Hücreyi Anlamak: İnsan Hücre Atlası!

Hücre. Bir insanı veya başka organizmayı yapan en küçük canlı birimler. Nasıl ki atomu parçaladığımızda madde özelliğini kaybediyor, hücreyi parçaladığımızda da canlılık ortadan kalkıyor. Dolayısı ile Fizikte “atom” ne ise, Biyolojide “hücre” odur.
Ancak, günümüze kadar hücreler üzerinde yaptığımız çalışmalar hep onların parçalanması ve içeriklerinin sağlık ve hastalık durumunda incelenmesine dayandı. Yani, sağlıklı bir hücrenin içeriğini herhangi bir hastalığa sahip aynı tip hücre ile karşılaştırarak neyin veya nelerin yanlış gittiğini öğrenmeye çalıştık. Elde ettiğimiz bilgi ve bulgulara göre hastaya ilaç yazdık ve onun iyileşmesini bekledik. Daha doğrusu bir elbiseyi herkese giydirmeye çalıştık.

Ancak, ne yazık ki, hesaba katmadığımız şeyler vardı… 

Bir kere hücreyi parçaladığımız zaman onu hastalıklı bir duruma sevk ederiz. Hücre veya organizmaları bu çeşit invazif (yıpratıcı) şartlara soktuğunuzda hücreler ani reaksiyon gösterir ve aslında normalde kendilerinde olmayan bir seri davranışa yönelirler. Bunun sonucu hem hasta hem de sağlıklı hücrenin kimyasal ve fizyolojik profili değişir. 

Dolayısı ile “kontrollü deneyler” denen bu araştırmalar sonucu, hücre veya organizmada hastalığın “sebebini” değil, bizim uygulamalarımızdan kaynaklanan “sonucunu” okumuş veya belirlemiş oluruz. Diğer bir söyleyişle, hücreye uyguladığımız muamele sonucu ortaya çıkan değişikliklere karşı ilaç veya diğer tedavileri uygularız. Yani oldukça “absürd” bir durum.

Şimdilerde bu durum değişmek üzere… Nasıl?

Hücreyi parçalamadan, onun canlı haline bakarak nelerin yanlış gittiğini anlamaya dayalı “hücre global atlası”nı kullanarak. Bunu bir çeşit Google Haritaları veya Google Eearth uygulamalarına benzetebiliriz: topolojiye (yer küre) yukarıdan bakıp, yakınlaşarak tüm bileşenlerini (sokak, cadde, bina, park) ayırt etme.

Peki İnsan Hücre Atlası nasıl çıkarılacak?

Tamamen disiplinler arası bir çalışma ile. Bugüne kadar hücre, gen, metabolitler hakkında tüm bildiklerimiz ve bileceklerimizin anlaşılabilir bir şekilde bir araya getirilmesi ile. 

Böylece, sağlıklı bir dokuyu yapan hücre ve hücrelerin tam bir resmine sahip olacağız. Bu resme bakarak hasta doku veya organda nelerin yanlış gittiğini anlayacak ve ona göre bir yaklaşım içine gireceğiz. 

Ancak, söylemesi kolay olsa da, bunu yapmak zor olabilir.

(Büyütmek için resmin üzerini tıklayınız)

Bir canlıdaki, örneğin insandaki hücre sayısı trilyonlarla ifade edilmekte (kırmızı kan hücreleri hariç 20 trilyon). Ancak şansımıza, çeşit olarak vücudumuzda 200 kadar çeşit hücre var (sinir hücresi, deri hücresi, kan hücreleri, kas hücreleri, vs). Fakat, ne yazık ki, bu 200 kadar hücre ana tip hücreler. Bunların her birinin 100’lere varan alt tipi olabiliyor ve bu alt tipler yapı ve işlev olarak biri birinden dramatik biçimde farklı olabiliyorlar. 

Örneğin sadece retinamızda (gözümüzün ışığa duyarlı ve üzerinde görüntü oluşan kısmı) 100’lerce çeşit nöron (sinir hücresi) bulunmakta. Bundan da daha karmaşığı bağışıklık hücrelerindeki çeşitliliktir.

Şimdi meselenin karmaşıklığı sanırım daha iyi anlaşılmıştır.

Hücrenin bütünlüğünü sağlayan genetik ve biyokimyasal işleyişin bu şekilde hücre seviyesinde anlaşılması, kanserden tutun şeker hastalığı ve şizofreniye kadar birçok karmaşık hastalığın daha iyi anlaşılmasına ve uygun kişiye özgü ve hassas tedaviler sunulmasına imkan tanıyacaktır. 

Ekstra okuma:
The Human Cell Atlas: from vision to reality

2017 Nobel Bilim Ödülleri: Kimya Ödülü

2017 Nobel Kimya Ödülü birkaç saat önce belli oldu. İsimleri duyduğumda bunlar da kim dedim! Çünkü Kimya ödülüde genellikle biyologlara veriliyor. Geçen yıl bu ödülü alan Aziz Sancar bir biyolog…

Ödülün verildiği konuyu öğrendiğimde, bu üç bilim insanının adını daha önce hiç niye duymadığım ortaya çıktı. Çünkü ödül kimya, biyoloji ve tıp alanlarından çok fizik hatta mühendislik alanı gibi duruyor. Üstelik bir keşif değil bir icat. Nobel bilim ödülleri icatlara değil, keşiflere verilir.

Neyse lafı uzatmazsak, ödül “Biyomoleküllerin (protein, enzim, DNA, RNA, ve hatta virüs ve hücre gibi yapıların) üç boyutlu yapısının nasıl olduğunu detayları ile ortaya koymasını sağlayan dondurmalı elektron mikroskobunu” keşfeden üç bilim adamına verildi.

Bu yıl verilen Nobel Kimya Ödülü için bir Infografik:

Ödül sahiplerinden ikisi Avrupa’dan, biri ise Amerikalı: Jacques Dubochet (Lozan Üniversitesi, İsviçre), Richard Henderson (MRC Laboratory of Molecular Biology, İngiltere) veJoachim Frank (Columbia Üniversitesi, New York).

Bu ödülle Avrupalılar da biraz ödüllendirilmiş oldu. Çünkü, bundan önce açıklanan Tıp ve Fizik ödüllerini Amerikalılar kazandı. Yani, skor şöyle; Amerika 7: Avrupa 2

İşin ilginç yanı bu yıl bilim ödülleri olan Fizik, Kimya ve Tıp ödüllerini üçer kişinin paylaşmış olması. Ödül aynı ödül ancak paylaşılan para eşit olmayabiliyor. Örneğin bu yılın Tıp ve Fizik ödüllerinin yarısı bir kişiye diğer yarısı ise iki kişi arasında paylaşıldı. Bugünkü kimya ödülü ise yukarıdaki bilim adamları arasında 3 eşit parçaya bölündü. Ödülün yaklaşık 1 milyon dolar olduğu düşünülürse, her birine 300 bin doların üzerinde para düşüyor.

Eh, “zenginin malı zügürtün çenesi” derler. Esas olan ise ödülün, sahiplerinin adını altın harflerle bilim literatürüne ve ders kitaplarına yazdırarak onları ölümsüzleştirmesi…

Bir sonraki yazım bu yılki Nobel bilim ödülleri ile ilgili olacak…

2017 Nobel Bilim Ödülleri: Fizik Ödülü

Bu yılki Nobel Fizik Ödülü biraz önce açıklandı. Konu: Çekim dalgalarının keşfi. Nobeli paylaşanlar 3 bilim adamı: Ödülün yarısı Rainer Weiss, diğer yarısı ise Barry C. Barish ve Kip S. Thorne arasında paylaşılacak.

Bana göre başka bir spekülatif Fizik Ödülü. Daha iki yıl dolmadan ve yine bana göre henüz tam kanıtlanmayan bir konuya verildi. Bu konuda o zamanlar yazdığım bir yazıyı burada okuyabilirsiniz.

Her ne ise…

Rainer Weiss, Massachusetts Institute of Technology (MIT)’de fizik profesörü. Barry C. Barish ve Kip S. Thorne ise California Institute of Technology (Caltech)’de fizik profesörleri. Yani iki ezeli rakip üniversite bu yıl Fizik Nobel’ini paylaştılar.

Bu yıl Nobel Fizik Ödülünün verildiği konuyu anlatan bir infografik:

Fizikçi olmadığım için daha fazla yorum yapmayayım. Ancak, MIT Fizik Bölümünde şimdi aynı koridorda iki Nobel Ödüllü Fizikçi olacak:

Ben ve Franck Wilczek, 2004 Nobel Fizik Ödülü sahibi MIT profesörü. Yer. Harvard oditoryumu, 2010.

Yarın açıklanacak Nobel Kimya Ödülü'nü bekleyelim. favorim: CRISPR-Cas9 gen ve genom edit etme aracı.

2017 Nobel Bilim Ödülleri: Fizyoloji ve Tıp Ödülü

Gün itibarı ile Nobel Tıp ve Fizyoloji ödülü belli oldu. Ödülün sahipleri: Jeffrey Hall, Michael Rosbash ve Michael Young “organizmaların 24 saatlik gece-gündüz algısında uyum sağlamasına yardımcı olan sirkadiyen ritmlerin (biyolojik saat) moleküler temellerini” keşfettikleri için ödüle layık görüldüler.

Jeffrey Hall ve Michael Rosbash Amerika’nın Massachusetts eyaletindeki Brandeis University’de bulunuyorlar. Michael Young ise (eğer bir Amerikan futbolcusu ile karıştırmıyorsam) adını çok duyduğum bir isim ve New York’taki Rockefeller University’den.

İsveçte ödül açıklandığında Amerikalılar henüz tatlı uykularında idiler. Çünkü raştırmacıların üniversitelerinin websayfasına baktığımda henüz hiç bir haber yok! Yarına harika bir haberle uyanacakları kesin. Çünkü, Nobel Ödülleri akademik sıralamalarda göz önüne alınan en önemli kriterlerin başında geliyor. Sahibine para (adam başı 313 bin dolar) ve ün, kuruma akademik ranking!!!

Konu ile ilgili olarak ışığın vücudumuz üzerine olan etkisi konusunda yazdığım bir yazıyı burada okuyabilirsiniz.

Bu yıl verilmiş olan ödül konusunda Aziz Sancar’ın da çığır açıcı çalışmaları vardı. Doğrusunu söylemek gerekirse, bu yıl Nobel’in verildiği konuyu görünce acaba geçen yıl aldığı Nobel Kimya Ödülüne ilave olarak Aziz Sancar bu yıl da Nobel Tıp ve Fizyoloji Ödülüne mi layık görüldü diye bir heyecan da beni sarmadı değil. Böyle olsaydı Nobel Ödülü tarihinde bir ilk yaşanacaktı. Her neyse…

Bu yılki Nobel Tıp ve Fizyoloji Ödülünün infografiği:

Yarın (Salı) Nobel Fizik, diğer gün de (Çarşamba) Nobel Kimya Ödülleri verilecek. Onların da sahipleri ve konuları belli olunca, yapılan buluşların önemi, bilime ne kattıkları hakkında bir yazı beni bekliyor olacak…

The Reason Stick: Modern Science Map

The Reason Stick: Modern Science Map: 500 Years of Science, Reason & Critical Thinking via the medium of gross over simplification, dodgy demarcation, glaring omission and a ...

Prof. Dr. Ömer Munzuroğlu'nun vefatı ve Fırat Üniversitesinin ayıbı!

30 yıllık emeğe karşı 3 cümle yazamamak! 

Aşağıdaki duyuru Fırat Üniversitesinin anasayfasından:


Resmin üzerini tıkladığınızda ne beklersiniz?

Ömer'in bir ömür emek verdiği Fırat Üniversitesindeki geçmişini, başarılarını ve varsa yönetimin Ömer hakkındaki birkaç sözünü...

Heyhat! Nerede üniversitelerimizin o entelektüel düzeyi!

Yukarıda ilanlar arasında Ömer kardeşimin resmini tıkladığınızda, aşağıdaki gibi biraz daha büyük ama içerik olarak boş bir sayfa ile karşılaşıyorsunuz.


Siyasetçilerin önünde iki büklüm olup, 5 dakikalık görüşmelerini 5 sayfa ile topluma sunan yöneticilere "kızmak" değil sadece "acımak" gerekir. Demek ki, evrensel kentler olan üniversiteler onlar için bu anlamın çok dışında bir anlama sahip: lokal, içine kapanık, sahibinin sesi ve sonuna kadar siyasete bulaşmış...

Umarım üniversitesi onun adını en azından bir toplantı salonu veya laboratuara vererek onu mutlu eder.

Sevgili arkadaşıma tekrar dönersek...

Sevgili arkadaşım ve kardeşim Prof. Dr. Ömer Munzuroğlu geçen Çarşamba (16 Ağustos 2017) ani bir kalp rahatsızlığı sonucu vefat etti. Allah rahmet eylesin, mekanı cennet olsun.

Ömer sadece Elazığ veya Fırat Üniversitesi tarafından değil, Türkiye'deki tüm biyoloji camiası tarafından tanınan bir akademisyendi. Final Dersanelerinden geçmiş herkes onu tanırdı. Çünkü, sahibi bu dersaneyi kurduğunda onun ilk eğitimcilerinden biri Ömer'di. Final Biyoloji dergisi ve kitapçıklarının esas yazarı idi.

Baskil merkez camisine ve bahçesine ve mezarlığa sığmayan insan kalabalığı, onun ne derece sayılıp sevildiğini gösteriyordu. Ah kardeş ah...

Kendisi ile aynı dönemde (1984) Fırat Üniversitesi Biyoloji Bölümünden mezun olduk. Çalışkanlığı ve zekası ile o hem Bölüm birincisi ve hem de Fakülte birincisi olarak mezun oldu.

Ömer başarılı bir araştırmacı ve hoca idi.

Ömer Munzuroğlu 1980'lerin ortasında Fırat Üniversitesinde Araştırma Görevlisi olarak başladı. Master, doktora, akademik hayat ve 30 yılı aşan bir hizmet. Kendisi ile 3 adet yayın yaptım. Bunlardan bir tanesi an itibarı ile 300'ün üzerinde atıf almış bulunuyor.

Bana hep takılır ve "Hikmet Amerika'da 7 yıl kalmış da olsan sen benim için Baskil Cumhuriyetinden bir .... kardeşimsin" derdi. Ben de "eyvallah aynen öyle" derdim.

Mekanın cennet olsun canım kardeşim...

Facebook sayfasından:

Ömer Munzuroğlu
November 20, 2013 ·
Ne Yaparsan Yap....
Nasıl Yaşarsan Yaşa....
Fakat,
Gülebilmek için birini 'AĞLATMA'
Çıkarların için kimseyi 'SATMA'

Yine 2013'ten sonra pek bir paylaşım yapmadığı Facebook sayfasından bazı fotoğraflar: