNA'da 6 milyar harf var. Ağırlığı ise sadece 6 pikogram! Yani, 1 gramın trilyonda biri (1 gram= 1,000,000,000,000 pikogram). Gözle görülemeyen bir hücreden 10 kat daha küçük bir ortama, yani hücre çekirdeğine sığıyor (İnsan genomu ile ilgili bir yazımı burada okuyabilirsiniz?.
Bir özelliği, oldukça kararlı olması. Bir reçine içine koyup saklarsanız 4 milyar yıl dayanır. Yani, dünyadaki tüm yaşamdan daha eski.Açık ortamda, yarılanma ömrü 10 bin yılın üstünde.
Tüm kitaplarımız 29 harfle yazılmamış mı?
Her alfabe harfini, DNA şifresi ile yazabilirsiniz (örn, H= CAG). İnsan için verdiğimiz örneğe dönersek: 6 milyar DNA harfi, 2 milyar alfabe harfine karşılık gelir. 2 milyar harfle, her sayfasında 1000 harf bulunan ve her biri 2000 sayfa olan 1000 adet kitap yazabilirsiniz. Bunu sadece 1 pikogram DNA ile yaptığınızı unutmayınız. Dolayısı ile her biri 1000 sayfa 1 katrilyon kitabı 1 gram DNA'ya sığdırabilirsiniz.
Dünyada yaklaşık 130 milyon kitap olduğu düşünülüyor (Ref: Google). Dolayısı ile 1 gram DNA'ya sadece tüm bu kitaplardaki bilgiyi değil, aynı zamanda tüm resim, video ve ses kayıtlarını da sığdırabilirsiniz.
Böylece, dünyamızın ürettiği tüm bilgiyi DNA şifresi olarak kodlayabilirsiniz. Bu DNA'yı hücrenin içine atıp saklayabilirsiniz. Sentetik (yapay) hücre ile ilgili yazımı burada okuyabilirsiniz. Ancak, hücreler o kadar dayanıklı değildir ve binlerce yıl dayanmazlar. Bu DNA'yı hava almayan bir kapsülün içine koyup saklarsanız milyon hatta milyarlarca yıl dayanır.
Neye mi yarayacak?
Dünyadaki tüm yaşamın ve bilginin ortadan kalktığı bir kıyamet senaryosunu düşünelim! Milyarlarca yıl geçti ve bir şekilde bugünküne benzer insanoğlu (veya daha zeki yaratıklar!) ortaya çıktı. Bu kapsülü alıp bir DNA dizgi belirleme makinesinde okutacaklar ve bu bilgiyide bir bilgisayara yükleyip bilgisayar dili olan 1 ve 0'lara çevirip tüm yazı, resim, videolara, ses kayıtlarına ulaşacaklar.
Bizim için ne mi diyecekler?
"Atalarımız zeki yaratıklarmış. Sonlarını getirecek felaketi öngörmüşler. Ancak, hırs ve açgözlülüklerinin kurbanı olmuşlar".
Labels:
DNA,
genetik,
sentetik (yapay) hücre
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
Kaydol:
Kayıtlar (Atom)